# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.023 0.798 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.092 0.050 0.004 0.008 2 D 0.001 0.002 0.934 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.048 0.003 0.001 0.001 3 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.001 0.001 4 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.043 0.919 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.044 0.925 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 7 E 0.001 0.001 0.014 0.002 0.056 0.879 0.001 0.002 0.006 0.009 0.023 0.002 0.003 8 I 0.003 0.001 0.007 0.001 0.051 0.801 0.001 0.003 0.004 0.009 0.112 0.002 0.005 9 L 0.009 0.007 0.037 0.001 0.016 0.724 0.005 0.007 0.006 0.024 0.147 0.005 0.011 10 V 0.005 0.058 0.199 0.005 0.011 0.448 0.004 0.003 0.015 0.105 0.116 0.010 0.022 11 C 0.001 0.010 0.545 0.002 0.003 0.092 0.001 0.001 0.008 0.290 0.024 0.019 0.005 12 P 0.001 0.003 0.208 0.002 0.077 0.101 0.001 0.001 0.001 0.049 0.549 0.001 0.008 13 L 0.002 0.013 0.111 0.001 0.151 0.078 0.001 0.001 0.003 0.111 0.513 0.005 0.009 14 C 0.005 0.032 0.196 0.007 0.121 0.068 0.002 0.001 0.011 0.196 0.311 0.024 0.027 15 K 0.005 0.021 0.364 0.007 0.049 0.037 0.001 0.001 0.004 0.275 0.176 0.013 0.048 16 G 0.006 0.017 0.397 0.010 0.023 0.018 0.001 0.001 0.003 0.311 0.108 0.081 0.026 17 P 0.006 0.020 0.484 0.019 0.027 0.015 0.001 0.001 0.004 0.088 0.095 0.012 0.229 18 L 0.035 0.021 0.506 0.039 0.024 0.014 0.005 0.001 0.006 0.088 0.079 0.061 0.123 19 V 0.107 0.014 0.132 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.004 0.020 0.011 0.608 0.089 20 F 0.102 0.025 0.091 0.003 0.003 0.003 0.007 0.001 0.003 0.014 0.005 0.026 0.718 21 D 0.048 0.005 0.292 0.059 0.005 0.003 0.003 0.001 0.003 0.024 0.022 0.445 0.090 22 K 0.052 0.008 0.115 0.005 0.016 0.005 0.004 0.001 0.003 0.108 0.211 0.037 0.438 23 S 0.031 0.014 0.132 0.008 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.157 0.249 0.297 0.077 24 K 0.007 0.005 0.159 0.021 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.186 0.493 0.042 0.045 25 D 0.022 0.003 0.177 0.008 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.181 0.496 0.029 0.062 26 E 0.272 0.026 0.097 0.005 0.009 0.005 0.013 0.001 0.002 0.043 0.034 0.161 0.334 27 L 0.346 0.012 0.063 0.001 0.004 0.003 0.021 0.001 0.003 0.017 0.006 0.234 0.289 28 I 0.390 0.021 0.097 0.026 0.003 0.006 0.023 0.001 0.003 0.018 0.008 0.185 0.222 29 C 0.104 0.025 0.259 0.009 0.003 0.009 0.008 0.001 0.002 0.037 0.007 0.196 0.341 30 K 0.018 0.003 0.170 0.022 0.055 0.093 0.001 0.001 0.001 0.110 0.398 0.068 0.059 31 G 0.025 0.005 0.083 0.008 0.070 0.039 0.002 0.001 0.001 0.120 0.546 0.022 0.078 32 D 0.041 0.015 0.158 0.025 0.127 0.043 0.002 0.001 0.002 0.157 0.240 0.133 0.057 33 R 0.065 0.015 0.213 0.016 0.134 0.045 0.004 0.001 0.005 0.112 0.176 0.051 0.164 34 L 0.106 0.022 0.197 0.023 0.100 0.060 0.011 0.002 0.009 0.088 0.105 0.097 0.180 35 A 0.198 0.035 0.113 0.033 0.042 0.035 0.029 0.004 0.014 0.029 0.028 0.058 0.383 36 F 0.059 0.015 0.195 0.027 0.008 0.029 0.010 0.005 0.017 0.106 0.013 0.441 0.075 37 P 0.031 0.033 0.365 0.006 0.010 0.041 0.009 0.008 0.033 0.031 0.031 0.045 0.358 38 I 0.034 0.015 0.264 0.012 0.102 0.233 0.007 0.017 0.025 0.034 0.118 0.035 0.103 39 K 0.042 0.009 0.110 0.021 0.185 0.187 0.010 0.007 0.017 0.075 0.212 0.083 0.043 40 D 0.004 0.005 0.053 0.020 0.099 0.087 0.003 0.005 0.009 0.126 0.550 0.014 0.026 41 G 0.004 0.013 0.228 0.041 0.028 0.035 0.002 0.001 0.011 0.177 0.413 0.013 0.033 42 I 0.002 0.020 0.730 0.004 0.002 0.022 0.002 0.002 0.043 0.099 0.005 0.042 0.026 43 P 0.014 0.045 0.401 0.019 0.013 0.037 0.016 0.017 0.171 0.048 0.022 0.022 0.176 44 M 0.053 0.029 0.181 0.056 0.033 0.058 0.071 0.072 0.176 0.042 0.047 0.116 0.066 45 M 0.054 0.064 0.244 0.007 0.037 0.050 0.058 0.038 0.128 0.068 0.039 0.055 0.161 46 L 0.014 0.021 0.576 0.013 0.010 0.030 0.008 0.012 0.077 0.067 0.009 0.069 0.090 47 E 0.008 0.012 0.221 0.012 0.125 0.370 0.001 0.001 0.011 0.089 0.038 0.023 0.088 48 S 0.001 0.002 0.027 0.008 0.306 0.518 0.001 0.001 0.001 0.029 0.102 0.003 0.005 49 E 0.001 0.002 0.024 0.001 0.334 0.504 0.001 0.001 0.002 0.012 0.116 0.001 0.003 50 A 0.001 0.008 0.078 0.001 0.198 0.574 0.001 0.001 0.002 0.037 0.092 0.001 0.007 51 R 0.002 0.010 0.127 0.001 0.143 0.463 0.001 0.001 0.003 0.080 0.153 0.011 0.006 52 E 0.002 0.015 0.184 0.001 0.069 0.385 0.001 0.001 0.003 0.060 0.248 0.003 0.030 53 L 0.001 0.039 0.567 0.001 0.009 0.099 0.001 0.001 0.001 0.212 0.058 0.006 0.007 54 A 0.001 0.007 0.884 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.086 0.005 0.001 0.002 55 P 0.001 0.002 0.101 0.001 0.236 0.446 0.001 0.001 0.001 0.032 0.180 0.001 0.001 56 E 0.001 0.002 0.036 0.001 0.420 0.283 0.001 0.001 0.001 0.029 0.228 0.001 0.001 57 E 0.001 0.005 0.120 0.001 0.408 0.284 0.001 0.001 0.001 0.073 0.100 0.003 0.003 58 E 0.001 0.032 0.392 0.001 0.076 0.273 0.001 0.001 0.005 0.073 0.110 0.007 0.028 59 V 0.001 0.030 0.740 0.002 0.008 0.054 0.001 0.001 0.002 0.112 0.034 0.008 0.008 60 K 0.001 0.007 0.951 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.001 0.003