# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.124 0.035 0.003 0.011 0.022 0.027 0.095 0.013 0.001 0.046 0.623 2 T 0.056 0.006 0.001 0.007 0.021 0.033 0.093 0.006 0.001 0.036 0.742 3 H 0.039 0.003 0.001 0.014 0.022 0.035 0.095 0.001 0.001 0.036 0.753 4 I 0.007 0.001 0.001 0.022 0.022 0.038 0.114 0.001 0.001 0.024 0.770 5 Y 0.107 0.010 0.002 0.017 0.035 0.033 0.118 0.006 0.001 0.046 0.626 6 E 0.089 0.005 0.001 0.013 0.013 0.013 0.141 0.007 0.001 0.050 0.668 7 P 0.013 0.003 0.001 0.024 0.026 0.051 0.152 0.003 0.001 0.045 0.683 8 R 0.018 0.008 0.001 0.101 0.068 0.174 0.112 0.003 0.001 0.065 0.450 9 L 0.008 0.008 0.001 0.092 0.105 0.128 0.085 0.001 0.001 0.045 0.527 10 S 0.002 0.007 0.001 0.126 0.310 0.299 0.037 0.001 0.001 0.026 0.191 11 R 0.005 0.005 0.001 0.097 0.241 0.273 0.036 0.001 0.001 0.046 0.296 12 I 0.002 0.013 0.002 0.167 0.265 0.184 0.042 0.001 0.001 0.026 0.295 13 A 0.113 0.071 0.010 0.116 0.151 0.205 0.054 0.017 0.007 0.087 0.170 14 I 0.315 0.083 0.004 0.042 0.053 0.062 0.040 0.032 0.003 0.075 0.291 15 D 0.133 0.018 0.001 0.053 0.035 0.064 0.084 0.004 0.001 0.036 0.572 16 K 0.015 0.003 0.003 0.060 0.033 0.063 0.111 0.001 0.001 0.041 0.669 17 L 0.006 0.009 0.002 0.053 0.060 0.064 0.120 0.002 0.001 0.032 0.650 18 R 0.411 0.084 0.005 0.018 0.033 0.025 0.077 0.016 0.003 0.071 0.258 19 P 0.087 0.062 0.007 0.031 0.013 0.026 0.139 0.006 0.003 0.099 0.528 20 T 0.032 0.089 0.001 0.022 0.032 0.096 0.115 0.005 0.001 0.078 0.529 21 Q 0.025 0.043 0.005 0.097 0.085 0.150 0.103 0.004 0.001 0.121 0.368 22 I 0.007 0.058 0.002 0.102 0.150 0.248 0.076 0.002 0.001 0.081 0.273 23 A 0.009 0.026 0.002 0.095 0.222 0.301 0.036 0.001 0.001 0.117 0.190 24 V 0.008 0.052 0.003 0.130 0.220 0.235 0.048 0.001 0.001 0.066 0.236 25 G 0.018 0.112 0.002 0.090 0.200 0.289 0.043 0.004 0.001 0.095 0.146 26 F 0.022 0.265 0.004 0.056 0.175 0.205 0.040 0.004 0.002 0.038 0.190 27 R 0.021 0.300 0.003 0.035 0.200 0.248 0.029 0.005 0.001 0.030 0.129 28 E 0.033 0.497 0.005 0.023 0.124 0.127 0.026 0.007 0.002 0.029 0.125 29 V 0.066 0.458 0.005 0.023 0.118 0.108 0.035 0.010 0.002 0.028 0.148 30 E 0.062 0.470 0.008 0.022 0.073 0.092 0.037 0.006 0.004 0.055 0.172 31 L 0.031 0.449 0.017 0.021 0.042 0.047 0.052 0.007 0.007 0.044 0.283 32 K 0.030 0.834 0.004 0.003 0.012 0.011 0.013 0.010 0.002 0.008 0.073 33 R 0.056 0.829 0.003 0.002 0.004 0.007 0.008 0.011 0.001 0.004 0.077 34 K 0.017 0.754 0.005 0.004 0.005 0.009 0.015 0.003 0.002 0.030 0.156 35 E 0.053 0.452 0.050 0.004 0.008 0.011 0.029 0.007 0.019 0.193 0.173 36 W 0.166 0.561 0.015 0.003 0.005 0.005 0.027 0.031 0.006 0.059 0.122 37 R 0.269 0.268 0.006 0.004 0.004 0.009 0.034 0.013 0.004 0.023 0.366 38 E 0.053 0.207 0.002 0.009 0.004 0.009 0.054 0.001 0.001 0.021 0.639 39 T 0.010 0.270 0.003 0.007 0.008 0.019 0.079 0.004 0.001 0.033 0.564 40 R 0.071 0.609 0.011 0.003 0.003 0.003 0.032 0.011 0.003 0.022 0.231 41 K 0.239 0.496 0.003 0.002 0.002 0.002 0.022 0.013 0.001 0.028 0.192 42 K 0.026 0.448 0.001 0.004 0.001 0.002 0.032 0.002 0.001 0.061 0.422 43 D 0.012 0.877 0.005 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.011 0.077 44 G 0.049 0.839 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.017 0.001 0.015 0.063 45 D 0.075 0.402 0.010 0.004 0.004 0.005 0.035 0.012 0.007 0.175 0.273 46 D 0.269 0.100 0.021 0.004 0.003 0.005 0.064 0.009 0.011 0.207 0.307 47 F 0.200 0.050 0.016 0.013 0.002 0.007 0.114 0.019 0.012 0.105 0.462 48 L 0.272 0.012 0.006 0.009 0.003 0.006 0.104 0.004 0.004 0.046 0.532 49 G 0.023 0.002 0.001 0.015 0.003 0.007 0.116 0.001 0.001 0.017 0.816 50 N 0.012 0.001 0.001 0.008 0.005 0.009 0.131 0.002 0.001 0.024 0.808 51 H 0.028 0.001 0.001 0.139 0.026 0.023 0.152 0.002 0.001 0.045 0.582 52 I 0.003 0.001 0.001 0.100 0.009 0.022 0.107 0.001 0.001 0.021 0.736 53 V 0.002 0.001 0.001 0.368 0.069 0.061 0.068 0.002 0.001 0.052 0.376 54 P 0.001 0.001 0.001 0.748 0.031 0.060 0.019 0.001 0.001 0.016 0.124 55 V 0.001 0.001 0.001 0.561 0.089 0.143 0.018 0.001 0.001 0.024 0.163 56 V 0.001 0.001 0.001 0.626 0.118 0.110 0.021 0.001 0.001 0.020 0.103 57 A 0.001 0.001 0.001 0.404 0.100 0.186 0.046 0.001 0.001 0.029 0.231 58 G 0.347 0.001 0.004 0.087 0.044 0.072 0.063 0.006 0.009 0.073 0.295 59 P 0.302 0.001 0.002 0.020 0.003 0.006 0.081 0.003 0.002 0.072 0.506 60 K 0.008 0.001 0.001 0.008 0.004 0.012 0.107 0.001 0.001 0.023 0.837 61 D 0.004 0.001 0.001 0.047 0.065 0.134 0.123 0.001 0.001 0.064 0.560 62 R 0.002 0.001 0.001 0.033 0.254 0.256 0.057 0.002 0.001 0.119 0.277 63 A 0.002 0.001 0.001 0.102 0.248 0.336 0.031 0.001 0.001 0.054 0.225 64 Y 0.002 0.001 0.001 0.168 0.245 0.327 0.036 0.001 0.001 0.055 0.166 65 L 0.003 0.001 0.001 0.194 0.286 0.313 0.034 0.001 0.001 0.067 0.101 66 I 0.015 0.005 0.001 0.258 0.098 0.232 0.080 0.002 0.002 0.056 0.251 67 D 0.318 0.145 0.003 0.049 0.028 0.043 0.074 0.012 0.004 0.060 0.264 68 H 0.123 0.312 0.004 0.016 0.006 0.013 0.065 0.008 0.003 0.056 0.394 69 H 0.029 0.671 0.003 0.010 0.008 0.014 0.037 0.002 0.001 0.018 0.207 70 H 0.022 0.725 0.001 0.007 0.045 0.041 0.027 0.005 0.001 0.031 0.094 71 L 0.028 0.857 0.002 0.003 0.011 0.009 0.013 0.008 0.001 0.013 0.056 72 V 0.033 0.547 0.003 0.009 0.039 0.040 0.023 0.005 0.001 0.204 0.096 73 L 0.016 0.674 0.007 0.005 0.021 0.048 0.018 0.004 0.002 0.129 0.078 74 A 0.062 0.548 0.035 0.008 0.025 0.048 0.025 0.014 0.010 0.121 0.104 75 L 0.072 0.081 0.274 0.010 0.022 0.031 0.035 0.016 0.154 0.136 0.170 76 S 0.417 0.017 0.004 0.003 0.010 0.018 0.049 0.009 0.004 0.044 0.426 77 K 0.132 0.006 0.003 0.004 0.002 0.005 0.042 0.002 0.003 0.030 0.771 78 E 0.017 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.122 0.001 0.001 0.012 0.832 79 G 0.011 0.001 0.001 0.005 0.006 0.010 0.102 0.002 0.001 0.015 0.848 80 V 0.019 0.001 0.001 0.016 0.032 0.023 0.199 0.003 0.001 0.030 0.676 81 E 0.003 0.002 0.001 0.135 0.054 0.147 0.127 0.001 0.001 0.067 0.463 82 H 0.001 0.003 0.001 0.200 0.115 0.332 0.049 0.001 0.001 0.099 0.201 83 V 0.001 0.006 0.001 0.268 0.249 0.241 0.027 0.001 0.001 0.030 0.177 84 L 0.001 0.007 0.001 0.181 0.359 0.361 0.009 0.001 0.001 0.015 0.067 85 T 0.002 0.009 0.001 0.146 0.336 0.322 0.011 0.001 0.001 0.053 0.119 86 S 0.006 0.010 0.002 0.107 0.371 0.266 0.021 0.001 0.001 0.095 0.120 87 E 0.026 0.049 0.003 0.075 0.260 0.266 0.046 0.006 0.002 0.078 0.189 88 V 0.104 0.034 0.006 0.043 0.196 0.189 0.049 0.007 0.005 0.121 0.247 89 A 0.047 0.050 0.012 0.058 0.089 0.108 0.089 0.007 0.008 0.095 0.438 90 K 0.134 0.081 0.009 0.024 0.041 0.075 0.092 0.014 0.007 0.079 0.442 91 F 0.232 0.071 0.012 0.024 0.021 0.033 0.085 0.017 0.007 0.086 0.412 92 S 0.119 0.020 0.001 0.014 0.011 0.021 0.096 0.004 0.001 0.041 0.672 93 H 0.048 0.017 0.001 0.017 0.006 0.015 0.108 0.001 0.001 0.034 0.752 94 L 0.013 0.028 0.001 0.016 0.009 0.012 0.128 0.002 0.001 0.025 0.765 95 G 0.075 0.418 0.002 0.007 0.005 0.007 0.074 0.012 0.001 0.029 0.369 96 K 0.097 0.655 0.001 0.004 0.001 0.002 0.028 0.009 0.001 0.038 0.164 97 D 0.031 0.295 0.003 0.008 0.002 0.003 0.038 0.002 0.001 0.458 0.159 98 E 0.008 0.811 0.002 0.003 0.003 0.004 0.020 0.004 0.001 0.069 0.074 99 F 0.027 0.896 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.017 0.001 0.007 0.041 100 W 0.042 0.687 0.005 0.007 0.006 0.008 0.015 0.009 0.001 0.088 0.134 101 S 0.036 0.589 0.009 0.004 0.004 0.011 0.034 0.005 0.007 0.120 0.182 102 V 0.146 0.179 0.147 0.005 0.005 0.010 0.051 0.034 0.070 0.152 0.199 103 M 0.332 0.024 0.058 0.007 0.006 0.010 0.066 0.018 0.057 0.068 0.355 104 D 0.099 0.003 0.001 0.004 0.003 0.007 0.086 0.001 0.001 0.023 0.771 105 H 0.026 0.005 0.002 0.014 0.003 0.009 0.128 0.002 0.001 0.031 0.780 106 R 0.012 0.004 0.001 0.026 0.012 0.033 0.204 0.005 0.001 0.082 0.622 107 N 0.003 0.003 0.001 0.084 0.074 0.196 0.111 0.001 0.001 0.096 0.431 108 L 0.002 0.001 0.001 0.144 0.103 0.232 0.065 0.001 0.001 0.085 0.366 109 I 0.001 0.002 0.001 0.186 0.180 0.225 0.051 0.001 0.001 0.037 0.317 110 Y 0.007 0.002 0.001 0.103 0.221 0.349 0.037 0.001 0.001 0.074 0.206 111 P 0.021 0.018 0.004 0.075 0.096 0.141 0.079 0.001 0.004 0.099 0.460 112 F 0.018 0.004 0.013 0.028 0.028 0.047 0.089 0.006 0.014 0.030 0.723 113 D 0.764 0.016 0.001 0.002 0.007 0.007 0.018 0.017 0.002 0.041 0.125 114 A 0.353 0.006 0.001 0.004 0.003 0.006 0.045 0.003 0.001 0.042 0.537 115 Q 0.009 0.004 0.001 0.011 0.010 0.034 0.067 0.001 0.001 0.014 0.849 116 G 0.019 0.008 0.001 0.011 0.051 0.071 0.094 0.002 0.001 0.031 0.713 117 L 0.020 0.002 0.001 0.009 0.160 0.078 0.103 0.003 0.001 0.038 0.588 118 R 0.009 0.005 0.001 0.016 0.056 0.070 0.123 0.001 0.001 0.020 0.700 119 R 0.041 0.008 0.002 0.018 0.029 0.043 0.115 0.006 0.001 0.036 0.699 120 Q 0.326 0.048 0.001 0.020 0.012 0.016 0.088 0.027 0.001 0.109 0.351 121 S 0.137 0.011 0.001 0.015 0.009 0.016 0.095 0.003 0.001 0.066 0.645 122 G 0.013 0.008 0.001 0.039 0.019 0.043 0.126 0.001 0.001 0.029 0.720 123 D 0.042 0.014 0.001 0.030 0.041 0.042 0.134 0.002 0.001 0.070 0.623 124 I 0.113 0.087 0.002 0.031 0.039 0.035 0.143 0.020 0.001 0.099 0.430 125 P 0.174 0.086 0.003 0.017 0.013 0.021 0.113 0.008 0.002 0.058 0.507 126 K 0.083 0.048 0.006 0.033 0.017 0.033 0.140 0.009 0.002 0.073 0.555 127 N 0.131 0.113 0.001 0.026 0.024 0.048 0.119 0.013 0.001 0.068 0.455 128 I 0.129 0.143 0.008 0.032 0.023 0.035 0.096 0.005 0.004 0.050 0.475 129 H 0.055 0.049 0.005 0.042 0.057 0.073 0.164 0.012 0.002 0.035 0.505 130 D 0.110 0.138 0.002 0.029 0.019 0.049 0.129 0.018 0.001 0.058 0.448 131 L 0.410 0.065 0.003 0.028 0.017 0.020 0.102 0.004 0.001 0.059 0.291 132 E 0.018 0.048 0.004 0.044 0.025 0.057 0.168 0.002 0.001 0.027 0.606 133 D 0.019 0.106 0.002 0.018 0.012 0.024 0.103 0.004 0.001 0.030 0.681 134 D 0.241 0.299 0.004 0.011 0.016 0.010 0.054 0.020 0.002 0.196 0.147 135 P 0.042 0.547 0.005 0.007 0.003 0.005 0.048 0.004 0.001 0.100 0.237 136 F 0.015 0.883 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.003 0.001 0.011 0.070 137 R 0.019 0.885 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.019 0.056 138 S 0.007 0.888 0.002 0.003 0.004 0.005 0.010 0.002 0.001 0.041 0.037 139 L 0.006 0.963 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.013 140 A 0.005 0.965 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.015 141 G 0.014 0.935 0.001 0.002 0.004 0.006 0.004 0.003 0.001 0.014 0.018 142 A 0.008 0.817 0.007 0.005 0.004 0.006 0.013 0.003 0.003 0.079 0.054 143 L 0.034 0.090 0.473 0.003 0.005 0.005 0.020 0.010 0.172 0.134 0.055 144 R 0.639 0.050 0.019 0.003 0.004 0.006 0.026 0.024 0.015 0.062 0.153 145 M 0.151 0.013 0.001 0.002 0.002 0.005 0.037 0.003 0.002 0.019 0.765 146 A 0.027 0.013 0.002 0.006 0.002 0.005 0.053 0.001 0.001 0.011 0.880 147 G 0.010 0.005 0.001 0.005 0.013 0.029 0.076 0.004 0.001 0.026 0.830 148 G 0.038 0.006 0.001 0.004 0.028 0.029 0.075 0.003 0.001 0.023 0.792 149 Y 0.110 0.029 0.002 0.033 0.021 0.029 0.099 0.004 0.001 0.035 0.638 150 A 0.125 0.061 0.001 0.021 0.014 0.023 0.105 0.014 0.001 0.034 0.600 151 K 0.167 0.013 0.001 0.021 0.024 0.027 0.124 0.006 0.001 0.024 0.594 152 V 0.005 0.010 0.001 0.071 0.050 0.067 0.131 0.001 0.001 0.010 0.653 153 I 0.017 0.029 0.002 0.045 0.016 0.023 0.087 0.001 0.001 0.032 0.747 154 I 0.095 0.261 0.002 0.029 0.054 0.022 0.082 0.026 0.001 0.148 0.280 155 P 0.054 0.502 0.002 0.015 0.003 0.006 0.046 0.003 0.001 0.035 0.334 156 F 0.011 0.717 0.004 0.020 0.007 0.010 0.020 0.002 0.001 0.066 0.143 157 S 0.008 0.859 0.001 0.003 0.005 0.006 0.012 0.003 0.001 0.044 0.059 158 E 0.010 0.917 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.043 0.018 159 F 0.005 0.734 0.002 0.007 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.200 0.035 160 G 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.013 161 W 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 162 A 0.007 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.012 163 D 0.015 0.914 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.028 0.031 164 F 0.043 0.514 0.124 0.002 0.001 0.001 0.023 0.024 0.052 0.140 0.077 165 L 0.389 0.294 0.019 0.005 0.001 0.002 0.041 0.025 0.011 0.091 0.121 166 R 0.085 0.163 0.008 0.009 0.002 0.006 0.087 0.005 0.007 0.057 0.571 167 R 0.050 0.066 0.003 0.008 0.003 0.006 0.112 0.002 0.001 0.025 0.723 168 R 0.072 0.086 0.006 0.015 0.009 0.021 0.105 0.008 0.003 0.065 0.610 169 I 0.046 0.118 0.004 0.007 0.005 0.011 0.088 0.005 0.002 0.022 0.693 170 D 0.192 0.417 0.006 0.006 0.003 0.006 0.034 0.014 0.003 0.018 0.300 171 R 0.318 0.189 0.004 0.007 0.004 0.007 0.042 0.013 0.001 0.056 0.359 172 D 0.076 0.113 0.005 0.022 0.012 0.028 0.087 0.005 0.002 0.072 0.577 173 L 0.093 0.074 0.010 0.040 0.014 0.027 0.101 0.004 0.003 0.069 0.565 174 L 0.136 0.090 0.003 0.036 0.025 0.024 0.110 0.012 0.002 0.064 0.498 175 S 0.174 0.047 0.001 0.012 0.009 0.013 0.103 0.004 0.001 0.032 0.605 176 D 0.016 0.021 0.001 0.016 0.007 0.015 0.129 0.003 0.001 0.031 0.762 177 S 0.033 0.204 0.002 0.011 0.006 0.009 0.123 0.004 0.001 0.055 0.552 178 F 0.022 0.756 0.002 0.003 0.002 0.002 0.024 0.007 0.001 0.023 0.158 179 D 0.033 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.013 0.043 180 D 0.019 0.791 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.112 0.060 181 A 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.027 0.027 182 L 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.015 183 A 0.008 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.030 0.028 184 E 0.005 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.020 0.028 185 A 0.012 0.927 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.002 0.016 0.022 186 M 0.068 0.708 0.008 0.002 0.001 0.001 0.012 0.010 0.003 0.130 0.059 187 K 0.047 0.424 0.009 0.003 0.001 0.001 0.036 0.004 0.005 0.267 0.202 188 L 0.073 0.476 0.012 0.004 0.001 0.001 0.058 0.008 0.004 0.091 0.272 189 A 0.105 0.417 0.025 0.008 0.001 0.003 0.053 0.014 0.009 0.058 0.307 190 K 0.056 0.483 0.002 0.003 0.001 0.002 0.039 0.005 0.001 0.015 0.391 191 S 0.080 0.486 0.005 0.003 0.001 0.002 0.036 0.009 0.003 0.056 0.319 192 R 0.202 0.326 0.039 0.006 0.001 0.002 0.046 0.020 0.010 0.148 0.199 193 E 0.291 0.228 0.006 0.009 0.002 0.007 0.056 0.018 0.003 0.066 0.313 194 A 0.217 0.037 0.005 0.018 0.005 0.011 0.074 0.003 0.002 0.058 0.571 195 R 0.026 0.030 0.003 0.061 0.015 0.029 0.159 0.002 0.001 0.041 0.633 196 H 0.059 0.025 0.003 0.029 0.012 0.022 0.121 0.006 0.001 0.039 0.682 197 L 0.222 0.041 0.004 0.027 0.029 0.031 0.142 0.022 0.002 0.095 0.386 198 P 0.079 0.021 0.003 0.023 0.006 0.017 0.143 0.005 0.002 0.043 0.658 199 G 0.103 0.017 0.003 0.038 0.017 0.043 0.120 0.013 0.001 0.063 0.582 200 W 0.107 0.009 0.001 0.037 0.026 0.046 0.120 0.005 0.001 0.077 0.570 201 C 0.022 0.004 0.002 0.051 0.025 0.061 0.117 0.002 0.001 0.035 0.683 202 G 0.025 0.005 0.002 0.046 0.031 0.052 0.110 0.002 0.001 0.040 0.687 203 V 0.077 0.006 0.001 0.017 0.027 0.025 0.123 0.004 0.001 0.045 0.674 204 E 0.072 0.007 0.001 0.011 0.013 0.017 0.134 0.007 0.001 0.036 0.702 205 E 0.049 0.007 0.001 0.010 0.011 0.018 0.126 0.006 0.001 0.030 0.741