# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.187 0.153 0.065 0.103 0.082 0.094 0.097 0.069 0.061 0.053 0.037 2 D 0.174 0.276 0.084 0.183 0.122 0.068 0.051 0.021 0.012 0.006 0.003 3 A 0.498 0.171 0.094 0.120 0.062 0.030 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 4 K 0.294 0.202 0.107 0.205 0.108 0.050 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 5 F 0.008 0.008 0.018 0.037 0.045 0.070 0.187 0.189 0.195 0.149 0.095 6 L 0.007 0.008 0.028 0.060 0.111 0.187 0.284 0.154 0.097 0.044 0.019 7 E 0.019 0.051 0.424 0.233 0.109 0.073 0.051 0.022 0.011 0.005 0.002 8 I 0.003 0.010 0.031 0.052 0.082 0.139 0.255 0.187 0.126 0.082 0.032 9 L 0.007 0.005 0.016 0.011 0.010 0.014 0.058 0.105 0.215 0.285 0.273 10 V 0.004 0.015 0.033 0.058 0.083 0.110 0.204 0.155 0.154 0.112 0.072 11 C 0.008 0.035 0.090 0.076 0.070 0.081 0.165 0.158 0.154 0.107 0.056 12 P 0.122 0.088 0.068 0.135 0.129 0.109 0.133 0.088 0.064 0.042 0.023 13 L 0.063 0.065 0.032 0.107 0.131 0.131 0.191 0.116 0.090 0.050 0.023 14 C 0.037 0.029 0.014 0.059 0.076 0.083 0.143 0.149 0.173 0.132 0.103 15 K 0.130 0.152 0.073 0.226 0.159 0.106 0.080 0.037 0.021 0.011 0.006 16 G 0.124 0.080 0.025 0.110 0.117 0.147 0.181 0.107 0.064 0.034 0.012 17 P 0.212 0.207 0.076 0.244 0.128 0.069 0.036 0.014 0.007 0.004 0.002 18 L 0.008 0.006 0.004 0.012 0.017 0.028 0.095 0.133 0.239 0.263 0.195 19 V 0.033 0.153 0.109 0.327 0.196 0.091 0.056 0.019 0.010 0.004 0.002 20 F 0.012 0.018 0.011 0.037 0.055 0.077 0.173 0.178 0.200 0.155 0.084 21 D 0.075 0.152 0.086 0.241 0.176 0.117 0.087 0.034 0.019 0.008 0.005 22 K 0.293 0.223 0.081 0.167 0.104 0.059 0.043 0.016 0.008 0.004 0.001 23 S 0.465 0.223 0.053 0.107 0.060 0.036 0.029 0.012 0.008 0.005 0.003 24 K 0.239 0.198 0.082 0.205 0.135 0.070 0.043 0.015 0.008 0.003 0.001 25 D 0.234 0.145 0.069 0.158 0.121 0.102 0.091 0.040 0.023 0.011 0.005 26 E 0.022 0.083 0.072 0.267 0.218 0.152 0.109 0.044 0.021 0.009 0.004 27 L 0.006 0.004 0.004 0.009 0.015 0.032 0.107 0.176 0.227 0.253 0.167 28 I 0.008 0.032 0.041 0.167 0.187 0.174 0.176 0.094 0.066 0.033 0.021 29 C 0.004 0.009 0.015 0.022 0.029 0.050 0.130 0.164 0.228 0.197 0.152 30 K 0.171 0.159 0.097 0.282 0.148 0.072 0.042 0.016 0.008 0.004 0.002 31 G 0.381 0.156 0.061 0.109 0.081 0.063 0.069 0.035 0.025 0.013 0.007 32 D 0.082 0.067 0.047 0.134 0.113 0.116 0.150 0.100 0.082 0.061 0.049 33 R 0.058 0.140 0.107 0.249 0.177 0.130 0.085 0.028 0.015 0.007 0.004 34 L 0.017 0.028 0.033 0.073 0.084 0.098 0.154 0.150 0.147 0.120 0.096 35 A 0.057 0.069 0.051 0.157 0.163 0.146 0.151 0.088 0.059 0.033 0.024 36 F 0.005 0.008 0.007 0.024 0.045 0.077 0.176 0.172 0.207 0.162 0.118 37 P 0.076 0.180 0.085 0.246 0.170 0.101 0.071 0.029 0.020 0.012 0.009 38 I 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.014 0.050 0.101 0.201 0.260 0.354 39 K 0.192 0.211 0.120 0.222 0.133 0.062 0.038 0.012 0.006 0.002 0.002 40 D 0.125 0.119 0.059 0.175 0.128 0.121 0.148 0.065 0.036 0.018 0.008 41 G 0.322 0.140 0.057 0.129 0.100 0.079 0.065 0.039 0.029 0.023 0.018 42 I 0.007 0.022 0.011 0.039 0.055 0.074 0.151 0.149 0.188 0.168 0.136 43 P 0.027 0.041 0.029 0.092 0.101 0.129 0.183 0.122 0.118 0.088 0.071 44 M 0.036 0.033 0.028 0.067 0.081 0.108 0.221 0.145 0.132 0.086 0.063 45 M 0.014 0.030 0.022 0.072 0.088 0.099 0.164 0.151 0.131 0.124 0.105 46 L 0.004 0.014 0.009 0.023 0.032 0.050 0.096 0.120 0.198 0.227 0.226 47 E 0.058 0.104 0.103 0.253 0.235 0.129 0.081 0.022 0.010 0.004 0.001 48 S 0.482 0.143 0.211 0.113 0.032 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.061 0.054 0.108 0.146 0.128 0.140 0.183 0.076 0.056 0.029 0.019 50 A 0.005 0.004 0.019 0.017 0.023 0.058 0.187 0.181 0.211 0.177 0.117 51 R 0.014 0.042 0.383 0.221 0.155 0.097 0.063 0.017 0.007 0.002 0.001 52 E 0.116 0.087 0.612 0.107 0.043 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 53 L 0.008 0.010 0.013 0.021 0.040 0.096 0.254 0.190 0.158 0.136 0.075 54 A 0.161 0.305 0.111 0.092 0.070 0.059 0.079 0.045 0.038 0.026 0.013 55 P 0.472 0.186 0.183 0.086 0.040 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 56 E 0.649 0.148 0.087 0.065 0.027 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 57 E 0.228 0.116 0.132 0.157 0.102 0.084 0.088 0.043 0.030 0.014 0.007 58 E 0.258 0.116 0.110 0.148 0.105 0.102 0.089 0.039 0.021 0.009 0.004 59 V 0.133 0.133 0.246 0.121 0.093 0.093 0.082 0.047 0.029 0.016 0.007 60 K 0.243 0.210 0.123 0.144 0.095 0.058 0.052 0.032 0.023 0.015 0.006