# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.9885 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.698 0.183 0.069 0.034 0.012 0.003 0.001 2 T 0.668 0.208 0.077 0.034 0.011 0.002 0.001 3 H 0.569 0.249 0.111 0.053 0.015 0.003 0.001 4 I 0.429 0.258 0.158 0.103 0.043 0.009 0.001 5 Y 0.467 0.263 0.158 0.079 0.027 0.006 0.001 6 E 0.435 0.296 0.167 0.076 0.022 0.003 0.001 7 P 0.469 0.278 0.154 0.071 0.024 0.004 0.001 8 R 0.439 0.294 0.156 0.079 0.027 0.005 0.001 9 L 0.163 0.228 0.251 0.225 0.108 0.023 0.001 10 S 0.164 0.185 0.212 0.250 0.145 0.042 0.003 11 R 0.223 0.381 0.234 0.114 0.037 0.010 0.001 12 I 0.065 0.090 0.159 0.294 0.271 0.111 0.010 13 A 0.107 0.255 0.288 0.219 0.098 0.030 0.002 14 I 0.083 0.062 0.095 0.206 0.315 0.216 0.023 15 D 0.201 0.306 0.282 0.157 0.044 0.011 0.001 16 K 0.332 0.342 0.191 0.090 0.033 0.011 0.002 17 L 0.081 0.075 0.120 0.221 0.278 0.190 0.035 18 R 0.096 0.173 0.228 0.224 0.156 0.097 0.027 19 P 0.135 0.162 0.156 0.185 0.160 0.141 0.061 20 T 0.095 0.103 0.133 0.193 0.217 0.189 0.069 21 Q 0.070 0.101 0.110 0.136 0.162 0.256 0.165 22 I 0.126 0.086 0.087 0.140 0.179 0.237 0.145 23 A 0.131 0.104 0.095 0.118 0.153 0.244 0.156 24 V 0.148 0.090 0.096 0.161 0.172 0.205 0.128 25 G 0.161 0.134 0.131 0.153 0.140 0.195 0.086 26 F 0.155 0.092 0.098 0.160 0.221 0.207 0.068 27 R 0.140 0.207 0.214 0.214 0.134 0.075 0.015 28 E 0.135 0.195 0.209 0.221 0.163 0.071 0.006 29 V 0.073 0.074 0.126 0.227 0.315 0.169 0.015 30 E 0.315 0.334 0.211 0.100 0.033 0.007 0.001 31 L 0.288 0.307 0.226 0.133 0.040 0.006 0.001 32 K 0.239 0.294 0.239 0.164 0.055 0.010 0.001 33 R 0.379 0.235 0.177 0.131 0.063 0.014 0.001 34 K 0.741 0.189 0.051 0.015 0.003 0.001 0.001 35 E 0.637 0.233 0.087 0.034 0.008 0.001 0.001 36 W 0.250 0.225 0.256 0.205 0.059 0.005 0.001 37 R 0.608 0.271 0.092 0.024 0.004 0.001 0.001 38 E 0.800 0.156 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 39 T 0.666 0.213 0.081 0.032 0.007 0.001 0.001 40 R 0.559 0.294 0.103 0.037 0.006 0.001 0.001 41 K 0.511 0.305 0.125 0.047 0.010 0.001 0.001 42 K 0.796 0.157 0.034 0.010 0.003 0.001 0.001 43 D 0.695 0.233 0.054 0.015 0.002 0.001 0.001 44 G 0.226 0.207 0.251 0.243 0.067 0.006 0.001 45 D 0.371 0.396 0.178 0.047 0.008 0.001 0.001 46 D 0.377 0.445 0.140 0.033 0.004 0.001 0.001 47 F 0.024 0.060 0.169 0.385 0.300 0.060 0.001 48 L 0.020 0.048 0.139 0.350 0.355 0.086 0.002 49 G 0.320 0.454 0.174 0.044 0.006 0.001 0.001 50 N 0.299 0.396 0.204 0.082 0.016 0.002 0.001 51 H 0.008 0.050 0.147 0.289 0.344 0.153 0.008 52 I 0.009 0.050 0.150 0.273 0.296 0.189 0.032 53 V 0.002 0.007 0.022 0.073 0.230 0.491 0.175 54 P 0.001 0.005 0.015 0.054 0.186 0.487 0.252 55 V 0.001 0.002 0.006 0.021 0.092 0.443 0.436 56 V 0.001 0.003 0.006 0.019 0.091 0.393 0.487 57 A 0.002 0.014 0.040 0.126 0.258 0.386 0.173 58 G 0.013 0.062 0.137 0.283 0.309 0.163 0.032 59 P 0.137 0.302 0.291 0.191 0.065 0.012 0.001 60 K 0.461 0.341 0.135 0.049 0.012 0.002 0.001 61 D 0.283 0.374 0.224 0.090 0.024 0.004 0.001 62 R 0.037 0.142 0.292 0.309 0.169 0.047 0.004 63 A 0.003 0.012 0.039 0.119 0.327 0.434 0.066 64 Y 0.001 0.003 0.013 0.059 0.229 0.507 0.188 65 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.049 0.359 0.579 66 I 0.001 0.003 0.008 0.031 0.099 0.338 0.519 67 D 0.001 0.002 0.006 0.024 0.100 0.357 0.511 68 H 0.001 0.004 0.014 0.052 0.133 0.315 0.481 69 H 0.001 0.006 0.017 0.046 0.107 0.368 0.455 70 H 0.001 0.006 0.014 0.045 0.141 0.369 0.425 71 L 0.001 0.003 0.010 0.041 0.133 0.410 0.404 72 V 0.001 0.002 0.004 0.015 0.073 0.420 0.485 73 L 0.004 0.033 0.089 0.234 0.290 0.276 0.074 74 A 0.002 0.020 0.084 0.208 0.324 0.302 0.060 75 L 0.002 0.008 0.019 0.081 0.278 0.489 0.122 76 S 0.024 0.085 0.164 0.305 0.283 0.127 0.012 77 K 0.118 0.307 0.287 0.182 0.079 0.024 0.003 78 E 0.096 0.223 0.297 0.249 0.108 0.026 0.002 79 G 0.342 0.350 0.180 0.087 0.032 0.009 0.001 80 V 0.188 0.166 0.201 0.239 0.159 0.045 0.003 81 E 0.480 0.300 0.143 0.054 0.017 0.005 0.001 82 H 0.222 0.269 0.240 0.170 0.072 0.023 0.004 83 V 0.060 0.116 0.170 0.246 0.243 0.143 0.022 84 L 0.031 0.056 0.104 0.190 0.276 0.276 0.067 85 T 0.035 0.078 0.132 0.202 0.244 0.238 0.070 86 S 0.023 0.045 0.089 0.201 0.305 0.274 0.063 87 E 0.063 0.156 0.226 0.259 0.185 0.093 0.016 88 V 0.072 0.129 0.197 0.248 0.216 0.122 0.017 89 A 0.250 0.261 0.214 0.156 0.085 0.031 0.004 90 K 0.397 0.304 0.167 0.083 0.034 0.013 0.002 91 F 0.111 0.124 0.195 0.273 0.208 0.083 0.007 92 S 0.377 0.307 0.169 0.094 0.040 0.013 0.001 93 H 0.374 0.294 0.168 0.103 0.044 0.015 0.002 94 L 0.174 0.186 0.214 0.220 0.151 0.050 0.003 95 G 0.319 0.347 0.191 0.097 0.036 0.009 0.001 96 K 0.246 0.310 0.238 0.142 0.053 0.011 0.001 97 D 0.547 0.275 0.113 0.045 0.016 0.004 0.001 98 E 0.299 0.378 0.217 0.084 0.019 0.003 0.001 99 F 0.068 0.072 0.122 0.294 0.314 0.125 0.005 100 W 0.054 0.116 0.196 0.318 0.238 0.073 0.004 101 S 0.194 0.412 0.248 0.107 0.029 0.009 0.001 102 V 0.051 0.115 0.221 0.320 0.209 0.079 0.006 103 M 0.019 0.029 0.067 0.173 0.383 0.301 0.027 104 D 0.127 0.215 0.246 0.218 0.129 0.057 0.007 105 H 0.209 0.359 0.243 0.128 0.047 0.012 0.001 106 R 0.069 0.139 0.234 0.279 0.192 0.078 0.008 107 N 0.075 0.199 0.218 0.230 0.175 0.094 0.010 108 L 0.010 0.020 0.072 0.204 0.367 0.289 0.039 109 I 0.013 0.017 0.023 0.051 0.168 0.521 0.209 110 Y 0.006 0.015 0.027 0.087 0.249 0.431 0.185 111 P 0.011 0.042 0.109 0.226 0.295 0.254 0.063 112 F 0.014 0.050 0.123 0.259 0.339 0.190 0.024 113 D 0.155 0.313 0.272 0.173 0.067 0.018 0.001 114 A 0.378 0.321 0.180 0.085 0.030 0.005 0.001 115 Q 0.629 0.213 0.092 0.046 0.016 0.004 0.001 116 G 0.406 0.228 0.167 0.127 0.058 0.013 0.001 117 L 0.370 0.295 0.184 0.107 0.037 0.008 0.001 118 R 0.303 0.325 0.209 0.114 0.041 0.008 0.001 119 R 0.271 0.274 0.231 0.149 0.063 0.011 0.001 120 Q 0.451 0.336 0.140 0.056 0.015 0.002 0.001 121 S 0.300 0.299 0.233 0.126 0.037 0.005 0.001 122 G 0.595 0.275 0.091 0.030 0.008 0.001 0.001 123 D 0.312 0.401 0.205 0.069 0.012 0.002 0.001 124 I 0.024 0.040 0.115 0.371 0.359 0.089 0.002 125 P 0.050 0.197 0.358 0.291 0.093 0.010 0.001 126 K 0.430 0.417 0.119 0.028 0.006 0.001 0.001 127 N 0.165 0.238 0.291 0.223 0.072 0.011 0.001 128 I 0.030 0.051 0.139 0.317 0.353 0.107 0.003 129 H 0.208 0.381 0.264 0.112 0.029 0.005 0.001 130 D 0.316 0.461 0.165 0.048 0.008 0.001 0.001 131 L 0.038 0.102 0.238 0.334 0.230 0.056 0.002 132 E 0.643 0.254 0.067 0.025 0.008 0.002 0.001 133 D 0.579 0.258 0.104 0.042 0.014 0.003 0.001 134 D 0.134 0.152 0.234 0.284 0.159 0.035 0.002 135 P 0.161 0.283 0.259 0.179 0.075 0.038 0.007 136 F 0.016 0.025 0.044 0.131 0.310 0.379 0.094 137 R 0.016 0.058 0.157 0.260 0.263 0.180 0.067 138 S 0.021 0.057 0.072 0.117 0.215 0.335 0.183 139 L 0.002 0.007 0.014 0.041 0.128 0.371 0.437 140 A 0.006 0.028 0.051 0.113 0.169 0.350 0.282 141 G 0.019 0.098 0.193 0.286 0.220 0.138 0.046 142 A 0.007 0.057 0.179 0.365 0.275 0.105 0.012 143 L 0.004 0.006 0.017 0.094 0.339 0.440 0.100 144 R 0.059 0.248 0.262 0.264 0.126 0.037 0.003 145 M 0.243 0.371 0.226 0.108 0.038 0.011 0.002 146 A 0.066 0.196 0.330 0.275 0.104 0.027 0.002 147 G 0.285 0.322 0.220 0.116 0.042 0.012 0.002 148 G 0.164 0.157 0.150 0.194 0.200 0.119 0.017 149 Y 0.104 0.108 0.153 0.224 0.239 0.148 0.025 150 A 0.155 0.211 0.223 0.209 0.125 0.062 0.015 151 K 0.186 0.223 0.196 0.182 0.125 0.068 0.020 152 V 0.087 0.102 0.133 0.186 0.219 0.204 0.068 153 I 0.051 0.077 0.123 0.188 0.245 0.235 0.081 154 I 0.051 0.084 0.130 0.183 0.210 0.222 0.121 155 P 0.063 0.089 0.108 0.156 0.193 0.244 0.147 156 F 0.027 0.048 0.069 0.119 0.197 0.321 0.219 157 S 0.018 0.035 0.070 0.129 0.181 0.308 0.258 158 E 0.013 0.027 0.039 0.072 0.143 0.330 0.376 159 F 0.006 0.013 0.023 0.066 0.188 0.378 0.326 160 G 0.012 0.025 0.057 0.150 0.250 0.291 0.216 161 W 0.004 0.008 0.016 0.030 0.070 0.303 0.569 162 A 0.006 0.012 0.017 0.048 0.103 0.360 0.454 163 D 0.006 0.030 0.099 0.236 0.281 0.259 0.090 164 F 0.002 0.007 0.029 0.136 0.315 0.403 0.108 165 L 0.002 0.003 0.003 0.009 0.062 0.568 0.353 166 R 0.003 0.021 0.071 0.251 0.390 0.247 0.017 167 R 0.030 0.178 0.310 0.279 0.155 0.044 0.004 168 R 0.014 0.083 0.234 0.335 0.249 0.081 0.004 169 I 0.035 0.086 0.166 0.309 0.300 0.099 0.004 170 D 0.278 0.375 0.217 0.088 0.033 0.007 0.001 171 R 0.477 0.293 0.150 0.061 0.017 0.003 0.001 172 D 0.685 0.216 0.061 0.027 0.008 0.002 0.001 173 L 0.227 0.211 0.208 0.212 0.114 0.026 0.002 174 L 0.187 0.242 0.247 0.207 0.096 0.019 0.001 175 S 0.357 0.376 0.184 0.066 0.014 0.002 0.001 176 D 0.624 0.279 0.072 0.019 0.005 0.001 0.001 177 S 0.177 0.347 0.277 0.149 0.043 0.006 0.001 178 F 0.027 0.036 0.081 0.310 0.405 0.136 0.005 179 D 0.158 0.410 0.304 0.109 0.018 0.002 0.001 180 D 0.178 0.523 0.242 0.049 0.007 0.001 0.001 181 A 0.008 0.015 0.045 0.212 0.447 0.260 0.013 182 L 0.006 0.039 0.139 0.316 0.340 0.152 0.009 183 A 0.162 0.449 0.249 0.105 0.028 0.006 0.001 184 E 0.035 0.123 0.348 0.358 0.119 0.016 0.001 185 A 0.010 0.013 0.023 0.074 0.296 0.542 0.043 186 M 0.024 0.087 0.227 0.369 0.232 0.059 0.003 187 K 0.188 0.518 0.202 0.068 0.019 0.005 0.001 188 L 0.036 0.085 0.217 0.382 0.229 0.048 0.003 189 A 0.036 0.055 0.097 0.283 0.353 0.163 0.012 190 K 0.282 0.398 0.216 0.082 0.019 0.003 0.001 191 S 0.627 0.283 0.067 0.019 0.004 0.001 0.001 192 R 0.433 0.344 0.152 0.055 0.013 0.002 0.001 193 E 0.285 0.327 0.213 0.127 0.040 0.008 0.001 194 A 0.121 0.108 0.167 0.297 0.243 0.060 0.003 195 R 0.303 0.372 0.210 0.089 0.022 0.004 0.001 196 H 0.193 0.332 0.259 0.149 0.051 0.015 0.002 197 L 0.069 0.071 0.129 0.262 0.307 0.149 0.013 198 P 0.186 0.243 0.236 0.182 0.103 0.044 0.006 199 G 0.335 0.204 0.142 0.140 0.108 0.061 0.010 200 W 0.185 0.208 0.215 0.207 0.131 0.051 0.004 201 C 0.205 0.221 0.234 0.206 0.103 0.028 0.002 202 G 0.438 0.289 0.156 0.083 0.028 0.006 0.001 203 V 0.641 0.233 0.085 0.030 0.009 0.002 0.001 204 E 0.741 0.167 0.062 0.024 0.006 0.001 0.001 205 E 0.759 0.169 0.049 0.018 0.005 0.001 0.001