# TARGET T0348 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0348.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.8038 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.279 0.144 0.026 0.143 0.024 0.041 0.070 0.049 0.111 0.052 2 D 0.123 0.370 0.126 0.003 0.315 0.001 0.002 0.009 0.005 0.011 0.035 3 A 0.002 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.003 0.400 0.558 0.018 0.002 4 K 0.001 0.015 0.010 0.001 0.002 0.001 0.011 0.731 0.145 0.081 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.816 0.154 0.025 0.001 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.110 0.002 0.001 7 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.846 0.133 0.011 0.001 8 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.016 0.816 0.129 0.024 0.001 9 L 0.008 0.009 0.001 0.001 0.015 0.001 0.025 0.765 0.110 0.060 0.006 10 V 0.018 0.042 0.011 0.004 0.047 0.010 0.103 0.168 0.102 0.464 0.032 11 C 0.077 0.305 0.073 0.002 0.447 0.001 0.006 0.030 0.017 0.014 0.028 12 P 0.018 0.106 0.037 0.003 0.050 0.008 0.045 0.366 0.344 0.019 0.005 13 L 0.039 0.032 0.016 0.006 0.046 0.015 0.161 0.264 0.179 0.216 0.026 14 C 0.095 0.265 0.102 0.029 0.223 0.038 0.081 0.047 0.027 0.062 0.029 15 K 0.039 0.046 0.071 0.175 0.029 0.074 0.075 0.065 0.069 0.239 0.116 16 G 0.010 0.147 0.397 0.254 0.038 0.039 0.014 0.030 0.023 0.037 0.010 17 P 0.081 0.271 0.085 0.011 0.295 0.012 0.029 0.074 0.069 0.050 0.022 18 L 0.230 0.152 0.024 0.002 0.443 0.004 0.011 0.031 0.023 0.022 0.059 19 V 0.239 0.152 0.038 0.003 0.443 0.005 0.015 0.026 0.011 0.026 0.043 20 F 0.122 0.317 0.081 0.015 0.302 0.017 0.016 0.033 0.017 0.045 0.035 21 D 0.124 0.239 0.111 0.007 0.441 0.003 0.004 0.020 0.009 0.015 0.028 22 K 0.027 0.031 0.028 0.006 0.019 0.006 0.021 0.428 0.361 0.056 0.017 23 S 0.010 0.091 0.078 0.034 0.023 0.027 0.121 0.394 0.156 0.057 0.009 24 K 0.021 0.546 0.075 0.031 0.115 0.009 0.017 0.060 0.045 0.058 0.023 25 D 0.038 0.019 0.010 0.006 0.023 0.009 0.021 0.099 0.147 0.452 0.177 26 E 0.065 0.327 0.082 0.004 0.292 0.003 0.011 0.084 0.077 0.042 0.014 27 L 0.393 0.088 0.012 0.001 0.399 0.002 0.003 0.019 0.012 0.015 0.057 28 I 0.166 0.172 0.064 0.027 0.300 0.022 0.039 0.036 0.026 0.060 0.088 29 C 0.170 0.251 0.148 0.014 0.304 0.005 0.005 0.019 0.010 0.029 0.044 30 K 0.043 0.098 0.146 0.075 0.047 0.053 0.092 0.204 0.135 0.078 0.029 31 G 0.027 0.082 0.099 0.135 0.039 0.074 0.057 0.139 0.098 0.201 0.050 32 D 0.057 0.388 0.073 0.014 0.243 0.008 0.016 0.058 0.052 0.067 0.024 33 R 0.153 0.044 0.021 0.011 0.123 0.030 0.044 0.110 0.131 0.222 0.110 34 L 0.162 0.177 0.046 0.009 0.438 0.009 0.018 0.046 0.027 0.036 0.033 35 A 0.270 0.115 0.032 0.008 0.375 0.006 0.022 0.024 0.022 0.058 0.069 36 F 0.057 0.454 0.153 0.007 0.297 0.002 0.003 0.009 0.003 0.004 0.012 37 P 0.107 0.407 0.060 0.001 0.371 0.001 0.003 0.012 0.005 0.010 0.022 38 I 0.260 0.127 0.055 0.024 0.242 0.026 0.031 0.066 0.042 0.042 0.085 39 K 0.009 0.041 0.119 0.205 0.022 0.248 0.103 0.168 0.061 0.019 0.005 40 D 0.009 0.073 0.103 0.181 0.021 0.061 0.203 0.218 0.065 0.055 0.012 41 G 0.013 0.029 0.065 0.093 0.013 0.022 0.007 0.024 0.045 0.624 0.065 42 I 0.015 0.597 0.159 0.004 0.178 0.002 0.003 0.026 0.009 0.004 0.003 43 P 0.153 0.223 0.028 0.002 0.471 0.004 0.013 0.056 0.012 0.006 0.033 44 M 0.152 0.147 0.036 0.011 0.284 0.022 0.073 0.132 0.055 0.036 0.050 45 M 0.134 0.211 0.089 0.014 0.242 0.012 0.025 0.139 0.039 0.046 0.048 46 L 0.030 0.474 0.199 0.018 0.095 0.004 0.007 0.090 0.031 0.038 0.016 47 E 0.020 0.100 0.044 0.015 0.046 0.021 0.055 0.441 0.208 0.040 0.012 48 S 0.008 0.049 0.029 0.011 0.019 0.020 0.072 0.559 0.197 0.029 0.008 49 E 0.017 0.012 0.006 0.006 0.014 0.011 0.045 0.332 0.198 0.328 0.030 50 A 0.045 0.105 0.037 0.011 0.075 0.012 0.023 0.341 0.220 0.105 0.027 51 R 0.011 0.179 0.085 0.021 0.062 0.035 0.070 0.338 0.161 0.032 0.007 52 E 0.066 0.075 0.030 0.003 0.107 0.005 0.073 0.217 0.132 0.241 0.051 53 L 0.076 0.311 0.118 0.010 0.198 0.011 0.045 0.064 0.043 0.072 0.052 54 A 0.037 0.501 0.218 0.005 0.194 0.002 0.004 0.018 0.007 0.005 0.009 55 P 0.007 0.034 0.015 0.002 0.017 0.003 0.012 0.393 0.479 0.034 0.004 56 E 0.009 0.029 0.013 0.003 0.016 0.005 0.030 0.452 0.336 0.097 0.010 57 E 0.018 0.075 0.015 0.003 0.052 0.004 0.032 0.444 0.232 0.113 0.011 58 E 0.063 0.048 0.015 0.004 0.077 0.008 0.039 0.360 0.172 0.175 0.040 59 V 0.070 0.195 0.072 0.012 0.150 0.013 0.030 0.192 0.116 0.108 0.040 60 K 0.056 0.172 0.103 0.027 0.130 0.030 0.056 0.211 0.095 0.089 0.031