# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 2 T 0.030 0.022 0.014 0.059 0.006 0.038 0.831 3 H 0.041 0.017 0.058 0.074 0.147 0.105 0.558 4 I 0.044 0.013 0.073 0.071 0.111 0.138 0.549 5 Y 0.043 0.013 0.058 0.090 0.202 0.153 0.442 6 E 0.024 0.004 0.026 0.037 0.218 0.024 0.667 7 P 0.026 0.006 0.099 0.085 0.154 0.148 0.483 8 R 0.065 0.018 0.114 0.085 0.167 0.248 0.303 9 L 0.344 0.028 0.069 0.059 0.100 0.057 0.343 10 S 0.505 0.020 0.032 0.074 0.042 0.045 0.282 11 R 0.788 0.014 0.011 0.016 0.050 0.020 0.101 12 I 0.790 0.029 0.003 0.005 0.043 0.003 0.127 13 A 0.586 0.061 0.004 0.004 0.029 0.007 0.311 14 I 0.026 0.002 0.716 0.125 0.010 0.044 0.077 15 D 0.005 0.001 0.791 0.096 0.034 0.058 0.016 16 K 0.005 0.001 0.771 0.116 0.007 0.090 0.010 17 L 0.071 0.029 0.197 0.326 0.090 0.054 0.233 18 R 0.066 0.010 0.031 0.092 0.083 0.025 0.693 19 P 0.032 0.005 0.109 0.346 0.137 0.194 0.177 20 T 0.138 0.008 0.064 0.209 0.213 0.224 0.143 21 Q 0.241 0.007 0.060 0.321 0.158 0.082 0.131 22 I 0.450 0.008 0.015 0.419 0.028 0.035 0.044 23 A 0.379 0.005 0.012 0.544 0.012 0.017 0.031 24 V 0.306 0.006 0.008 0.586 0.014 0.030 0.050 25 G 0.241 0.007 0.012 0.390 0.057 0.080 0.213 26 F 0.062 0.002 0.022 0.719 0.021 0.064 0.110 27 R 0.043 0.002 0.029 0.778 0.031 0.073 0.043 28 E 0.034 0.005 0.025 0.847 0.013 0.033 0.044 29 V 0.014 0.002 0.009 0.936 0.006 0.016 0.017 30 E 0.006 0.001 0.006 0.952 0.006 0.019 0.009 31 L 0.004 0.001 0.007 0.943 0.005 0.031 0.011 32 K 0.003 0.001 0.009 0.906 0.008 0.036 0.038 33 R 0.002 0.001 0.008 0.926 0.009 0.025 0.029 34 K 0.001 0.001 0.008 0.942 0.009 0.028 0.012 35 E 0.001 0.001 0.010 0.935 0.006 0.034 0.014 36 W 0.001 0.001 0.013 0.923 0.006 0.043 0.013 37 R 0.001 0.001 0.018 0.866 0.010 0.086 0.018 38 E 0.002 0.001 0.028 0.746 0.025 0.163 0.035 39 T 0.003 0.006 0.033 0.516 0.114 0.162 0.166 40 R 0.005 0.009 0.032 0.228 0.149 0.101 0.476 41 K 0.003 0.006 0.111 0.500 0.061 0.157 0.162 42 K 0.002 0.003 0.114 0.449 0.092 0.210 0.129 43 D 0.002 0.008 0.087 0.495 0.067 0.205 0.136 44 G 0.002 0.005 0.069 0.674 0.029 0.111 0.110 45 D 0.002 0.001 0.212 0.550 0.027 0.130 0.077 46 D 0.002 0.002 0.389 0.414 0.025 0.117 0.051 47 F 0.003 0.004 0.327 0.503 0.029 0.099 0.036 48 L 0.005 0.012 0.228 0.447 0.064 0.160 0.084 49 G 0.003 0.002 0.166 0.165 0.046 0.577 0.042 50 N 0.009 0.001 0.088 0.050 0.163 0.615 0.074 51 H 0.080 0.015 0.012 0.005 0.478 0.085 0.326 52 I 0.267 0.049 0.002 0.001 0.064 0.017 0.599 53 V 0.600 0.017 0.002 0.001 0.093 0.006 0.282 54 P 0.713 0.010 0.004 0.002 0.032 0.004 0.236 55 V 0.856 0.004 0.003 0.003 0.021 0.003 0.110 56 V 0.894 0.011 0.002 0.003 0.019 0.004 0.067 57 A 0.759 0.061 0.001 0.003 0.019 0.006 0.151 58 G 0.195 0.009 0.003 0.001 0.100 0.029 0.662 59 P 0.030 0.004 0.021 0.002 0.128 0.734 0.081 60 K 0.009 0.003 0.020 0.001 0.108 0.834 0.025 61 D 0.036 0.003 0.023 0.001 0.361 0.415 0.161 62 R 0.227 0.018 0.006 0.001 0.127 0.031 0.591 63 A 0.849 0.018 0.002 0.002 0.025 0.004 0.100 64 Y 0.946 0.004 0.002 0.003 0.010 0.002 0.034 65 L 0.959 0.004 0.001 0.006 0.005 0.002 0.024 66 I 0.895 0.008 0.001 0.012 0.009 0.003 0.072 67 D 0.482 0.010 0.006 0.078 0.054 0.082 0.287 68 H 0.054 0.003 0.029 0.224 0.135 0.392 0.163 69 H 0.028 0.007 0.042 0.570 0.112 0.143 0.097 70 H 0.022 0.006 0.041 0.775 0.033 0.069 0.054 71 L 0.015 0.004 0.030 0.875 0.009 0.043 0.023 72 V 0.006 0.001 0.024 0.936 0.003 0.022 0.008 73 L 0.002 0.001 0.019 0.942 0.003 0.028 0.005 74 A 0.002 0.001 0.009 0.952 0.002 0.026 0.008 75 L 0.006 0.002 0.021 0.921 0.007 0.029 0.013 76 S 0.005 0.001 0.028 0.907 0.009 0.040 0.010 77 K 0.007 0.001 0.024 0.824 0.039 0.086 0.018 78 E 0.004 0.002 0.017 0.269 0.048 0.644 0.017 79 G 0.003 0.001 0.003 0.010 0.032 0.927 0.024 80 V 0.045 0.005 0.006 0.006 0.060 0.023 0.855 81 E 0.392 0.011 0.019 0.014 0.136 0.020 0.408 82 H 0.734 0.007 0.010 0.015 0.062 0.011 0.162 83 V 0.851 0.005 0.002 0.011 0.011 0.002 0.118 84 L 0.893 0.002 0.001 0.013 0.011 0.002 0.078 85 T 0.841 0.002 0.002 0.023 0.012 0.005 0.115 86 S 0.880 0.002 0.002 0.021 0.021 0.007 0.067 87 E 0.908 0.004 0.002 0.029 0.013 0.006 0.038 88 V 0.870 0.008 0.005 0.035 0.020 0.010 0.051 89 A 0.630 0.010 0.014 0.061 0.087 0.035 0.163 90 K 0.393 0.028 0.016 0.067 0.098 0.044 0.353 91 F 0.068 0.015 0.201 0.175 0.074 0.066 0.401 92 S 0.019 0.003 0.319 0.157 0.083 0.231 0.188 93 H 0.013 0.006 0.266 0.142 0.103 0.343 0.128 94 L 0.016 0.023 0.068 0.093 0.311 0.239 0.250 95 G 0.009 0.011 0.016 0.035 0.199 0.172 0.558 96 K 0.004 0.005 0.063 0.309 0.122 0.128 0.369 97 D 0.003 0.002 0.089 0.664 0.053 0.110 0.079 98 E 0.004 0.005 0.070 0.750 0.038 0.072 0.060 99 F 0.005 0.004 0.026 0.901 0.008 0.026 0.030 100 W 0.004 0.002 0.029 0.915 0.008 0.019 0.023 101 S 0.007 0.001 0.040 0.889 0.009 0.032 0.022 102 V 0.018 0.002 0.047 0.861 0.010 0.043 0.020 103 M 0.036 0.017 0.042 0.749 0.032 0.071 0.053 104 D 0.024 0.006 0.038 0.582 0.036 0.218 0.096 105 H 0.011 0.002 0.048 0.270 0.063 0.562 0.043 106 R 0.010 0.002 0.029 0.025 0.103 0.736 0.095 107 N 0.022 0.002 0.023 0.003 0.347 0.343 0.259 108 L 0.278 0.040 0.010 0.003 0.160 0.027 0.482 109 I 0.632 0.085 0.004 0.002 0.027 0.009 0.241 110 Y 0.687 0.039 0.006 0.003 0.042 0.011 0.212 111 P 0.529 0.013 0.018 0.008 0.071 0.094 0.267 112 F 0.291 0.064 0.013 0.006 0.173 0.114 0.338 113 D 0.077 0.030 0.008 0.003 0.119 0.025 0.737 114 A 0.013 0.008 0.045 0.018 0.108 0.726 0.083 115 Q 0.006 0.007 0.042 0.011 0.070 0.816 0.048 116 G 0.020 0.027 0.072 0.011 0.347 0.277 0.245 117 L 0.040 0.072 0.020 0.009 0.185 0.085 0.588 118 R 0.056 0.112 0.017 0.004 0.177 0.069 0.565 119 R 0.027 0.047 0.029 0.008 0.188 0.088 0.613 120 Q 0.018 0.025 0.036 0.015 0.130 0.074 0.704 121 S 0.002 0.003 0.504 0.163 0.024 0.250 0.054 122 G 0.002 0.002 0.399 0.168 0.041 0.350 0.037 123 D 0.006 0.009 0.545 0.127 0.080 0.171 0.062 124 I 0.041 0.033 0.023 0.076 0.521 0.022 0.284 125 P 0.057 0.053 0.044 0.049 0.046 0.041 0.710 126 K 0.054 0.035 0.313 0.171 0.113 0.210 0.104 127 N 0.070 0.021 0.335 0.152 0.087 0.213 0.121 128 I 0.028 0.010 0.638 0.120 0.035 0.069 0.099 129 H 0.019 0.006 0.400 0.162 0.064 0.238 0.112 130 D 0.026 0.008 0.341 0.125 0.075 0.311 0.114 131 L 0.040 0.019 0.231 0.119 0.146 0.075 0.370 132 E 0.036 0.022 0.173 0.128 0.105 0.169 0.367 133 D 0.028 0.018 0.051 0.119 0.299 0.153 0.332 134 D 0.017 0.012 0.011 0.035 0.195 0.023 0.708 135 P 0.005 0.003 0.087 0.493 0.057 0.291 0.063 136 F 0.004 0.002 0.042 0.712 0.034 0.179 0.027 137 R 0.006 0.004 0.016 0.865 0.039 0.029 0.041 138 S 0.006 0.003 0.005 0.937 0.007 0.013 0.029 139 L 0.008 0.001 0.006 0.962 0.002 0.012 0.009 140 A 0.005 0.001 0.008 0.976 0.001 0.005 0.005 141 G 0.002 0.001 0.003 0.988 0.001 0.004 0.002 142 A 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 143 L 0.005 0.001 0.002 0.982 0.001 0.007 0.002 144 R 0.006 0.001 0.004 0.966 0.003 0.018 0.003 145 M 0.005 0.001 0.005 0.938 0.006 0.041 0.005 146 A 0.003 0.002 0.009 0.531 0.017 0.427 0.012 147 G 0.001 0.001 0.004 0.035 0.040 0.885 0.034 148 G 0.021 0.011 0.015 0.013 0.183 0.132 0.624 149 Y 0.156 0.042 0.031 0.014 0.231 0.051 0.475 150 A 0.176 0.024 0.028 0.012 0.137 0.041 0.582 151 K 0.204 0.024 0.025 0.008 0.196 0.030 0.513 152 V 0.127 0.014 0.007 0.003 0.071 0.032 0.746 153 I 0.102 0.037 0.004 0.003 0.082 0.027 0.745 154 I 0.115 0.044 0.002 0.005 0.170 0.010 0.653 155 P 0.120 0.027 0.007 0.020 0.087 0.026 0.712 156 F 0.060 0.024 0.183 0.240 0.055 0.138 0.301 157 S 0.032 0.009 0.300 0.302 0.079 0.160 0.119 158 E 0.033 0.005 0.242 0.446 0.076 0.106 0.092 159 F 0.079 0.013 0.075 0.568 0.106 0.048 0.112 160 G 0.090 0.022 0.043 0.600 0.049 0.071 0.125 161 W 0.020 0.003 0.030 0.891 0.007 0.026 0.023 162 A 0.007 0.001 0.017 0.948 0.005 0.007 0.015 163 D 0.002 0.001 0.014 0.969 0.002 0.008 0.005 164 F 0.003 0.001 0.020 0.958 0.002 0.013 0.003 165 L 0.003 0.001 0.017 0.950 0.002 0.024 0.004 166 R 0.006 0.002 0.029 0.869 0.008 0.077 0.010 167 R 0.005 0.001 0.019 0.771 0.015 0.174 0.016 168 R 0.008 0.005 0.018 0.485 0.067 0.231 0.185 169 I 0.010 0.027 0.010 0.176 0.177 0.083 0.517 170 D 0.007 0.009 0.010 0.052 0.069 0.042 0.812 171 R 0.001 0.001 0.266 0.413 0.037 0.212 0.069 172 D 0.001 0.001 0.340 0.348 0.032 0.226 0.052 173 L 0.002 0.006 0.491 0.232 0.025 0.166 0.080 174 L 0.004 0.024 0.160 0.318 0.081 0.204 0.210 175 S 0.004 0.007 0.129 0.254 0.104 0.253 0.249 176 D 0.002 0.003 0.104 0.260 0.184 0.340 0.106 177 S 0.004 0.017 0.108 0.286 0.115 0.271 0.198 178 F 0.001 0.005 0.060 0.597 0.060 0.051 0.226 179 D 0.001 0.001 0.029 0.928 0.003 0.028 0.011 180 D 0.001 0.001 0.022 0.949 0.002 0.024 0.003 181 A 0.001 0.001 0.028 0.950 0.001 0.017 0.004 182 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.006 0.003 183 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.009 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.021 0.001 185 A 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.019 0.003 186 M 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.013 0.003 187 K 0.001 0.001 0.012 0.931 0.002 0.053 0.002 188 L 0.001 0.001 0.021 0.791 0.005 0.174 0.008 189 A 0.001 0.004 0.025 0.648 0.032 0.229 0.061 190 K 0.002 0.009 0.017 0.371 0.108 0.274 0.217 191 S 0.003 0.004 0.024 0.239 0.263 0.078 0.389 192 R 0.001 0.001 0.119 0.578 0.073 0.196 0.033 193 E 0.004 0.003 0.203 0.527 0.030 0.199 0.034 194 A 0.009 0.013 0.494 0.323 0.025 0.080 0.056 195 R 0.020 0.010 0.379 0.282 0.057 0.186 0.066 196 H 0.025 0.008 0.248 0.244 0.070 0.347 0.059 197 L 0.052 0.014 0.034 0.047 0.446 0.044 0.362 198 P 0.064 0.020 0.079 0.069 0.135 0.214 0.418 199 G 0.144 0.021 0.075 0.041 0.181 0.249 0.290 200 W 0.185 0.038 0.092 0.049 0.133 0.128 0.375 201 C 0.166 0.026 0.054 0.050 0.170 0.130 0.405 202 G 0.056 0.017 0.043 0.021 0.359 0.098 0.406 203 V 0.034 0.015 0.033 0.014 0.172 0.114 0.617 204 E 0.012 0.015 0.011 0.007 0.020 0.032 0.903 205 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997