# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 32 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.039 0.046 0.011 0.038 0.006 0.046 0.814 3 H 0.027 0.017 0.021 0.038 0.314 0.087 0.496 4 I 0.026 0.006 0.033 0.050 0.236 0.147 0.502 5 Y 0.024 0.015 0.047 0.044 0.248 0.145 0.478 6 E 0.024 0.013 0.062 0.042 0.287 0.109 0.462 7 P 0.040 0.010 0.080 0.034 0.194 0.141 0.501 8 R 0.082 0.011 0.070 0.049 0.189 0.114 0.485 9 L 0.245 0.029 0.038 0.061 0.159 0.069 0.400 10 S 0.452 0.028 0.026 0.095 0.099 0.038 0.262 11 R 0.750 0.019 0.005 0.036 0.017 0.018 0.154 12 I 0.597 0.018 0.002 0.022 0.024 0.005 0.332 13 A 0.547 0.021 0.001 0.018 0.012 0.005 0.396 14 I 0.039 0.003 0.211 0.593 0.024 0.079 0.052 15 D 0.015 0.001 0.442 0.325 0.054 0.141 0.022 16 K 0.007 0.001 0.502 0.314 0.031 0.130 0.015 17 L 0.021 0.010 0.126 0.468 0.161 0.105 0.108 18 R 0.048 0.013 0.015 0.164 0.242 0.087 0.430 19 P 0.074 0.013 0.020 0.217 0.162 0.137 0.376 20 T 0.168 0.011 0.024 0.328 0.118 0.074 0.277 21 Q 0.294 0.011 0.049 0.265 0.135 0.034 0.211 22 I 0.295 0.008 0.060 0.378 0.071 0.048 0.141 23 A 0.290 0.025 0.038 0.322 0.086 0.075 0.165 24 V 0.222 0.033 0.009 0.358 0.097 0.070 0.211 25 G 0.108 0.008 0.003 0.406 0.044 0.045 0.387 26 F 0.002 0.001 0.003 0.972 0.006 0.011 0.006 27 R 0.001 0.001 0.003 0.981 0.005 0.006 0.003 28 E 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.009 0.003 29 V 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.007 0.003 30 E 0.001 0.001 0.002 0.978 0.002 0.013 0.004 31 L 0.001 0.001 0.002 0.960 0.006 0.024 0.006 32 K 0.001 0.001 0.002 0.948 0.006 0.034 0.010 33 R 0.001 0.001 0.002 0.963 0.008 0.019 0.006 34 K 0.001 0.001 0.005 0.964 0.007 0.018 0.007 35 E 0.001 0.001 0.010 0.940 0.008 0.030 0.011 36 W 0.001 0.002 0.024 0.890 0.015 0.050 0.018 37 R 0.001 0.001 0.035 0.752 0.019 0.169 0.023 38 E 0.001 0.001 0.026 0.428 0.027 0.484 0.032 39 T 0.001 0.005 0.016 0.269 0.221 0.213 0.275 40 R 0.001 0.005 0.005 0.133 0.128 0.024 0.704 41 K 0.001 0.001 0.028 0.889 0.017 0.039 0.025 42 K 0.001 0.001 0.025 0.930 0.007 0.029 0.008 43 D 0.001 0.001 0.019 0.947 0.005 0.020 0.008 44 G 0.001 0.001 0.006 0.974 0.003 0.010 0.006 45 D 0.001 0.001 0.005 0.973 0.003 0.013 0.005 46 D 0.001 0.001 0.007 0.961 0.003 0.023 0.005 47 F 0.001 0.001 0.008 0.942 0.007 0.033 0.009 48 L 0.001 0.002 0.023 0.866 0.013 0.075 0.019 49 G 0.002 0.001 0.044 0.692 0.014 0.233 0.015 50 N 0.002 0.001 0.033 0.474 0.049 0.406 0.034 51 H 0.011 0.006 0.016 0.182 0.278 0.237 0.269 52 I 0.027 0.008 0.003 0.010 0.199 0.070 0.683 53 V 0.172 0.011 0.002 0.003 0.120 0.010 0.682 54 P 0.560 0.008 0.002 0.002 0.042 0.004 0.382 55 V 0.840 0.009 0.002 0.001 0.010 0.002 0.136 56 V 0.896 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.083 57 A 0.800 0.031 0.002 0.001 0.019 0.004 0.143 58 G 0.217 0.009 0.006 0.001 0.047 0.029 0.690 59 P 0.021 0.003 0.016 0.001 0.156 0.746 0.056 60 K 0.004 0.001 0.009 0.001 0.078 0.897 0.011 61 D 0.046 0.004 0.014 0.001 0.433 0.371 0.132 62 R 0.382 0.027 0.003 0.001 0.075 0.023 0.490 63 A 0.918 0.011 0.001 0.001 0.010 0.002 0.059 64 Y 0.990 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 65 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 66 I 0.948 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.032 67 D 0.782 0.006 0.003 0.005 0.031 0.021 0.153 68 H 0.140 0.008 0.033 0.030 0.134 0.262 0.393 69 H 0.058 0.009 0.033 0.061 0.362 0.155 0.322 70 H 0.048 0.019 0.083 0.301 0.208 0.128 0.211 71 L 0.028 0.008 0.069 0.708 0.051 0.070 0.065 72 V 0.056 0.007 0.049 0.770 0.024 0.050 0.044 73 L 0.065 0.002 0.045 0.783 0.037 0.027 0.040 74 A 0.071 0.001 0.046 0.815 0.016 0.023 0.028 75 L 0.071 0.005 0.075 0.775 0.012 0.036 0.027 76 S 0.089 0.005 0.056 0.723 0.019 0.077 0.031 77 K 0.081 0.004 0.049 0.498 0.043 0.250 0.076 78 E 0.024 0.005 0.021 0.167 0.163 0.518 0.103 79 G 0.018 0.005 0.017 0.016 0.180 0.471 0.292 80 V 0.048 0.009 0.058 0.021 0.246 0.245 0.374 81 E 0.085 0.006 0.058 0.013 0.295 0.332 0.211 82 H 0.351 0.009 0.034 0.014 0.188 0.122 0.281 83 V 0.775 0.007 0.003 0.005 0.026 0.007 0.176 84 L 0.904 0.004 0.001 0.002 0.010 0.002 0.076 85 T 0.940 0.003 0.002 0.003 0.005 0.001 0.046 86 S 0.946 0.002 0.003 0.004 0.006 0.002 0.038 87 E 0.937 0.003 0.006 0.005 0.006 0.002 0.041 88 V 0.914 0.004 0.005 0.005 0.007 0.002 0.064 89 A 0.797 0.009 0.019 0.013 0.028 0.011 0.124 90 K 0.607 0.021 0.033 0.018 0.061 0.027 0.232 91 F 0.174 0.023 0.166 0.045 0.112 0.087 0.394 92 S 0.081 0.010 0.192 0.052 0.194 0.189 0.282 93 H 0.039 0.008 0.180 0.066 0.189 0.278 0.240 94 L 0.017 0.017 0.047 0.041 0.428 0.109 0.340 95 G 0.008 0.014 0.015 0.041 0.216 0.057 0.648 96 K 0.002 0.002 0.066 0.673 0.074 0.095 0.089 97 D 0.001 0.001 0.033 0.882 0.014 0.051 0.019 98 E 0.001 0.002 0.023 0.931 0.007 0.026 0.010 99 F 0.001 0.001 0.005 0.979 0.002 0.008 0.005 100 W 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 101 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 103 M 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.009 0.001 104 D 0.001 0.001 0.012 0.959 0.001 0.025 0.002 105 H 0.001 0.001 0.020 0.809 0.009 0.158 0.003 106 R 0.001 0.001 0.014 0.265 0.031 0.673 0.015 107 N 0.015 0.003 0.003 0.016 0.256 0.479 0.227 108 L 0.228 0.012 0.002 0.001 0.090 0.015 0.651 109 I 0.651 0.009 0.002 0.001 0.024 0.004 0.308 110 Y 0.739 0.019 0.002 0.001 0.025 0.002 0.211 111 P 0.647 0.007 0.002 0.001 0.049 0.005 0.289 112 F 0.540 0.068 0.004 0.001 0.095 0.017 0.276 113 D 0.113 0.051 0.008 0.001 0.054 0.031 0.742 114 A 0.012 0.003 0.020 0.001 0.100 0.773 0.090 115 Q 0.005 0.005 0.017 0.002 0.118 0.823 0.031 116 G 0.007 0.003 0.006 0.001 0.679 0.160 0.144 117 L 0.025 0.031 0.002 0.002 0.352 0.012 0.577 118 R 0.143 0.428 0.001 0.001 0.032 0.004 0.390 119 R 0.144 0.085 0.005 0.002 0.115 0.009 0.641 120 Q 0.074 0.032 0.013 0.005 0.127 0.012 0.738 121 S 0.002 0.002 0.691 0.129 0.021 0.112 0.042 122 G 0.001 0.001 0.643 0.123 0.033 0.155 0.043 123 D 0.001 0.009 0.605 0.137 0.068 0.127 0.054 124 I 0.002 0.018 0.026 0.131 0.433 0.038 0.351 125 P 0.002 0.007 0.060 0.313 0.085 0.134 0.399 126 K 0.006 0.012 0.136 0.519 0.067 0.149 0.110 127 N 0.007 0.006 0.195 0.544 0.051 0.099 0.098 128 I 0.009 0.014 0.189 0.570 0.038 0.074 0.106 129 H 0.009 0.004 0.124 0.430 0.052 0.330 0.052 130 D 0.010 0.008 0.109 0.316 0.052 0.431 0.074 131 L 0.006 0.008 0.099 0.290 0.172 0.155 0.270 132 E 0.008 0.013 0.083 0.372 0.133 0.186 0.205 133 D 0.004 0.007 0.032 0.403 0.229 0.199 0.126 134 D 0.002 0.005 0.010 0.224 0.308 0.058 0.392 135 P 0.001 0.001 0.031 0.589 0.039 0.266 0.073 136 F 0.002 0.002 0.037 0.724 0.025 0.184 0.025 137 R 0.004 0.002 0.031 0.857 0.037 0.032 0.037 138 S 0.007 0.003 0.013 0.912 0.011 0.014 0.040 139 L 0.002 0.001 0.005 0.968 0.004 0.009 0.011 140 A 0.001 0.001 0.005 0.980 0.002 0.007 0.005 141 G 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.007 0.004 142 A 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.007 0.002 143 L 0.002 0.001 0.001 0.979 0.003 0.010 0.004 144 R 0.002 0.001 0.004 0.949 0.004 0.035 0.006 145 M 0.004 0.001 0.009 0.836 0.019 0.116 0.016 146 A 0.001 0.001 0.016 0.355 0.032 0.581 0.014 147 G 0.001 0.002 0.010 0.039 0.041 0.873 0.034 148 G 0.019 0.012 0.018 0.031 0.151 0.102 0.667 149 Y 0.092 0.048 0.034 0.037 0.142 0.076 0.571 150 A 0.084 0.023 0.052 0.032 0.185 0.075 0.550 151 K 0.041 0.014 0.058 0.020 0.235 0.188 0.444 152 V 0.051 0.010 0.043 0.015 0.296 0.180 0.405 153 I 0.057 0.024 0.025 0.016 0.307 0.053 0.517 154 I 0.063 0.020 0.008 0.029 0.200 0.013 0.667 155 P 0.091 0.016 0.041 0.156 0.101 0.084 0.511 156 F 0.132 0.018 0.105 0.252 0.098 0.126 0.269 157 S 0.148 0.016 0.186 0.284 0.104 0.085 0.178 158 E 0.195 0.009 0.150 0.369 0.057 0.051 0.169 159 F 0.280 0.015 0.052 0.382 0.050 0.034 0.186 160 G 0.206 0.027 0.039 0.444 0.042 0.041 0.202 161 W 0.052 0.009 0.030 0.745 0.038 0.035 0.091 162 A 0.016 0.002 0.030 0.828 0.026 0.025 0.073 163 D 0.005 0.001 0.039 0.875 0.016 0.043 0.022 164 F 0.003 0.001 0.027 0.896 0.009 0.047 0.018 165 L 0.003 0.006 0.031 0.856 0.016 0.065 0.023 166 R 0.004 0.003 0.047 0.718 0.030 0.167 0.031 167 R 0.004 0.002 0.047 0.649 0.028 0.232 0.038 168 R 0.004 0.008 0.050 0.437 0.126 0.210 0.166 169 I 0.008 0.028 0.027 0.144 0.177 0.167 0.450 170 D 0.004 0.011 0.028 0.059 0.168 0.110 0.621 171 R 0.003 0.006 0.135 0.217 0.209 0.136 0.295 172 D 0.003 0.002 0.200 0.268 0.084 0.236 0.206 173 L 0.003 0.007 0.330 0.220 0.080 0.222 0.137 174 L 0.006 0.012 0.307 0.200 0.108 0.157 0.211 175 S 0.007 0.010 0.275 0.215 0.101 0.177 0.216 176 D 0.006 0.004 0.245 0.266 0.130 0.245 0.103 177 S 0.004 0.015 0.216 0.216 0.089 0.268 0.192 178 F 0.003 0.007 0.141 0.445 0.082 0.093 0.228 179 D 0.001 0.002 0.095 0.742 0.030 0.061 0.070 180 D 0.001 0.001 0.034 0.858 0.019 0.069 0.020 181 A 0.001 0.001 0.017 0.912 0.009 0.042 0.019 182 L 0.001 0.001 0.003 0.964 0.008 0.012 0.012 183 A 0.001 0.001 0.002 0.981 0.004 0.009 0.004 184 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.009 0.002 185 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.011 0.003 186 M 0.001 0.001 0.004 0.966 0.003 0.021 0.005 187 K 0.001 0.001 0.007 0.887 0.006 0.094 0.006 188 L 0.001 0.001 0.017 0.680 0.013 0.268 0.021 189 A 0.003 0.017 0.042 0.421 0.085 0.318 0.115 190 K 0.007 0.014 0.052 0.221 0.150 0.277 0.280 191 S 0.008 0.007 0.058 0.195 0.181 0.073 0.478 192 R 0.001 0.001 0.212 0.613 0.027 0.103 0.042 193 E 0.001 0.001 0.210 0.609 0.034 0.097 0.048 194 A 0.003 0.003 0.533 0.294 0.020 0.064 0.085 195 R 0.002 0.001 0.290 0.211 0.018 0.467 0.011 196 H 0.001 0.001 0.156 0.131 0.017 0.679 0.013 197 L 0.011 0.032 0.051 0.045 0.258 0.071 0.532 198 P 0.022 0.019 0.027 0.015 0.146 0.441 0.331 199 G 0.054 0.013 0.061 0.012 0.204 0.386 0.270 200 W 0.158 0.100 0.068 0.028 0.118 0.096 0.432 201 C 0.240 0.029 0.037 0.031 0.096 0.106 0.462 202 G 0.136 0.017 0.027 0.036 0.307 0.126 0.352 203 V 0.055 0.039 0.014 0.028 0.220 0.076 0.568 204 E 0.022 0.016 0.005 0.017 0.012 0.049 0.880 205 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999