# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.002 0.001 0.015 0.108 0.872 2 K 0.002 0.003 0.025 0.643 0.095 0.233 3 D 0.001 0.001 0.012 0.919 0.024 0.044 4 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 5 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 6 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 9 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 10 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 11 H 0.001 0.001 0.001 0.980 0.012 0.007 12 R 0.001 0.001 0.005 0.812 0.064 0.119 13 N 0.003 0.002 0.002 0.029 0.126 0.837 14 L 0.091 0.021 0.006 0.016 0.167 0.700 15 I 0.378 0.059 0.007 0.016 0.146 0.395 16 Y 0.367 0.060 0.017 0.019 0.300 0.237 17 P 0.234 0.018 0.065 0.032 0.438 0.213 18 F 0.126 0.072 0.070 0.039 0.506 0.187 19 D 0.024 0.031 0.050 0.029 0.822 0.044 20 A 0.012 0.005 0.071 0.034 0.816 0.061 21 Q 0.004 0.006 0.061 0.027 0.836 0.066 22 G 0.005 0.015 0.029 0.012 0.890 0.049 23 L 0.016 0.009 0.014 0.016 0.571 0.374 24 R 0.025 0.035 0.024 0.012 0.446 0.458 25 R 0.027 0.059 0.007 0.008 0.416 0.483 26 Q 0.009 0.013 0.013 0.014 0.276 0.675 27 S 0.004 0.003 0.638 0.094 0.201 0.061 28 G 0.004 0.002 0.657 0.118 0.174 0.045 29 D 0.007 0.004 0.596 0.131 0.185 0.076 30 I 0.020 0.011 0.062 0.202 0.250 0.456 31 P 0.021 0.011 0.095 0.275 0.278 0.321 32 K 0.023 0.010 0.169 0.458 0.208 0.133 33 N 0.049 0.007 0.223 0.376 0.233 0.112 34 I 0.024 0.008 0.344 0.360 0.214 0.051 35 H 0.030 0.005 0.256 0.351 0.232 0.126 36 D 0.028 0.010 0.109 0.216 0.346 0.291 37 L 0.034 0.032 0.062 0.127 0.457 0.287 38 E 0.015 0.023 0.020 0.086 0.439 0.417 39 D 0.008 0.016 0.023 0.137 0.413 0.402 40 D 0.004 0.009 0.005 0.038 0.541 0.403 41 P 0.002 0.003 0.024 0.579 0.297 0.095 42 F 0.002 0.002 0.020 0.721 0.231 0.025 43 R 0.002 0.002 0.008 0.889 0.089 0.010 44 S 0.003 0.003 0.002 0.963 0.014 0.015 45 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 47 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 50 R 0.001 0.001 0.002 0.983 0.009 0.005 51 M 0.002 0.001 0.003 0.966 0.015 0.013 52 A 0.002 0.001 0.003 0.935 0.021 0.038 53 G 0.003 0.004 0.010 0.257 0.193 0.533 54 G 0.009 0.006 0.064 0.154 0.395 0.372 55 Y 0.032 0.023 0.114 0.158 0.469 0.203 56 A 0.018 0.018 0.174 0.169 0.437 0.184 57 K 0.017 0.007 0.058 0.047 0.559 0.311 58 V 0.014 0.004 0.043 0.023 0.460 0.457 59 I 0.025 0.022 0.041 0.034 0.442 0.436 60 I 0.030 0.049 0.033 0.046 0.408 0.434 61 P 0.027 0.024 0.068 0.111 0.360 0.410 62 F 0.021 0.013 0.251 0.202 0.354 0.158 63 S 0.014 0.008 0.374 0.232 0.299 0.073 64 E 0.016 0.004 0.221 0.533 0.174 0.051 65 F 0.017 0.002 0.101 0.701 0.127 0.052 66 G 0.024 0.015 0.024 0.732 0.090 0.116 67 W 0.003 0.002 0.029 0.937 0.020 0.009 68 A 0.001 0.001 0.020 0.969 0.008 0.002 69 D 0.001 0.001 0.031 0.958 0.008 0.001 70 F 0.001 0.001 0.025 0.960 0.010 0.003 71 L 0.004 0.001 0.008 0.966 0.011 0.011 72 R 0.014 0.001 0.018 0.918 0.030 0.019 73 R 0.017 0.001 0.014 0.711 0.125 0.132 74 R 0.021 0.004 0.014 0.441 0.177 0.342 75 I 0.012 0.010 0.012 0.206 0.214 0.545 76 D 0.011 0.008 0.026 0.197 0.303 0.454 77 R 0.006 0.003 0.088 0.335 0.290 0.277 78 D 0.005 0.003 0.147 0.315 0.310 0.220 79 L 0.007 0.004 0.237 0.287 0.338 0.128 80 L 0.008 0.008 0.145 0.269 0.363 0.208 81 S 0.006 0.008 0.100 0.335 0.360 0.191 82 D 0.005 0.004 0.099 0.418 0.277 0.196 83 S 0.005 0.010 0.032 0.229 0.203 0.521 84 F 0.001 0.001 0.019 0.899 0.035 0.046 85 D 0.001 0.001 0.006 0.937 0.026 0.029 86 D 0.001 0.001 0.005 0.976 0.011 0.008 87 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 88 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 89 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.003 90 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 91 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 92 M 0.001 0.001 0.010 0.976 0.010 0.004 93 K 0.001 0.001 0.016 0.946 0.028 0.009 94 L 0.001 0.001 0.027 0.914 0.039 0.019 95 A 0.002 0.005 0.025 0.799 0.095 0.073 96 K 0.003 0.004 0.021 0.656 0.130 0.187 97 S 0.004 0.003 0.028 0.375 0.222 0.368 98 R 0.002 0.001 0.285 0.437 0.194 0.081 99 E 0.001 0.001 0.456 0.385 0.127 0.029 100 A 0.001 0.001 0.648 0.266 0.073 0.010 101 R 0.001 0.002 0.334 0.476 0.134 0.054 102 H 0.001 0.005 0.088 0.196 0.282 0.428 103 L 0.002 0.019 0.016 0.010 0.654 0.299 104 P 0.005 0.005 0.022 0.006 0.733 0.228 105 G 0.028 0.013 0.043 0.005 0.827 0.084 106 W 0.157 0.038 0.046 0.008 0.655 0.095 107 C 0.349 0.030 0.017 0.010 0.256 0.337 108 G 0.197 0.014 0.013 0.005 0.218 0.553 109 V 0.078 0.040 0.012 0.009 0.191 0.671 110 E 0.026 0.036 0.009 0.016 0.121 0.792 111 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.028 0.966