# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.017 0.017 0.033 0.040 0.103 0.042 0.678 2 T 0.078 0.022 0.016 0.035 0.059 0.093 0.043 0.655 3 H 0.090 0.016 0.015 0.030 0.047 0.103 0.050 0.650 4 I 0.016 0.008 0.025 0.039 0.049 0.137 0.063 0.665 5 Y 0.054 0.011 0.021 0.020 0.029 0.094 0.046 0.724 6 E 0.221 0.020 0.017 0.021 0.029 0.089 0.108 0.495 7 P 0.028 0.013 0.032 0.019 0.036 0.103 0.058 0.711 8 R 0.038 0.017 0.074 0.056 0.174 0.115 0.053 0.473 9 L 0.012 0.008 0.044 0.061 0.107 0.085 0.039 0.645 10 S 0.011 0.031 0.126 0.178 0.227 0.074 0.041 0.314 11 R 0.012 0.029 0.118 0.082 0.148 0.081 0.050 0.481 12 I 0.019 0.037 0.198 0.212 0.103 0.069 0.067 0.293 13 A 0.091 0.168 0.155 0.072 0.081 0.046 0.150 0.237 14 I 0.339 0.147 0.048 0.029 0.035 0.049 0.100 0.254 15 D 0.120 0.072 0.033 0.043 0.037 0.068 0.081 0.547 16 K 0.014 0.039 0.015 0.013 0.033 0.099 0.118 0.669 17 L 0.035 0.158 0.020 0.014 0.032 0.153 0.107 0.480 18 R 0.086 0.307 0.019 0.053 0.051 0.116 0.098 0.270 19 P 0.028 0.313 0.020 0.015 0.040 0.057 0.103 0.423 20 T 0.046 0.655 0.026 0.029 0.058 0.029 0.098 0.059 21 Q 0.031 0.366 0.098 0.077 0.108 0.039 0.100 0.181 22 I 0.056 0.363 0.066 0.132 0.110 0.050 0.044 0.179 23 A 0.080 0.242 0.080 0.058 0.082 0.053 0.085 0.319 24 V 0.029 0.238 0.073 0.103 0.142 0.075 0.050 0.289 25 G 0.059 0.399 0.035 0.050 0.101 0.046 0.050 0.262 26 F 0.060 0.493 0.021 0.060 0.066 0.040 0.044 0.216 27 R 0.016 0.610 0.018 0.081 0.097 0.021 0.024 0.132 28 E 0.024 0.620 0.022 0.035 0.059 0.029 0.045 0.167 29 V 0.052 0.642 0.033 0.065 0.046 0.021 0.062 0.078 30 E 0.096 0.541 0.029 0.043 0.039 0.023 0.080 0.150 31 L 0.072 0.457 0.022 0.020 0.020 0.038 0.061 0.309 32 K 0.050 0.672 0.008 0.010 0.009 0.024 0.027 0.200 33 R 0.075 0.656 0.006 0.004 0.005 0.022 0.020 0.211 34 K 0.075 0.554 0.007 0.009 0.008 0.031 0.056 0.260 35 E 0.066 0.249 0.014 0.011 0.009 0.052 0.304 0.295 36 W 0.117 0.446 0.008 0.008 0.008 0.046 0.145 0.222 37 R 0.102 0.504 0.007 0.007 0.009 0.040 0.037 0.295 38 E 0.039 0.288 0.007 0.006 0.009 0.057 0.041 0.551 39 T 0.069 0.381 0.011 0.009 0.007 0.066 0.103 0.354 40 R 0.107 0.491 0.009 0.006 0.005 0.047 0.100 0.235 41 K 0.176 0.442 0.007 0.003 0.003 0.053 0.065 0.250 42 K 0.095 0.442 0.008 0.004 0.004 0.061 0.058 0.329 43 D 0.029 0.535 0.005 0.002 0.003 0.039 0.046 0.341 44 G 0.061 0.721 0.006 0.002 0.003 0.020 0.081 0.107 45 D 0.112 0.559 0.012 0.008 0.006 0.031 0.136 0.135 46 D 0.127 0.133 0.043 0.026 0.022 0.065 0.198 0.385 47 F 0.145 0.029 0.035 0.016 0.027 0.111 0.203 0.433 48 L 0.248 0.006 0.029 0.010 0.014 0.082 0.087 0.525 49 G 0.147 0.002 0.006 0.006 0.013 0.061 0.017 0.748 50 N 0.006 0.001 0.007 0.002 0.007 0.077 0.012 0.888 51 H 0.003 0.001 0.112 0.031 0.075 0.296 0.028 0.456 52 I 0.007 0.001 0.124 0.037 0.061 0.093 0.050 0.626 53 V 0.009 0.001 0.206 0.144 0.074 0.080 0.073 0.413 54 P 0.002 0.001 0.577 0.062 0.125 0.028 0.048 0.158 55 V 0.005 0.001 0.384 0.215 0.189 0.021 0.048 0.139 56 V 0.002 0.001 0.464 0.180 0.141 0.022 0.026 0.164 57 A 0.007 0.001 0.306 0.107 0.153 0.065 0.037 0.324 58 G 0.193 0.002 0.089 0.069 0.072 0.114 0.060 0.401 59 P 0.125 0.003 0.018 0.009 0.014 0.101 0.028 0.701 60 K 0.035 0.004 0.015 0.006 0.021 0.149 0.022 0.748 61 D 0.027 0.006 0.033 0.033 0.092 0.163 0.069 0.577 62 R 0.006 0.005 0.058 0.157 0.239 0.101 0.061 0.373 63 A 0.002 0.005 0.149 0.170 0.364 0.039 0.052 0.219 64 Y 0.002 0.008 0.176 0.299 0.369 0.022 0.033 0.091 65 L 0.005 0.023 0.316 0.220 0.251 0.023 0.037 0.125 66 I 0.031 0.116 0.254 0.182 0.157 0.033 0.134 0.092 67 D 0.055 0.555 0.060 0.049 0.054 0.035 0.077 0.114 68 H 0.023 0.776 0.016 0.007 0.014 0.024 0.039 0.100 69 H 0.015 0.862 0.011 0.009 0.012 0.013 0.032 0.048 70 H 0.013 0.891 0.007 0.012 0.015 0.008 0.031 0.023 71 L 0.015 0.912 0.003 0.003 0.007 0.006 0.030 0.023 72 V 0.018 0.515 0.014 0.012 0.015 0.011 0.383 0.031 73 L 0.018 0.708 0.016 0.032 0.026 0.014 0.130 0.057 74 A 0.131 0.498 0.042 0.022 0.038 0.036 0.093 0.140 75 L 0.098 0.060 0.144 0.074 0.047 0.051 0.347 0.178 76 S 0.544 0.021 0.009 0.009 0.011 0.033 0.057 0.317 77 K 0.140 0.006 0.003 0.002 0.003 0.042 0.018 0.787 78 E 0.004 0.002 0.008 0.004 0.007 0.147 0.008 0.819 79 G 0.055 0.010 0.011 0.006 0.016 0.087 0.037 0.779 80 V 0.086 0.026 0.014 0.022 0.015 0.092 0.043 0.703 81 E 0.018 0.021 0.105 0.037 0.080 0.087 0.087 0.565 82 H 0.010 0.017 0.076 0.077 0.162 0.070 0.211 0.377 83 V 0.010 0.028 0.173 0.178 0.170 0.061 0.104 0.274 84 L 0.017 0.078 0.155 0.155 0.254 0.041 0.054 0.245 85 T 0.014 0.083 0.090 0.157 0.285 0.043 0.064 0.263 86 S 0.010 0.072 0.155 0.246 0.288 0.036 0.055 0.138 87 E 0.027 0.118 0.085 0.209 0.303 0.038 0.057 0.163 88 V 0.054 0.089 0.098 0.153 0.177 0.054 0.127 0.248 89 A 0.023 0.063 0.090 0.198 0.185 0.056 0.121 0.263 90 K 0.113 0.107 0.037 0.049 0.080 0.076 0.068 0.470 91 F 0.108 0.037 0.066 0.074 0.070 0.093 0.112 0.440 92 S 0.105 0.038 0.023 0.026 0.034 0.097 0.047 0.629 93 H 0.146 0.044 0.013 0.010 0.015 0.085 0.040 0.646 94 L 0.025 0.035 0.008 0.007 0.007 0.132 0.013 0.774 95 G 0.078 0.247 0.007 0.006 0.010 0.071 0.054 0.527 96 K 0.114 0.389 0.004 0.003 0.004 0.065 0.075 0.346 97 D 0.039 0.282 0.010 0.007 0.008 0.040 0.475 0.139 98 E 0.017 0.698 0.008 0.007 0.011 0.029 0.110 0.121 99 F 0.041 0.782 0.008 0.006 0.014 0.024 0.041 0.083 100 W 0.065 0.585 0.026 0.031 0.033 0.037 0.080 0.144 101 S 0.075 0.338 0.023 0.044 0.064 0.056 0.136 0.263 102 V 0.105 0.168 0.036 0.028 0.043 0.101 0.181 0.338 103 M 0.059 0.030 0.069 0.047 0.061 0.142 0.191 0.402 104 D 0.176 0.014 0.018 0.012 0.021 0.088 0.096 0.575 105 H 0.147 0.015 0.010 0.008 0.013 0.060 0.054 0.692 106 R 0.021 0.004 0.044 0.022 0.073 0.159 0.018 0.658 107 N 0.006 0.002 0.055 0.055 0.163 0.090 0.037 0.592 108 L 0.005 0.002 0.076 0.205 0.196 0.099 0.019 0.399 109 I 0.004 0.002 0.098 0.101 0.137 0.071 0.015 0.571 110 Y 0.066 0.021 0.075 0.209 0.116 0.081 0.038 0.394 111 P 0.074 0.041 0.123 0.090 0.087 0.090 0.084 0.411 112 F 0.052 0.022 0.072 0.034 0.037 0.101 0.047 0.635 113 D 0.822 0.022 0.010 0.007 0.007 0.021 0.026 0.085 114 A 0.358 0.023 0.007 0.010 0.012 0.068 0.037 0.485 115 Q 0.017 0.008 0.008 0.006 0.035 0.093 0.008 0.825 116 G 0.023 0.007 0.016 0.029 0.073 0.096 0.040 0.716 117 L 0.025 0.011 0.026 0.157 0.081 0.133 0.046 0.519 118 R 0.038 0.012 0.032 0.035 0.057 0.102 0.047 0.677 119 R 0.082 0.011 0.031 0.044 0.036 0.111 0.052 0.633 120 Q 0.357 0.027 0.016 0.013 0.015 0.062 0.051 0.459 121 S 0.176 0.020 0.011 0.007 0.011 0.071 0.076 0.629 122 G 0.026 0.019 0.021 0.014 0.027 0.150 0.033 0.709 123 D 0.015 0.012 0.016 0.010 0.016 0.112 0.040 0.779 124 I 0.120 0.084 0.025 0.024 0.019 0.138 0.063 0.528 125 P 0.259 0.116 0.025 0.009 0.018 0.095 0.073 0.405 126 K 0.061 0.045 0.051 0.019 0.023 0.109 0.062 0.630 127 N 0.128 0.077 0.102 0.021 0.041 0.099 0.070 0.463 128 I 0.176 0.030 0.059 0.019 0.032 0.124 0.090 0.471 129 H 0.039 0.007 0.114 0.032 0.041 0.120 0.035 0.612 130 D 0.064 0.006 0.034 0.013 0.030 0.087 0.030 0.735 131 L 0.176 0.009 0.023 0.012 0.012 0.150 0.035 0.584 132 E 0.012 0.008 0.018 0.013 0.027 0.204 0.013 0.707 133 D 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.042 0.006 0.937 134 D 0.313 0.291 0.005 0.010 0.004 0.058 0.199 0.119 135 P 0.040 0.699 0.004 0.003 0.004 0.041 0.041 0.169 136 F 0.031 0.858 0.002 0.001 0.004 0.014 0.009 0.081 137 R 0.016 0.895 0.003 0.007 0.007 0.010 0.026 0.036 138 S 0.006 0.943 0.001 0.003 0.007 0.006 0.015 0.019 139 L 0.003 0.967 0.001 0.002 0.005 0.002 0.013 0.006 140 A 0.004 0.921 0.003 0.007 0.010 0.006 0.038 0.012 141 G 0.004 0.922 0.006 0.012 0.014 0.003 0.031 0.008 142 A 0.014 0.886 0.009 0.016 0.024 0.004 0.035 0.013 143 L 0.091 0.213 0.179 0.062 0.065 0.021 0.306 0.064 144 R 0.381 0.106 0.029 0.089 0.044 0.044 0.083 0.224 145 M 0.223 0.021 0.007 0.005 0.006 0.039 0.016 0.683 146 A 0.012 0.012 0.008 0.006 0.011 0.095 0.011 0.845 147 G 0.021 0.014 0.014 0.019 0.032 0.093 0.024 0.783 148 G 0.052 0.019 0.016 0.044 0.031 0.097 0.069 0.670 149 Y 0.114 0.025 0.052 0.084 0.060 0.088 0.117 0.459 150 A 0.243 0.016 0.016 0.022 0.038 0.062 0.048 0.554 151 K 0.039 0.007 0.019 0.023 0.031 0.084 0.033 0.765 152 V 0.011 0.010 0.028 0.019 0.047 0.128 0.020 0.737 153 I 0.025 0.014 0.022 0.021 0.038 0.115 0.044 0.722 154 I 0.074 0.074 0.041 0.064 0.037 0.116 0.119 0.474 155 P 0.067 0.315 0.029 0.016 0.027 0.072 0.067 0.406 156 F 0.095 0.440 0.021 0.015 0.023 0.059 0.057 0.290 157 S 0.049 0.559 0.023 0.021 0.022 0.037 0.098 0.191 158 E 0.022 0.749 0.010 0.009 0.016 0.027 0.050 0.116 159 F 0.021 0.707 0.023 0.013 0.023 0.032 0.078 0.103 160 G 0.010 0.830 0.015 0.020 0.021 0.013 0.056 0.036 161 W 0.007 0.941 0.003 0.002 0.005 0.004 0.018 0.019 162 A 0.007 0.943 0.005 0.003 0.003 0.003 0.022 0.013 163 D 0.011 0.918 0.008 0.008 0.007 0.005 0.025 0.019 164 F 0.050 0.726 0.027 0.007 0.009 0.013 0.119 0.048 165 L 0.148 0.517 0.031 0.016 0.015 0.024 0.157 0.091 166 R 0.118 0.178 0.033 0.021 0.018 0.042 0.221 0.369 167 R 0.038 0.155 0.009 0.006 0.009 0.061 0.040 0.681 168 R 0.067 0.105 0.024 0.014 0.015 0.110 0.042 0.622 169 I 0.050 0.090 0.015 0.011 0.007 0.106 0.031 0.689 170 D 0.233 0.279 0.007 0.003 0.003 0.047 0.034 0.395 171 R 0.156 0.178 0.018 0.005 0.005 0.062 0.218 0.358 172 D 0.095 0.221 0.026 0.007 0.007 0.090 0.143 0.411 173 L 0.122 0.087 0.035 0.007 0.008 0.096 0.130 0.515 174 L 0.081 0.189 0.021 0.006 0.008 0.104 0.092 0.499 175 S 0.192 0.252 0.010 0.002 0.004 0.056 0.121 0.363 176 D 0.039 0.259 0.012 0.004 0.004 0.094 0.128 0.460 177 S 0.030 0.627 0.007 0.001 0.002 0.046 0.049 0.239 178 F 0.062 0.821 0.003 0.001 0.001 0.009 0.065 0.039 179 D 0.035 0.914 0.003 0.001 0.001 0.004 0.026 0.018 180 D 0.032 0.850 0.006 0.001 0.001 0.007 0.058 0.046 181 A 0.018 0.906 0.006 0.001 0.001 0.007 0.035 0.029 182 L 0.031 0.896 0.006 0.001 0.001 0.004 0.041 0.021 183 A 0.019 0.916 0.006 0.001 0.001 0.005 0.016 0.038 184 E 0.016 0.901 0.012 0.001 0.001 0.007 0.018 0.045 185 A 0.036 0.885 0.012 0.001 0.001 0.007 0.026 0.033 186 M 0.114 0.700 0.020 0.001 0.001 0.015 0.059 0.090 187 K 0.052 0.340 0.046 0.003 0.003 0.036 0.239 0.282 188 L 0.049 0.346 0.048 0.002 0.003 0.074 0.175 0.303 189 A 0.069 0.366 0.063 0.008 0.006 0.082 0.073 0.332 190 K 0.051 0.396 0.017 0.003 0.004 0.042 0.026 0.461 191 S 0.183 0.548 0.009 0.001 0.002 0.027 0.045 0.185 192 R 0.070 0.224 0.087 0.018 0.008 0.079 0.150 0.364 193 E 0.224 0.174 0.022 0.008 0.009 0.060 0.053 0.451 194 A 0.563 0.018 0.028 0.003 0.004 0.058 0.052 0.274 195 R 0.021 0.010 0.026 0.011 0.014 0.142 0.034 0.742 196 H 0.020 0.005 0.009 0.002 0.004 0.051 0.011 0.899 197 L 0.101 0.013 0.021 0.016 0.013 0.192 0.040 0.604 198 P 0.053 0.012 0.038 0.013 0.024 0.121 0.044 0.695 199 G 0.118 0.016 0.053 0.020 0.043 0.118 0.054 0.578 200 W 0.042 0.009 0.070 0.042 0.052 0.110 0.051 0.623 201 C 0.035 0.006 0.067 0.052 0.060 0.098 0.041 0.642 202 G 0.041 0.005 0.037 0.034 0.052 0.104 0.041 0.686 203 V 0.077 0.006 0.022 0.028 0.035 0.108 0.055 0.670 204 E 0.057 0.007 0.018 0.027 0.037 0.106 0.044 0.705 205 E 0.036 0.008 0.014 0.022 0.048 0.095 0.035 0.741