# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.4582 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.022 0.024 0.057 0.073 0.109 0.050 0.612 2 T 0.066 0.024 0.019 0.049 0.093 0.090 0.049 0.610 3 H 0.092 0.016 0.013 0.038 0.055 0.109 0.051 0.627 4 I 0.014 0.007 0.024 0.043 0.051 0.146 0.056 0.660 5 Y 0.061 0.012 0.018 0.020 0.030 0.096 0.049 0.714 6 E 0.194 0.021 0.016 0.021 0.028 0.090 0.107 0.523 7 P 0.031 0.014 0.035 0.022 0.039 0.101 0.064 0.694 8 R 0.045 0.016 0.066 0.064 0.179 0.108 0.055 0.467 9 L 0.013 0.007 0.039 0.060 0.105 0.082 0.036 0.658 10 S 0.011 0.025 0.110 0.168 0.229 0.078 0.036 0.341 11 R 0.011 0.023 0.100 0.080 0.148 0.085 0.042 0.512 12 I 0.019 0.032 0.171 0.214 0.104 0.073 0.062 0.324 13 A 0.100 0.165 0.134 0.076 0.082 0.047 0.152 0.244 14 I 0.342 0.142 0.043 0.030 0.037 0.050 0.094 0.262 15 D 0.122 0.066 0.033 0.049 0.042 0.067 0.077 0.546 16 K 0.014 0.032 0.016 0.015 0.038 0.100 0.119 0.666 17 L 0.035 0.119 0.022 0.016 0.038 0.159 0.114 0.496 18 R 0.096 0.248 0.020 0.065 0.062 0.123 0.102 0.285 19 P 0.027 0.242 0.021 0.016 0.044 0.062 0.088 0.499 20 T 0.051 0.593 0.033 0.040 0.079 0.037 0.095 0.074 21 Q 0.029 0.305 0.104 0.088 0.125 0.044 0.093 0.211 22 I 0.055 0.311 0.071 0.148 0.120 0.054 0.046 0.195 23 A 0.082 0.231 0.083 0.065 0.090 0.052 0.091 0.305 24 V 0.028 0.226 0.072 0.108 0.152 0.073 0.049 0.292 25 G 0.055 0.392 0.038 0.053 0.107 0.044 0.050 0.261 26 F 0.060 0.495 0.022 0.063 0.064 0.039 0.042 0.215 27 R 0.017 0.605 0.021 0.082 0.092 0.022 0.026 0.136 28 E 0.027 0.617 0.021 0.033 0.054 0.030 0.047 0.170 29 V 0.065 0.617 0.034 0.060 0.044 0.024 0.070 0.087 30 E 0.101 0.536 0.023 0.038 0.036 0.024 0.079 0.165 31 L 0.063 0.455 0.018 0.017 0.018 0.038 0.058 0.333 32 K 0.036 0.707 0.007 0.010 0.008 0.023 0.025 0.184 33 R 0.061 0.722 0.006 0.004 0.005 0.019 0.018 0.165 34 K 0.072 0.618 0.007 0.008 0.007 0.027 0.054 0.207 35 E 0.061 0.279 0.014 0.011 0.009 0.045 0.330 0.251 36 W 0.107 0.505 0.008 0.006 0.006 0.039 0.147 0.182 37 R 0.087 0.611 0.005 0.005 0.006 0.031 0.032 0.223 38 E 0.036 0.398 0.006 0.005 0.007 0.046 0.039 0.462 39 T 0.062 0.477 0.010 0.007 0.005 0.053 0.100 0.287 40 R 0.098 0.554 0.008 0.005 0.003 0.037 0.115 0.179 41 K 0.188 0.486 0.007 0.002 0.002 0.043 0.072 0.199 42 K 0.100 0.457 0.008 0.003 0.003 0.056 0.060 0.313 43 D 0.025 0.520 0.005 0.002 0.003 0.039 0.041 0.365 44 G 0.049 0.761 0.005 0.001 0.002 0.018 0.064 0.099 45 D 0.092 0.651 0.009 0.005 0.004 0.026 0.102 0.111 46 D 0.099 0.160 0.052 0.025 0.020 0.060 0.238 0.346 47 F 0.113 0.043 0.046 0.018 0.029 0.115 0.255 0.382 48 L 0.289 0.008 0.046 0.011 0.015 0.082 0.109 0.440 49 G 0.197 0.003 0.008 0.007 0.014 0.061 0.020 0.691 50 N 0.006 0.001 0.006 0.002 0.005 0.065 0.010 0.905 51 H 0.004 0.001 0.084 0.022 0.056 0.307 0.022 0.504 52 I 0.008 0.001 0.103 0.034 0.059 0.107 0.050 0.638 53 V 0.010 0.002 0.175 0.128 0.076 0.084 0.073 0.452 54 P 0.003 0.001 0.544 0.074 0.145 0.027 0.049 0.157 55 V 0.007 0.001 0.314 0.239 0.195 0.023 0.049 0.173 56 V 0.003 0.001 0.407 0.184 0.142 0.028 0.026 0.209 57 A 0.010 0.001 0.201 0.088 0.124 0.083 0.035 0.458 58 G 0.215 0.002 0.048 0.040 0.042 0.112 0.053 0.488 59 P 0.142 0.004 0.013 0.007 0.011 0.095 0.028 0.700 60 K 0.039 0.005 0.016 0.006 0.024 0.155 0.026 0.729 61 D 0.022 0.007 0.035 0.041 0.110 0.147 0.069 0.570 62 R 0.005 0.005 0.062 0.169 0.263 0.086 0.059 0.351 63 A 0.002 0.005 0.153 0.181 0.374 0.038 0.050 0.198 64 Y 0.002 0.008 0.191 0.297 0.367 0.020 0.031 0.084 65 L 0.005 0.025 0.322 0.217 0.254 0.022 0.037 0.119 66 I 0.030 0.124 0.250 0.183 0.155 0.033 0.134 0.091 67 D 0.052 0.595 0.051 0.043 0.049 0.032 0.074 0.104 68 H 0.021 0.794 0.015 0.006 0.013 0.022 0.039 0.090 69 H 0.012 0.871 0.010 0.008 0.011 0.012 0.035 0.041 70 H 0.011 0.913 0.005 0.009 0.011 0.006 0.027 0.018 71 L 0.017 0.902 0.004 0.004 0.007 0.007 0.036 0.023 72 V 0.015 0.433 0.014 0.013 0.016 0.011 0.468 0.030 73 L 0.020 0.667 0.014 0.025 0.025 0.016 0.174 0.059 74 A 0.131 0.507 0.035 0.022 0.037 0.037 0.095 0.137 75 L 0.070 0.073 0.110 0.081 0.058 0.057 0.336 0.215 76 S 0.385 0.033 0.013 0.014 0.017 0.048 0.085 0.404 77 K 0.163 0.010 0.006 0.004 0.005 0.061 0.030 0.722 78 E 0.008 0.003 0.009 0.005 0.008 0.145 0.011 0.811 79 G 0.078 0.012 0.009 0.005 0.013 0.085 0.039 0.759 80 V 0.070 0.023 0.013 0.015 0.013 0.099 0.043 0.724 81 E 0.016 0.018 0.096 0.037 0.083 0.094 0.089 0.567 82 H 0.010 0.014 0.076 0.075 0.146 0.076 0.200 0.403 83 V 0.010 0.024 0.162 0.165 0.152 0.071 0.104 0.311 84 L 0.018 0.068 0.158 0.144 0.235 0.045 0.058 0.273 85 T 0.018 0.081 0.086 0.145 0.265 0.048 0.069 0.288 86 S 0.012 0.070 0.157 0.224 0.268 0.041 0.058 0.171 87 E 0.029 0.128 0.073 0.207 0.299 0.040 0.052 0.171 88 V 0.047 0.094 0.091 0.132 0.172 0.059 0.118 0.287 89 A 0.017 0.066 0.092 0.229 0.221 0.049 0.111 0.216 90 K 0.090 0.110 0.052 0.074 0.128 0.070 0.083 0.393 91 F 0.098 0.040 0.084 0.108 0.099 0.084 0.116 0.372 92 S 0.105 0.044 0.035 0.043 0.057 0.092 0.058 0.566 93 H 0.108 0.044 0.015 0.012 0.018 0.084 0.041 0.677 94 L 0.023 0.042 0.010 0.009 0.009 0.132 0.015 0.759 95 G 0.085 0.307 0.007 0.006 0.009 0.062 0.057 0.466 96 K 0.120 0.469 0.004 0.003 0.004 0.053 0.072 0.277 97 D 0.035 0.303 0.010 0.007 0.008 0.038 0.456 0.144 98 E 0.014 0.706 0.007 0.007 0.010 0.026 0.120 0.109 99 F 0.036 0.807 0.008 0.005 0.012 0.022 0.040 0.071 100 W 0.060 0.599 0.028 0.031 0.032 0.035 0.084 0.132 101 S 0.074 0.358 0.025 0.044 0.061 0.053 0.135 0.251 102 V 0.116 0.167 0.040 0.026 0.040 0.097 0.184 0.330 103 M 0.068 0.030 0.070 0.044 0.053 0.139 0.193 0.404 104 D 0.177 0.013 0.016 0.011 0.018 0.085 0.091 0.588 105 H 0.121 0.013 0.009 0.007 0.011 0.061 0.047 0.730 106 R 0.020 0.004 0.049 0.024 0.081 0.163 0.020 0.638 107 N 0.006 0.001 0.055 0.055 0.159 0.087 0.038 0.599 108 L 0.005 0.002 0.079 0.214 0.201 0.097 0.018 0.385 109 I 0.004 0.002 0.103 0.096 0.135 0.069 0.015 0.576 110 Y 0.075 0.025 0.075 0.212 0.111 0.079 0.040 0.382 111 P 0.068 0.039 0.139 0.091 0.086 0.085 0.089 0.402 112 F 0.060 0.023 0.071 0.032 0.036 0.097 0.047 0.635 113 D 0.871 0.017 0.008 0.006 0.005 0.014 0.021 0.058 114 A 0.304 0.019 0.006 0.009 0.011 0.069 0.029 0.553 115 Q 0.010 0.007 0.007 0.006 0.034 0.086 0.007 0.843 116 G 0.022 0.007 0.014 0.026 0.062 0.095 0.038 0.737 117 L 0.038 0.016 0.027 0.182 0.076 0.132 0.058 0.471 118 R 0.040 0.013 0.027 0.024 0.039 0.095 0.038 0.724 119 R 0.100 0.014 0.033 0.040 0.033 0.107 0.060 0.612 120 Q 0.360 0.032 0.015 0.011 0.012 0.060 0.049 0.461 121 S 0.212 0.024 0.011 0.006 0.009 0.067 0.080 0.592 122 G 0.027 0.021 0.020 0.013 0.024 0.148 0.034 0.712 123 D 0.014 0.012 0.014 0.008 0.012 0.105 0.039 0.796 124 I 0.127 0.099 0.024 0.022 0.017 0.135 0.063 0.514 125 P 0.245 0.130 0.024 0.008 0.017 0.095 0.073 0.408 126 K 0.063 0.049 0.052 0.018 0.021 0.104 0.063 0.630 127 N 0.131 0.087 0.107 0.023 0.044 0.096 0.075 0.436 128 I 0.177 0.029 0.061 0.018 0.031 0.117 0.090 0.477 129 H 0.037 0.006 0.127 0.038 0.046 0.121 0.035 0.589 130 D 0.050 0.004 0.034 0.012 0.029 0.084 0.026 0.760 131 L 0.163 0.009 0.025 0.013 0.013 0.154 0.035 0.589 132 E 0.012 0.008 0.019 0.013 0.027 0.207 0.012 0.703 133 D 0.007 0.005 0.002 0.001 0.002 0.042 0.006 0.934 134 D 0.309 0.312 0.005 0.010 0.004 0.055 0.190 0.115 135 P 0.044 0.699 0.005 0.003 0.004 0.040 0.045 0.161 136 F 0.039 0.841 0.002 0.002 0.004 0.016 0.010 0.087 137 R 0.024 0.861 0.004 0.008 0.009 0.013 0.032 0.049 138 S 0.009 0.919 0.002 0.004 0.009 0.010 0.018 0.030 139 L 0.005 0.950 0.001 0.003 0.008 0.004 0.017 0.011 140 A 0.007 0.892 0.004 0.010 0.014 0.010 0.042 0.021 141 G 0.006 0.869 0.010 0.022 0.026 0.005 0.046 0.017 142 A 0.019 0.839 0.011 0.022 0.035 0.008 0.042 0.024 143 L 0.090 0.200 0.171 0.071 0.077 0.025 0.281 0.085 144 R 0.307 0.109 0.030 0.101 0.056 0.052 0.081 0.264 145 M 0.223 0.029 0.009 0.006 0.009 0.042 0.020 0.661 146 A 0.017 0.022 0.009 0.008 0.015 0.103 0.012 0.814 147 G 0.027 0.019 0.017 0.024 0.039 0.083 0.028 0.764 148 G 0.043 0.023 0.021 0.070 0.048 0.100 0.088 0.607 149 Y 0.118 0.019 0.055 0.080 0.066 0.075 0.106 0.481 150 A 0.380 0.011 0.014 0.032 0.043 0.053 0.050 0.416 151 K 0.023 0.004 0.012 0.016 0.024 0.070 0.021 0.831 152 V 0.007 0.006 0.021 0.017 0.053 0.137 0.012 0.747 153 I 0.018 0.008 0.017 0.023 0.036 0.110 0.037 0.751 154 I 0.096 0.082 0.034 0.070 0.034 0.112 0.133 0.439 155 P 0.073 0.343 0.028 0.017 0.028 0.067 0.063 0.382 156 F 0.092 0.415 0.020 0.016 0.024 0.060 0.053 0.319 157 S 0.054 0.549 0.026 0.024 0.023 0.036 0.102 0.187 158 E 0.023 0.747 0.009 0.010 0.018 0.029 0.049 0.115 159 F 0.023 0.693 0.023 0.014 0.026 0.034 0.076 0.112 160 G 0.010 0.818 0.015 0.025 0.025 0.014 0.055 0.038 161 W 0.008 0.933 0.003 0.003 0.006 0.005 0.020 0.022 162 A 0.008 0.932 0.006 0.005 0.004 0.004 0.027 0.015 163 D 0.013 0.908 0.008 0.010 0.009 0.006 0.025 0.021 164 F 0.057 0.688 0.027 0.008 0.012 0.015 0.134 0.059 165 L 0.137 0.472 0.034 0.022 0.022 0.029 0.174 0.110 166 R 0.111 0.168 0.030 0.025 0.023 0.045 0.214 0.383 167 R 0.035 0.148 0.009 0.008 0.010 0.065 0.041 0.684 168 R 0.057 0.113 0.024 0.017 0.019 0.117 0.041 0.612 169 I 0.050 0.094 0.015 0.012 0.008 0.106 0.032 0.683 170 D 0.247 0.332 0.006 0.003 0.003 0.042 0.036 0.330 171 R 0.169 0.206 0.017 0.005 0.005 0.060 0.197 0.342 172 D 0.091 0.239 0.020 0.006 0.007 0.083 0.160 0.394 173 L 0.119 0.109 0.030 0.006 0.007 0.091 0.139 0.498 174 L 0.077 0.183 0.018 0.007 0.008 0.104 0.116 0.487 175 S 0.199 0.255 0.010 0.002 0.004 0.056 0.142 0.332 176 D 0.045 0.256 0.011 0.004 0.004 0.097 0.122 0.461 177 S 0.025 0.581 0.007 0.001 0.002 0.050 0.048 0.285 178 F 0.046 0.861 0.002 0.001 0.001 0.007 0.053 0.031 179 D 0.030 0.929 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 0.012 180 D 0.027 0.868 0.004 0.001 0.001 0.005 0.067 0.028 181 A 0.012 0.925 0.003 0.001 0.001 0.004 0.039 0.017 182 L 0.015 0.942 0.003 0.001 0.001 0.002 0.028 0.010 183 A 0.007 0.964 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.015 184 E 0.009 0.947 0.007 0.001 0.001 0.003 0.016 0.018 185 A 0.025 0.922 0.009 0.001 0.001 0.004 0.027 0.012 186 M 0.097 0.769 0.019 0.001 0.001 0.009 0.053 0.051 187 K 0.045 0.336 0.046 0.002 0.002 0.030 0.286 0.254 188 L 0.047 0.348 0.049 0.002 0.002 0.073 0.208 0.271 189 A 0.069 0.382 0.062 0.007 0.005 0.080 0.070 0.326 190 K 0.040 0.402 0.014 0.002 0.003 0.038 0.020 0.482 191 S 0.191 0.589 0.007 0.001 0.001 0.023 0.035 0.154 192 R 0.077 0.250 0.093 0.016 0.006 0.071 0.157 0.328 193 E 0.226 0.189 0.023 0.007 0.008 0.056 0.046 0.445 194 A 0.623 0.014 0.029 0.003 0.003 0.053 0.044 0.230 195 R 0.018 0.008 0.029 0.010 0.012 0.145 0.036 0.742 196 H 0.020 0.003 0.008 0.001 0.003 0.044 0.009 0.912 197 L 0.144 0.009 0.018 0.012 0.009 0.194 0.043 0.572 198 P 0.037 0.006 0.036 0.011 0.022 0.126 0.040 0.722 199 G 0.090 0.008 0.067 0.016 0.049 0.123 0.048 0.599 200 W 0.023 0.005 0.092 0.056 0.064 0.107 0.048 0.605 201 C 0.021 0.004 0.095 0.062 0.066 0.098 0.031 0.622 202 G 0.029 0.004 0.051 0.040 0.062 0.105 0.048 0.661 203 V 0.067 0.006 0.026 0.028 0.031 0.114 0.055 0.673 204 E 0.116 0.014 0.020 0.029 0.034 0.097 0.066 0.626 205 E 0.041 0.011 0.013 0.020 0.039 0.098 0.034 0.744