# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.009 0.005 0.014 0.118 0.823 2 T 0.063 0.063 0.008 0.026 0.142 0.698 3 H 0.061 0.055 0.022 0.041 0.450 0.371 4 I 0.027 0.015 0.075 0.067 0.599 0.216 5 Y 0.021 0.013 0.053 0.046 0.612 0.255 6 E 0.047 0.034 0.065 0.022 0.663 0.170 7 P 0.082 0.015 0.033 0.027 0.408 0.436 8 R 0.238 0.039 0.038 0.028 0.289 0.369 9 L 0.512 0.043 0.027 0.021 0.139 0.258 10 S 0.768 0.012 0.010 0.020 0.046 0.144 11 R 0.862 0.008 0.007 0.013 0.026 0.084 12 I 0.730 0.034 0.003 0.016 0.043 0.174 13 A 0.457 0.011 0.010 0.034 0.102 0.387 14 I 0.037 0.001 0.675 0.082 0.141 0.064 15 D 0.011 0.001 0.805 0.041 0.119 0.024 16 K 0.008 0.002 0.779 0.054 0.136 0.022 17 L 0.049 0.014 0.162 0.137 0.347 0.291 18 R 0.037 0.005 0.044 0.086 0.377 0.451 19 P 0.077 0.008 0.079 0.219 0.306 0.311 20 T 0.336 0.012 0.039 0.250 0.213 0.150 21 Q 0.423 0.011 0.021 0.335 0.090 0.120 22 I 0.544 0.006 0.014 0.309 0.042 0.086 23 A 0.426 0.011 0.010 0.438 0.032 0.083 24 V 0.227 0.008 0.008 0.648 0.033 0.075 25 G 0.107 0.005 0.007 0.660 0.034 0.188 26 F 0.006 0.001 0.004 0.971 0.005 0.013 27 R 0.002 0.001 0.003 0.982 0.006 0.007 28 E 0.002 0.001 0.004 0.983 0.006 0.003 29 V 0.004 0.001 0.005 0.973 0.014 0.004 30 E 0.002 0.001 0.003 0.974 0.014 0.006 31 L 0.003 0.001 0.004 0.940 0.030 0.023 32 K 0.001 0.001 0.002 0.951 0.020 0.026 33 R 0.001 0.001 0.003 0.952 0.023 0.020 34 K 0.001 0.001 0.006 0.918 0.039 0.034 35 E 0.001 0.001 0.015 0.878 0.057 0.048 36 W 0.002 0.001 0.027 0.814 0.093 0.063 37 R 0.001 0.001 0.038 0.761 0.142 0.056 38 E 0.001 0.001 0.028 0.661 0.168 0.139 39 T 0.001 0.003 0.013 0.233 0.270 0.480 40 R 0.001 0.002 0.003 0.071 0.114 0.810 41 K 0.001 0.001 0.018 0.859 0.063 0.058 42 K 0.001 0.001 0.017 0.913 0.046 0.022 43 D 0.001 0.001 0.016 0.947 0.019 0.017 44 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 45 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 46 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 47 F 0.001 0.001 0.003 0.984 0.010 0.002 48 L 0.001 0.001 0.008 0.967 0.021 0.004 49 G 0.002 0.001 0.011 0.921 0.044 0.023 50 N 0.008 0.001 0.013 0.579 0.183 0.217 51 H 0.052 0.013 0.005 0.054 0.252 0.624 52 I 0.057 0.011 0.002 0.004 0.134 0.792 53 V 0.239 0.005 0.004 0.002 0.146 0.604 54 P 0.519 0.005 0.003 0.001 0.061 0.410 55 V 0.851 0.007 0.002 0.001 0.026 0.114 56 V 0.907 0.005 0.001 0.001 0.016 0.070 57 A 0.786 0.041 0.001 0.001 0.024 0.149 58 G 0.254 0.029 0.002 0.001 0.619 0.096 59 P 0.010 0.002 0.009 0.001 0.963 0.014 60 K 0.007 0.001 0.005 0.001 0.974 0.013 61 D 0.036 0.013 0.005 0.001 0.923 0.024 62 R 0.317 0.017 0.001 0.001 0.129 0.535 63 A 0.884 0.025 0.001 0.001 0.016 0.074 64 Y 0.956 0.004 0.001 0.001 0.010 0.028 65 L 0.923 0.013 0.002 0.002 0.019 0.041 66 I 0.593 0.022 0.010 0.012 0.108 0.256 67 D 0.093 0.008 0.021 0.021 0.196 0.660 68 H 0.013 0.005 0.070 0.259 0.270 0.384 69 H 0.002 0.003 0.119 0.668 0.127 0.081 70 H 0.001 0.001 0.021 0.961 0.012 0.005 71 L 0.001 0.001 0.006 0.989 0.004 0.001 72 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 76 S 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 77 K 0.001 0.001 0.003 0.978 0.011 0.007 78 E 0.001 0.001 0.010 0.872 0.041 0.074 79 G 0.002 0.004 0.006 0.050 0.257 0.681 80 V 0.007 0.003 0.028 0.018 0.493 0.450 81 E 0.034 0.006 0.039 0.015 0.521 0.385 82 H 0.404 0.024 0.025 0.011 0.332 0.204 83 V 0.829 0.011 0.004 0.004 0.053 0.098 84 L 0.899 0.003 0.001 0.004 0.018 0.075 85 T 0.962 0.002 0.001 0.002 0.007 0.027 86 S 0.956 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 87 E 0.967 0.001 0.001 0.003 0.007 0.022 88 V 0.935 0.003 0.002 0.005 0.018 0.038 89 A 0.792 0.006 0.005 0.009 0.066 0.122 90 K 0.547 0.013 0.011 0.011 0.158 0.260 91 F 0.223 0.018 0.072 0.013 0.416 0.258 92 S 0.082 0.007 0.140 0.016 0.572 0.182 93 H 0.030 0.008 0.194 0.016 0.573 0.179 94 L 0.033 0.026 0.055 0.024 0.523 0.339 95 G 0.013 0.011 0.010 0.022 0.270 0.673 96 K 0.002 0.001 0.033 0.823 0.086 0.055 97 D 0.001 0.001 0.011 0.948 0.028 0.012 98 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.006 0.002 99 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 100 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 103 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 104 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 105 H 0.001 0.001 0.002 0.970 0.018 0.010 106 R 0.001 0.001 0.008 0.741 0.090 0.160 107 N 0.005 0.003 0.002 0.024 0.138 0.829 108 L 0.137 0.018 0.006 0.011 0.174 0.654 109 I 0.498 0.067 0.007 0.008 0.134 0.285 110 Y 0.448 0.047 0.011 0.009 0.265 0.221 111 P 0.318 0.019 0.059 0.018 0.392 0.194 112 F 0.200 0.140 0.053 0.021 0.441 0.144 113 D 0.023 0.017 0.028 0.014 0.901 0.017 114 A 0.008 0.002 0.023 0.019 0.926 0.022 115 Q 0.004 0.006 0.014 0.011 0.928 0.036 116 G 0.012 0.021 0.003 0.004 0.831 0.129 117 L 0.043 0.017 0.001 0.003 0.133 0.801 118 R 0.148 0.346 0.004 0.010 0.108 0.384 119 R 0.064 0.087 0.004 0.016 0.158 0.671 120 Q 0.027 0.021 0.024 0.055 0.301 0.572 121 S 0.005 0.002 0.552 0.149 0.218 0.073 122 G 0.004 0.001 0.551 0.160 0.219 0.065 123 D 0.006 0.005 0.437 0.163 0.282 0.106 124 I 0.011 0.012 0.048 0.159 0.317 0.453 125 P 0.009 0.010 0.101 0.222 0.345 0.313 126 K 0.011 0.009 0.175 0.365 0.284 0.156 127 N 0.020 0.008 0.206 0.343 0.290 0.133 128 I 0.012 0.008 0.333 0.344 0.251 0.052 129 H 0.014 0.004 0.254 0.340 0.271 0.116 130 D 0.015 0.008 0.111 0.203 0.393 0.270 131 L 0.019 0.028 0.066 0.111 0.534 0.242 132 E 0.010 0.022 0.020 0.072 0.492 0.384 133 D 0.007 0.017 0.020 0.109 0.460 0.387 134 D 0.004 0.011 0.003 0.027 0.593 0.363 135 P 0.002 0.003 0.019 0.559 0.334 0.082 136 F 0.003 0.002 0.019 0.649 0.303 0.024 137 R 0.005 0.003 0.010 0.838 0.132 0.012 138 S 0.006 0.004 0.003 0.949 0.018 0.018 139 L 0.002 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 140 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 141 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 142 A 0.003 0.001 0.001 0.990 0.004 0.002 143 L 0.003 0.001 0.001 0.982 0.009 0.005 144 R 0.005 0.001 0.003 0.965 0.016 0.011 145 M 0.011 0.002 0.007 0.919 0.038 0.024 146 A 0.007 0.003 0.013 0.822 0.068 0.087 147 G 0.003 0.002 0.007 0.047 0.215 0.726 148 G 0.011 0.006 0.015 0.018 0.289 0.661 149 Y 0.043 0.034 0.023 0.016 0.406 0.478 150 A 0.032 0.045 0.036 0.019 0.628 0.239 151 K 0.021 0.005 0.153 0.026 0.648 0.147 152 V 0.016 0.003 0.104 0.022 0.688 0.167 153 I 0.041 0.024 0.073 0.031 0.598 0.234 154 I 0.041 0.049 0.016 0.030 0.362 0.503 155 P 0.034 0.015 0.039 0.064 0.346 0.502 156 F 0.048 0.024 0.178 0.170 0.388 0.193 157 S 0.038 0.016 0.303 0.233 0.310 0.099 158 E 0.053 0.007 0.197 0.496 0.174 0.072 159 F 0.038 0.002 0.105 0.658 0.115 0.082 160 G 0.049 0.018 0.022 0.608 0.098 0.205 161 W 0.005 0.002 0.034 0.921 0.025 0.014 162 A 0.001 0.001 0.027 0.953 0.014 0.004 163 D 0.002 0.001 0.043 0.939 0.013 0.002 164 F 0.003 0.001 0.038 0.936 0.017 0.005 165 L 0.006 0.001 0.012 0.947 0.018 0.017 166 R 0.029 0.002 0.025 0.875 0.042 0.027 167 R 0.034 0.001 0.017 0.635 0.150 0.163 168 R 0.042 0.006 0.016 0.346 0.199 0.390 169 I 0.027 0.014 0.011 0.142 0.215 0.592 170 D 0.020 0.010 0.019 0.102 0.305 0.544 171 R 0.010 0.006 0.143 0.245 0.322 0.274 172 D 0.006 0.004 0.208 0.210 0.317 0.255 173 L 0.013 0.007 0.286 0.184 0.331 0.179 174 L 0.014 0.016 0.117 0.182 0.349 0.323 175 S 0.010 0.014 0.079 0.205 0.412 0.280 176 D 0.008 0.005 0.126 0.374 0.324 0.163 177 S 0.008 0.011 0.068 0.265 0.318 0.329 178 F 0.004 0.004 0.059 0.619 0.175 0.139 179 D 0.002 0.001 0.026 0.752 0.101 0.118 180 D 0.001 0.001 0.022 0.907 0.040 0.029 181 A 0.001 0.001 0.016 0.949 0.021 0.012 182 L 0.001 0.001 0.006 0.967 0.013 0.014 183 A 0.001 0.001 0.007 0.962 0.017 0.014 184 E 0.001 0.001 0.008 0.967 0.015 0.009 185 A 0.001 0.001 0.014 0.960 0.019 0.007 186 M 0.001 0.001 0.038 0.924 0.029 0.009 187 K 0.001 0.001 0.054 0.866 0.063 0.017 188 L 0.001 0.001 0.064 0.833 0.071 0.031 189 A 0.003 0.004 0.046 0.636 0.177 0.134 190 K 0.004 0.004 0.032 0.451 0.211 0.298 191 S 0.009 0.005 0.034 0.262 0.302 0.388 192 R 0.004 0.002 0.281 0.349 0.261 0.104 193 E 0.003 0.002 0.457 0.344 0.153 0.042 194 A 0.002 0.002 0.624 0.269 0.087 0.017 195 R 0.002 0.002 0.307 0.469 0.149 0.071 196 H 0.001 0.005 0.080 0.241 0.269 0.404 197 L 0.003 0.018 0.016 0.014 0.620 0.329 198 P 0.006 0.005 0.022 0.010 0.723 0.235 199 G 0.019 0.013 0.051 0.007 0.815 0.094 200 W 0.080 0.026 0.081 0.015 0.703 0.095 201 C 0.177 0.024 0.049 0.019 0.367 0.365 202 G 0.088 0.011 0.031 0.009 0.313 0.547 203 V 0.040 0.045 0.014 0.008 0.239 0.654 204 E 0.012 0.020 0.006 0.011 0.130 0.821 205 E 0.001 0.003 0.001 0.002 0.043 0.950