# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.238 0.345 0.105 0.091 0.047 0.019 0.004 0.018 0.005 0.001 2 D 0.056 0.057 0.570 0.007 0.016 0.208 0.004 0.001 0.078 0.003 0.001 3 A 0.976 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.965 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.847 0.001 0.004 0.144 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.902 0.010 0.030 0.034 0.002 0.005 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 7 E 0.925 0.017 0.024 0.023 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 I 0.846 0.052 0.042 0.048 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 9 L 0.708 0.087 0.084 0.089 0.006 0.014 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 10 V 0.267 0.276 0.110 0.242 0.038 0.026 0.010 0.003 0.025 0.004 0.001 11 C 0.045 0.155 0.319 0.004 0.045 0.026 0.019 0.001 0.377 0.008 0.001 12 P 0.731 0.002 0.173 0.019 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 13 L 0.508 0.063 0.119 0.232 0.014 0.031 0.010 0.004 0.018 0.001 0.001 14 C 0.195 0.187 0.203 0.273 0.066 0.033 0.015 0.006 0.015 0.005 0.002 15 K 0.138 0.067 0.135 0.239 0.029 0.046 0.255 0.025 0.058 0.007 0.001 16 G 0.043 0.112 0.358 0.005 0.256 0.002 0.012 0.023 0.013 0.175 0.001 17 P 0.090 0.020 0.623 0.018 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 0.191 18 L 0.034 0.434 0.390 0.025 0.041 0.048 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 19 V 0.026 0.785 0.084 0.016 0.025 0.027 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 20 F 0.041 0.429 0.404 0.022 0.024 0.057 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 21 D 0.029 0.259 0.248 0.028 0.063 0.218 0.022 0.002 0.130 0.001 0.001 22 K 0.600 0.086 0.096 0.143 0.023 0.017 0.015 0.005 0.011 0.004 0.001 23 S 0.449 0.075 0.161 0.216 0.018 0.020 0.022 0.014 0.017 0.007 0.001 24 K 0.492 0.052 0.104 0.207 0.023 0.012 0.074 0.016 0.008 0.013 0.001 25 D 0.198 0.036 0.082 0.158 0.017 0.036 0.421 0.028 0.020 0.003 0.001 26 E 0.275 0.331 0.222 0.086 0.029 0.022 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 27 L 0.153 0.250 0.453 0.044 0.017 0.062 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 28 I 0.094 0.525 0.164 0.092 0.052 0.042 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 29 C 0.031 0.318 0.373 0.017 0.149 0.045 0.004 0.001 0.056 0.005 0.001 30 K 0.699 0.029 0.094 0.136 0.008 0.013 0.008 0.005 0.005 0.003 0.001 31 G 0.539 0.019 0.060 0.087 0.034 0.003 0.048 0.111 0.005 0.093 0.001 32 D 0.428 0.038 0.124 0.313 0.016 0.020 0.039 0.010 0.009 0.002 0.002 33 R 0.318 0.135 0.156 0.136 0.051 0.022 0.123 0.030 0.021 0.006 0.001 34 L 0.198 0.318 0.324 0.084 0.040 0.021 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 35 A 0.159 0.404 0.203 0.122 0.052 0.022 0.012 0.003 0.018 0.003 0.001 36 F 0.006 0.608 0.180 0.001 0.071 0.011 0.004 0.001 0.118 0.001 0.001 37 P 0.024 0.032 0.875 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 38 I 0.102 0.306 0.471 0.018 0.016 0.068 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 39 K 0.519 0.274 0.068 0.070 0.015 0.020 0.004 0.001 0.026 0.002 0.001 40 D 0.071 0.060 0.198 0.346 0.042 0.014 0.241 0.003 0.021 0.003 0.001 41 G 0.002 0.001 0.009 0.003 0.011 0.001 0.032 0.876 0.001 0.065 0.001 42 I 0.008 0.379 0.536 0.003 0.012 0.019 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 43 P 0.021 0.024 0.913 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 44 M 0.061 0.640 0.167 0.016 0.041 0.042 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 45 M 0.030 0.337 0.456 0.015 0.023 0.095 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 46 L 0.016 0.163 0.571 0.009 0.027 0.150 0.002 0.001 0.058 0.001 0.001 47 E 0.506 0.040 0.378 0.021 0.013 0.029 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 48 S 0.944 0.002 0.014 0.029 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 49 E 0.899 0.002 0.006 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.796 0.015 0.077 0.087 0.004 0.008 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 51 R 0.796 0.052 0.082 0.038 0.010 0.007 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 52 E 0.722 0.027 0.175 0.054 0.004 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 53 L 0.379 0.110 0.275 0.192 0.005 0.024 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 54 A 0.039 0.107 0.650 0.004 0.022 0.032 0.009 0.001 0.130 0.006 0.001 55 P 0.823 0.002 0.142 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 56 E 0.737 0.010 0.055 0.163 0.007 0.005 0.006 0.012 0.003 0.002 0.001 57 E 0.533 0.055 0.217 0.148 0.016 0.012 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 58 E 0.458 0.087 0.234 0.142 0.013 0.035 0.012 0.002 0.013 0.001 0.002 59 V 0.201 0.225 0.271 0.207 0.025 0.036 0.006 0.002 0.027 0.002 0.001 60 K 0.173 0.167 0.322 0.077 0.105 0.023 0.038 0.029 0.020 0.045 0.001