# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.007 0.030 0.021 0.039 0.059 0.004 0.811 2 T 0.017 0.009 0.023 0.027 0.039 0.072 0.004 0.811 3 H 0.027 0.007 0.011 0.014 0.025 0.052 0.005 0.860 4 I 0.111 0.015 0.023 0.021 0.041 0.099 0.010 0.681 5 Y 0.099 0.024 0.028 0.025 0.045 0.168 0.022 0.591 6 E 0.109 0.021 0.026 0.031 0.042 0.073 0.008 0.690 7 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 8 R 0.045 0.005 0.025 0.039 0.075 0.133 0.010 0.668 9 L 0.224 0.014 0.073 0.027 0.045 0.068 0.007 0.542 10 S 0.094 0.037 0.127 0.232 0.235 0.080 0.008 0.185 11 R 0.044 0.013 0.065 0.032 0.059 0.040 0.003 0.744 12 I 0.045 0.036 0.272 0.127 0.157 0.069 0.006 0.289 13 A 0.020 0.049 0.079 0.082 0.115 0.152 0.005 0.497 14 I 0.027 0.094 0.063 0.047 0.194 0.063 0.005 0.506 15 D 0.026 0.241 0.048 0.052 0.087 0.133 0.009 0.404 16 K 0.193 0.174 0.020 0.016 0.023 0.151 0.050 0.373 17 L 0.304 0.364 0.035 0.014 0.016 0.047 0.051 0.169 18 R 0.200 0.319 0.068 0.045 0.038 0.062 0.030 0.239 19 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 20 T 0.030 0.160 0.066 0.054 0.105 0.165 0.018 0.400 21 Q 0.158 0.282 0.058 0.026 0.027 0.065 0.023 0.361 22 I 0.036 0.321 0.084 0.034 0.040 0.066 0.013 0.404 23 A 0.105 0.321 0.080 0.068 0.075 0.115 0.016 0.220 24 V 0.108 0.413 0.046 0.067 0.067 0.053 0.013 0.231 25 G 0.026 0.357 0.036 0.056 0.069 0.051 0.012 0.393 26 F 0.061 0.297 0.036 0.063 0.128 0.075 0.013 0.326 27 R 0.036 0.362 0.013 0.061 0.060 0.084 0.012 0.372 28 E 0.112 0.352 0.012 0.032 0.075 0.141 0.008 0.268 29 V 0.015 0.875 0.005 0.024 0.023 0.011 0.002 0.045 30 E 0.005 0.922 0.004 0.011 0.016 0.005 0.002 0.035 31 L 0.009 0.918 0.003 0.009 0.011 0.006 0.004 0.041 32 K 0.033 0.898 0.003 0.004 0.006 0.008 0.008 0.039 33 R 0.022 0.914 0.005 0.003 0.005 0.007 0.007 0.037 34 K 0.018 0.850 0.005 0.002 0.003 0.017 0.009 0.096 35 E 0.036 0.836 0.004 0.002 0.002 0.022 0.008 0.090 36 W 0.030 0.909 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.046 37 R 0.023 0.865 0.004 0.002 0.004 0.020 0.006 0.075 38 E 0.038 0.831 0.004 0.002 0.002 0.023 0.010 0.089 39 T 0.065 0.856 0.003 0.001 0.001 0.009 0.010 0.054 40 R 0.064 0.808 0.006 0.003 0.003 0.010 0.013 0.092 41 K 0.071 0.492 0.021 0.005 0.011 0.030 0.019 0.350 42 K 0.080 0.374 0.016 0.005 0.010 0.108 0.017 0.389 43 D 0.131 0.385 0.009 0.003 0.005 0.112 0.022 0.332 44 G 0.212 0.407 0.015 0.004 0.008 0.036 0.023 0.296 45 D 0.070 0.321 0.036 0.010 0.016 0.074 0.015 0.459 46 D 0.051 0.272 0.019 0.010 0.020 0.086 0.011 0.530 47 F 0.149 0.525 0.013 0.012 0.029 0.080 0.014 0.178 48 L 0.099 0.687 0.017 0.023 0.035 0.023 0.014 0.103 49 G 0.210 0.304 0.026 0.026 0.034 0.038 0.061 0.301 50 N 0.235 0.106 0.084 0.036 0.023 0.038 0.096 0.382 51 H 0.325 0.036 0.103 0.077 0.059 0.051 0.084 0.264 52 I 0.005 0.003 0.081 0.012 0.019 0.023 0.006 0.851 53 V 0.011 0.001 0.455 0.208 0.183 0.043 0.004 0.094 54 P 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 55 V 0.001 0.001 0.343 0.085 0.243 0.027 0.001 0.299 56 V 0.013 0.001 0.457 0.189 0.127 0.028 0.002 0.182 57 A 0.016 0.002 0.173 0.170 0.299 0.035 0.003 0.302 58 G 0.021 0.001 0.108 0.157 0.331 0.073 0.003 0.306 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.993 60 K 0.006 0.001 0.008 0.024 0.048 0.149 0.005 0.761 61 D 0.249 0.001 0.012 0.020 0.017 0.102 0.040 0.560 62 R 0.470 0.001 0.036 0.028 0.046 0.254 0.009 0.156 63 A 0.042 0.003 0.107 0.199 0.173 0.113 0.003 0.359 64 Y 0.013 0.002 0.167 0.299 0.394 0.037 0.002 0.085 65 L 0.006 0.003 0.173 0.228 0.335 0.026 0.001 0.228 66 I 0.003 0.005 0.219 0.234 0.362 0.030 0.001 0.146 67 D 0.003 0.016 0.087 0.173 0.291 0.069 0.002 0.359 68 H 0.012 0.025 0.065 0.053 0.163 0.166 0.007 0.510 69 H 0.040 0.020 0.016 0.012 0.027 0.541 0.008 0.335 70 H 0.138 0.103 0.018 0.022 0.023 0.278 0.016 0.402 71 L 0.035 0.576 0.026 0.032 0.034 0.091 0.007 0.199 72 V 0.028 0.655 0.022 0.032 0.081 0.049 0.009 0.124 73 L 0.037 0.778 0.014 0.023 0.049 0.029 0.005 0.065 74 A 0.016 0.922 0.004 0.014 0.017 0.004 0.003 0.021 75 L 0.055 0.825 0.011 0.013 0.031 0.006 0.015 0.043 76 S 0.070 0.792 0.006 0.013 0.027 0.008 0.019 0.065 77 K 0.122 0.647 0.017 0.012 0.018 0.014 0.044 0.126 78 E 0.260 0.394 0.017 0.017 0.013 0.045 0.122 0.132 79 G 0.650 0.039 0.008 0.005 0.004 0.014 0.137 0.143 80 V 0.113 0.042 0.300 0.024 0.026 0.067 0.021 0.407 81 E 0.006 0.013 0.049 0.038 0.036 0.081 0.007 0.770 82 H 0.027 0.008 0.037 0.020 0.034 0.071 0.011 0.794 83 V 0.121 0.011 0.177 0.089 0.095 0.138 0.010 0.359 84 L 0.012 0.004 0.279 0.175 0.113 0.062 0.003 0.352 85 T 0.008 0.004 0.151 0.208 0.323 0.029 0.002 0.275 86 S 0.007 0.003 0.305 0.251 0.284 0.018 0.001 0.130 87 E 0.006 0.005 0.134 0.228 0.322 0.041 0.002 0.264 88 V 0.006 0.011 0.220 0.150 0.445 0.027 0.002 0.139 89 A 0.010 0.027 0.126 0.191 0.342 0.079 0.004 0.222 90 K 0.050 0.055 0.056 0.082 0.179 0.070 0.017 0.492 91 F 0.305 0.055 0.073 0.043 0.154 0.071 0.023 0.275 92 S 0.149 0.102 0.037 0.053 0.067 0.186 0.036 0.371 93 H 0.333 0.064 0.020 0.019 0.031 0.060 0.056 0.417 94 L 0.394 0.070 0.054 0.016 0.026 0.136 0.029 0.275 95 G 0.183 0.044 0.029 0.011 0.016 0.189 0.028 0.498 96 K 0.069 0.033 0.053 0.006 0.014 0.074 0.010 0.742 97 D 0.022 0.038 0.016 0.004 0.010 0.103 0.004 0.801 98 E 0.062 0.046 0.015 0.004 0.010 0.309 0.007 0.548 99 F 0.102 0.228 0.013 0.007 0.018 0.346 0.008 0.278 100 W 0.058 0.639 0.019 0.009 0.032 0.054 0.004 0.184 101 S 0.020 0.751 0.005 0.007 0.012 0.043 0.004 0.160 102 V 0.035 0.857 0.006 0.005 0.008 0.009 0.006 0.075 103 M 0.043 0.883 0.003 0.005 0.011 0.005 0.009 0.041 104 D 0.143 0.656 0.011 0.014 0.022 0.014 0.046 0.095 105 H 0.217 0.430 0.039 0.014 0.016 0.020 0.085 0.180 106 R 0.399 0.182 0.044 0.014 0.012 0.041 0.109 0.200 107 N 0.254 0.076 0.109 0.037 0.015 0.043 0.112 0.355 108 L 0.094 0.018 0.389 0.042 0.062 0.091 0.025 0.279 109 I 0.030 0.015 0.209 0.085 0.138 0.086 0.007 0.430 110 Y 0.014 0.008 0.219 0.168 0.157 0.068 0.003 0.362 111 P 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.988 112 F 0.009 0.004 0.084 0.093 0.262 0.119 0.002 0.428 113 D 0.060 0.018 0.032 0.090 0.163 0.084 0.006 0.547 114 A 0.063 0.034 0.034 0.045 0.079 0.106 0.010 0.628 115 Q 0.064 0.009 0.007 0.008 0.012 0.743 0.015 0.143 116 G 0.740 0.016 0.006 0.007 0.005 0.036 0.040 0.151 117 L 0.283 0.050 0.112 0.033 0.050 0.224 0.011 0.237 118 R 0.004 0.008 0.011 0.018 0.026 0.039 0.003 0.891 119 R 0.065 0.037 0.050 0.088 0.236 0.082 0.009 0.433 120 Q 0.038 0.017 0.016 0.031 0.065 0.098 0.006 0.730 121 S 0.038 0.019 0.018 0.019 0.045 0.062 0.006 0.793 122 G 0.065 0.030 0.015 0.014 0.024 0.102 0.012 0.738 123 D 0.185 0.026 0.014 0.009 0.013 0.155 0.029 0.568 124 I 0.394 0.030 0.025 0.018 0.024 0.104 0.013 0.392 125 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 126 K 0.007 0.017 0.023 0.026 0.078 0.172 0.003 0.674 127 N 0.160 0.065 0.019 0.010 0.022 0.160 0.012 0.551 128 I 0.248 0.268 0.036 0.019 0.057 0.054 0.009 0.308 129 H 0.129 0.218 0.050 0.024 0.036 0.173 0.014 0.357 130 D 0.229 0.181 0.020 0.011 0.019 0.080 0.023 0.438 131 L 0.358 0.195 0.043 0.011 0.027 0.053 0.030 0.282 132 E 0.116 0.157 0.051 0.019 0.025 0.212 0.031 0.389 133 D 0.116 0.099 0.049 0.010 0.018 0.121 0.046 0.541 134 D 0.204 0.092 0.030 0.011 0.014 0.152 0.017 0.480 135 P 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.985 136 F 0.008 0.015 0.008 0.003 0.009 0.805 0.003 0.148 137 R 0.374 0.155 0.013 0.004 0.009 0.289 0.007 0.148 138 S 0.012 0.873 0.006 0.005 0.005 0.019 0.001 0.078 139 L 0.020 0.814 0.007 0.006 0.012 0.028 0.005 0.107 140 A 0.051 0.807 0.008 0.005 0.014 0.026 0.007 0.081 141 G 0.037 0.870 0.002 0.006 0.010 0.018 0.007 0.050 142 A 0.016 0.945 0.003 0.003 0.003 0.003 0.003 0.025 143 L 0.011 0.936 0.003 0.004 0.007 0.003 0.006 0.029 144 R 0.009 0.943 0.004 0.006 0.009 0.003 0.004 0.021 145 M 0.019 0.904 0.007 0.008 0.011 0.004 0.011 0.035 146 A 0.055 0.788 0.018 0.014 0.010 0.006 0.037 0.071 147 G 0.515 0.151 0.018 0.019 0.009 0.009 0.150 0.129 148 G 0.090 0.056 0.310 0.027 0.023 0.038 0.024 0.431 149 Y 0.052 0.038 0.091 0.078 0.135 0.096 0.012 0.497 150 A 0.058 0.028 0.080 0.042 0.075 0.126 0.012 0.579 151 K 0.083 0.031 0.093 0.049 0.060 0.180 0.013 0.492 152 V 0.062 0.032 0.109 0.040 0.038 0.081 0.013 0.626 153 I 0.053 0.027 0.091 0.046 0.074 0.071 0.021 0.617 154 I 0.052 0.016 0.156 0.107 0.104 0.109 0.008 0.447 155 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 156 F 0.011 0.016 0.078 0.046 0.157 0.107 0.003 0.582 157 S 0.069 0.045 0.044 0.030 0.037 0.154 0.009 0.612 158 E 0.127 0.113 0.041 0.029 0.055 0.137 0.011 0.487 159 F 0.155 0.364 0.046 0.043 0.057 0.075 0.007 0.253 160 G 0.100 0.396 0.030 0.042 0.060 0.099 0.014 0.259 161 W 0.064 0.597 0.020 0.030 0.049 0.036 0.009 0.195 162 A 0.051 0.666 0.017 0.022 0.057 0.032 0.012 0.142 163 D 0.043 0.700 0.009 0.015 0.018 0.034 0.012 0.170 164 F 0.032 0.860 0.005 0.006 0.010 0.015 0.006 0.065 165 L 0.027 0.882 0.004 0.004 0.010 0.013 0.006 0.053 166 R 0.017 0.931 0.004 0.003 0.005 0.005 0.004 0.032 167 R 0.032 0.905 0.004 0.003 0.002 0.004 0.013 0.037 168 R 0.190 0.651 0.019 0.006 0.005 0.007 0.048 0.074 169 I 0.083 0.610 0.058 0.012 0.010 0.016 0.024 0.187 170 D 0.041 0.314 0.104 0.019 0.030 0.077 0.024 0.392 171 R 0.071 0.144 0.047 0.008 0.018 0.050 0.013 0.649 172 D 0.054 0.176 0.036 0.005 0.009 0.184 0.013 0.524 173 L 0.240 0.201 0.036 0.006 0.010 0.215 0.020 0.273 174 L 0.225 0.472 0.050 0.007 0.010 0.108 0.016 0.113 175 S 0.217 0.389 0.049 0.010 0.024 0.084 0.025 0.202 176 D 0.185 0.182 0.034 0.006 0.010 0.049 0.021 0.513 177 S 0.275 0.072 0.017 0.003 0.005 0.284 0.031 0.312 178 F 0.421 0.089 0.041 0.003 0.010 0.200 0.023 0.213 179 D 0.059 0.133 0.024 0.002 0.010 0.332 0.009 0.431 180 D 0.030 0.102 0.005 0.001 0.003 0.219 0.004 0.636 181 A 0.060 0.388 0.004 0.001 0.002 0.203 0.005 0.336 182 L 0.056 0.675 0.006 0.001 0.004 0.068 0.007 0.183 183 A 0.021 0.762 0.003 0.001 0.003 0.019 0.003 0.189 184 E 0.013 0.823 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.142 185 A 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.037 186 M 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 187 K 0.011 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 188 L 0.015 0.964 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 189 A 0.045 0.912 0.005 0.002 0.002 0.003 0.011 0.021 190 K 0.094 0.755 0.044 0.005 0.005 0.015 0.025 0.057 191 S 0.137 0.613 0.047 0.007 0.009 0.018 0.030 0.140 192 R 0.066 0.388 0.068 0.006 0.012 0.024 0.021 0.416 193 E 0.060 0.261 0.014 0.004 0.008 0.253 0.022 0.378 194 A 0.263 0.334 0.027 0.006 0.010 0.133 0.031 0.194 195 R 0.280 0.447 0.016 0.009 0.008 0.033 0.035 0.172 196 H 0.219 0.172 0.065 0.010 0.012 0.028 0.101 0.392 197 L 0.270 0.079 0.175 0.037 0.053 0.044 0.023 0.320 198 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 199 G 0.013 0.010 0.036 0.053 0.134 0.083 0.008 0.664 200 W 0.426 0.013 0.063 0.023 0.025 0.049 0.013 0.388 201 C 0.112 0.021 0.105 0.081 0.072 0.075 0.009 0.525 202 G 0.121 0.009 0.045 0.048 0.067 0.082 0.009 0.620 203 V 0.055 0.010 0.073 0.033 0.060 0.063 0.004 0.702 204 E 0.012 0.007 0.013 0.019 0.039 0.096 0.003 0.811 205 E 0.035 0.011 0.012 0.015 0.029 0.111 0.008 0.779