# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.127 0.003 0.016 0.020 0.018 0.104 0.006 0.001 0.035 0.661 2 D 0.092 0.809 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.007 0.001 0.011 0.061 3 A 0.103 0.724 0.007 0.005 0.003 0.003 0.016 0.006 0.002 0.031 0.101 4 K 0.070 0.517 0.005 0.007 0.010 0.026 0.051 0.008 0.002 0.043 0.261 5 F 0.137 0.438 0.007 0.018 0.025 0.041 0.056 0.018 0.002 0.073 0.186 6 L 0.163 0.162 0.011 0.060 0.046 0.065 0.114 0.015 0.004 0.114 0.246 7 E 0.044 0.079 0.004 0.102 0.085 0.238 0.094 0.007 0.001 0.053 0.292 8 I 0.029 0.011 0.003 0.068 0.078 0.138 0.097 0.002 0.001 0.050 0.523 9 L 0.008 0.006 0.003 0.099 0.194 0.230 0.098 0.002 0.001 0.042 0.316 10 V 0.022 0.012 0.003 0.056 0.067 0.126 0.097 0.003 0.002 0.053 0.559 11 C 0.095 0.004 0.004 0.044 0.116 0.127 0.114 0.022 0.003 0.101 0.371 12 P 0.118 0.003 0.004 0.049 0.025 0.057 0.087 0.005 0.003 0.066 0.584 13 L 0.085 0.001 0.001 0.027 0.018 0.035 0.087 0.001 0.001 0.027 0.716 14 C 0.024 0.001 0.001 0.029 0.041 0.047 0.105 0.002 0.001 0.022 0.729 15 K 0.014 0.004 0.001 0.017 0.015 0.022 0.125 0.002 0.001 0.015 0.785 16 G 0.020 0.003 0.001 0.023 0.127 0.124 0.147 0.030 0.001 0.046 0.479 17 P 0.042 0.022 0.001 0.070 0.056 0.106 0.123 0.003 0.001 0.038 0.538 18 L 0.015 0.009 0.001 0.083 0.108 0.253 0.069 0.002 0.001 0.039 0.421 19 V 0.017 0.011 0.001 0.077 0.136 0.179 0.088 0.001 0.001 0.063 0.427 20 F 0.004 0.008 0.002 0.070 0.087 0.124 0.110 0.002 0.001 0.029 0.563 21 D 0.282 0.069 0.005 0.026 0.064 0.061 0.064 0.008 0.005 0.070 0.345 22 K 0.204 0.049 0.006 0.015 0.011 0.014 0.072 0.006 0.003 0.057 0.563 23 S 0.086 0.093 0.002 0.007 0.009 0.016 0.076 0.008 0.001 0.027 0.675 24 K 0.194 0.192 0.004 0.011 0.015 0.019 0.066 0.012 0.001 0.035 0.450 25 D 0.095 0.159 0.002 0.020 0.066 0.088 0.091 0.015 0.001 0.038 0.426 26 E 0.045 0.075 0.002 0.034 0.089 0.159 0.082 0.004 0.001 0.036 0.473 27 L 0.026 0.029 0.005 0.060 0.139 0.137 0.115 0.003 0.002 0.043 0.441 28 I 0.074 0.043 0.005 0.054 0.095 0.126 0.116 0.006 0.003 0.046 0.431 29 C 0.228 0.037 0.007 0.030 0.032 0.059 0.089 0.009 0.005 0.049 0.455 30 K 0.107 0.052 0.004 0.021 0.022 0.044 0.080 0.009 0.002 0.043 0.615 31 G 0.070 0.024 0.006 0.019 0.030 0.063 0.107 0.006 0.002 0.048 0.626 32 D 0.034 0.025 0.002 0.038 0.135 0.208 0.082 0.009 0.001 0.047 0.419 33 R 0.048 0.009 0.001 0.041 0.080 0.127 0.085 0.002 0.001 0.048 0.559 34 L 0.007 0.006 0.001 0.054 0.249 0.227 0.064 0.002 0.001 0.025 0.364 35 A 0.008 0.006 0.001 0.029 0.066 0.097 0.079 0.001 0.001 0.019 0.693 36 F 0.007 0.004 0.001 0.020 0.319 0.246 0.069 0.004 0.001 0.027 0.301 37 P 0.049 0.028 0.018 0.041 0.039 0.069 0.100 0.003 0.013 0.049 0.592 38 I 0.367 0.023 0.009 0.012 0.042 0.058 0.042 0.033 0.006 0.072 0.336 39 K 0.607 0.008 0.001 0.005 0.005 0.007 0.032 0.003 0.001 0.036 0.295 40 D 0.014 0.005 0.002 0.031 0.015 0.036 0.104 0.001 0.001 0.013 0.778 41 G 0.011 0.015 0.001 0.030 0.016 0.020 0.085 0.001 0.001 0.015 0.806 42 I 0.016 0.010 0.001 0.062 0.332 0.087 0.112 0.015 0.001 0.041 0.323 43 P 0.014 0.022 0.001 0.210 0.060 0.109 0.092 0.002 0.001 0.035 0.453 44 M 0.011 0.006 0.001 0.204 0.165 0.209 0.055 0.001 0.001 0.047 0.301 45 M 0.003 0.010 0.002 0.359 0.076 0.088 0.081 0.001 0.001 0.025 0.356 46 L 0.079 0.095 0.007 0.151 0.097 0.103 0.073 0.011 0.005 0.050 0.329 47 E 0.281 0.157 0.005 0.061 0.016 0.022 0.062 0.018 0.003 0.064 0.310 48 S 0.126 0.187 0.007 0.018 0.014 0.030 0.080 0.008 0.005 0.053 0.472 49 E 0.135 0.188 0.013 0.021 0.037 0.073 0.091 0.013 0.005 0.045 0.379 50 A 0.167 0.093 0.003 0.015 0.042 0.063 0.081 0.023 0.002 0.043 0.468 51 R 0.176 0.023 0.001 0.015 0.055 0.060 0.072 0.003 0.001 0.042 0.554 52 E 0.005 0.014 0.001 0.017 0.031 0.062 0.105 0.001 0.001 0.011 0.752 53 L 0.005 0.030 0.005 0.012 0.032 0.049 0.097 0.003 0.003 0.011 0.753 54 A 0.525 0.150 0.006 0.004 0.017 0.012 0.036 0.030 0.004 0.066 0.149 55 P 0.287 0.146 0.005 0.005 0.003 0.006 0.046 0.013 0.002 0.080 0.406 56 E 0.173 0.041 0.004 0.008 0.004 0.015 0.057 0.003 0.001 0.034 0.660 57 E 0.061 0.014 0.002 0.017 0.035 0.050 0.080 0.002 0.001 0.040 0.699 58 E 0.017 0.007 0.001 0.008 0.021 0.025 0.095 0.001 0.001 0.021 0.803 59 V 0.071 0.008 0.001 0.009 0.042 0.025 0.102 0.010 0.001 0.030 0.701 60 K 0.101 0.012 0.001 0.006 0.014 0.014 0.134 0.007 0.001 0.030 0.680