# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.6915 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.139 0.233 0.091 0.014 0.269 0.009 0.024 0.075 0.051 0.049 0.046 2 T 0.071 0.222 0.079 0.025 0.165 0.031 0.064 0.152 0.110 0.053 0.028 3 H 0.139 0.143 0.071 0.016 0.225 0.016 0.037 0.101 0.089 0.102 0.061 4 I 0.108 0.133 0.046 0.016 0.182 0.022 0.063 0.197 0.116 0.077 0.040 5 Y 0.079 0.168 0.115 0.045 0.134 0.029 0.054 0.076 0.070 0.176 0.053 6 E 0.148 0.204 0.127 0.032 0.242 0.012 0.028 0.081 0.046 0.029 0.052 7 P 0.044 0.207 0.057 0.011 0.125 0.018 0.033 0.228 0.214 0.046 0.018 8 R 0.096 0.089 0.017 0.005 0.197 0.008 0.048 0.228 0.135 0.142 0.035 9 L 0.217 0.092 0.017 0.009 0.186 0.011 0.016 0.121 0.121 0.129 0.082 10 S 0.039 0.272 0.094 0.028 0.270 0.026 0.038 0.131 0.055 0.032 0.015 11 R 0.312 0.040 0.010 0.002 0.218 0.004 0.017 0.059 0.042 0.154 0.141 12 I 0.025 0.540 0.238 0.003 0.178 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.003 13 A 0.061 0.576 0.138 0.003 0.156 0.001 0.004 0.024 0.007 0.010 0.019 14 I 0.023 0.024 0.008 0.006 0.024 0.007 0.010 0.296 0.553 0.031 0.018 15 D 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.036 0.104 0.583 0.258 0.010 0.001 16 K 0.005 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.224 0.284 0.456 0.007 17 L 0.146 0.090 0.037 0.007 0.171 0.005 0.022 0.128 0.156 0.171 0.067 18 R 0.024 0.163 0.179 0.059 0.094 0.028 0.045 0.262 0.105 0.022 0.020 19 P 0.062 0.087 0.027 0.009 0.097 0.012 0.064 0.393 0.185 0.039 0.026 20 T 0.037 0.068 0.029 0.029 0.058 0.027 0.062 0.389 0.140 0.134 0.026 21 Q 0.030 0.021 0.005 0.008 0.044 0.011 0.032 0.538 0.246 0.050 0.015 22 I 0.016 0.036 0.013 0.009 0.033 0.021 0.084 0.613 0.147 0.020 0.009 23 A 0.060 0.020 0.006 0.006 0.052 0.012 0.064 0.498 0.121 0.122 0.039 24 V 0.018 0.090 0.038 0.027 0.072 0.025 0.076 0.499 0.106 0.037 0.011 25 G 0.035 0.225 0.101 0.015 0.059 0.004 0.007 0.348 0.073 0.110 0.023 26 F 0.004 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.809 0.162 0.005 0.002 27 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.893 0.084 0.003 0.001 28 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.916 0.060 0.011 0.001 29 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.923 0.061 0.007 0.001 30 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.905 0.065 0.008 0.001 31 L 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.002 0.015 0.915 0.041 0.009 0.001 32 K 0.004 0.006 0.004 0.002 0.004 0.003 0.011 0.844 0.084 0.036 0.003 33 R 0.007 0.019 0.004 0.003 0.012 0.004 0.014 0.834 0.085 0.015 0.003 34 K 0.004 0.013 0.004 0.003 0.008 0.008 0.029 0.805 0.107 0.017 0.003 35 E 0.010 0.011 0.008 0.002 0.013 0.004 0.033 0.800 0.077 0.036 0.007 36 W 0.019 0.010 0.003 0.001 0.016 0.002 0.007 0.694 0.177 0.061 0.011 37 R 0.010 0.024 0.006 0.004 0.019 0.010 0.029 0.704 0.167 0.022 0.004 38 E 0.021 0.022 0.008 0.004 0.029 0.009 0.063 0.616 0.127 0.088 0.014 39 T 0.049 0.116 0.077 0.017 0.111 0.020 0.073 0.321 0.093 0.093 0.030 40 R 0.089 0.162 0.073 0.013 0.130 0.008 0.019 0.293 0.082 0.082 0.049 41 K 0.046 0.061 0.024 0.012 0.060 0.022 0.046 0.539 0.112 0.055 0.022 42 K 0.019 0.070 0.032 0.031 0.052 0.045 0.074 0.457 0.098 0.100 0.023 43 D 0.084 0.105 0.084 0.020 0.090 0.013 0.038 0.364 0.065 0.084 0.054 44 G 0.014 0.024 0.024 0.020 0.019 0.009 0.010 0.567 0.201 0.092 0.019 45 D 0.019 0.035 0.007 0.006 0.034 0.010 0.025 0.560 0.252 0.042 0.010 46 D 0.015 0.016 0.010 0.007 0.015 0.020 0.102 0.591 0.180 0.033 0.010 47 F 0.013 0.013 0.016 0.017 0.017 0.030 0.172 0.487 0.132 0.091 0.012 48 L 0.082 0.114 0.061 0.048 0.072 0.046 0.053 0.133 0.110 0.196 0.084 49 G 0.011 0.066 0.091 0.315 0.024 0.159 0.069 0.119 0.070 0.062 0.013 50 N 0.040 0.046 0.039 0.033 0.050 0.034 0.067 0.101 0.131 0.379 0.081 51 H 0.061 0.305 0.148 0.025 0.229 0.008 0.023 0.046 0.039 0.076 0.041 52 I 0.234 0.202 0.048 0.005 0.328 0.005 0.018 0.025 0.024 0.046 0.066 53 V 0.063 0.402 0.202 0.010 0.288 0.003 0.007 0.009 0.004 0.003 0.009 54 P 0.204 0.235 0.046 0.003 0.447 0.003 0.007 0.009 0.007 0.008 0.031 55 V 0.257 0.132 0.022 0.005 0.499 0.012 0.016 0.014 0.006 0.008 0.028 56 V 0.317 0.108 0.032 0.008 0.404 0.010 0.011 0.014 0.006 0.019 0.071 57 A 0.095 0.140 0.054 0.092 0.177 0.057 0.053 0.043 0.041 0.184 0.063 58 G 0.020 0.087 0.439 0.301 0.029 0.027 0.010 0.025 0.021 0.027 0.015 59 P 0.025 0.050 0.081 0.137 0.028 0.108 0.083 0.248 0.166 0.053 0.021 60 K 0.007 0.201 0.131 0.200 0.042 0.113 0.157 0.077 0.042 0.023 0.006 61 D 0.027 0.015 0.011 0.016 0.014 0.007 0.007 0.017 0.044 0.680 0.162 62 R 0.112 0.303 0.063 0.009 0.353 0.005 0.011 0.031 0.035 0.050 0.027 63 A 0.263 0.125 0.016 0.002 0.541 0.002 0.003 0.006 0.006 0.008 0.028 64 Y 0.190 0.132 0.019 0.004 0.613 0.004 0.006 0.008 0.003 0.003 0.019 65 L 0.370 0.080 0.011 0.002 0.421 0.002 0.004 0.013 0.002 0.012 0.084 66 I 0.119 0.247 0.101 0.023 0.267 0.011 0.014 0.034 0.013 0.091 0.081 67 D 0.096 0.293 0.179 0.021 0.218 0.009 0.012 0.086 0.023 0.026 0.036 68 H 0.005 0.015 0.008 0.003 0.009 0.005 0.015 0.677 0.234 0.024 0.005 69 H 0.004 0.013 0.006 0.004 0.010 0.006 0.021 0.774 0.123 0.035 0.004 70 H 0.005 0.011 0.003 0.001 0.009 0.002 0.006 0.854 0.089 0.018 0.003 71 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.929 0.051 0.007 0.002 72 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.934 0.052 0.004 0.001 73 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.902 0.073 0.007 0.001 74 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.009 0.919 0.047 0.009 0.001 75 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.015 0.870 0.081 0.016 0.001 76 S 0.008 0.024 0.014 0.002 0.009 0.004 0.027 0.731 0.153 0.022 0.006 77 K 0.007 0.009 0.007 0.003 0.007 0.008 0.057 0.707 0.146 0.045 0.005 78 E 0.003 0.571 0.254 0.039 0.048 0.017 0.033 0.022 0.006 0.005 0.001 79 G 0.064 0.028 0.033 0.029 0.019 0.006 0.004 0.010 0.014 0.400 0.392 80 V 0.178 0.161 0.038 0.012 0.256 0.016 0.020 0.064 0.075 0.090 0.090 81 E 0.047 0.078 0.016 0.027 0.160 0.061 0.111 0.298 0.133 0.045 0.024 82 H 0.337 0.073 0.022 0.006 0.285 0.006 0.015 0.046 0.038 0.080 0.094 83 V 0.121 0.302 0.069 0.006 0.423 0.003 0.007 0.037 0.008 0.008 0.015 84 L 0.290 0.115 0.009 0.003 0.452 0.003 0.009 0.037 0.008 0.014 0.060 85 T 0.350 0.071 0.010 0.005 0.446 0.007 0.008 0.025 0.009 0.013 0.056 86 S 0.134 0.265 0.031 0.005 0.449 0.007 0.015 0.059 0.012 0.008 0.014 87 E 0.339 0.117 0.016 0.002 0.412 0.002 0.007 0.052 0.008 0.010 0.035 88 V 0.203 0.060 0.011 0.031 0.181 0.051 0.049 0.199 0.102 0.057 0.058 89 A 0.046 0.179 0.049 0.038 0.148 0.058 0.079 0.282 0.092 0.019 0.011 90 K 0.211 0.096 0.038 0.006 0.213 0.006 0.025 0.120 0.051 0.123 0.112 91 F 0.166 0.181 0.039 0.015 0.226 0.009 0.014 0.091 0.110 0.084 0.065 92 S 0.027 0.063 0.035 0.027 0.051 0.068 0.130 0.290 0.242 0.050 0.017 93 H 0.063 0.060 0.025 0.006 0.070 0.006 0.032 0.152 0.156 0.374 0.056 94 L 0.088 0.274 0.100 0.034 0.193 0.024 0.036 0.043 0.041 0.096 0.071 95 G 0.043 0.259 0.364 0.082 0.097 0.017 0.008 0.021 0.013 0.054 0.043 96 K 0.033 0.059 0.032 0.009 0.055 0.008 0.013 0.439 0.252 0.079 0.022 97 D 0.005 0.019 0.010 0.006 0.013 0.008 0.018 0.708 0.155 0.050 0.009 98 E 0.006 0.007 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.777 0.129 0.053 0.005 99 F 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.875 0.084 0.023 0.001 100 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.836 0.144 0.012 0.001 101 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.917 0.062 0.003 0.001 102 V 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.016 0.886 0.061 0.024 0.001 103 M 0.002 0.009 0.004 0.002 0.006 0.003 0.027 0.829 0.099 0.019 0.001 104 D 0.004 0.007 0.011 0.002 0.002 0.003 0.025 0.734 0.181 0.024 0.008 105 H 0.003 0.056 0.023 0.006 0.013 0.015 0.120 0.562 0.155 0.044 0.002 106 R 0.007 0.723 0.145 0.010 0.082 0.001 0.002 0.004 0.003 0.016 0.007 107 N 0.067 0.027 0.024 0.029 0.028 0.013 0.012 0.013 0.028 0.428 0.331 108 L 0.139 0.273 0.074 0.011 0.381 0.007 0.014 0.021 0.015 0.026 0.038 109 I 0.222 0.197 0.048 0.006 0.429 0.005 0.006 0.011 0.012 0.017 0.048 110 Y 0.193 0.192 0.093 0.004 0.476 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.027 111 P 0.065 0.423 0.085 0.004 0.208 0.003 0.014 0.141 0.025 0.017 0.016 112 F 0.043 0.208 0.037 0.013 0.283 0.025 0.045 0.098 0.044 0.177 0.026 113 D 0.105 0.128 0.493 0.010 0.152 0.002 0.004 0.031 0.014 0.010 0.050 114 A 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.035 0.806 0.135 0.006 0.001 115 Q 0.001 0.818 0.152 0.010 0.010 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 116 G 0.031 0.017 0.014 0.011 0.008 0.003 0.001 0.002 0.005 0.395 0.513 117 L 0.022 0.491 0.239 0.005 0.161 0.006 0.011 0.027 0.015 0.011 0.013 118 R 0.194 0.243 0.097 0.005 0.323 0.003 0.006 0.012 0.019 0.036 0.063 119 R 0.040 0.347 0.364 0.053 0.108 0.018 0.027 0.014 0.010 0.008 0.011 120 Q 0.026 0.483 0.319 0.015 0.099 0.004 0.005 0.015 0.009 0.013 0.013 121 S 0.030 0.059 0.032 0.018 0.053 0.037 0.068 0.300 0.335 0.048 0.020 122 G 0.004 0.022 0.021 0.031 0.011 0.029 0.074 0.376 0.283 0.135 0.015 123 D 0.034 0.027 0.010 0.003 0.036 0.003 0.024 0.153 0.168 0.512 0.030 124 I 0.027 0.280 0.125 0.006 0.090 0.003 0.013 0.326 0.104 0.016 0.010 125 P 0.026 0.220 0.063 0.009 0.114 0.008 0.016 0.312 0.179 0.036 0.016 126 K 0.013 0.030 0.017 0.008 0.023 0.027 0.093 0.558 0.211 0.017 0.004 127 N 0.032 0.027 0.018 0.009 0.026 0.006 0.028 0.363 0.154 0.285 0.050 128 I 0.063 0.030 0.006 0.009 0.049 0.014 0.031 0.234 0.302 0.190 0.073 129 H 0.002 0.008 0.004 0.015 0.005 0.061 0.164 0.419 0.292 0.027 0.003 130 D 0.044 0.027 0.016 0.003 0.060 0.002 0.022 0.205 0.265 0.299 0.057 131 L 0.067 0.027 0.012 0.004 0.058 0.003 0.009 0.151 0.375 0.230 0.065 132 E 0.005 0.047 0.026 0.018 0.019 0.060 0.207 0.436 0.163 0.016 0.003 133 D 0.022 0.014 0.007 0.006 0.020 0.009 0.014 0.016 0.033 0.769 0.090 134 D 0.188 0.173 0.055 0.002 0.514 0.001 0.003 0.009 0.003 0.008 0.043 135 P 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.001 0.004 0.671 0.290 0.015 0.003 136 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.860 0.104 0.013 0.001 137 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.881 0.093 0.013 0.001 138 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.949 0.035 0.002 0.001 139 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.914 0.061 0.017 0.001 140 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.070 0.003 0.001 141 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.936 0.052 0.004 0.001 142 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.953 0.035 0.003 0.001 143 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.943 0.043 0.004 0.001 144 R 0.002 0.008 0.004 0.001 0.003 0.002 0.014 0.875 0.085 0.006 0.001 145 M 0.003 0.003 0.004 0.001 0.002 0.004 0.060 0.823 0.083 0.015 0.002 146 A 0.002 0.511 0.263 0.050 0.035 0.028 0.063 0.038 0.006 0.003 0.001 147 G 0.030 0.092 0.101 0.067 0.022 0.007 0.005 0.009 0.013 0.463 0.191 148 G 0.057 0.115 0.123 0.108 0.059 0.090 0.062 0.068 0.061 0.174 0.082 149 Y 0.107 0.253 0.069 0.020 0.269 0.016 0.018 0.059 0.064 0.063 0.061 150 A 0.138 0.157 0.069 0.029 0.219 0.030 0.036 0.057 0.084 0.111 0.069 151 K 0.066 0.309 0.181 0.030 0.192 0.016 0.026 0.069 0.054 0.037 0.019 152 V 0.181 0.184 0.033 0.005 0.370 0.005 0.023 0.068 0.040 0.042 0.048 153 I 0.206 0.126 0.041 0.015 0.246 0.017 0.040 0.061 0.062 0.091 0.094 154 I 0.023 0.417 0.313 0.026 0.140 0.005 0.017 0.041 0.012 0.003 0.004 155 P 0.072 0.348 0.083 0.012 0.162 0.011 0.040 0.137 0.071 0.036 0.029 156 F 0.044 0.095 0.036 0.015 0.075 0.021 0.040 0.184 0.357 0.098 0.034 157 S 0.016 0.051 0.028 0.011 0.031 0.013 0.044 0.413 0.321 0.058 0.014 158 E 0.039 0.107 0.037 0.007 0.072 0.007 0.033 0.405 0.135 0.143 0.016 159 F 0.031 0.135 0.038 0.011 0.083 0.011 0.016 0.433 0.176 0.045 0.022 160 G 0.010 0.016 0.016 0.008 0.015 0.008 0.018 0.698 0.167 0.031 0.015 161 W 0.005 0.010 0.004 0.002 0.006 0.001 0.003 0.706 0.153 0.105 0.004 162 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.858 0.128 0.006 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.945 0.045 0.001 0.001 164 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.933 0.047 0.013 0.001 165 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.827 0.142 0.024 0.001 166 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.784 0.178 0.019 0.001 167 R 0.002 0.009 0.004 0.003 0.005 0.010 0.148 0.637 0.136 0.045 0.002 168 R 0.017 0.025 0.011 0.003 0.026 0.007 0.101 0.435 0.148 0.208 0.019 169 I 0.086 0.199 0.043 0.007 0.151 0.015 0.053 0.198 0.100 0.099 0.049 170 D 0.128 0.190 0.082 0.010 0.276 0.005 0.015 0.079 0.048 0.109 0.058 171 R 0.010 0.084 0.044 0.009 0.038 0.005 0.014 0.472 0.289 0.029 0.006 172 D 0.012 0.032 0.013 0.003 0.033 0.007 0.051 0.544 0.223 0.070 0.013 173 L 0.012 0.014 0.004 0.003 0.014 0.005 0.037 0.524 0.234 0.143 0.011 174 L 0.025 0.077 0.049 0.012 0.045 0.010 0.024 0.296 0.178 0.245 0.039 175 S 0.020 0.154 0.116 0.053 0.080 0.031 0.040 0.290 0.141 0.059 0.015 176 D 0.009 0.028 0.018 0.012 0.014 0.029 0.106 0.435 0.231 0.102 0.015 177 S 0.025 0.051 0.031 0.011 0.029 0.010 0.055 0.308 0.106 0.324 0.050 178 F 0.027 0.088 0.033 0.006 0.046 0.004 0.006 0.337 0.173 0.255 0.026 179 D 0.003 0.042 0.021 0.008 0.013 0.013 0.018 0.771 0.104 0.005 0.001 180 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.835 0.136 0.018 0.003 181 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.876 0.085 0.027 0.001 182 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.069 0.012 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.049 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.035 0.014 0.001 185 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.072 0.020 0.001 186 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.862 0.130 0.005 0.001 187 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.921 0.060 0.004 0.001 188 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.809 0.095 0.030 0.001 189 A 0.013 0.011 0.004 0.001 0.008 0.002 0.022 0.707 0.121 0.096 0.014 190 K 0.013 0.055 0.030 0.018 0.025 0.028 0.078 0.379 0.125 0.232 0.016 191 S 0.012 0.538 0.169 0.012 0.159 0.002 0.004 0.057 0.020 0.020 0.007 192 R 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.556 0.385 0.031 0.004 193 E 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.032 0.672 0.193 0.085 0.004 194 A 0.008 0.021 0.004 0.003 0.019 0.003 0.011 0.400 0.396 0.127 0.008 195 R 0.002 0.010 0.005 0.003 0.005 0.022 0.093 0.629 0.218 0.011 0.002 196 H 0.013 0.011 0.005 0.002 0.014 0.002 0.022 0.179 0.197 0.536 0.019 197 L 0.150 0.266 0.106 0.005 0.315 0.003 0.009 0.034 0.022 0.036 0.054 198 P 0.037 0.140 0.083 0.061 0.074 0.073 0.190 0.166 0.090 0.059 0.027 199 G 0.071 0.070 0.080 0.168 0.071 0.064 0.042 0.081 0.070 0.194 0.089 200 W 0.172 0.064 0.040 0.037 0.194 0.060 0.067 0.082 0.065 0.124 0.094 201 C 0.058 0.121 0.052 0.068 0.105 0.065 0.115 0.149 0.095 0.112 0.059 202 G 0.044 0.081 0.121 0.145 0.065 0.036 0.025 0.059 0.066 0.297 0.061 203 V 0.115 0.170 0.078 0.027 0.192 0.020 0.034 0.110 0.098 0.106 0.049 204 E 0.048 0.159 0.089 0.053 0.113 0.052 0.099 0.198 0.101 0.055 0.033 205 E 0.093 0.165 0.123 0.041 0.145 0.023 0.056 0.135 0.086 0.080 0.053