# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.139 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.028 0.068 0.730 2 D 0.035 0.815 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.006 0.060 3 A 0.017 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.005 0.056 4 K 0.009 0.832 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.013 0.104 5 F 0.051 0.733 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.072 0.017 0.097 6 L 0.109 0.494 0.074 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.130 0.030 0.158 7 E 0.235 0.246 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.052 0.054 0.391 8 I 0.199 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.063 0.108 0.546 9 L 0.006 0.073 0.011 0.004 0.002 0.002 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.050 0.217 0.568 10 V 0.041 0.051 0.004 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.039 0.108 0.690 11 C 0.163 0.046 0.045 0.001 0.013 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.154 0.078 0.458 12 P 0.142 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.047 0.120 0.602 13 L 0.120 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.032 0.103 0.667 14 C 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.041 0.130 0.731 15 K 0.020 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.022 0.099 0.808 16 G 0.059 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.018 0.094 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.119 0.061 0.099 0.443 17 P 0.041 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.040 0.103 0.635 18 L 0.017 0.025 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 0.010 0.004 0.001 0.002 0.002 0.033 0.015 0.039 0.002 0.220 0.028 0.072 0.518 19 V 0.014 0.006 0.001 0.001 0.010 0.042 0.600 0.043 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.077 0.036 0.021 0.133 20 F 0.007 0.008 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.027 0.053 0.733 21 D 0.191 0.040 0.016 0.002 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.213 0.038 0.397 22 K 0.072 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.013 0.068 0.790 23 S 0.096 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.016 0.065 0.768 24 K 0.041 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.055 0.141 0.695 25 D 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.367 0.064 0.085 0.399 26 E 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.003 0.761 0.007 0.007 0.003 0.003 0.001 0.069 0.019 0.012 0.084 27 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.051 0.093 0.606 0.016 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.075 0.014 0.022 0.100 28 I 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.605 0.003 0.204 0.005 0.013 0.122 29 C 0.304 0.127 0.061 0.002 0.018 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.021 0.033 0.165 0.026 0.222 30 K 0.161 0.042 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.032 0.068 0.633 31 G 0.049 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.065 0.805 32 D 0.095 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.060 0.087 0.587 33 R 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.153 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.043 0.071 0.548 34 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.003 0.649 0.002 0.037 0.002 0.007 0.002 0.093 0.018 0.025 0.142 35 A 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.028 0.001 0.002 0.103 0.023 0.112 0.670 36 F 0.009 0.012 0.001 0.008 0.001 0.098 0.001 0.002 0.003 0.002 0.008 0.001 0.023 0.011 0.322 0.008 0.149 0.041 0.057 0.243 37 P 0.078 0.036 0.031 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.053 0.246 0.072 0.459 38 I 0.263 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.050 0.081 0.518 39 K 0.154 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.034 0.106 0.645 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.012 0.120 0.801 41 G 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.017 0.129 0.800 42 I 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.191 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.083 0.055 0.103 0.416 43 P 0.156 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.060 0.100 0.526 44 M 0.060 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.050 0.008 0.001 0.147 0.107 0.103 0.483 45 M 0.013 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.003 0.220 0.074 0.127 0.514 46 L 0.145 0.342 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.064 0.065 0.062 0.316 47 E 0.168 0.477 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.071 0.039 0.222 48 S 0.143 0.326 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.089 0.064 0.358 49 E 0.210 0.265 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.049 0.060 0.389 50 A 0.201 0.202 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.111 0.058 0.411 51 R 0.163 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.084 0.693 52 E 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.065 0.886 53 L 0.033 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.093 0.782 54 A 0.402 0.148 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.091 0.041 0.304 55 P 0.119 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.041 0.687 56 E 0.075 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 0.044 0.806 57 E 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.039 0.018 0.064 0.827 58 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 0.054 0.913 59 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.015 0.073 0.875 60 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.075 0.888