# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.4582 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.108 0.060 0.049 0.082 0.075 0.087 0.127 0.115 0.121 0.099 0.077 2 T 0.176 0.201 0.104 0.158 0.109 0.076 0.074 0.042 0.030 0.019 0.010 3 H 0.232 0.136 0.083 0.147 0.116 0.086 0.083 0.049 0.036 0.021 0.010 4 I 0.122 0.067 0.029 0.067 0.072 0.082 0.138 0.123 0.123 0.104 0.074 5 Y 0.142 0.153 0.095 0.154 0.128 0.098 0.090 0.051 0.042 0.028 0.019 6 E 0.278 0.159 0.072 0.157 0.110 0.074 0.066 0.036 0.025 0.015 0.009 7 P 0.411 0.167 0.082 0.110 0.078 0.054 0.045 0.023 0.016 0.009 0.005 8 R 0.288 0.173 0.094 0.183 0.109 0.065 0.050 0.019 0.011 0.005 0.003 9 L 0.033 0.029 0.025 0.077 0.095 0.114 0.166 0.141 0.138 0.108 0.073 10 S 0.059 0.075 0.093 0.137 0.125 0.128 0.157 0.095 0.066 0.040 0.024 11 R 0.119 0.128 0.157 0.326 0.153 0.069 0.032 0.010 0.004 0.002 0.001 12 I 0.008 0.012 0.018 0.024 0.036 0.062 0.151 0.165 0.208 0.182 0.134 13 A 0.062 0.239 0.167 0.305 0.142 0.051 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 14 I 0.010 0.007 0.005 0.010 0.015 0.023 0.087 0.122 0.230 0.232 0.259 15 D 0.216 0.165 0.146 0.235 0.129 0.063 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 16 K 0.205 0.206 0.107 0.226 0.120 0.065 0.047 0.014 0.006 0.003 0.001 17 L 0.011 0.013 0.011 0.030 0.037 0.059 0.130 0.145 0.192 0.197 0.175 18 R 0.022 0.062 0.059 0.197 0.222 0.198 0.134 0.051 0.031 0.015 0.008 19 P 0.074 0.082 0.103 0.126 0.110 0.100 0.153 0.092 0.076 0.051 0.032 20 T 0.038 0.040 0.043 0.123 0.136 0.133 0.197 0.119 0.086 0.051 0.034 21 Q 0.009 0.016 0.018 0.040 0.043 0.057 0.136 0.164 0.209 0.180 0.126 22 I 0.021 0.032 0.052 0.127 0.142 0.149 0.168 0.116 0.093 0.062 0.038 23 A 0.043 0.057 0.160 0.138 0.108 0.124 0.148 0.085 0.068 0.043 0.026 24 V 0.011 0.017 0.031 0.050 0.046 0.053 0.143 0.175 0.204 0.175 0.095 25 G 0.022 0.076 0.057 0.112 0.087 0.088 0.155 0.131 0.126 0.088 0.057 26 F 0.019 0.025 0.081 0.080 0.076 0.085 0.137 0.112 0.147 0.131 0.108 27 R 0.094 0.091 0.197 0.198 0.153 0.111 0.099 0.032 0.016 0.006 0.003 28 E 0.014 0.046 0.052 0.119 0.103 0.137 0.230 0.134 0.095 0.050 0.020 29 V 0.018 0.016 0.068 0.036 0.031 0.048 0.134 0.142 0.203 0.189 0.114 30 E 0.074 0.070 0.257 0.261 0.139 0.091 0.072 0.022 0.010 0.004 0.001 31 L 0.041 0.061 0.387 0.169 0.121 0.086 0.078 0.032 0.015 0.007 0.002 32 K 0.019 0.036 0.121 0.090 0.083 0.133 0.212 0.117 0.091 0.066 0.031 33 R 0.021 0.034 0.182 0.134 0.120 0.140 0.210 0.085 0.049 0.020 0.005 34 K 0.063 0.062 0.633 0.139 0.060 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 35 E 0.083 0.086 0.407 0.169 0.106 0.073 0.051 0.014 0.007 0.003 0.001 36 W 0.013 0.015 0.102 0.035 0.041 0.083 0.232 0.164 0.157 0.111 0.047 37 R 0.013 0.032 0.361 0.156 0.146 0.120 0.112 0.036 0.016 0.006 0.002 38 E 0.030 0.046 0.753 0.097 0.042 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 39 T 0.030 0.058 0.198 0.122 0.131 0.133 0.172 0.072 0.046 0.027 0.010 40 R 0.080 0.081 0.146 0.088 0.084 0.097 0.158 0.093 0.088 0.058 0.026 41 K 0.082 0.103 0.250 0.180 0.138 0.104 0.087 0.030 0.015 0.007 0.003 42 K 0.213 0.150 0.335 0.126 0.071 0.041 0.035 0.014 0.009 0.005 0.002 43 D 0.310 0.230 0.118 0.132 0.078 0.050 0.042 0.017 0.012 0.007 0.004 44 G 0.208 0.145 0.055 0.105 0.099 0.103 0.119 0.066 0.053 0.030 0.017 45 D 0.182 0.116 0.135 0.200 0.147 0.102 0.066 0.025 0.016 0.007 0.004 46 D 0.129 0.168 0.271 0.214 0.105 0.058 0.033 0.011 0.006 0.003 0.002 47 F 0.004 0.012 0.015 0.053 0.082 0.153 0.259 0.184 0.132 0.068 0.037 48 L 0.004 0.004 0.005 0.009 0.016 0.035 0.097 0.139 0.210 0.228 0.253 49 G 0.058 0.126 0.209 0.232 0.149 0.097 0.072 0.027 0.017 0.008 0.006 50 N 0.250 0.153 0.135 0.225 0.115 0.062 0.035 0.013 0.007 0.004 0.003 51 H 0.033 0.052 0.026 0.120 0.148 0.161 0.201 0.123 0.073 0.043 0.021 52 I 0.021 0.043 0.021 0.113 0.159 0.188 0.207 0.104 0.075 0.042 0.027 53 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.060 0.114 0.217 0.272 0.314 54 P 0.004 0.012 0.011 0.055 0.083 0.151 0.257 0.163 0.119 0.084 0.062 55 V 0.001 0.002 0.001 0.006 0.010 0.018 0.083 0.154 0.222 0.257 0.246 56 V 0.001 0.002 0.001 0.008 0.013 0.026 0.088 0.124 0.200 0.251 0.286 57 A 0.005 0.013 0.008 0.050 0.069 0.084 0.163 0.162 0.185 0.146 0.117 58 G 0.040 0.065 0.019 0.140 0.142 0.153 0.181 0.112 0.077 0.044 0.026 59 P 0.216 0.165 0.063 0.162 0.116 0.093 0.086 0.043 0.027 0.017 0.011 60 K 0.473 0.230 0.060 0.131 0.058 0.024 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 61 D 0.350 0.197 0.063 0.154 0.101 0.059 0.040 0.017 0.010 0.005 0.003 62 R 0.014 0.047 0.028 0.142 0.205 0.187 0.189 0.097 0.053 0.026 0.013 63 A 0.001 0.003 0.003 0.023 0.059 0.147 0.287 0.210 0.141 0.084 0.044 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.051 0.176 0.234 0.230 0.175 0.102 65 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.014 0.085 0.161 0.239 0.273 0.215 66 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.011 0.019 0.071 0.134 0.242 0.273 0.238 67 D 0.001 0.004 0.004 0.019 0.027 0.045 0.139 0.191 0.239 0.202 0.129 68 H 0.003 0.009 0.010 0.041 0.061 0.084 0.204 0.222 0.179 0.130 0.058 69 H 0.006 0.011 0.019 0.044 0.062 0.084 0.171 0.177 0.199 0.147 0.080 70 H 0.008 0.012 0.025 0.048 0.055 0.076 0.182 0.185 0.183 0.142 0.083 71 L 0.003 0.005 0.018 0.029 0.035 0.056 0.153 0.168 0.210 0.191 0.131 72 V 0.002 0.004 0.025 0.019 0.015 0.024 0.079 0.121 0.214 0.267 0.230 73 L 0.002 0.006 0.036 0.068 0.083 0.111 0.193 0.169 0.165 0.106 0.059 74 A 0.003 0.005 0.043 0.023 0.026 0.042 0.143 0.159 0.214 0.197 0.144 75 L 0.001 0.003 0.019 0.028 0.035 0.053 0.138 0.159 0.217 0.203 0.144 76 S 0.003 0.009 0.026 0.054 0.085 0.126 0.244 0.168 0.153 0.087 0.045 77 K 0.108 0.094 0.192 0.167 0.127 0.119 0.106 0.042 0.027 0.012 0.006 78 E 0.134 0.105 0.068 0.124 0.112 0.129 0.166 0.077 0.046 0.026 0.011 79 G 0.413 0.250 0.060 0.099 0.052 0.035 0.031 0.019 0.017 0.014 0.011 80 V 0.082 0.082 0.033 0.087 0.102 0.107 0.154 0.114 0.101 0.076 0.062 81 E 0.383 0.253 0.092 0.140 0.069 0.032 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 82 H 0.107 0.104 0.058 0.171 0.160 0.141 0.127 0.063 0.039 0.020 0.010 83 V 0.028 0.025 0.015 0.055 0.068 0.096 0.163 0.145 0.157 0.135 0.113 84 L 0.030 0.044 0.037 0.085 0.093 0.128 0.169 0.124 0.133 0.094 0.063 85 T 0.032 0.037 0.037 0.091 0.088 0.105 0.166 0.133 0.133 0.105 0.073 86 S 0.071 0.050 0.050 0.100 0.096 0.105 0.143 0.120 0.115 0.087 0.063 87 E 0.033 0.054 0.050 0.145 0.155 0.152 0.179 0.099 0.069 0.040 0.022 88 V 0.020 0.025 0.043 0.073 0.077 0.089 0.143 0.138 0.150 0.131 0.110 89 A 0.037 0.048 0.092 0.147 0.164 0.157 0.163 0.087 0.057 0.031 0.016 90 K 0.134 0.202 0.212 0.246 0.113 0.050 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 91 F 0.003 0.004 0.005 0.011 0.018 0.030 0.106 0.142 0.232 0.236 0.213 92 S 0.219 0.201 0.119 0.194 0.115 0.066 0.049 0.018 0.011 0.005 0.003 93 H 0.161 0.095 0.056 0.116 0.103 0.104 0.156 0.082 0.067 0.037 0.022 94 L 0.035 0.031 0.016 0.042 0.059 0.088 0.195 0.166 0.156 0.130 0.081 95 G 0.261 0.442 0.057 0.095 0.053 0.033 0.025 0.013 0.010 0.007 0.004 96 K 0.180 0.129 0.062 0.195 0.167 0.127 0.079 0.031 0.017 0.008 0.004 97 D 0.536 0.186 0.069 0.092 0.052 0.029 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 98 E 0.103 0.141 0.116 0.325 0.162 0.082 0.050 0.014 0.006 0.002 0.001 99 F 0.015 0.013 0.015 0.031 0.040 0.067 0.177 0.204 0.203 0.158 0.078 100 W 0.004 0.005 0.033 0.049 0.091 0.189 0.286 0.157 0.106 0.053 0.027 101 S 0.010 0.038 0.461 0.292 0.105 0.047 0.026 0.010 0.006 0.003 0.001 102 V 0.002 0.009 0.022 0.064 0.108 0.202 0.303 0.147 0.079 0.045 0.019 103 M 0.004 0.004 0.020 0.010 0.010 0.017 0.073 0.128 0.244 0.257 0.233 104 D 0.020 0.043 0.130 0.193 0.207 0.160 0.158 0.051 0.023 0.011 0.005 105 H 0.032 0.098 0.354 0.209 0.121 0.078 0.061 0.024 0.014 0.007 0.003 106 R 0.032 0.039 0.053 0.114 0.139 0.148 0.206 0.119 0.078 0.048 0.025 107 N 0.124 0.090 0.053 0.134 0.116 0.124 0.171 0.092 0.055 0.027 0.013 108 L 0.005 0.020 0.029 0.077 0.105 0.149 0.216 0.156 0.128 0.077 0.039 109 I 0.002 0.004 0.004 0.010 0.012 0.022 0.081 0.153 0.244 0.271 0.198 110 Y 0.005 0.017 0.016 0.064 0.099 0.126 0.212 0.178 0.148 0.085 0.050 111 P 0.011 0.016 0.016 0.036 0.035 0.044 0.111 0.161 0.232 0.214 0.125 112 F 0.013 0.014 0.009 0.063 0.105 0.138 0.219 0.185 0.143 0.076 0.034 113 D 0.029 0.056 0.027 0.108 0.109 0.118 0.179 0.152 0.119 0.069 0.033 114 A 0.173 0.128 0.066 0.165 0.135 0.111 0.092 0.056 0.039 0.024 0.011 115 Q 0.357 0.186 0.067 0.146 0.084 0.057 0.051 0.024 0.015 0.008 0.004 116 G 0.218 0.089 0.029 0.078 0.078 0.070 0.110 0.098 0.103 0.080 0.047 117 L 0.116 0.177 0.063 0.161 0.136 0.103 0.106 0.058 0.042 0.025 0.013 118 R 0.079 0.090 0.051 0.151 0.139 0.113 0.139 0.088 0.072 0.047 0.030 119 R 0.063 0.055 0.038 0.090 0.126 0.138 0.184 0.129 0.093 0.056 0.029 120 Q 0.211 0.258 0.091 0.175 0.117 0.064 0.043 0.018 0.012 0.007 0.004 121 S 0.117 0.076 0.035 0.097 0.109 0.117 0.160 0.106 0.086 0.063 0.036 122 G 0.519 0.139 0.053 0.111 0.073 0.042 0.035 0.013 0.009 0.004 0.002 123 D 0.172 0.276 0.120 0.207 0.114 0.056 0.036 0.010 0.005 0.002 0.001 124 I 0.003 0.009 0.005 0.018 0.028 0.047 0.116 0.157 0.208 0.210 0.198 125 P 0.049 0.068 0.043 0.149 0.224 0.195 0.162 0.060 0.030 0.012 0.008 126 K 0.564 0.197 0.143 0.072 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 N 0.070 0.129 0.078 0.259 0.202 0.149 0.083 0.019 0.008 0.003 0.001 128 I 0.004 0.003 0.002 0.008 0.013 0.028 0.078 0.130 0.213 0.233 0.287 129 H 0.087 0.149 0.090 0.181 0.167 0.135 0.119 0.039 0.021 0.009 0.005 130 D 0.378 0.219 0.159 0.150 0.051 0.024 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 131 L 0.012 0.008 0.005 0.019 0.030 0.059 0.166 0.167 0.178 0.181 0.174 132 E 0.352 0.211 0.067 0.164 0.089 0.049 0.033 0.014 0.010 0.006 0.005 133 D 0.059 0.089 0.039 0.127 0.145 0.137 0.147 0.093 0.082 0.050 0.032 134 D 0.047 0.090 0.039 0.103 0.115 0.135 0.171 0.120 0.084 0.057 0.039 135 P 0.107 0.079 0.027 0.097 0.133 0.132 0.172 0.100 0.073 0.050 0.031 136 F 0.026 0.021 0.012 0.049 0.059 0.078 0.156 0.142 0.187 0.164 0.107 137 R 0.035 0.037 0.044 0.115 0.111 0.134 0.173 0.116 0.114 0.075 0.046 138 S 0.016 0.027 0.049 0.078 0.066 0.085 0.169 0.162 0.162 0.115 0.070 139 L 0.002 0.006 0.013 0.020 0.022 0.044 0.128 0.184 0.222 0.213 0.147 140 A 0.002 0.004 0.018 0.030 0.043 0.078 0.159 0.150 0.189 0.179 0.149 141 G 0.016 0.026 0.112 0.119 0.116 0.126 0.192 0.118 0.097 0.054 0.026 142 A 0.004 0.015 0.062 0.103 0.099 0.112 0.204 0.156 0.132 0.078 0.036 143 L 0.003 0.002 0.019 0.010 0.007 0.008 0.030 0.073 0.188 0.325 0.335 144 R 0.003 0.009 0.047 0.134 0.211 0.237 0.210 0.086 0.041 0.016 0.007 145 M 0.009 0.032 0.280 0.141 0.125 0.128 0.135 0.066 0.048 0.023 0.012 146 A 0.019 0.025 0.018 0.065 0.089 0.150 0.282 0.158 0.102 0.064 0.028 147 G 0.411 0.168 0.036 0.085 0.056 0.051 0.066 0.046 0.040 0.027 0.015 148 G 0.134 0.155 0.057 0.109 0.090 0.079 0.095 0.076 0.080 0.067 0.059 149 Y 0.055 0.049 0.023 0.063 0.070 0.083 0.149 0.127 0.147 0.123 0.112 150 A 0.211 0.194 0.077 0.168 0.133 0.083 0.066 0.030 0.020 0.010 0.007 151 K 0.295 0.168 0.090 0.159 0.105 0.071 0.053 0.025 0.017 0.009 0.006 152 V 0.311 0.114 0.060 0.121 0.095 0.088 0.084 0.047 0.036 0.025 0.018 153 I 0.046 0.077 0.033 0.116 0.150 0.144 0.170 0.110 0.078 0.048 0.029 154 I 0.049 0.074 0.023 0.071 0.085 0.093 0.169 0.146 0.126 0.099 0.066 155 P 0.059 0.029 0.012 0.062 0.089 0.111 0.189 0.135 0.136 0.106 0.071 156 F 0.040 0.022 0.013 0.049 0.069 0.093 0.176 0.150 0.160 0.127 0.101 157 S 0.019 0.038 0.024 0.084 0.080 0.093 0.155 0.147 0.157 0.119 0.084 158 E 0.007 0.014 0.013 0.037 0.044 0.078 0.174 0.195 0.201 0.152 0.087 159 F 0.041 0.033 0.048 0.072 0.074 0.093 0.161 0.145 0.153 0.114 0.067 160 G 0.031 0.039 0.092 0.160 0.149 0.137 0.191 0.103 0.055 0.027 0.015 161 W 0.001 0.004 0.025 0.029 0.023 0.029 0.101 0.146 0.230 0.245 0.167 162 A 0.001 0.002 0.019 0.015 0.021 0.045 0.161 0.176 0.216 0.199 0.144 163 D 0.010 0.023 0.257 0.266 0.173 0.120 0.088 0.034 0.017 0.008 0.004 164 F 0.001 0.004 0.030 0.036 0.067 0.138 0.303 0.188 0.128 0.075 0.030 165 L 0.001 0.002 0.012 0.010 0.008 0.010 0.048 0.103 0.232 0.302 0.272 166 R 0.002 0.004 0.026 0.047 0.099 0.157 0.329 0.163 0.102 0.049 0.021 167 R 0.012 0.041 0.378 0.219 0.146 0.096 0.063 0.025 0.012 0.006 0.002 168 R 0.011 0.023 0.037 0.066 0.097 0.152 0.287 0.154 0.097 0.055 0.021 169 I 0.022 0.014 0.017 0.023 0.030 0.052 0.145 0.160 0.193 0.194 0.150 170 D 0.103 0.261 0.168 0.174 0.115 0.066 0.060 0.025 0.015 0.009 0.004 171 R 0.184 0.116 0.115 0.192 0.142 0.106 0.081 0.032 0.019 0.010 0.003 172 D 0.628 0.150 0.080 0.070 0.032 0.016 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 173 L 0.072 0.065 0.061 0.100 0.109 0.131 0.187 0.102 0.081 0.055 0.036 174 L 0.039 0.064 0.048 0.072 0.085 0.120 0.169 0.128 0.121 0.096 0.058 175 S 0.129 0.199 0.201 0.185 0.124 0.073 0.057 0.018 0.010 0.004 0.002 176 D 0.467 0.139 0.218 0.107 0.042 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 177 S 0.128 0.221 0.092 0.165 0.134 0.104 0.080 0.032 0.021 0.014 0.010 178 F 0.009 0.012 0.017 0.027 0.045 0.118 0.232 0.175 0.180 0.117 0.069 179 D 0.239 0.163 0.250 0.175 0.092 0.048 0.026 0.005 0.002 0.001 0.001 180 D 0.268 0.128 0.439 0.134 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 181 A 0.004 0.007 0.030 0.024 0.028 0.085 0.229 0.182 0.174 0.142 0.094 182 L 0.001 0.002 0.033 0.020 0.037 0.113 0.340 0.194 0.142 0.078 0.041 183 A 0.007 0.017 0.854 0.085 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.004 0.017 0.346 0.248 0.199 0.127 0.049 0.008 0.002 0.001 0.001 185 A 0.001 0.001 0.033 0.003 0.003 0.007 0.062 0.115 0.261 0.269 0.245 186 M 0.001 0.001 0.039 0.062 0.146 0.258 0.332 0.100 0.042 0.015 0.004 187 K 0.003 0.013 0.862 0.075 0.031 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 188 L 0.001 0.007 0.055 0.054 0.116 0.221 0.354 0.107 0.052 0.024 0.009 189 A 0.003 0.002 0.013 0.002 0.003 0.005 0.047 0.101 0.221 0.314 0.289 190 K 0.013 0.069 0.255 0.221 0.182 0.121 0.081 0.028 0.013 0.010 0.006 191 S 0.014 0.057 0.526 0.144 0.121 0.066 0.045 0.014 0.009 0.004 0.001 192 R 0.405 0.128 0.151 0.118 0.077 0.053 0.042 0.012 0.007 0.003 0.002 193 E 0.189 0.151 0.164 0.154 0.095 0.077 0.096 0.034 0.024 0.010 0.007 194 A 0.010 0.007 0.018 0.017 0.023 0.052 0.140 0.154 0.195 0.192 0.191 195 R 0.113 0.154 0.259 0.230 0.124 0.067 0.035 0.010 0.005 0.002 0.001 196 H 0.114 0.193 0.325 0.165 0.095 0.054 0.032 0.011 0.006 0.003 0.002 197 L 0.007 0.010 0.011 0.028 0.045 0.077 0.173 0.164 0.181 0.165 0.140 198 P 0.106 0.081 0.033 0.086 0.104 0.121 0.178 0.103 0.092 0.059 0.037 199 G 0.300 0.109 0.063 0.125 0.102 0.078 0.081 0.049 0.046 0.028 0.019 200 W 0.025 0.033 0.019 0.055 0.070 0.096 0.195 0.166 0.149 0.121 0.071 201 C 0.043 0.093 0.043 0.123 0.122 0.121 0.149 0.108 0.090 0.066 0.042 202 G 0.141 0.095 0.039 0.108 0.116 0.121 0.135 0.095 0.071 0.050 0.028 203 V 0.328 0.175 0.077 0.131 0.087 0.062 0.060 0.033 0.022 0.015 0.008 204 E 0.368 0.196 0.076 0.141 0.092 0.051 0.039 0.017 0.011 0.006 0.003 205 E 0.579 0.183 0.036 0.081 0.045 0.026 0.020 0.011 0.009 0.006 0.004