# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.015 0.018 0.035 0.042 0.104 0.041 0.682 2 T 0.076 0.022 0.016 0.036 0.061 0.094 0.043 0.652 3 H 0.093 0.017 0.015 0.029 0.045 0.104 0.049 0.648 4 I 0.014 0.008 0.026 0.040 0.047 0.139 0.056 0.671 5 Y 0.057 0.014 0.020 0.019 0.027 0.091 0.048 0.724 6 E 0.237 0.026 0.017 0.022 0.028 0.089 0.122 0.461 7 P 0.027 0.015 0.035 0.021 0.038 0.102 0.059 0.702 8 R 0.040 0.019 0.077 0.059 0.176 0.110 0.056 0.461 9 L 0.013 0.009 0.043 0.056 0.096 0.087 0.039 0.656 10 S 0.014 0.036 0.121 0.172 0.216 0.078 0.044 0.320 11 R 0.015 0.031 0.105 0.070 0.130 0.087 0.050 0.511 12 I 0.022 0.041 0.189 0.184 0.097 0.079 0.069 0.318 13 A 0.095 0.168 0.144 0.069 0.078 0.049 0.146 0.252 14 I 0.334 0.142 0.047 0.027 0.033 0.051 0.098 0.268 15 D 0.121 0.072 0.033 0.043 0.036 0.068 0.081 0.547 16 K 0.014 0.038 0.016 0.013 0.032 0.100 0.116 0.671 17 L 0.035 0.153 0.020 0.014 0.031 0.153 0.106 0.488 18 R 0.087 0.302 0.019 0.052 0.051 0.118 0.098 0.273 19 P 0.028 0.310 0.021 0.015 0.040 0.058 0.103 0.426 20 T 0.046 0.652 0.026 0.030 0.059 0.030 0.098 0.059 21 Q 0.031 0.361 0.098 0.077 0.109 0.039 0.100 0.183 22 I 0.056 0.358 0.066 0.134 0.111 0.050 0.044 0.180 23 A 0.080 0.240 0.080 0.059 0.083 0.053 0.085 0.320 24 V 0.029 0.235 0.073 0.103 0.143 0.076 0.050 0.290 25 G 0.058 0.396 0.035 0.050 0.102 0.046 0.050 0.263 26 F 0.060 0.489 0.021 0.061 0.066 0.041 0.044 0.218 27 R 0.016 0.605 0.019 0.083 0.099 0.021 0.024 0.133 28 E 0.024 0.616 0.022 0.035 0.060 0.029 0.045 0.169 29 V 0.052 0.638 0.034 0.067 0.047 0.021 0.062 0.079 30 E 0.096 0.532 0.029 0.045 0.041 0.023 0.081 0.153 31 L 0.073 0.449 0.023 0.021 0.021 0.039 0.062 0.313 32 K 0.053 0.654 0.009 0.011 0.010 0.025 0.029 0.209 33 R 0.082 0.625 0.007 0.005 0.006 0.024 0.021 0.231 34 K 0.076 0.519 0.007 0.010 0.009 0.034 0.060 0.285 35 E 0.068 0.237 0.014 0.012 0.010 0.056 0.277 0.326 36 W 0.119 0.410 0.009 0.009 0.009 0.050 0.151 0.243 37 R 0.104 0.475 0.007 0.007 0.010 0.043 0.038 0.317 38 E 0.041 0.276 0.007 0.007 0.010 0.059 0.042 0.557 39 T 0.063 0.362 0.011 0.010 0.008 0.070 0.095 0.380 40 R 0.100 0.496 0.009 0.007 0.006 0.047 0.098 0.238 41 K 0.170 0.456 0.007 0.003 0.004 0.053 0.065 0.242 42 K 0.095 0.464 0.008 0.004 0.004 0.058 0.060 0.307 43 D 0.029 0.551 0.005 0.002 0.003 0.038 0.046 0.326 44 G 0.059 0.725 0.006 0.002 0.003 0.020 0.082 0.104 45 D 0.111 0.564 0.012 0.009 0.006 0.031 0.136 0.132 46 D 0.126 0.134 0.041 0.027 0.023 0.064 0.199 0.386 47 F 0.145 0.030 0.035 0.016 0.028 0.110 0.204 0.431 48 L 0.249 0.006 0.028 0.010 0.014 0.082 0.088 0.524 49 G 0.147 0.002 0.006 0.006 0.013 0.061 0.017 0.749 50 N 0.006 0.001 0.007 0.002 0.007 0.077 0.012 0.889 51 H 0.003 0.001 0.110 0.031 0.074 0.296 0.028 0.458 52 I 0.007 0.001 0.122 0.037 0.061 0.094 0.050 0.630 53 V 0.009 0.001 0.203 0.143 0.074 0.081 0.073 0.416 54 P 0.002 0.001 0.571 0.063 0.127 0.028 0.048 0.160 55 V 0.005 0.001 0.379 0.215 0.190 0.021 0.047 0.141 56 V 0.002 0.001 0.458 0.182 0.143 0.023 0.026 0.167 57 A 0.007 0.001 0.300 0.107 0.153 0.065 0.036 0.330 58 G 0.195 0.002 0.087 0.068 0.071 0.114 0.060 0.403 59 P 0.128 0.003 0.018 0.009 0.014 0.101 0.028 0.699 60 K 0.036 0.004 0.014 0.006 0.021 0.149 0.022 0.749 61 D 0.027 0.006 0.033 0.033 0.092 0.162 0.069 0.578 62 R 0.006 0.005 0.057 0.157 0.239 0.101 0.061 0.374 63 A 0.002 0.005 0.147 0.170 0.364 0.039 0.052 0.220 64 Y 0.002 0.008 0.175 0.298 0.370 0.022 0.033 0.092 65 L 0.005 0.023 0.313 0.220 0.252 0.023 0.038 0.126 66 I 0.031 0.117 0.252 0.182 0.157 0.033 0.134 0.093 67 D 0.055 0.558 0.059 0.049 0.054 0.035 0.077 0.113 68 H 0.022 0.779 0.016 0.007 0.014 0.024 0.039 0.099 69 H 0.014 0.864 0.011 0.009 0.011 0.012 0.032 0.047 70 H 0.013 0.892 0.007 0.012 0.015 0.008 0.031 0.023 71 L 0.015 0.911 0.003 0.003 0.007 0.006 0.031 0.023 72 V 0.018 0.513 0.015 0.012 0.015 0.011 0.385 0.031 73 L 0.018 0.696 0.016 0.034 0.027 0.015 0.136 0.059 74 A 0.133 0.473 0.045 0.024 0.042 0.038 0.098 0.147 75 L 0.091 0.050 0.141 0.077 0.050 0.052 0.359 0.180 76 S 0.558 0.016 0.009 0.009 0.011 0.032 0.053 0.312 77 K 0.139 0.004 0.003 0.002 0.003 0.042 0.017 0.791 78 E 0.004 0.001 0.008 0.004 0.007 0.144 0.007 0.825 79 G 0.059 0.005 0.012 0.007 0.020 0.091 0.037 0.769 80 V 0.052 0.009 0.016 0.022 0.015 0.092 0.040 0.756 81 E 0.012 0.010 0.153 0.047 0.106 0.092 0.057 0.522 82 H 0.008 0.007 0.096 0.076 0.170 0.066 0.133 0.443 83 V 0.007 0.012 0.225 0.220 0.172 0.053 0.063 0.248 84 L 0.011 0.036 0.243 0.143 0.270 0.036 0.050 0.212 85 T 0.010 0.047 0.122 0.189 0.284 0.038 0.057 0.251 86 S 0.007 0.041 0.232 0.266 0.278 0.028 0.043 0.105 87 E 0.028 0.093 0.102 0.191 0.292 0.040 0.062 0.193 88 V 0.062 0.083 0.114 0.159 0.171 0.052 0.132 0.228 89 A 0.026 0.059 0.084 0.166 0.169 0.061 0.124 0.310 90 K 0.107 0.104 0.033 0.042 0.071 0.082 0.068 0.494 91 F 0.110 0.042 0.057 0.069 0.063 0.094 0.106 0.459 92 S 0.113 0.048 0.020 0.022 0.029 0.098 0.051 0.618 93 H 0.133 0.056 0.012 0.010 0.014 0.086 0.041 0.647 94 L 0.026 0.046 0.008 0.007 0.007 0.130 0.014 0.762 95 G 0.088 0.341 0.006 0.005 0.008 0.058 0.058 0.435 96 K 0.111 0.481 0.003 0.002 0.003 0.053 0.072 0.275 97 D 0.032 0.292 0.009 0.006 0.007 0.035 0.494 0.125 98 E 0.014 0.725 0.007 0.006 0.009 0.025 0.112 0.101 99 F 0.038 0.805 0.008 0.005 0.012 0.022 0.039 0.071 100 W 0.064 0.605 0.025 0.028 0.030 0.035 0.079 0.134 101 S 0.076 0.349 0.024 0.040 0.058 0.055 0.139 0.260 102 V 0.106 0.170 0.036 0.025 0.039 0.101 0.181 0.342 103 M 0.060 0.031 0.069 0.044 0.056 0.144 0.192 0.404 104 D 0.175 0.013 0.018 0.011 0.019 0.088 0.093 0.582 105 H 0.145 0.015 0.010 0.008 0.012 0.060 0.053 0.697 106 R 0.022 0.005 0.045 0.021 0.071 0.160 0.019 0.657 107 N 0.007 0.002 0.055 0.054 0.158 0.089 0.037 0.599 108 L 0.005 0.002 0.076 0.200 0.194 0.099 0.019 0.405 109 I 0.004 0.002 0.099 0.100 0.138 0.071 0.015 0.570 110 Y 0.065 0.021 0.076 0.210 0.114 0.081 0.037 0.394 111 P 0.075 0.039 0.124 0.092 0.087 0.087 0.087 0.408 112 F 0.057 0.020 0.077 0.034 0.037 0.098 0.051 0.626 113 D 0.863 0.015 0.008 0.006 0.006 0.016 0.021 0.067 114 A 0.393 0.016 0.006 0.008 0.009 0.060 0.028 0.480 115 Q 0.010 0.005 0.006 0.005 0.032 0.092 0.006 0.843 116 G 0.017 0.005 0.012 0.020 0.057 0.087 0.030 0.771 117 L 0.035 0.013 0.025 0.205 0.079 0.129 0.056 0.458 118 R 0.037 0.012 0.028 0.025 0.041 0.098 0.038 0.721 119 R 0.102 0.014 0.036 0.046 0.039 0.105 0.061 0.598 120 Q 0.339 0.031 0.017 0.013 0.015 0.061 0.049 0.476 121 S 0.205 0.024 0.012 0.006 0.010 0.066 0.080 0.597 122 G 0.027 0.022 0.023 0.016 0.029 0.151 0.035 0.698 123 D 0.014 0.012 0.016 0.009 0.014 0.107 0.039 0.790 124 I 0.123 0.092 0.026 0.024 0.018 0.137 0.062 0.518 125 P 0.244 0.120 0.026 0.009 0.018 0.098 0.076 0.408 126 K 0.066 0.048 0.051 0.019 0.023 0.106 0.061 0.627 127 N 0.132 0.077 0.107 0.022 0.043 0.097 0.072 0.449 128 I 0.169 0.028 0.059 0.019 0.031 0.122 0.088 0.483 129 H 0.037 0.006 0.118 0.034 0.043 0.121 0.034 0.607 130 D 0.058 0.005 0.032 0.013 0.028 0.086 0.027 0.751 131 L 0.185 0.009 0.023 0.012 0.012 0.150 0.035 0.574 132 E 0.012 0.007 0.016 0.012 0.025 0.203 0.012 0.712 133 D 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.042 0.006 0.937 134 D 0.314 0.292 0.005 0.010 0.004 0.058 0.195 0.121 135 P 0.039 0.701 0.004 0.003 0.004 0.040 0.041 0.168 136 F 0.030 0.858 0.002 0.001 0.004 0.014 0.009 0.081 137 R 0.016 0.894 0.003 0.007 0.007 0.010 0.026 0.037 138 S 0.006 0.943 0.001 0.003 0.007 0.006 0.015 0.019 139 L 0.003 0.967 0.001 0.002 0.005 0.002 0.013 0.006 140 A 0.004 0.920 0.003 0.007 0.010 0.006 0.039 0.012 141 G 0.004 0.921 0.006 0.012 0.014 0.003 0.031 0.008 142 A 0.014 0.885 0.009 0.016 0.024 0.004 0.035 0.013 143 L 0.092 0.214 0.177 0.062 0.065 0.021 0.303 0.065 144 R 0.378 0.105 0.029 0.089 0.044 0.045 0.084 0.226 145 M 0.221 0.021 0.007 0.005 0.006 0.039 0.016 0.685 146 A 0.012 0.011 0.008 0.006 0.011 0.096 0.011 0.844 147 G 0.021 0.013 0.015 0.019 0.032 0.093 0.024 0.783 148 G 0.053 0.017 0.016 0.045 0.032 0.097 0.069 0.670 149 Y 0.114 0.021 0.052 0.085 0.061 0.088 0.113 0.465 150 A 0.238 0.014 0.015 0.023 0.039 0.063 0.047 0.561 151 K 0.036 0.005 0.018 0.022 0.030 0.083 0.031 0.775 152 V 0.010 0.009 0.029 0.020 0.050 0.134 0.019 0.730 153 I 0.021 0.011 0.021 0.020 0.037 0.113 0.040 0.737 154 I 0.074 0.072 0.042 0.067 0.037 0.115 0.121 0.472 155 P 0.069 0.338 0.030 0.017 0.028 0.070 0.069 0.379 156 F 0.092 0.448 0.022 0.015 0.024 0.058 0.056 0.285 157 S 0.048 0.559 0.025 0.023 0.024 0.037 0.096 0.188 158 E 0.022 0.750 0.010 0.009 0.017 0.027 0.051 0.113 159 F 0.021 0.710 0.022 0.013 0.023 0.031 0.077 0.102 160 G 0.010 0.829 0.014 0.021 0.022 0.013 0.056 0.035 161 W 0.007 0.941 0.003 0.002 0.005 0.004 0.018 0.019 162 A 0.007 0.943 0.005 0.003 0.004 0.003 0.021 0.013 163 D 0.011 0.918 0.008 0.008 0.007 0.005 0.024 0.019 164 F 0.050 0.726 0.026 0.007 0.010 0.013 0.119 0.049 165 L 0.149 0.515 0.031 0.017 0.016 0.024 0.157 0.092 166 R 0.118 0.178 0.033 0.021 0.018 0.042 0.219 0.371 167 R 0.039 0.155 0.009 0.007 0.009 0.061 0.040 0.681 168 R 0.068 0.106 0.025 0.014 0.015 0.110 0.042 0.620 169 I 0.051 0.088 0.015 0.011 0.008 0.106 0.030 0.691 170 D 0.230 0.273 0.007 0.003 0.003 0.047 0.035 0.401 171 R 0.165 0.187 0.018 0.005 0.005 0.062 0.200 0.359 172 D 0.098 0.214 0.025 0.007 0.007 0.092 0.138 0.420 173 L 0.115 0.084 0.035 0.007 0.007 0.096 0.132 0.525 174 L 0.086 0.182 0.020 0.006 0.007 0.104 0.093 0.500 175 S 0.208 0.241 0.010 0.002 0.004 0.056 0.125 0.354 176 D 0.038 0.243 0.012 0.004 0.004 0.095 0.123 0.481 177 S 0.029 0.602 0.007 0.001 0.002 0.048 0.048 0.262 178 F 0.062 0.822 0.003 0.001 0.001 0.010 0.062 0.040 179 D 0.036 0.912 0.003 0.001 0.001 0.005 0.026 0.018 180 D 0.033 0.851 0.006 0.001 0.001 0.007 0.058 0.045 181 A 0.018 0.906 0.006 0.001 0.001 0.007 0.034 0.028 182 L 0.031 0.898 0.006 0.001 0.001 0.004 0.040 0.021 183 A 0.018 0.918 0.006 0.001 0.001 0.005 0.016 0.037 184 E 0.016 0.902 0.012 0.001 0.001 0.007 0.018 0.045 185 A 0.036 0.886 0.012 0.001 0.001 0.007 0.026 0.032 186 M 0.113 0.702 0.020 0.001 0.001 0.015 0.059 0.090 187 K 0.052 0.339 0.045 0.003 0.003 0.036 0.238 0.285 188 L 0.049 0.342 0.047 0.002 0.003 0.075 0.177 0.304 189 A 0.069 0.368 0.060 0.008 0.006 0.082 0.072 0.333 190 K 0.050 0.397 0.017 0.003 0.004 0.042 0.026 0.461 191 S 0.177 0.557 0.009 0.001 0.002 0.027 0.045 0.183 192 R 0.070 0.232 0.084 0.017 0.008 0.078 0.157 0.354 193 E 0.227 0.184 0.022 0.008 0.009 0.059 0.053 0.438 194 A 0.553 0.021 0.028 0.004 0.004 0.059 0.050 0.281 195 R 0.020 0.011 0.026 0.011 0.015 0.142 0.033 0.743 196 H 0.022 0.006 0.009 0.002 0.005 0.053 0.012 0.891 197 L 0.106 0.016 0.021 0.017 0.013 0.188 0.043 0.595 198 P 0.048 0.013 0.047 0.016 0.029 0.123 0.052 0.672 199 G 0.146 0.018 0.057 0.023 0.050 0.112 0.059 0.535 200 W 0.047 0.009 0.072 0.048 0.056 0.106 0.054 0.609 201 C 0.024 0.005 0.066 0.050 0.064 0.097 0.035 0.658 202 G 0.040 0.004 0.035 0.034 0.056 0.101 0.042 0.688 203 V 0.078 0.005 0.020 0.030 0.033 0.110 0.051 0.673 204 E 0.057 0.007 0.017 0.026 0.036 0.105 0.042 0.710 205 E 0.035 0.007 0.014 0.023 0.049 0.095 0.035 0.742