# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.72587 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.052 0.470 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.029 0.404 2 K 0.072 0.625 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.021 0.216 3 D 0.029 0.345 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.461 0.021 0.129 4 E 0.012 0.745 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.005 0.115 0.021 0.083 5 F 0.041 0.800 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.005 0.037 0.015 0.089 6 W 0.041 0.683 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.149 0.020 0.084 7 S 0.057 0.545 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.160 0.057 0.151 8 V 0.098 0.293 0.040 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.229 0.074 0.243 9 M 0.161 0.009 0.140 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.404 0.065 0.205 10 D 0.255 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.050 0.114 0.566 11 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.024 0.089 0.871 12 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.044 0.185 0.714 13 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.431 0.134 0.095 0.332 14 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.313 0.115 0.121 0.439 15 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.810 0.031 0.030 0.120 16 Y 0.103 0.014 0.003 0.002 0.003 0.021 0.012 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.349 0.141 0.075 0.253 17 P 0.033 0.024 0.003 0.004 0.026 0.094 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.100 0.135 0.460 18 F 0.016 0.011 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.039 0.105 0.673 19 D 0.512 0.068 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.119 0.050 0.230 20 A 0.149 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.050 0.092 0.649 21 Q 0.021 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.024 0.087 0.791 22 G 0.051 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.010 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.068 0.101 0.653 23 L 0.019 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.175 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.062 0.073 0.100 0.522 24 R 0.023 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.001 0.014 0.004 0.004 0.001 0.025 0.032 0.097 0.756 25 R 0.061 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.062 0.007 0.007 0.042 0.044 0.126 0.613 26 Q 0.441 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.015 0.043 0.067 0.385 27 S 0.439 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.043 0.066 0.422 28 G 0.011 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.017 0.123 0.804 29 D 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.023 0.144 0.782 30 I 0.065 0.335 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.095 0.100 0.373 31 P 0.231 0.537 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.062 0.018 0.144 32 K 0.146 0.258 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.053 0.051 0.463 33 N 0.287 0.139 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.067 0.455 34 I 0.686 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.037 0.048 0.189 35 H 0.025 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.197 0.695 36 D 0.157 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.062 0.101 0.614 37 L 0.371 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.085 0.151 0.355 38 E 0.005 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.030 0.224 0.687 39 D 0.013 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.015 0.118 0.786 40 D 0.194 0.189 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.322 0.096 0.179 41 P 0.025 0.683 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.131 0.035 0.120 42 F 0.013 0.820 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.015 0.102 43 R 0.012 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.011 0.078 44 S 0.005 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.006 0.039 45 L 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.019 46 A 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.003 0.029 47 G 0.006 0.917 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.006 0.042 48 A 0.016 0.859 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.010 0.082 49 L 0.028 0.240 0.347 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.233 0.021 0.115 50 R 0.328 0.042 0.018 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.073 0.065 0.441 51 M 0.050 0.043 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.063 0.790 52 A 0.019 0.047 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.026 0.086 0.788 53 G 0.045 0.089 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.043 0.110 0.674 54 G 0.069 0.038 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.081 0.082 0.646 55 Y 0.068 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.065 0.080 0.664 56 A 0.092 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.006 0.002 0.120 0.054 0.076 0.615 57 K 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.001 0.079 0.027 0.083 0.758 58 V 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.008 0.143 0.019 0.107 0.691 59 I 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.016 0.115 0.800 60 I 0.069 0.021 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.112 0.096 0.159 0.518 61 P 0.202 0.111 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.054 0.090 0.506 62 F 0.239 0.121 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.074 0.084 0.438 63 S 0.146 0.109 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.068 0.117 0.498 64 E 0.030 0.235 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.036 0.097 0.513 65 F 0.053 0.484 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.024 0.069 0.283 66 G 0.021 0.604 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.107 0.052 0.037 0.165 67 W 0.014 0.896 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.006 0.038 68 A 0.026 0.848 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.065 0.007 0.040 69 D 0.022 0.768 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.071 0.022 0.101 70 F 0.071 0.662 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.086 0.032 0.122 71 L 0.180 0.479 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.100 0.037 0.145 72 R 0.144 0.229 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.096 0.074 0.419 73 R 0.075 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.033 0.091 0.650 74 R 0.097 0.042 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.070 0.154 0.582 75 I 0.007 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.027 0.142 0.727 76 D 0.132 0.588 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.021 0.200 77 R 0.195 0.230 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.275 0.044 0.244 78 D 0.102 0.245 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.167 0.084 0.392 79 L 0.174 0.047 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.193 0.107 0.442 80 L 0.117 0.084 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.068 0.114 0.601 81 S 0.208 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.060 0.584 82 D 0.043 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.108 0.749 83 S 0.013 0.357 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.047 0.074 0.501 84 F 0.030 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.010 0.102 85 D 0.021 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 0.044 86 D 0.005 0.858 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.007 0.103 87 A 0.004 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.007 0.067 88 L 0.010 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.018 89 A 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.030 90 E 0.003 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.047 91 A 0.020 0.906 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.005 0.028 92 M 0.053 0.772 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.014 0.108 93 K 0.072 0.177 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.467 0.045 0.233 94 L 0.080 0.051 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.443 0.127 0.290 95 A 0.041 0.048 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.083 0.179 0.634 96 K 0.022 0.203 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.070 0.674 97 S 0.240 0.408 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.082 0.029 0.222 98 R 0.225 0.148 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.109 0.122 0.381 99 E 0.363 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.081 0.073 0.393 100 A 0.743 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.048 0.049 0.153 101 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.013 0.160 0.804 102 H 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.099 0.862 103 L 0.398 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.094 0.167 0.267 104 P 0.051 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.042 0.209 0.601 105 G 0.092 0.019 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.220 0.046 0.098 0.515 106 W 0.030 0.013 0.005 0.002 0.010 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.058 0.142 0.571 107 C 0.015 0.014 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.177 0.037 0.098 0.643 108 G 0.070 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.060 0.070 0.692 109 V 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.030 0.080 0.794 110 E 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.018 0.075 0.838 111 E 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.016 0.085 0.853