# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.004 0.004 0.007 0.085 0.889 2 T 0.035 0.023 0.015 0.023 0.149 0.756 3 H 0.027 0.022 0.024 0.019 0.281 0.627 4 I 0.021 0.019 0.077 0.039 0.423 0.422 5 Y 0.031 0.010 0.055 0.030 0.431 0.443 6 E 0.040 0.010 0.038 0.020 0.523 0.370 7 P 0.034 0.007 0.043 0.038 0.490 0.389 8 R 0.096 0.014 0.053 0.046 0.413 0.377 9 L 0.477 0.017 0.053 0.050 0.210 0.194 10 S 0.797 0.006 0.014 0.029 0.049 0.104 11 R 0.888 0.004 0.004 0.015 0.020 0.069 12 I 0.789 0.013 0.003 0.014 0.023 0.157 13 A 0.536 0.017 0.006 0.014 0.078 0.350 14 I 0.054 0.005 0.493 0.096 0.276 0.076 15 D 0.021 0.001 0.557 0.058 0.317 0.046 16 K 0.012 0.002 0.610 0.090 0.252 0.034 17 L 0.044 0.054 0.050 0.118 0.299 0.435 18 R 0.054 0.026 0.011 0.060 0.160 0.689 19 P 0.070 0.012 0.029 0.269 0.262 0.357 20 T 0.126 0.016 0.042 0.207 0.330 0.280 21 Q 0.310 0.029 0.083 0.260 0.217 0.102 22 I 0.359 0.009 0.064 0.359 0.111 0.098 23 A 0.294 0.010 0.066 0.488 0.086 0.057 24 V 0.162 0.011 0.021 0.682 0.051 0.074 25 G 0.060 0.006 0.008 0.636 0.044 0.247 26 F 0.006 0.001 0.006 0.931 0.013 0.044 27 R 0.008 0.001 0.008 0.961 0.008 0.014 28 E 0.011 0.001 0.012 0.957 0.011 0.008 29 V 0.017 0.002 0.016 0.937 0.016 0.012 30 E 0.012 0.001 0.013 0.940 0.023 0.011 31 L 0.010 0.001 0.022 0.909 0.038 0.021 32 K 0.006 0.002 0.018 0.884 0.040 0.050 33 R 0.003 0.002 0.017 0.924 0.024 0.030 34 K 0.002 0.001 0.020 0.933 0.024 0.020 35 E 0.002 0.001 0.022 0.926 0.026 0.023 36 W 0.002 0.002 0.039 0.882 0.045 0.030 37 R 0.003 0.001 0.069 0.776 0.095 0.054 38 E 0.004 0.002 0.066 0.705 0.127 0.096 39 T 0.004 0.005 0.045 0.546 0.181 0.219 40 R 0.003 0.004 0.050 0.295 0.231 0.416 41 K 0.003 0.003 0.185 0.358 0.242 0.209 42 K 0.008 0.007 0.155 0.347 0.313 0.172 43 D 0.006 0.007 0.177 0.472 0.182 0.156 44 G 0.005 0.005 0.123 0.682 0.092 0.093 45 D 0.006 0.003 0.186 0.609 0.128 0.068 46 D 0.005 0.002 0.249 0.560 0.143 0.041 47 F 0.007 0.009 0.184 0.572 0.172 0.055 48 L 0.009 0.008 0.182 0.403 0.330 0.067 49 G 0.011 0.004 0.178 0.204 0.382 0.222 50 N 0.024 0.008 0.136 0.089 0.412 0.331 51 H 0.079 0.024 0.053 0.034 0.416 0.394 52 I 0.148 0.014 0.011 0.006 0.203 0.618 53 V 0.387 0.011 0.005 0.003 0.160 0.433 54 P 0.665 0.005 0.005 0.003 0.096 0.227 55 V 0.852 0.010 0.003 0.002 0.031 0.102 56 V 0.910 0.006 0.001 0.002 0.033 0.048 57 A 0.897 0.016 0.001 0.001 0.024 0.061 58 G 0.609 0.021 0.002 0.001 0.307 0.060 59 P 0.096 0.006 0.007 0.001 0.873 0.017 60 K 0.019 0.002 0.012 0.001 0.951 0.016 61 D 0.021 0.003 0.009 0.001 0.948 0.018 62 R 0.263 0.012 0.005 0.003 0.522 0.196 63 A 0.813 0.018 0.002 0.003 0.043 0.120 64 Y 0.976 0.004 0.001 0.003 0.006 0.011 65 L 0.978 0.002 0.001 0.006 0.004 0.009 66 I 0.916 0.005 0.001 0.020 0.021 0.037 67 D 0.452 0.006 0.010 0.075 0.217 0.239 68 H 0.099 0.004 0.045 0.164 0.414 0.273 69 H 0.040 0.007 0.055 0.185 0.492 0.221 70 H 0.045 0.017 0.049 0.480 0.260 0.149 71 L 0.024 0.011 0.021 0.877 0.038 0.028 72 V 0.013 0.002 0.015 0.944 0.016 0.011 73 L 0.005 0.001 0.016 0.961 0.013 0.005 74 A 0.003 0.001 0.012 0.978 0.005 0.002 75 L 0.001 0.001 0.008 0.980 0.006 0.004 76 S 0.002 0.001 0.011 0.964 0.010 0.014 77 K 0.003 0.001 0.011 0.923 0.033 0.030 78 E 0.003 0.001 0.014 0.852 0.052 0.078 79 G 0.004 0.003 0.005 0.018 0.153 0.818 80 V 0.030 0.008 0.021 0.012 0.341 0.587 81 E 0.210 0.006 0.031 0.015 0.248 0.489 82 H 0.695 0.011 0.018 0.016 0.094 0.166 83 V 0.860 0.005 0.004 0.008 0.035 0.087 84 L 0.942 0.001 0.002 0.006 0.011 0.038 85 T 0.945 0.002 0.002 0.014 0.009 0.029 86 S 0.897 0.001 0.003 0.027 0.019 0.052 87 E 0.883 0.003 0.006 0.028 0.024 0.055 88 V 0.779 0.008 0.018 0.052 0.061 0.082 89 A 0.636 0.011 0.044 0.087 0.106 0.117 90 K 0.400 0.018 0.096 0.095 0.186 0.206 91 F 0.091 0.016 0.316 0.116 0.361 0.100 92 S 0.060 0.010 0.256 0.095 0.454 0.126 93 H 0.017 0.009 0.150 0.056 0.622 0.146 94 L 0.011 0.033 0.027 0.061 0.545 0.323 95 G 0.006 0.011 0.010 0.045 0.277 0.650 96 K 0.001 0.001 0.094 0.830 0.053 0.022 97 D 0.001 0.001 0.098 0.841 0.045 0.014 98 E 0.002 0.002 0.123 0.830 0.036 0.007 99 F 0.008 0.003 0.043 0.900 0.028 0.017 100 W 0.007 0.002 0.019 0.950 0.013 0.009 101 S 0.009 0.001 0.014 0.957 0.012 0.008 102 V 0.006 0.001 0.010 0.965 0.011 0.007 103 M 0.005 0.002 0.016 0.938 0.028 0.011 104 D 0.005 0.002 0.042 0.813 0.122 0.015 105 H 0.005 0.002 0.053 0.667 0.231 0.042 106 R 0.008 0.004 0.027 0.225 0.541 0.194 107 N 0.030 0.003 0.007 0.007 0.402 0.550 108 L 0.347 0.020 0.005 0.002 0.181 0.444 109 I 0.823 0.014 0.005 0.001 0.072 0.085 110 Y 0.878 0.005 0.004 0.001 0.041 0.072 111 P 0.834 0.003 0.003 0.001 0.045 0.115 112 F 0.613 0.029 0.003 0.001 0.063 0.291 113 D 0.252 0.034 0.005 0.001 0.637 0.070 114 A 0.021 0.004 0.069 0.006 0.879 0.022 115 Q 0.006 0.001 0.075 0.008 0.894 0.015 116 G 0.033 0.010 0.054 0.004 0.883 0.016 117 L 0.227 0.037 0.015 0.008 0.243 0.470 118 R 0.503 0.181 0.012 0.011 0.084 0.209 119 R 0.369 0.070 0.019 0.014 0.162 0.366 120 Q 0.192 0.021 0.028 0.007 0.225 0.526 121 S 0.012 0.002 0.689 0.024 0.200 0.074 122 G 0.008 0.004 0.655 0.031 0.229 0.074 123 D 0.007 0.008 0.609 0.032 0.271 0.073 124 I 0.010 0.028 0.067 0.022 0.362 0.511 125 P 0.007 0.017 0.052 0.038 0.624 0.262 126 K 0.003 0.006 0.229 0.079 0.589 0.094 127 N 0.007 0.004 0.205 0.051 0.604 0.128 128 I 0.035 0.043 0.324 0.064 0.448 0.085 129 H 0.101 0.064 0.113 0.050 0.357 0.316 130 D 0.123 0.094 0.120 0.028 0.375 0.260 131 L 0.023 0.015 0.301 0.044 0.576 0.041 132 E 0.025 0.014 0.191 0.041 0.631 0.098 133 D 0.008 0.009 0.066 0.072 0.773 0.072 134 D 0.006 0.027 0.007 0.094 0.554 0.312 135 P 0.002 0.005 0.012 0.863 0.071 0.047 136 F 0.015 0.011 0.040 0.690 0.187 0.056 137 R 0.017 0.004 0.037 0.692 0.182 0.069 138 S 0.016 0.011 0.029 0.848 0.044 0.052 139 L 0.007 0.004 0.015 0.953 0.010 0.011 140 A 0.002 0.001 0.003 0.986 0.004 0.005 141 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 142 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 143 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 144 R 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.003 145 M 0.001 0.001 0.003 0.968 0.019 0.008 146 A 0.001 0.001 0.005 0.905 0.039 0.050 147 G 0.002 0.003 0.010 0.067 0.216 0.702 148 G 0.014 0.016 0.038 0.021 0.321 0.590 149 Y 0.064 0.026 0.081 0.036 0.378 0.416 150 A 0.073 0.022 0.062 0.042 0.370 0.431 151 K 0.052 0.011 0.027 0.025 0.368 0.517 152 V 0.073 0.009 0.023 0.022 0.277 0.595 153 I 0.181 0.081 0.014 0.028 0.159 0.537 154 I 0.136 0.044 0.006 0.026 0.154 0.634 155 P 0.085 0.024 0.018 0.109 0.212 0.553 156 F 0.027 0.016 0.105 0.492 0.156 0.203 157 S 0.021 0.006 0.120 0.636 0.104 0.113 158 E 0.012 0.003 0.102 0.772 0.059 0.052 159 F 0.009 0.003 0.034 0.844 0.053 0.058 160 G 0.009 0.003 0.019 0.912 0.029 0.027 161 W 0.005 0.001 0.014 0.959 0.015 0.005 162 A 0.005 0.001 0.012 0.962 0.015 0.005 163 D 0.002 0.001 0.009 0.979 0.007 0.002 164 F 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.003 165 L 0.001 0.001 0.007 0.979 0.006 0.007 166 R 0.001 0.001 0.012 0.963 0.012 0.012 167 R 0.001 0.001 0.007 0.958 0.018 0.016 168 R 0.001 0.001 0.009 0.877 0.047 0.066 169 I 0.001 0.003 0.011 0.667 0.105 0.214 170 D 0.002 0.005 0.035 0.317 0.249 0.393 171 R 0.002 0.002 0.246 0.259 0.305 0.187 172 D 0.003 0.003 0.370 0.282 0.248 0.095 173 L 0.003 0.005 0.396 0.348 0.186 0.062 174 L 0.007 0.018 0.119 0.411 0.237 0.208 175 S 0.006 0.008 0.102 0.295 0.366 0.223 176 D 0.003 0.003 0.102 0.352 0.365 0.174 177 S 0.004 0.006 0.050 0.417 0.250 0.274 178 F 0.001 0.001 0.023 0.900 0.046 0.028 179 D 0.002 0.001 0.013 0.918 0.029 0.038 180 D 0.001 0.001 0.009 0.963 0.017 0.009 181 A 0.001 0.001 0.007 0.976 0.008 0.007 182 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 183 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 184 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 185 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.005 186 M 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.004 187 K 0.001 0.001 0.007 0.982 0.005 0.005 188 L 0.001 0.001 0.016 0.941 0.020 0.022 189 A 0.001 0.001 0.014 0.927 0.022 0.034 190 K 0.001 0.001 0.016 0.913 0.031 0.038 191 S 0.002 0.002 0.033 0.735 0.122 0.106 192 R 0.001 0.001 0.111 0.703 0.128 0.056 193 E 0.003 0.004 0.256 0.441 0.196 0.099 194 A 0.005 0.006 0.364 0.361 0.212 0.052 195 R 0.009 0.007 0.244 0.344 0.259 0.137 196 H 0.013 0.027 0.103 0.173 0.362 0.323 197 L 0.017 0.047 0.024 0.021 0.630 0.261 198 P 0.017 0.010 0.030 0.015 0.677 0.252 199 G 0.027 0.012 0.036 0.010 0.734 0.181 200 W 0.078 0.044 0.038 0.020 0.612 0.208 201 C 0.115 0.068 0.033 0.028 0.393 0.363 202 G 0.072 0.031 0.014 0.016 0.453 0.414 203 V 0.037 0.019 0.016 0.022 0.398 0.509 204 E 0.043 0.044 0.007 0.019 0.215 0.673 205 E 0.024 0.010 0.002 0.009 0.125 0.830