# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.005 0.004 0.013 0.015 0.023 0.024 0.001 0.001 0.002 0.887 2 T 0.022 0.003 0.002 0.028 0.026 0.034 0.063 0.001 0.001 0.002 0.819 3 H 0.116 0.005 0.002 0.024 0.021 0.032 0.111 0.001 0.001 0.007 0.680 4 I 0.131 0.009 0.003 0.038 0.036 0.060 0.103 0.001 0.001 0.006 0.612 5 Y 0.073 0.009 0.003 0.056 0.035 0.066 0.137 0.001 0.001 0.006 0.613 6 E 0.139 0.007 0.003 0.052 0.052 0.080 0.130 0.001 0.001 0.007 0.528 7 P 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.972 8 R 0.018 0.001 0.001 0.049 0.049 0.083 0.230 0.001 0.001 0.006 0.563 9 L 0.400 0.005 0.005 0.047 0.024 0.051 0.066 0.001 0.001 0.031 0.370 10 S 0.057 0.028 0.002 0.181 0.172 0.154 0.146 0.001 0.001 0.005 0.255 11 R 0.027 0.007 0.003 0.057 0.019 0.052 0.070 0.001 0.001 0.004 0.762 12 I 0.044 0.012 0.003 0.308 0.171 0.245 0.059 0.001 0.001 0.003 0.153 13 A 0.013 0.015 0.002 0.103 0.077 0.145 0.150 0.001 0.001 0.003 0.492 14 I 0.010 0.025 0.002 0.128 0.148 0.284 0.062 0.001 0.001 0.002 0.339 15 D 0.016 0.058 0.001 0.106 0.075 0.159 0.109 0.001 0.001 0.003 0.472 16 K 0.098 0.078 0.001 0.025 0.031 0.059 0.148 0.006 0.001 0.010 0.544 17 L 0.315 0.231 0.017 0.031 0.024 0.050 0.058 0.007 0.001 0.010 0.256 18 R 0.102 0.249 0.013 0.023 0.036 0.056 0.080 0.007 0.001 0.003 0.430 19 P 0.008 0.024 0.002 0.004 0.004 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.943 20 T 0.095 0.084 0.005 0.019 0.029 0.050 0.064 0.005 0.001 0.003 0.647 21 Q 0.261 0.168 0.009 0.023 0.023 0.031 0.071 0.006 0.001 0.007 0.400 22 I 0.057 0.411 0.007 0.059 0.078 0.099 0.063 0.003 0.001 0.003 0.219 23 A 0.050 0.432 0.006 0.078 0.051 0.132 0.074 0.003 0.001 0.003 0.171 24 V 0.026 0.541 0.003 0.111 0.058 0.094 0.030 0.004 0.001 0.002 0.131 25 G 0.041 0.560 0.008 0.053 0.037 0.061 0.036 0.006 0.001 0.004 0.193 26 F 0.028 0.579 0.023 0.038 0.031 0.085 0.042 0.004 0.001 0.002 0.168 27 R 0.015 0.538 0.002 0.061 0.064 0.076 0.024 0.008 0.001 0.001 0.212 28 E 0.057 0.612 0.006 0.013 0.016 0.038 0.043 0.005 0.001 0.004 0.207 29 V 0.029 0.794 0.006 0.011 0.021 0.031 0.012 0.005 0.001 0.001 0.091 30 E 0.041 0.821 0.003 0.010 0.008 0.027 0.012 0.006 0.001 0.001 0.070 31 L 0.033 0.747 0.007 0.005 0.008 0.017 0.012 0.008 0.001 0.001 0.163 32 K 0.075 0.695 0.004 0.003 0.005 0.006 0.007 0.011 0.001 0.001 0.194 33 R 0.090 0.695 0.018 0.004 0.003 0.009 0.021 0.013 0.001 0.002 0.148 34 K 0.049 0.556 0.008 0.005 0.005 0.008 0.028 0.013 0.001 0.001 0.326 35 E 0.098 0.543 0.005 0.002 0.003 0.003 0.034 0.007 0.001 0.001 0.303 36 W 0.068 0.699 0.007 0.003 0.003 0.005 0.017 0.004 0.001 0.001 0.194 37 R 0.044 0.680 0.005 0.006 0.005 0.012 0.031 0.007 0.001 0.001 0.209 38 E 0.117 0.629 0.005 0.003 0.003 0.009 0.035 0.011 0.001 0.002 0.185 39 T 0.211 0.552 0.006 0.003 0.003 0.003 0.008 0.014 0.001 0.001 0.200 40 R 0.156 0.470 0.009 0.004 0.004 0.004 0.018 0.017 0.001 0.001 0.316 41 K 0.104 0.310 0.022 0.007 0.004 0.011 0.044 0.017 0.001 0.004 0.477 42 K 0.116 0.291 0.020 0.006 0.003 0.007 0.070 0.013 0.001 0.002 0.470 43 D 0.275 0.234 0.005 0.007 0.005 0.005 0.107 0.036 0.001 0.004 0.322 44 G 0.281 0.233 0.013 0.010 0.003 0.004 0.067 0.015 0.001 0.008 0.366 45 D 0.027 0.183 0.015 0.005 0.003 0.004 0.114 0.003 0.001 0.003 0.641 46 D 0.032 0.162 0.001 0.006 0.008 0.010 0.323 0.008 0.001 0.005 0.443 47 F 0.257 0.451 0.002 0.013 0.016 0.020 0.086 0.020 0.001 0.009 0.127 48 L 0.101 0.727 0.002 0.008 0.015 0.017 0.046 0.018 0.001 0.004 0.063 49 G 0.185 0.486 0.006 0.004 0.005 0.010 0.015 0.027 0.001 0.002 0.259 50 N 0.521 0.158 0.014 0.010 0.009 0.011 0.010 0.075 0.001 0.004 0.188 51 H 0.394 0.025 0.049 0.032 0.028 0.014 0.049 0.054 0.001 0.004 0.350 52 I 0.021 0.001 0.149 0.052 0.014 0.027 0.027 0.002 0.001 0.002 0.704 53 V 0.004 0.001 0.007 0.424 0.134 0.219 0.066 0.001 0.001 0.001 0.144 54 P 0.001 0.001 0.001 0.056 0.007 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.918 55 V 0.003 0.001 0.001 0.467 0.120 0.189 0.033 0.001 0.001 0.001 0.187 56 V 0.010 0.001 0.001 0.351 0.101 0.186 0.041 0.001 0.001 0.003 0.307 57 A 0.009 0.001 0.001 0.359 0.126 0.215 0.041 0.001 0.001 0.003 0.245 58 G 0.009 0.001 0.001 0.131 0.208 0.265 0.081 0.001 0.001 0.004 0.301 59 P 0.002 0.001 0.001 0.018 0.022 0.027 0.038 0.001 0.001 0.002 0.891 60 K 0.009 0.001 0.001 0.015 0.027 0.048 0.239 0.001 0.001 0.013 0.648 61 D 0.432 0.001 0.002 0.010 0.014 0.015 0.121 0.001 0.001 0.085 0.320 62 R 0.318 0.005 0.008 0.040 0.046 0.034 0.217 0.001 0.001 0.033 0.298 63 A 0.041 0.002 0.018 0.129 0.128 0.163 0.164 0.001 0.001 0.010 0.346 64 Y 0.005 0.001 0.002 0.255 0.273 0.370 0.043 0.001 0.001 0.001 0.051 65 L 0.002 0.001 0.001 0.183 0.223 0.372 0.046 0.001 0.001 0.001 0.172 66 I 0.001 0.001 0.001 0.230 0.242 0.412 0.027 0.001 0.001 0.001 0.086 67 D 0.003 0.002 0.001 0.224 0.110 0.220 0.191 0.001 0.001 0.003 0.247 68 H 0.010 0.003 0.001 0.116 0.030 0.064 0.137 0.001 0.001 0.010 0.627 69 H 0.016 0.006 0.001 0.051 0.016 0.029 0.545 0.001 0.001 0.026 0.309 70 H 0.084 0.016 0.001 0.011 0.005 0.007 0.523 0.001 0.001 0.037 0.314 71 L 0.033 0.274 0.006 0.009 0.006 0.012 0.184 0.001 0.001 0.008 0.468 72 V 0.031 0.608 0.002 0.007 0.023 0.047 0.098 0.003 0.001 0.010 0.172 73 L 0.027 0.808 0.001 0.003 0.009 0.028 0.028 0.003 0.001 0.002 0.091 74 A 0.042 0.873 0.001 0.001 0.005 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.068 75 L 0.054 0.908 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.018 76 S 0.030 0.845 0.005 0.004 0.015 0.025 0.005 0.025 0.001 0.001 0.045 77 K 0.086 0.576 0.017 0.005 0.005 0.010 0.010 0.049 0.001 0.001 0.242 78 E 0.225 0.352 0.015 0.012 0.010 0.015 0.048 0.088 0.001 0.003 0.231 79 G 0.564 0.049 0.021 0.010 0.009 0.005 0.073 0.057 0.001 0.011 0.200 80 V 0.064 0.030 0.555 0.016 0.006 0.008 0.036 0.001 0.001 0.003 0.282 81 E 0.005 0.015 0.005 0.101 0.073 0.102 0.100 0.001 0.001 0.001 0.596 82 H 0.076 0.012 0.002 0.080 0.037 0.082 0.068 0.001 0.001 0.007 0.634 83 V 0.081 0.038 0.005 0.230 0.141 0.181 0.048 0.002 0.001 0.005 0.269 84 L 0.016 0.023 0.004 0.245 0.141 0.214 0.066 0.001 0.001 0.003 0.286 85 T 0.011 0.020 0.001 0.232 0.154 0.304 0.042 0.001 0.001 0.003 0.232 86 S 0.010 0.030 0.001 0.249 0.198 0.368 0.033 0.001 0.001 0.002 0.109 87 E 0.015 0.099 0.003 0.125 0.123 0.231 0.054 0.002 0.001 0.003 0.345 88 V 0.022 0.115 0.004 0.108 0.162 0.411 0.037 0.002 0.001 0.004 0.134 89 A 0.018 0.132 0.003 0.059 0.099 0.281 0.058 0.004 0.001 0.003 0.342 90 K 0.068 0.150 0.003 0.027 0.064 0.088 0.064 0.010 0.001 0.005 0.521 91 F 0.140 0.233 0.019 0.033 0.058 0.106 0.062 0.008 0.001 0.008 0.333 92 S 0.061 0.267 0.007 0.027 0.065 0.060 0.111 0.011 0.001 0.003 0.387 93 H 0.235 0.177 0.007 0.009 0.012 0.020 0.089 0.023 0.001 0.009 0.420 94 L 0.388 0.167 0.045 0.010 0.007 0.016 0.087 0.018 0.001 0.011 0.251 95 G 0.216 0.022 0.024 0.008 0.011 0.010 0.377 0.025 0.001 0.020 0.287 96 K 0.058 0.007 0.148 0.007 0.001 0.002 0.049 0.001 0.001 0.003 0.723 97 D 0.002 0.004 0.001 0.008 0.002 0.002 0.075 0.001 0.001 0.001 0.904 98 E 0.056 0.014 0.001 0.006 0.003 0.003 0.329 0.001 0.001 0.017 0.570 99 F 0.054 0.212 0.001 0.013 0.005 0.020 0.422 0.003 0.001 0.014 0.257 100 W 0.043 0.773 0.001 0.025 0.011 0.029 0.048 0.003 0.001 0.004 0.063 101 S 0.030 0.864 0.001 0.003 0.004 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.080 102 V 0.053 0.888 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.041 103 M 0.052 0.905 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.026 104 D 0.020 0.872 0.004 0.005 0.011 0.013 0.006 0.023 0.001 0.001 0.046 105 H 0.107 0.642 0.007 0.003 0.007 0.013 0.023 0.039 0.001 0.003 0.158 106 R 0.329 0.418 0.025 0.007 0.008 0.010 0.038 0.044 0.001 0.005 0.114 107 N 0.344 0.137 0.063 0.028 0.026 0.023 0.071 0.056 0.001 0.015 0.237 108 L 0.078 0.081 0.374 0.057 0.048 0.058 0.080 0.008 0.001 0.007 0.209 109 I 0.022 0.058 0.028 0.158 0.164 0.304 0.037 0.005 0.001 0.003 0.221 110 Y 0.017 0.018 0.004 0.154 0.198 0.323 0.040 0.002 0.001 0.001 0.243 111 P 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.949 112 F 0.007 0.003 0.001 0.129 0.144 0.424 0.110 0.001 0.001 0.003 0.179 113 D 0.047 0.012 0.001 0.110 0.103 0.156 0.173 0.001 0.001 0.012 0.385 114 A 0.107 0.044 0.001 0.064 0.051 0.057 0.193 0.003 0.001 0.017 0.462 115 Q 0.150 0.021 0.002 0.014 0.011 0.020 0.507 0.002 0.001 0.030 0.242 116 G 0.362 0.028 0.010 0.019 0.011 0.013 0.255 0.005 0.001 0.051 0.246 117 L 0.156 0.053 0.117 0.012 0.014 0.020 0.317 0.001 0.001 0.013 0.297 118 R 0.007 0.009 0.005 0.008 0.013 0.025 0.046 0.001 0.001 0.001 0.885 119 R 0.026 0.015 0.001 0.023 0.036 0.122 0.084 0.001 0.001 0.003 0.690 120 Q 0.110 0.022 0.001 0.006 0.021 0.024 0.043 0.001 0.001 0.001 0.772 121 S 0.077 0.064 0.001 0.017 0.023 0.046 0.039 0.002 0.001 0.003 0.726 122 G 0.104 0.043 0.002 0.009 0.007 0.016 0.135 0.003 0.001 0.005 0.675 123 D 0.553 0.059 0.005 0.023 0.009 0.012 0.080 0.010 0.001 0.010 0.238 124 I 0.383 0.098 0.015 0.023 0.013 0.018 0.122 0.009 0.001 0.005 0.315 125 P 0.010 0.004 0.006 0.004 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.962 126 K 0.018 0.006 0.005 0.028 0.008 0.028 0.109 0.001 0.001 0.003 0.794 127 N 0.100 0.006 0.001 0.021 0.017 0.014 0.205 0.003 0.001 0.004 0.631 128 I 0.239 0.059 0.005 0.069 0.018 0.035 0.048 0.002 0.001 0.007 0.518 129 H 0.034 0.067 0.002 0.109 0.051 0.128 0.221 0.002 0.001 0.005 0.381 130 D 0.199 0.037 0.001 0.026 0.012 0.013 0.091 0.005 0.001 0.005 0.610 131 L 0.434 0.108 0.013 0.041 0.009 0.015 0.036 0.006 0.001 0.006 0.334 132 E 0.077 0.051 0.011 0.054 0.031 0.044 0.276 0.013 0.001 0.011 0.431 133 D 0.183 0.020 0.014 0.034 0.012 0.020 0.112 0.007 0.001 0.016 0.581 134 D 0.214 0.023 0.006 0.024 0.010 0.012 0.239 0.006 0.001 0.006 0.461 135 P 0.017 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.938 136 F 0.017 0.008 0.002 0.018 0.013 0.034 0.633 0.001 0.001 0.015 0.258 137 R 0.284 0.055 0.004 0.067 0.033 0.080 0.228 0.003 0.001 0.032 0.214 138 S 0.101 0.381 0.002 0.069 0.026 0.037 0.046 0.003 0.001 0.003 0.332 139 L 0.043 0.326 0.003 0.030 0.042 0.047 0.051 0.003 0.001 0.003 0.452 140 A 0.065 0.518 0.004 0.057 0.038 0.119 0.046 0.007 0.001 0.006 0.141 141 G 0.032 0.674 0.005 0.036 0.036 0.072 0.042 0.006 0.001 0.003 0.096 142 A 0.035 0.703 0.003 0.013 0.015 0.023 0.026 0.005 0.001 0.001 0.177 143 L 0.061 0.718 0.004 0.015 0.027 0.037 0.014 0.005 0.001 0.001 0.118 144 R 0.029 0.759 0.006 0.017 0.019 0.055 0.020 0.006 0.001 0.002 0.087 145 M 0.049 0.714 0.009 0.006 0.014 0.042 0.022 0.010 0.001 0.001 0.131 146 A 0.102 0.618 0.003 0.007 0.012 0.013 0.013 0.031 0.001 0.001 0.201 147 G 0.315 0.302 0.009 0.007 0.009 0.008 0.031 0.059 0.001 0.005 0.253 148 G 0.142 0.116 0.390 0.005 0.004 0.006 0.044 0.004 0.001 0.004 0.284 149 Y 0.017 0.064 0.014 0.020 0.017 0.025 0.115 0.004 0.001 0.001 0.721 150 A 0.044 0.032 0.002 0.017 0.006 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.867 151 K 0.083 0.082 0.002 0.016 0.010 0.019 0.068 0.002 0.001 0.003 0.715 152 V 0.219 0.156 0.005 0.027 0.015 0.035 0.080 0.004 0.001 0.006 0.452 153 I 0.262 0.196 0.005 0.027 0.011 0.028 0.023 0.006 0.001 0.002 0.440 154 I 0.129 0.261 0.009 0.083 0.027 0.099 0.036 0.006 0.001 0.002 0.347 155 P 0.007 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.976 156 F 0.093 0.118 0.006 0.045 0.010 0.060 0.135 0.002 0.001 0.004 0.527 157 S 0.054 0.142 0.002 0.016 0.010 0.012 0.048 0.003 0.001 0.001 0.712 158 E 0.062 0.615 0.001 0.012 0.004 0.009 0.060 0.002 0.001 0.001 0.234 159 F 0.086 0.564 0.002 0.009 0.008 0.014 0.075 0.007 0.001 0.005 0.232 160 G 0.093 0.707 0.007 0.003 0.001 0.003 0.079 0.002 0.001 0.003 0.104 161 W 0.015 0.851 0.007 0.002 0.001 0.003 0.030 0.003 0.001 0.001 0.087 162 A 0.009 0.911 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.062 163 D 0.010 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.052 164 F 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.035 165 L 0.016 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 166 R 0.018 0.944 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.017 167 R 0.057 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.030 168 R 0.141 0.745 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.054 169 I 0.126 0.618 0.075 0.004 0.002 0.003 0.005 0.045 0.001 0.001 0.122 170 D 0.078 0.176 0.047 0.015 0.008 0.013 0.051 0.084 0.001 0.001 0.527 171 R 0.144 0.104 0.039 0.022 0.004 0.007 0.041 0.008 0.001 0.002 0.629 172 D 0.055 0.046 0.004 0.009 0.002 0.003 0.091 0.004 0.001 0.002 0.785 173 L 0.202 0.064 0.012 0.021 0.008 0.009 0.200 0.005 0.001 0.014 0.465 174 L 0.209 0.150 0.007 0.038 0.017 0.031 0.236 0.010 0.001 0.012 0.289 175 S 0.252 0.193 0.009 0.030 0.011 0.020 0.102 0.010 0.001 0.008 0.365 176 D 0.102 0.111 0.008 0.012 0.003 0.005 0.047 0.007 0.001 0.004 0.702 177 S 0.269 0.034 0.008 0.004 0.003 0.003 0.282 0.014 0.001 0.010 0.372 178 F 0.268 0.041 0.052 0.013 0.002 0.003 0.148 0.006 0.001 0.014 0.453 179 D 0.015 0.054 0.003 0.010 0.001 0.002 0.294 0.002 0.001 0.003 0.616 180 D 0.023 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.001 0.001 0.003 0.753 181 A 0.097 0.491 0.001 0.002 0.001 0.002 0.167 0.005 0.001 0.006 0.229 182 L 0.082 0.717 0.001 0.001 0.001 0.002 0.128 0.011 0.001 0.005 0.052 183 A 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.049 184 E 0.009 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 185 A 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 186 M 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.005 187 K 0.011 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 188 L 0.025 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.018 189 A 0.070 0.872 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.016 190 K 0.053 0.812 0.041 0.004 0.002 0.003 0.009 0.045 0.001 0.001 0.030 191 S 0.092 0.631 0.016 0.007 0.002 0.004 0.009 0.044 0.001 0.001 0.193 192 R 0.032 0.221 0.007 0.003 0.001 0.001 0.017 0.008 0.001 0.001 0.710 193 E 0.078 0.245 0.007 0.006 0.005 0.006 0.260 0.008 0.001 0.007 0.379 194 A 0.132 0.505 0.014 0.011 0.007 0.013 0.121 0.010 0.001 0.007 0.180 195 R 0.084 0.738 0.002 0.008 0.004 0.012 0.030 0.007 0.001 0.002 0.114 196 H 0.270 0.468 0.004 0.004 0.004 0.006 0.007 0.015 0.001 0.001 0.221 197 L 0.388 0.351 0.014 0.008 0.008 0.012 0.008 0.017 0.001 0.001 0.192 198 P 0.007 0.010 0.007 0.004 0.002 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.963 199 G 0.041 0.018 0.007 0.041 0.035 0.063 0.072 0.004 0.001 0.002 0.717 200 W 0.325 0.034 0.008 0.040 0.021 0.041 0.051 0.004 0.001 0.005 0.472 201 C 0.075 0.068 0.004 0.085 0.041 0.076 0.062 0.003 0.001 0.002 0.584 202 G 0.059 0.018 0.004 0.059 0.034 0.056 0.076 0.001 0.001 0.003 0.691 203 V 0.070 0.016 0.007 0.051 0.022 0.043 0.061 0.001 0.001 0.004 0.726 204 E 0.021 0.013 0.003 0.043 0.037 0.069 0.080 0.001 0.001 0.003 0.730 205 E 0.054 0.015 0.002 0.029 0.033 0.052 0.101 0.002 0.001 0.007 0.706