# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.406 0.113 0.054 0.099 0.072 0.061 0.065 0.044 0.042 0.027 0.016 2 T 0.346 0.221 0.052 0.094 0.072 0.060 0.062 0.036 0.030 0.018 0.009 3 H 0.287 0.203 0.075 0.165 0.103 0.066 0.047 0.023 0.017 0.009 0.005 4 I 0.178 0.080 0.021 0.058 0.062 0.075 0.112 0.103 0.131 0.100 0.079 5 Y 0.152 0.238 0.136 0.203 0.109 0.067 0.045 0.021 0.015 0.008 0.006 6 E 0.380 0.176 0.066 0.139 0.083 0.055 0.048 0.023 0.017 0.009 0.005 7 P 0.419 0.148 0.057 0.114 0.078 0.062 0.055 0.027 0.022 0.012 0.007 8 R 0.191 0.266 0.107 0.239 0.108 0.048 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 9 L 0.028 0.016 0.010 0.036 0.041 0.058 0.117 0.134 0.201 0.187 0.172 10 S 0.070 0.143 0.108 0.195 0.155 0.133 0.114 0.042 0.022 0.010 0.006 11 R 0.151 0.187 0.168 0.312 0.120 0.040 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 12 I 0.008 0.007 0.007 0.015 0.024 0.047 0.142 0.166 0.224 0.198 0.162 13 A 0.055 0.270 0.153 0.300 0.138 0.053 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 14 I 0.006 0.005 0.003 0.008 0.011 0.020 0.076 0.108 0.209 0.234 0.320 15 D 0.201 0.194 0.131 0.237 0.127 0.061 0.033 0.008 0.004 0.002 0.001 16 K 0.155 0.243 0.127 0.277 0.110 0.050 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 17 L 0.011 0.008 0.006 0.014 0.016 0.027 0.079 0.105 0.191 0.242 0.302 18 R 0.033 0.110 0.083 0.253 0.203 0.150 0.098 0.033 0.021 0.010 0.006 19 P 0.035 0.055 0.069 0.087 0.089 0.102 0.163 0.119 0.122 0.094 0.065 20 T 0.021 0.034 0.039 0.122 0.138 0.149 0.196 0.114 0.089 0.056 0.042 21 Q 0.015 0.018 0.016 0.040 0.040 0.062 0.146 0.162 0.198 0.180 0.124 22 I 0.018 0.033 0.044 0.133 0.147 0.146 0.164 0.108 0.102 0.067 0.040 23 A 0.022 0.034 0.071 0.073 0.060 0.074 0.145 0.130 0.159 0.129 0.103 24 V 0.013 0.022 0.030 0.054 0.044 0.054 0.133 0.144 0.199 0.182 0.124 25 G 0.014 0.046 0.040 0.085 0.087 0.098 0.171 0.137 0.149 0.107 0.066 26 F 0.023 0.031 0.051 0.078 0.077 0.094 0.156 0.130 0.155 0.120 0.086 27 R 0.111 0.084 0.123 0.167 0.159 0.143 0.134 0.045 0.022 0.008 0.003 28 E 0.022 0.048 0.065 0.122 0.111 0.137 0.200 0.115 0.100 0.055 0.026 29 V 0.006 0.011 0.033 0.030 0.029 0.047 0.127 0.135 0.216 0.208 0.157 30 E 0.073 0.083 0.222 0.272 0.160 0.090 0.065 0.020 0.011 0.004 0.001 31 L 0.051 0.078 0.272 0.184 0.141 0.109 0.094 0.038 0.022 0.008 0.003 32 K 0.027 0.047 0.102 0.086 0.084 0.129 0.214 0.116 0.098 0.061 0.036 33 R 0.019 0.035 0.134 0.136 0.148 0.167 0.212 0.079 0.044 0.019 0.006 34 K 0.084 0.084 0.628 0.126 0.044 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 35 E 0.051 0.087 0.334 0.217 0.132 0.092 0.060 0.016 0.008 0.003 0.001 36 W 0.015 0.016 0.045 0.030 0.040 0.085 0.215 0.167 0.183 0.129 0.075 37 R 0.023 0.058 0.326 0.198 0.164 0.112 0.084 0.021 0.010 0.003 0.001 38 E 0.057 0.080 0.632 0.124 0.053 0.027 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 39 T 0.054 0.077 0.138 0.121 0.115 0.133 0.181 0.079 0.059 0.030 0.014 40 R 0.138 0.162 0.121 0.111 0.091 0.099 0.124 0.062 0.050 0.029 0.014 41 K 0.161 0.138 0.191 0.167 0.127 0.089 0.073 0.026 0.016 0.008 0.004 42 K 0.264 0.183 0.229 0.141 0.074 0.045 0.035 0.013 0.010 0.005 0.002 43 D 0.278 0.266 0.107 0.164 0.081 0.050 0.032 0.011 0.007 0.003 0.002 44 G 0.198 0.154 0.052 0.122 0.114 0.100 0.106 0.061 0.048 0.029 0.017 45 D 0.153 0.135 0.107 0.169 0.167 0.130 0.085 0.027 0.017 0.007 0.003 46 D 0.115 0.174 0.233 0.253 0.110 0.057 0.034 0.011 0.007 0.004 0.003 47 F 0.011 0.017 0.015 0.059 0.085 0.135 0.255 0.165 0.127 0.080 0.053 48 L 0.017 0.014 0.013 0.028 0.031 0.048 0.107 0.131 0.195 0.205 0.210 49 G 0.145 0.186 0.150 0.212 0.132 0.082 0.056 0.017 0.011 0.006 0.004 50 N 0.339 0.154 0.126 0.184 0.089 0.051 0.031 0.011 0.007 0.004 0.003 51 H 0.033 0.044 0.023 0.095 0.118 0.148 0.220 0.135 0.097 0.057 0.031 52 I 0.024 0.050 0.031 0.127 0.155 0.154 0.175 0.097 0.091 0.056 0.039 53 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.048 0.097 0.216 0.266 0.351 54 P 0.008 0.023 0.023 0.098 0.122 0.155 0.224 0.133 0.100 0.065 0.049 55 V 0.001 0.002 0.002 0.007 0.009 0.016 0.068 0.130 0.218 0.264 0.282 56 V 0.002 0.003 0.002 0.011 0.018 0.032 0.100 0.134 0.213 0.233 0.252 57 A 0.005 0.018 0.014 0.064 0.078 0.090 0.159 0.146 0.178 0.138 0.110 58 G 0.015 0.023 0.010 0.066 0.082 0.106 0.187 0.154 0.160 0.113 0.084 59 P 0.152 0.147 0.064 0.200 0.142 0.107 0.093 0.041 0.027 0.015 0.012 60 K 0.396 0.233 0.061 0.166 0.079 0.034 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 61 D 0.341 0.198 0.062 0.169 0.105 0.054 0.034 0.014 0.011 0.007 0.004 62 R 0.019 0.060 0.043 0.178 0.220 0.192 0.151 0.067 0.043 0.019 0.009 63 A 0.001 0.004 0.005 0.031 0.071 0.139 0.270 0.201 0.148 0.087 0.044 64 Y 0.001 0.002 0.002 0.013 0.025 0.049 0.161 0.201 0.218 0.189 0.139 65 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.019 0.081 0.140 0.223 0.255 0.261 66 I 0.002 0.003 0.003 0.010 0.016 0.026 0.079 0.128 0.227 0.260 0.246 67 D 0.001 0.004 0.003 0.020 0.026 0.042 0.121 0.167 0.252 0.218 0.145 68 H 0.002 0.008 0.006 0.046 0.084 0.126 0.218 0.198 0.168 0.097 0.045 69 H 0.005 0.008 0.009 0.039 0.061 0.088 0.167 0.168 0.194 0.155 0.106 70 H 0.008 0.012 0.017 0.048 0.064 0.086 0.175 0.171 0.184 0.146 0.089 71 L 0.001 0.002 0.004 0.020 0.031 0.051 0.136 0.163 0.252 0.212 0.129 72 V 0.001 0.001 0.004 0.007 0.010 0.018 0.059 0.096 0.210 0.279 0.317 73 L 0.002 0.004 0.023 0.061 0.087 0.133 0.227 0.155 0.151 0.106 0.050 74 A 0.001 0.004 0.021 0.036 0.056 0.095 0.217 0.195 0.179 0.121 0.076 75 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.009 0.036 0.072 0.190 0.297 0.383 76 S 0.001 0.002 0.007 0.033 0.086 0.146 0.268 0.190 0.149 0.078 0.040 77 K 0.056 0.120 0.308 0.227 0.118 0.081 0.057 0.017 0.010 0.004 0.002 78 E 0.042 0.039 0.037 0.106 0.132 0.191 0.269 0.099 0.052 0.024 0.010 79 G 0.355 0.226 0.061 0.100 0.050 0.037 0.046 0.027 0.033 0.030 0.033 80 V 0.022 0.044 0.021 0.081 0.108 0.130 0.194 0.133 0.116 0.085 0.066 81 E 0.486 0.239 0.107 0.114 0.036 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 82 H 0.065 0.094 0.052 0.203 0.205 0.181 0.132 0.040 0.018 0.007 0.004 83 V 0.005 0.005 0.004 0.017 0.025 0.046 0.116 0.146 0.219 0.222 0.195 84 L 0.018 0.046 0.027 0.094 0.120 0.156 0.218 0.118 0.104 0.062 0.037 85 T 0.008 0.008 0.010 0.017 0.019 0.029 0.081 0.116 0.211 0.246 0.255 86 S 0.039 0.048 0.043 0.132 0.130 0.135 0.173 0.112 0.092 0.061 0.036 87 E 0.029 0.055 0.041 0.130 0.115 0.129 0.186 0.121 0.102 0.061 0.030 88 V 0.020 0.029 0.041 0.084 0.088 0.099 0.155 0.132 0.147 0.116 0.090 89 A 0.055 0.058 0.085 0.131 0.134 0.138 0.170 0.092 0.074 0.042 0.022 90 K 0.096 0.193 0.183 0.249 0.132 0.068 0.047 0.017 0.010 0.004 0.002 91 F 0.015 0.013 0.012 0.028 0.036 0.057 0.129 0.136 0.204 0.190 0.181 92 S 0.261 0.222 0.109 0.153 0.094 0.063 0.053 0.019 0.014 0.007 0.005 93 H 0.246 0.139 0.073 0.151 0.101 0.085 0.092 0.049 0.036 0.019 0.010 94 L 0.045 0.029 0.017 0.043 0.058 0.085 0.182 0.162 0.168 0.126 0.085 95 G 0.232 0.503 0.068 0.106 0.044 0.023 0.012 0.005 0.004 0.002 0.002 96 K 0.304 0.125 0.060 0.161 0.140 0.098 0.061 0.024 0.015 0.008 0.004 97 D 0.442 0.218 0.071 0.097 0.065 0.043 0.034 0.013 0.010 0.004 0.002 98 E 0.066 0.160 0.118 0.325 0.162 0.091 0.053 0.016 0.006 0.002 0.001 99 F 0.033 0.021 0.016 0.042 0.052 0.075 0.175 0.175 0.192 0.135 0.084 100 W 0.011 0.011 0.036 0.046 0.081 0.159 0.264 0.159 0.127 0.070 0.034 101 S 0.020 0.063 0.328 0.334 0.128 0.058 0.038 0.013 0.011 0.006 0.002 102 V 0.005 0.016 0.033 0.075 0.106 0.170 0.272 0.142 0.101 0.055 0.026 103 M 0.005 0.006 0.017 0.014 0.013 0.021 0.072 0.114 0.219 0.254 0.263 104 D 0.027 0.063 0.122 0.182 0.181 0.156 0.153 0.056 0.034 0.017 0.008 105 H 0.038 0.094 0.230 0.197 0.140 0.109 0.096 0.042 0.031 0.015 0.008 106 R 0.057 0.075 0.068 0.190 0.175 0.153 0.149 0.058 0.039 0.023 0.013 107 N 0.161 0.107 0.053 0.137 0.126 0.116 0.138 0.072 0.050 0.027 0.013 108 L 0.005 0.019 0.019 0.080 0.099 0.145 0.228 0.148 0.132 0.079 0.045 109 I 0.004 0.004 0.005 0.008 0.010 0.018 0.064 0.119 0.227 0.282 0.257 110 Y 0.007 0.020 0.016 0.079 0.118 0.145 0.231 0.157 0.126 0.067 0.034 111 P 0.010 0.014 0.011 0.024 0.024 0.035 0.087 0.145 0.231 0.234 0.186 112 F 0.014 0.018 0.014 0.082 0.133 0.158 0.222 0.148 0.120 0.064 0.026 113 D 0.054 0.093 0.042 0.125 0.113 0.126 0.164 0.114 0.092 0.051 0.026 114 A 0.197 0.137 0.078 0.163 0.127 0.095 0.086 0.045 0.037 0.023 0.011 115 Q 0.367 0.191 0.064 0.143 0.084 0.056 0.049 0.021 0.014 0.007 0.004 116 G 0.307 0.114 0.037 0.086 0.071 0.066 0.086 0.067 0.075 0.057 0.034 117 L 0.127 0.202 0.066 0.170 0.134 0.110 0.095 0.041 0.030 0.015 0.009 118 R 0.120 0.095 0.057 0.138 0.131 0.118 0.131 0.076 0.067 0.041 0.025 119 R 0.068 0.066 0.044 0.115 0.142 0.143 0.169 0.100 0.078 0.047 0.027 120 Q 0.175 0.265 0.097 0.197 0.116 0.067 0.045 0.016 0.011 0.006 0.003 121 S 0.095 0.066 0.030 0.093 0.118 0.125 0.172 0.112 0.092 0.060 0.037 122 G 0.475 0.158 0.062 0.112 0.071 0.047 0.042 0.015 0.011 0.005 0.003 123 D 0.149 0.263 0.128 0.264 0.117 0.048 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 124 I 0.004 0.007 0.004 0.013 0.022 0.043 0.123 0.156 0.212 0.208 0.209 125 P 0.040 0.092 0.052 0.148 0.193 0.197 0.169 0.059 0.031 0.012 0.007 126 K 0.591 0.172 0.121 0.087 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 127 N 0.084 0.120 0.068 0.230 0.209 0.160 0.095 0.021 0.009 0.004 0.002 128 I 0.003 0.003 0.004 0.007 0.009 0.018 0.064 0.105 0.219 0.249 0.318 129 H 0.056 0.137 0.110 0.195 0.169 0.155 0.121 0.032 0.016 0.006 0.003 130 D 0.324 0.289 0.206 0.127 0.035 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.007 0.005 0.003 0.010 0.017 0.039 0.117 0.134 0.207 0.223 0.238 132 E 0.395 0.279 0.076 0.126 0.061 0.033 0.018 0.005 0.004 0.002 0.002 133 D 0.112 0.123 0.058 0.144 0.143 0.145 0.137 0.058 0.041 0.024 0.015 134 D 0.015 0.037 0.027 0.073 0.098 0.136 0.203 0.150 0.126 0.082 0.052 135 P 0.222 0.153 0.036 0.125 0.116 0.108 0.105 0.052 0.042 0.026 0.016 136 F 0.022 0.017 0.008 0.039 0.062 0.103 0.196 0.161 0.176 0.133 0.082 137 R 0.028 0.032 0.033 0.089 0.105 0.132 0.193 0.125 0.129 0.085 0.050 138 S 0.015 0.033 0.047 0.104 0.091 0.103 0.172 0.145 0.133 0.098 0.059 139 L 0.001 0.003 0.008 0.019 0.022 0.037 0.121 0.164 0.260 0.222 0.143 140 A 0.001 0.003 0.019 0.025 0.030 0.058 0.140 0.145 0.210 0.203 0.165 141 G 0.005 0.011 0.095 0.137 0.135 0.139 0.183 0.108 0.097 0.064 0.026 142 A 0.001 0.009 0.051 0.068 0.067 0.100 0.248 0.176 0.147 0.088 0.046 143 L 0.001 0.002 0.010 0.009 0.007 0.010 0.034 0.072 0.198 0.317 0.341 144 R 0.002 0.013 0.040 0.129 0.209 0.212 0.218 0.096 0.052 0.022 0.008 145 M 0.016 0.062 0.243 0.188 0.147 0.129 0.110 0.051 0.033 0.015 0.007 146 A 0.024 0.030 0.028 0.084 0.106 0.157 0.266 0.137 0.093 0.052 0.023 147 G 0.403 0.178 0.050 0.107 0.064 0.051 0.060 0.030 0.027 0.018 0.012 148 G 0.155 0.130 0.051 0.106 0.084 0.081 0.107 0.081 0.088 0.067 0.050 149 Y 0.102 0.071 0.024 0.069 0.067 0.088 0.146 0.117 0.134 0.098 0.084 150 A 0.229 0.157 0.055 0.130 0.101 0.090 0.092 0.051 0.045 0.028 0.022 151 K 0.290 0.188 0.083 0.154 0.102 0.065 0.050 0.025 0.021 0.013 0.009 152 V 0.235 0.108 0.052 0.105 0.094 0.100 0.109 0.066 0.062 0.041 0.028 153 I 0.051 0.061 0.039 0.112 0.118 0.128 0.174 0.105 0.098 0.067 0.048 154 I 0.056 0.092 0.047 0.114 0.115 0.114 0.162 0.105 0.094 0.061 0.040 155 P 0.078 0.047 0.024 0.071 0.088 0.111 0.172 0.129 0.125 0.093 0.061 156 F 0.080 0.031 0.018 0.058 0.076 0.101 0.178 0.136 0.140 0.107 0.075 157 S 0.054 0.068 0.040 0.099 0.097 0.110 0.164 0.121 0.119 0.079 0.049 158 E 0.013 0.028 0.029 0.067 0.066 0.093 0.173 0.146 0.169 0.135 0.080 159 F 0.026 0.036 0.064 0.061 0.049 0.067 0.153 0.140 0.181 0.134 0.087 160 G 0.041 0.070 0.136 0.162 0.127 0.121 0.161 0.086 0.057 0.029 0.012 161 W 0.001 0.005 0.021 0.034 0.031 0.038 0.129 0.144 0.234 0.212 0.151 162 A 0.001 0.002 0.016 0.011 0.014 0.027 0.105 0.128 0.214 0.247 0.235 163 D 0.007 0.015 0.189 0.259 0.198 0.147 0.108 0.037 0.023 0.012 0.004 164 F 0.001 0.007 0.072 0.052 0.057 0.100 0.261 0.171 0.148 0.088 0.042 165 L 0.001 0.002 0.013 0.012 0.010 0.015 0.062 0.102 0.233 0.291 0.260 166 R 0.002 0.007 0.033 0.053 0.088 0.153 0.295 0.170 0.120 0.058 0.021 167 R 0.018 0.055 0.319 0.233 0.151 0.098 0.070 0.028 0.017 0.008 0.003 168 R 0.010 0.021 0.033 0.053 0.077 0.148 0.319 0.156 0.108 0.056 0.020 169 I 0.027 0.015 0.017 0.023 0.026 0.046 0.126 0.141 0.208 0.206 0.165 170 D 0.163 0.270 0.152 0.169 0.098 0.060 0.045 0.018 0.013 0.007 0.004 171 R 0.182 0.123 0.097 0.160 0.123 0.114 0.101 0.046 0.032 0.016 0.006 172 D 0.591 0.174 0.059 0.079 0.039 0.023 0.017 0.007 0.005 0.003 0.002 173 L 0.065 0.058 0.033 0.085 0.104 0.129 0.177 0.115 0.108 0.071 0.054 174 L 0.060 0.087 0.064 0.093 0.091 0.109 0.152 0.100 0.106 0.081 0.056 175 S 0.166 0.173 0.115 0.179 0.142 0.100 0.075 0.028 0.015 0.006 0.003 176 D 0.495 0.136 0.115 0.117 0.061 0.033 0.025 0.008 0.005 0.002 0.001 177 S 0.054 0.218 0.071 0.159 0.139 0.119 0.102 0.050 0.041 0.027 0.022 178 F 0.007 0.010 0.009 0.026 0.050 0.097 0.190 0.171 0.194 0.146 0.101 179 D 0.385 0.174 0.140 0.141 0.081 0.045 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 180 D 0.115 0.164 0.299 0.294 0.087 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 181 A 0.002 0.004 0.009 0.010 0.011 0.027 0.102 0.133 0.234 0.236 0.231 182 L 0.001 0.002 0.014 0.020 0.052 0.152 0.328 0.196 0.134 0.069 0.033 183 A 0.012 0.029 0.836 0.089 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 184 E 0.002 0.012 0.105 0.168 0.236 0.254 0.170 0.034 0.013 0.005 0.002 185 A 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.004 0.031 0.072 0.213 0.306 0.361 186 M 0.001 0.004 0.038 0.080 0.159 0.252 0.292 0.097 0.050 0.020 0.006 187 K 0.014 0.040 0.794 0.095 0.033 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 188 L 0.002 0.007 0.021 0.038 0.082 0.178 0.372 0.138 0.089 0.050 0.022 189 A 0.003 0.003 0.007 0.004 0.004 0.009 0.050 0.090 0.211 0.293 0.326 190 K 0.030 0.126 0.197 0.227 0.176 0.115 0.073 0.025 0.016 0.010 0.007 191 S 0.036 0.101 0.263 0.165 0.132 0.120 0.104 0.038 0.026 0.010 0.005 192 R 0.435 0.120 0.083 0.126 0.085 0.061 0.053 0.017 0.010 0.006 0.004 193 E 0.268 0.209 0.107 0.166 0.088 0.060 0.056 0.020 0.014 0.007 0.005 194 A 0.012 0.008 0.013 0.017 0.023 0.046 0.107 0.131 0.208 0.208 0.228 195 R 0.088 0.144 0.164 0.238 0.160 0.107 0.064 0.018 0.010 0.005 0.002 196 H 0.068 0.161 0.239 0.212 0.139 0.093 0.055 0.017 0.010 0.004 0.002 197 L 0.007 0.007 0.009 0.023 0.030 0.050 0.131 0.146 0.204 0.203 0.190 198 P 0.099 0.095 0.036 0.090 0.092 0.107 0.157 0.108 0.101 0.069 0.045 199 G 0.208 0.112 0.059 0.100 0.076 0.071 0.100 0.075 0.088 0.065 0.045 200 W 0.055 0.047 0.030 0.083 0.105 0.131 0.180 0.123 0.116 0.080 0.052 201 C 0.052 0.079 0.038 0.104 0.094 0.098 0.145 0.119 0.121 0.089 0.060 202 G 0.246 0.178 0.062 0.128 0.109 0.092 0.079 0.042 0.032 0.020 0.012 203 V 0.281 0.156 0.088 0.150 0.093 0.069 0.067 0.036 0.030 0.019 0.012 204 E 0.401 0.191 0.050 0.121 0.090 0.059 0.043 0.019 0.014 0.008 0.004 205 E 0.456 0.174 0.048 0.122 0.069 0.046 0.035 0.018 0.016 0.010 0.007