# TARGET T0348 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.168 0.036 0.022 0.010 0.005 0.007 0.060 0.005 0.001 0.003 0.684 2 D 0.087 0.012 0.009 0.008 0.003 0.005 0.125 0.004 0.001 0.004 0.743 3 A 0.040 0.008 0.009 0.008 0.002 0.002 0.055 0.001 0.001 0.004 0.871 4 K 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.413 0.001 0.001 0.001 0.562 5 F 0.076 0.143 0.001 0.012 0.004 0.006 0.195 0.002 0.001 0.006 0.555 6 L 0.035 0.668 0.001 0.015 0.008 0.027 0.080 0.002 0.001 0.006 0.158 7 E 0.051 0.682 0.001 0.010 0.007 0.067 0.078 0.014 0.001 0.006 0.085 8 I 0.127 0.786 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.060 9 L 0.060 0.871 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 0.022 10 V 0.132 0.570 0.020 0.009 0.013 0.024 0.004 0.111 0.001 0.001 0.116 11 C 0.148 0.163 0.095 0.053 0.053 0.097 0.044 0.048 0.001 0.001 0.301 12 P 0.003 0.002 0.006 0.011 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.971 13 L 0.018 0.003 0.003 0.075 0.024 0.057 0.166 0.001 0.001 0.003 0.650 14 C 0.199 0.009 0.005 0.051 0.013 0.033 0.086 0.001 0.001 0.011 0.592 15 K 0.096 0.022 0.002 0.072 0.017 0.039 0.064 0.002 0.001 0.005 0.682 16 G 0.117 0.007 0.003 0.057 0.028 0.049 0.101 0.001 0.001 0.006 0.630 17 P 0.012 0.002 0.001 0.015 0.006 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.942 18 L 0.026 0.009 0.002 0.040 0.087 0.161 0.098 0.001 0.001 0.003 0.574 19 V 0.127 0.024 0.002 0.042 0.128 0.205 0.060 0.002 0.001 0.006 0.404 20 F 0.098 0.065 0.002 0.059 0.154 0.212 0.055 0.004 0.001 0.003 0.347 21 D 0.101 0.037 0.004 0.041 0.141 0.208 0.117 0.004 0.001 0.006 0.340 22 K 0.042 0.017 0.006 0.031 0.042 0.061 0.103 0.003 0.001 0.007 0.688 23 S 0.046 0.009 0.003 0.016 0.032 0.041 0.431 0.004 0.001 0.022 0.397 24 K 0.259 0.013 0.014 0.015 0.012 0.014 0.218 0.003 0.001 0.053 0.399 25 D 0.114 0.034 0.010 0.028 0.023 0.025 0.319 0.002 0.001 0.026 0.419 26 E 0.121 0.026 0.010 0.032 0.053 0.069 0.299 0.002 0.001 0.025 0.362 27 L 0.076 0.047 0.005 0.057 0.136 0.209 0.132 0.002 0.001 0.007 0.328 28 I 0.031 0.037 0.003 0.057 0.213 0.370 0.063 0.002 0.001 0.004 0.219 29 C 0.029 0.029 0.002 0.030 0.178 0.337 0.061 0.002 0.001 0.003 0.330 30 K 0.017 0.011 0.002 0.029 0.116 0.157 0.033 0.002 0.001 0.002 0.632 31 G 0.022 0.009 0.002 0.023 0.059 0.101 0.183 0.002 0.001 0.009 0.591 32 D 0.150 0.013 0.003 0.035 0.033 0.045 0.217 0.003 0.001 0.023 0.477 33 R 0.211 0.035 0.009 0.050 0.039 0.059 0.191 0.004 0.001 0.030 0.372 34 L 0.180 0.037 0.010 0.071 0.095 0.121 0.167 0.003 0.001 0.019 0.295 35 A 0.080 0.033 0.016 0.080 0.073 0.172 0.099 0.003 0.001 0.009 0.434 36 F 0.026 0.009 0.004 0.076 0.346 0.301 0.047 0.001 0.001 0.002 0.188 37 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.952 38 I 0.003 0.001 0.001 0.100 0.213 0.419 0.079 0.001 0.001 0.002 0.182 39 K 0.085 0.008 0.001 0.050 0.061 0.135 0.166 0.001 0.001 0.012 0.481 40 D 0.090 0.025 0.001 0.028 0.022 0.045 0.198 0.002 0.001 0.011 0.579 41 G 0.457 0.010 0.006 0.040 0.017 0.026 0.151 0.005 0.001 0.065 0.224 42 I 0.347 0.010 0.061 0.046 0.026 0.021 0.217 0.001 0.001 0.020 0.251 43 P 0.002 0.001 0.006 0.010 0.008 0.015 0.027 0.001 0.001 0.001 0.932 44 M 0.017 0.003 0.001 0.107 0.121 0.277 0.100 0.001 0.001 0.003 0.370 45 M 0.104 0.012 0.002 0.120 0.093 0.150 0.072 0.001 0.001 0.006 0.441 46 L 0.028 0.019 0.001 0.099 0.155 0.284 0.096 0.001 0.001 0.002 0.316 47 E 0.009 0.007 0.001 0.094 0.031 0.096 0.052 0.001 0.001 0.001 0.709 48 S 0.012 0.017 0.001 0.067 0.020 0.047 0.187 0.001 0.001 0.003 0.645 49 E 0.096 0.038 0.001 0.022 0.024 0.028 0.299 0.004 0.001 0.017 0.472 50 A 0.194 0.268 0.005 0.038 0.028 0.042 0.140 0.004 0.001 0.010 0.271 51 R 0.145 0.301 0.004 0.021 0.023 0.043 0.095 0.007 0.001 0.007 0.354 52 E 0.229 0.268 0.007 0.006 0.006 0.015 0.026 0.007 0.001 0.002 0.434 53 L 0.289 0.300 0.009 0.016 0.017 0.026 0.018 0.027 0.001 0.002 0.297 54 A 0.194 0.094 0.020 0.013 0.021 0.023 0.064 0.013 0.001 0.002 0.556 55 P 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.982 56 E 0.014 0.005 0.001 0.013 0.007 0.026 0.210 0.001 0.001 0.002 0.719 57 E 0.437 0.023 0.002 0.007 0.003 0.005 0.067 0.001 0.001 0.007 0.449 58 E 0.204 0.278 0.002 0.016 0.009 0.012 0.064 0.003 0.001 0.003 0.408 59 V 0.203 0.214 0.006 0.020 0.017 0.030 0.074 0.003 0.001 0.006 0.427 60 K 0.129 0.217 0.003 0.019 0.017 0.029 0.063 0.006 0.001 0.003 0.513