# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.219 0.102 0.012 0.236 0.009 0.022 0.100 0.070 0.054 0.048 2 T 0.061 0.259 0.078 0.016 0.163 0.024 0.058 0.144 0.114 0.057 0.026 3 H 0.128 0.143 0.079 0.016 0.215 0.013 0.032 0.111 0.099 0.106 0.056 4 I 0.091 0.139 0.055 0.017 0.162 0.027 0.068 0.219 0.122 0.073 0.028 5 Y 0.066 0.169 0.139 0.067 0.120 0.039 0.055 0.073 0.069 0.157 0.046 6 E 0.154 0.215 0.115 0.028 0.267 0.012 0.030 0.071 0.036 0.023 0.050 7 P 0.047 0.255 0.086 0.013 0.133 0.019 0.027 0.178 0.164 0.055 0.022 8 R 0.074 0.122 0.030 0.009 0.169 0.015 0.088 0.212 0.136 0.116 0.030 9 L 0.249 0.086 0.014 0.005 0.203 0.007 0.021 0.100 0.100 0.128 0.087 10 S 0.042 0.297 0.089 0.032 0.292 0.024 0.029 0.092 0.049 0.039 0.016 11 R 0.312 0.049 0.012 0.002 0.227 0.003 0.022 0.068 0.053 0.115 0.136 12 I 0.063 0.458 0.156 0.005 0.259 0.002 0.005 0.027 0.009 0.004 0.010 13 A 0.142 0.392 0.067 0.003 0.292 0.002 0.005 0.033 0.010 0.011 0.044 14 I 0.066 0.037 0.008 0.013 0.060 0.013 0.014 0.269 0.418 0.052 0.050 15 D 0.001 0.004 0.003 0.007 0.002 0.098 0.229 0.442 0.201 0.011 0.002 16 K 0.008 0.010 0.003 0.001 0.009 0.001 0.014 0.225 0.270 0.451 0.008 17 L 0.121 0.063 0.027 0.009 0.103 0.017 0.041 0.146 0.190 0.176 0.107 18 R 0.024 0.283 0.150 0.041 0.125 0.016 0.022 0.209 0.093 0.015 0.023 19 P 0.017 0.026 0.009 0.002 0.028 0.005 0.030 0.632 0.229 0.013 0.009 20 T 0.005 0.028 0.014 0.008 0.012 0.006 0.032 0.655 0.160 0.074 0.005 21 Q 0.016 0.005 0.001 0.001 0.012 0.003 0.018 0.690 0.200 0.044 0.010 22 I 0.003 0.011 0.003 0.003 0.007 0.007 0.029 0.738 0.189 0.008 0.002 23 A 0.014 0.008 0.003 0.002 0.015 0.006 0.042 0.777 0.101 0.024 0.008 24 V 0.009 0.097 0.057 0.021 0.037 0.028 0.096 0.548 0.074 0.026 0.006 25 G 0.019 0.100 0.043 0.013 0.022 0.003 0.007 0.577 0.072 0.127 0.017 26 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.831 0.147 0.006 0.001 27 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.936 0.052 0.002 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.030 0.004 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.962 0.031 0.003 0.001 30 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.952 0.035 0.004 0.001 31 L 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.009 0.942 0.034 0.006 0.001 32 K 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.002 0.010 0.887 0.064 0.022 0.002 33 R 0.005 0.024 0.007 0.003 0.011 0.003 0.012 0.838 0.078 0.016 0.002 34 K 0.004 0.025 0.008 0.005 0.011 0.013 0.037 0.773 0.097 0.021 0.004 35 E 0.011 0.015 0.011 0.004 0.013 0.004 0.024 0.760 0.084 0.062 0.010 36 W 0.015 0.012 0.005 0.002 0.015 0.003 0.008 0.726 0.157 0.049 0.008 37 R 0.008 0.025 0.006 0.003 0.018 0.004 0.014 0.737 0.168 0.015 0.003 38 E 0.014 0.017 0.004 0.002 0.024 0.004 0.053 0.727 0.107 0.042 0.007 39 T 0.041 0.103 0.065 0.008 0.101 0.015 0.071 0.300 0.101 0.169 0.027 40 R 0.158 0.140 0.075 0.007 0.204 0.004 0.010 0.208 0.063 0.072 0.060 41 K 0.025 0.066 0.029 0.007 0.040 0.012 0.028 0.545 0.179 0.057 0.012 42 K 0.013 0.061 0.031 0.019 0.037 0.028 0.097 0.499 0.107 0.090 0.019 43 D 0.067 0.135 0.079 0.017 0.102 0.016 0.049 0.302 0.081 0.111 0.042 44 G 0.031 0.046 0.049 0.018 0.041 0.009 0.008 0.430 0.182 0.153 0.034 45 D 0.020 0.034 0.009 0.005 0.043 0.007 0.021 0.553 0.244 0.051 0.012 46 D 0.021 0.037 0.016 0.004 0.030 0.008 0.047 0.622 0.169 0.035 0.011 47 F 0.023 0.021 0.018 0.010 0.032 0.016 0.084 0.592 0.119 0.071 0.013 48 L 0.066 0.110 0.069 0.039 0.063 0.039 0.053 0.241 0.142 0.129 0.049 49 G 0.011 0.080 0.069 0.192 0.021 0.132 0.103 0.210 0.090 0.076 0.016 50 N 0.033 0.075 0.048 0.020 0.055 0.013 0.028 0.062 0.119 0.480 0.067 51 H 0.044 0.335 0.233 0.020 0.156 0.009 0.019 0.042 0.042 0.078 0.022 52 I 0.327 0.166 0.038 0.002 0.345 0.002 0.006 0.008 0.009 0.024 0.073 53 V 0.036 0.433 0.228 0.010 0.267 0.005 0.007 0.005 0.002 0.001 0.004 54 P 0.242 0.185 0.030 0.001 0.508 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.024 55 V 0.236 0.131 0.022 0.002 0.548 0.007 0.011 0.008 0.003 0.005 0.025 56 V 0.259 0.116 0.032 0.003 0.520 0.004 0.006 0.005 0.002 0.011 0.043 57 A 0.136 0.171 0.073 0.087 0.243 0.054 0.054 0.032 0.021 0.073 0.056 58 G 0.016 0.094 0.448 0.315 0.034 0.030 0.006 0.016 0.012 0.021 0.009 59 P 0.020 0.041 0.067 0.159 0.025 0.128 0.100 0.257 0.137 0.047 0.017 60 K 0.006 0.180 0.120 0.181 0.027 0.094 0.230 0.079 0.039 0.035 0.009 61 D 0.032 0.028 0.014 0.020 0.024 0.011 0.005 0.012 0.029 0.661 0.164 62 R 0.127 0.246 0.048 0.007 0.418 0.006 0.018 0.027 0.034 0.050 0.020 63 A 0.236 0.122 0.015 0.002 0.592 0.003 0.003 0.003 0.002 0.003 0.017 64 Y 0.125 0.168 0.014 0.004 0.658 0.003 0.005 0.006 0.002 0.002 0.014 65 L 0.370 0.086 0.010 0.001 0.418 0.001 0.003 0.009 0.002 0.009 0.090 66 I 0.141 0.193 0.070 0.024 0.208 0.019 0.022 0.032 0.016 0.120 0.154 67 D 0.060 0.367 0.241 0.031 0.162 0.013 0.012 0.053 0.019 0.020 0.023 68 H 0.006 0.025 0.018 0.006 0.012 0.007 0.015 0.563 0.285 0.056 0.007 69 H 0.005 0.025 0.014 0.009 0.010 0.010 0.026 0.684 0.165 0.048 0.005 70 H 0.007 0.010 0.003 0.002 0.010 0.003 0.010 0.802 0.117 0.030 0.006 71 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.885 0.088 0.014 0.002 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.922 0.067 0.003 0.001 73 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.909 0.064 0.007 0.001 74 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.920 0.050 0.013 0.001 75 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.875 0.087 0.019 0.001 76 S 0.005 0.025 0.012 0.002 0.007 0.003 0.028 0.711 0.177 0.026 0.004 77 K 0.007 0.016 0.012 0.004 0.009 0.007 0.078 0.668 0.142 0.050 0.007 78 E 0.004 0.556 0.261 0.023 0.055 0.021 0.039 0.024 0.008 0.006 0.002 79 G 0.067 0.015 0.019 0.020 0.016 0.004 0.003 0.010 0.014 0.421 0.411 80 V 0.183 0.143 0.033 0.011 0.230 0.013 0.017 0.090 0.091 0.101 0.089 81 E 0.040 0.074 0.014 0.022 0.133 0.054 0.097 0.292 0.176 0.071 0.027 82 H 0.263 0.098 0.027 0.007 0.354 0.007 0.018 0.051 0.044 0.073 0.059 83 V 0.148 0.237 0.062 0.005 0.453 0.004 0.009 0.047 0.010 0.009 0.016 84 L 0.257 0.149 0.020 0.005 0.431 0.004 0.008 0.054 0.009 0.014 0.049 85 T 0.262 0.127 0.023 0.011 0.381 0.012 0.018 0.066 0.018 0.025 0.056 86 S 0.183 0.213 0.034 0.006 0.452 0.007 0.011 0.050 0.010 0.012 0.021 87 E 0.255 0.134 0.023 0.005 0.423 0.005 0.011 0.092 0.013 0.012 0.026 88 V 0.306 0.066 0.012 0.014 0.268 0.021 0.041 0.120 0.042 0.038 0.072 89 A 0.081 0.208 0.046 0.029 0.232 0.052 0.069 0.184 0.054 0.024 0.022 90 K 0.222 0.145 0.034 0.004 0.339 0.003 0.011 0.072 0.028 0.052 0.090 91 F 0.150 0.107 0.025 0.011 0.199 0.010 0.015 0.126 0.164 0.110 0.084 92 S 0.024 0.064 0.040 0.021 0.041 0.052 0.173 0.323 0.223 0.030 0.011 93 H 0.063 0.058 0.025 0.005 0.061 0.006 0.039 0.150 0.155 0.370 0.067 94 L 0.065 0.354 0.129 0.029 0.153 0.022 0.030 0.038 0.033 0.088 0.058 95 G 0.042 0.210 0.289 0.106 0.069 0.048 0.019 0.032 0.023 0.092 0.070 96 K 0.051 0.110 0.050 0.012 0.096 0.008 0.015 0.265 0.215 0.137 0.041 97 D 0.012 0.041 0.017 0.005 0.029 0.008 0.013 0.596 0.178 0.086 0.016 98 E 0.008 0.018 0.005 0.001 0.019 0.001 0.009 0.727 0.136 0.070 0.006 99 F 0.003 0.009 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.869 0.071 0.035 0.001 100 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.888 0.096 0.007 0.001 101 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.938 0.046 0.003 0.001 102 V 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.016 0.899 0.051 0.021 0.001 103 M 0.003 0.014 0.011 0.002 0.008 0.003 0.014 0.836 0.082 0.026 0.002 104 D 0.009 0.016 0.014 0.004 0.004 0.005 0.051 0.656 0.176 0.054 0.011 105 H 0.005 0.097 0.041 0.009 0.022 0.014 0.093 0.456 0.165 0.091 0.007 106 R 0.018 0.641 0.098 0.010 0.101 0.003 0.006 0.017 0.017 0.065 0.024 107 N 0.068 0.052 0.049 0.043 0.050 0.016 0.014 0.030 0.057 0.437 0.184 108 L 0.139 0.271 0.056 0.004 0.466 0.003 0.006 0.015 0.009 0.011 0.020 109 I 0.157 0.252 0.054 0.007 0.414 0.003 0.006 0.016 0.018 0.020 0.052 110 Y 0.114 0.360 0.179 0.004 0.311 0.001 0.002 0.008 0.002 0.003 0.015 111 P 0.057 0.530 0.071 0.001 0.207 0.002 0.008 0.074 0.015 0.017 0.017 112 F 0.029 0.290 0.100 0.009 0.212 0.021 0.042 0.088 0.045 0.138 0.024 113 D 0.035 0.113 0.678 0.012 0.064 0.002 0.007 0.045 0.021 0.009 0.014 114 A 0.002 0.007 0.016 0.004 0.002 0.007 0.066 0.730 0.154 0.012 0.001 115 Q 0.001 0.849 0.134 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 116 G 0.021 0.006 0.010 0.019 0.006 0.005 0.001 0.002 0.003 0.309 0.619 117 L 0.038 0.448 0.241 0.007 0.171 0.004 0.018 0.031 0.011 0.010 0.021 118 R 0.061 0.412 0.244 0.015 0.178 0.005 0.007 0.013 0.012 0.029 0.025 119 R 0.030 0.418 0.326 0.039 0.105 0.014 0.025 0.016 0.012 0.009 0.007 120 Q 0.009 0.466 0.418 0.010 0.049 0.003 0.003 0.017 0.011 0.009 0.006 121 S 0.015 0.050 0.023 0.010 0.033 0.023 0.058 0.442 0.304 0.029 0.014 122 G 0.004 0.027 0.017 0.014 0.011 0.015 0.042 0.422 0.275 0.160 0.015 123 D 0.020 0.016 0.006 0.002 0.023 0.002 0.026 0.190 0.237 0.459 0.018 124 I 0.042 0.252 0.092 0.004 0.109 0.002 0.008 0.345 0.101 0.027 0.018 125 P 0.026 0.236 0.058 0.009 0.119 0.008 0.034 0.278 0.167 0.043 0.021 126 K 0.017 0.042 0.027 0.007 0.030 0.028 0.131 0.467 0.224 0.021 0.006 127 N 0.048 0.053 0.024 0.013 0.051 0.009 0.032 0.383 0.148 0.174 0.066 128 I 0.073 0.021 0.004 0.008 0.050 0.016 0.034 0.199 0.317 0.192 0.087 129 H 0.004 0.012 0.004 0.008 0.008 0.047 0.152 0.425 0.311 0.024 0.004 130 D 0.019 0.034 0.021 0.003 0.036 0.001 0.013 0.220 0.328 0.304 0.023 131 L 0.131 0.023 0.006 0.002 0.088 0.005 0.021 0.223 0.327 0.107 0.067 132 E 0.006 0.049 0.018 0.011 0.022 0.038 0.084 0.519 0.224 0.025 0.005 133 D 0.044 0.036 0.017 0.009 0.065 0.009 0.048 0.064 0.077 0.561 0.070 134 D 0.247 0.172 0.060 0.001 0.429 0.001 0.003 0.016 0.007 0.014 0.051 135 P 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.575 0.376 0.020 0.004 136 F 0.002 0.009 0.003 0.001 0.004 0.002 0.014 0.782 0.149 0.032 0.002 137 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.832 0.130 0.021 0.001 138 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.927 0.058 0.004 0.001 139 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.860 0.095 0.041 0.001 140 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.048 0.001 0.001 141 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.020 0.003 0.001 143 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.034 0.004 0.001 144 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.881 0.097 0.004 0.001 145 M 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.073 0.820 0.078 0.018 0.001 146 A 0.001 0.607 0.191 0.024 0.028 0.024 0.063 0.050 0.007 0.004 0.001 147 G 0.021 0.105 0.085 0.084 0.018 0.005 0.005 0.009 0.013 0.496 0.160 148 G 0.075 0.063 0.073 0.096 0.052 0.123 0.057 0.066 0.054 0.212 0.129 149 Y 0.089 0.234 0.058 0.023 0.273 0.013 0.012 0.082 0.077 0.078 0.061 150 A 0.082 0.191 0.140 0.048 0.151 0.023 0.044 0.109 0.097 0.075 0.039 151 K 0.032 0.376 0.268 0.023 0.123 0.010 0.016 0.074 0.042 0.026 0.009 152 V 0.112 0.236 0.069 0.006 0.303 0.007 0.030 0.099 0.048 0.043 0.047 153 I 0.142 0.193 0.070 0.009 0.211 0.008 0.023 0.060 0.079 0.109 0.098 154 I 0.017 0.465 0.329 0.007 0.123 0.003 0.010 0.030 0.010 0.002 0.002 155 P 0.036 0.454 0.123 0.006 0.120 0.004 0.018 0.113 0.076 0.033 0.018 156 F 0.042 0.061 0.019 0.006 0.060 0.011 0.030 0.215 0.413 0.079 0.065 157 S 0.005 0.024 0.011 0.004 0.009 0.010 0.048 0.457 0.391 0.036 0.006 158 E 0.019 0.075 0.016 0.002 0.038 0.003 0.026 0.348 0.209 0.251 0.012 159 F 0.066 0.189 0.057 0.006 0.120 0.010 0.014 0.248 0.142 0.089 0.059 160 G 0.020 0.053 0.065 0.031 0.031 0.028 0.045 0.472 0.138 0.076 0.040 161 W 0.010 0.026 0.010 0.002 0.012 0.001 0.003 0.661 0.164 0.105 0.008 162 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.093 0.002 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.027 0.001 0.001 164 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.037 0.003 0.001 165 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.880 0.105 0.010 0.001 166 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.779 0.184 0.020 0.001 167 R 0.002 0.015 0.007 0.002 0.005 0.008 0.133 0.636 0.133 0.056 0.002 168 R 0.025 0.029 0.011 0.004 0.036 0.008 0.096 0.340 0.137 0.275 0.038 169 I 0.086 0.263 0.065 0.009 0.177 0.014 0.045 0.152 0.074 0.073 0.042 170 D 0.149 0.198 0.089 0.011 0.249 0.006 0.017 0.075 0.050 0.098 0.057 171 R 0.015 0.126 0.066 0.007 0.062 0.004 0.012 0.412 0.256 0.034 0.007 172 D 0.018 0.038 0.013 0.003 0.040 0.008 0.057 0.552 0.191 0.060 0.020 173 L 0.018 0.029 0.006 0.002 0.028 0.004 0.039 0.495 0.214 0.150 0.014 174 L 0.028 0.071 0.041 0.007 0.050 0.009 0.022 0.332 0.182 0.222 0.035 175 S 0.014 0.152 0.083 0.019 0.057 0.010 0.021 0.358 0.199 0.076 0.012 176 D 0.004 0.015 0.010 0.003 0.007 0.014 0.057 0.550 0.275 0.059 0.007 177 S 0.015 0.067 0.032 0.005 0.026 0.004 0.030 0.405 0.124 0.272 0.021 178 F 0.022 0.047 0.017 0.003 0.025 0.002 0.004 0.447 0.161 0.252 0.020 179 D 0.001 0.013 0.006 0.002 0.005 0.003 0.008 0.857 0.101 0.005 0.001 180 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.900 0.089 0.007 0.001 181 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.053 0.016 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.050 0.005 0.001 183 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.038 0.001 0.001 184 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.953 0.031 0.011 0.001 185 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.058 0.011 0.001 186 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.094 0.003 0.001 187 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.954 0.037 0.001 0.001 188 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.910 0.058 0.012 0.001 189 A 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.869 0.085 0.024 0.002 190 K 0.005 0.027 0.010 0.005 0.009 0.016 0.064 0.531 0.128 0.196 0.008 191 S 0.017 0.492 0.149 0.004 0.229 0.002 0.006 0.055 0.018 0.021 0.008 192 R 0.003 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.551 0.379 0.043 0.007 193 E 0.002 0.004 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 0.715 0.151 0.097 0.004 194 A 0.005 0.008 0.002 0.002 0.012 0.002 0.007 0.476 0.411 0.071 0.005 195 R 0.002 0.010 0.004 0.002 0.005 0.007 0.037 0.724 0.201 0.007 0.002 196 H 0.012 0.011 0.004 0.001 0.017 0.003 0.032 0.177 0.212 0.511 0.019 197 L 0.133 0.265 0.130 0.003 0.357 0.002 0.007 0.026 0.016 0.026 0.034 198 P 0.022 0.066 0.038 0.043 0.031 0.106 0.332 0.184 0.093 0.061 0.024 199 G 0.033 0.088 0.126 0.139 0.066 0.036 0.027 0.050 0.081 0.303 0.051 200 W 0.187 0.059 0.031 0.035 0.190 0.060 0.057 0.077 0.081 0.113 0.110 201 C 0.057 0.149 0.088 0.068 0.125 0.045 0.085 0.103 0.095 0.131 0.055 202 G 0.035 0.123 0.179 0.180 0.073 0.046 0.025 0.070 0.059 0.178 0.032 203 V 0.089 0.204 0.118 0.034 0.162 0.023 0.042 0.124 0.077 0.093 0.035 204 E 0.043 0.215 0.130 0.040 0.107 0.042 0.059 0.189 0.097 0.046 0.031 205 E 0.065 0.177 0.107 0.034 0.127 0.032 0.058 0.171 0.100 0.088 0.041