# TARGET T0348 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.099 0.684 2 D 0.073 0.038 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.010 0.139 0.680 3 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.977 4 K 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.450 0.509 5 F 0.184 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.464 0.308 6 L 0.220 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.008 0.186 7 E 0.055 0.583 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.016 0.053 0.213 8 I 0.222 0.471 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.029 0.010 0.206 9 L 0.152 0.505 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.030 0.113 0.031 0.010 0.132 10 V 0.031 0.252 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.015 0.037 0.009 0.292 0.024 0.022 0.287 11 C 0.037 0.102 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.010 0.002 0.013 0.002 0.001 0.354 0.020 0.040 0.342 12 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.010 0.977 13 L 0.032 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.017 0.121 0.668 14 C 0.266 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.018 0.098 0.492 15 K 0.139 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.025 0.110 0.583 16 G 0.036 0.007 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.006 0.221 0.629 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 18 L 0.020 0.002 0.001 0.002 0.014 0.067 0.305 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.053 0.048 0.127 0.003 0.061 0.274 19 V 0.019 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.607 0.048 0.066 0.002 0.036 0.139 20 F 0.021 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.002 0.004 0.006 0.033 0.010 0.034 0.003 0.001 0.287 0.006 0.078 0.490 21 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.078 0.738 0.013 0.045 0.003 0.002 0.001 0.039 0.001 0.014 0.056 22 K 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.009 0.117 0.617 23 S 0.019 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.015 0.604 0.255 24 K 0.205 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.093 0.339 0.311 25 D 0.052 0.103 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.060 0.284 0.457 26 E 0.168 0.008 0.262 0.003 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.027 0.210 0.240 27 L 0.025 0.016 0.002 0.004 0.015 0.124 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.132 0.032 0.371 0.003 0.048 0.210 28 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.028 0.836 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.042 0.001 0.006 0.028 29 C 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.006 0.015 0.434 0.012 0.019 0.005 0.003 0.002 0.263 0.002 0.032 0.180 30 K 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.363 0.009 0.109 0.462 31 G 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.014 0.435 0.418 32 D 0.200 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.033 0.234 0.447 33 R 0.220 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.051 0.154 0.402 34 L 0.116 0.049 0.130 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.015 0.264 0.285 35 A 0.077 0.051 0.013 0.005 0.023 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.285 0.013 0.082 0.410 36 F 0.030 0.032 0.003 0.001 0.027 0.110 0.417 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.002 0.168 0.004 0.024 0.153 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 38 I 0.013 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.043 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.590 0.004 0.034 0.276 39 K 0.012 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.207 0.002 0.110 0.490 40 D 0.026 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.007 0.063 0.674 41 G 0.133 0.059 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.030 0.060 0.521 42 I 0.430 0.023 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.013 0.058 0.332 43 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 44 M 0.012 0.011 0.002 0.003 0.156 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.231 0.005 0.070 0.461 45 M 0.089 0.117 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.006 0.093 0.503 46 L 0.114 0.157 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.014 0.059 0.411 47 E 0.081 0.142 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.008 0.059 0.449 48 S 0.013 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 0.174 0.690 49 E 0.090 0.151 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.015 0.217 0.504 50 A 0.134 0.546 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.010 0.039 0.253 51 R 0.186 0.563 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.014 0.018 0.187 52 E 0.143 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.008 0.240 53 L 0.296 0.418 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.055 0.005 0.186 54 A 0.103 0.242 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.031 0.100 0.484 55 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 56 E 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.103 0.858 57 E 0.303 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.096 0.530 58 E 0.180 0.171 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.047 0.548 59 V 0.130 0.216 0.009 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.011 0.046 0.475 60 K 0.059 0.135 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.012 0.052 0.651