# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.72587 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.453 0.307 0.056 0.080 0.039 0.026 0.017 0.009 0.007 0.005 0.002 2 K 0.206 0.198 0.067 0.187 0.136 0.089 0.061 0.028 0.016 0.008 0.004 3 D 0.379 0.186 0.066 0.137 0.100 0.061 0.043 0.016 0.009 0.003 0.001 4 E 0.170 0.187 0.099 0.224 0.143 0.084 0.057 0.021 0.010 0.003 0.002 5 F 0.017 0.018 0.020 0.060 0.073 0.106 0.215 0.186 0.152 0.104 0.050 6 W 0.007 0.006 0.019 0.039 0.068 0.132 0.254 0.186 0.153 0.089 0.046 7 S 0.015 0.048 0.322 0.309 0.138 0.076 0.048 0.022 0.013 0.007 0.003 8 V 0.003 0.016 0.031 0.080 0.111 0.176 0.266 0.150 0.089 0.054 0.023 9 M 0.005 0.005 0.017 0.013 0.015 0.023 0.081 0.124 0.229 0.246 0.242 10 D 0.032 0.060 0.130 0.202 0.190 0.143 0.149 0.050 0.025 0.012 0.006 11 H 0.037 0.097 0.243 0.215 0.142 0.099 0.087 0.038 0.025 0.013 0.006 12 R 0.038 0.043 0.054 0.119 0.140 0.144 0.195 0.119 0.077 0.046 0.024 13 N 0.089 0.082 0.052 0.150 0.136 0.145 0.175 0.088 0.050 0.024 0.011 14 L 0.002 0.007 0.010 0.026 0.040 0.073 0.173 0.195 0.213 0.161 0.099 15 I 0.002 0.003 0.003 0.010 0.014 0.027 0.093 0.161 0.238 0.253 0.196 16 Y 0.003 0.011 0.010 0.035 0.054 0.081 0.180 0.193 0.200 0.139 0.093 17 P 0.010 0.015 0.014 0.040 0.041 0.053 0.120 0.166 0.220 0.201 0.120 18 F 0.011 0.013 0.008 0.052 0.089 0.118 0.207 0.197 0.161 0.097 0.049 19 D 0.027 0.051 0.027 0.119 0.119 0.123 0.177 0.146 0.112 0.065 0.033 20 A 0.128 0.109 0.060 0.162 0.142 0.127 0.112 0.069 0.048 0.030 0.014 21 Q 0.318 0.201 0.072 0.161 0.091 0.060 0.048 0.023 0.015 0.008 0.004 22 G 0.175 0.074 0.027 0.070 0.072 0.071 0.116 0.110 0.122 0.099 0.064 23 L 0.122 0.166 0.068 0.168 0.137 0.102 0.106 0.054 0.040 0.023 0.013 24 R 0.076 0.091 0.053 0.144 0.132 0.111 0.141 0.091 0.076 0.051 0.034 25 R 0.049 0.057 0.039 0.100 0.133 0.141 0.176 0.125 0.093 0.057 0.030 26 Q 0.231 0.229 0.090 0.163 0.117 0.071 0.049 0.021 0.014 0.008 0.005 27 S 0.108 0.079 0.038 0.100 0.113 0.116 0.166 0.106 0.083 0.058 0.032 28 G 0.476 0.136 0.054 0.120 0.083 0.050 0.043 0.018 0.011 0.006 0.003 29 D 0.193 0.279 0.117 0.198 0.109 0.053 0.033 0.010 0.005 0.002 0.002 30 I 0.003 0.009 0.005 0.018 0.027 0.048 0.120 0.157 0.204 0.211 0.199 31 P 0.060 0.079 0.046 0.155 0.218 0.183 0.154 0.057 0.028 0.011 0.007 32 K 0.588 0.192 0.127 0.068 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.082 0.137 0.082 0.261 0.198 0.137 0.075 0.017 0.007 0.003 0.001 34 I 0.004 0.003 0.003 0.008 0.013 0.027 0.078 0.127 0.217 0.235 0.285 35 H 0.072 0.121 0.096 0.191 0.183 0.148 0.121 0.037 0.019 0.007 0.004 36 D 0.286 0.215 0.202 0.173 0.064 0.034 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 37 L 0.012 0.009 0.006 0.021 0.034 0.064 0.175 0.173 0.177 0.175 0.154 38 E 0.375 0.204 0.070 0.145 0.081 0.047 0.035 0.016 0.012 0.007 0.007 39 D 0.033 0.055 0.031 0.099 0.124 0.133 0.167 0.120 0.114 0.076 0.049 40 D 0.087 0.137 0.057 0.131 0.131 0.130 0.137 0.081 0.053 0.033 0.022 41 P 0.063 0.043 0.017 0.060 0.087 0.104 0.185 0.140 0.128 0.102 0.070 42 F 0.028 0.024 0.015 0.052 0.064 0.086 0.163 0.141 0.175 0.149 0.102 43 R 0.043 0.040 0.050 0.110 0.098 0.121 0.164 0.113 0.120 0.084 0.056 44 S 0.024 0.034 0.062 0.097 0.085 0.100 0.174 0.148 0.129 0.091 0.056 45 L 0.003 0.008 0.018 0.023 0.022 0.038 0.113 0.166 0.218 0.220 0.170 46 A 0.003 0.005 0.022 0.034 0.047 0.081 0.163 0.146 0.183 0.172 0.144 47 G 0.022 0.032 0.157 0.139 0.117 0.123 0.170 0.095 0.077 0.045 0.023 48 A 0.005 0.017 0.069 0.104 0.108 0.125 0.216 0.146 0.113 0.066 0.031 49 L 0.004 0.003 0.021 0.011 0.007 0.008 0.030 0.071 0.186 0.315 0.344 50 R 0.003 0.009 0.043 0.114 0.187 0.229 0.229 0.101 0.054 0.023 0.010 51 M 0.012 0.039 0.305 0.157 0.129 0.123 0.116 0.054 0.038 0.018 0.009 52 A 0.029 0.036 0.028 0.085 0.107 0.157 0.252 0.138 0.088 0.055 0.024 53 G 0.372 0.156 0.041 0.087 0.059 0.056 0.076 0.053 0.048 0.033 0.019 54 G 0.156 0.180 0.074 0.123 0.100 0.081 0.090 0.062 0.058 0.043 0.033 55 Y 0.055 0.048 0.027 0.064 0.068 0.077 0.138 0.125 0.151 0.130 0.117 56 A 0.169 0.179 0.089 0.182 0.149 0.092 0.071 0.031 0.020 0.010 0.007 57 K 0.322 0.179 0.091 0.153 0.097 0.063 0.046 0.022 0.015 0.008 0.004 58 V 0.295 0.104 0.051 0.108 0.093 0.093 0.096 0.058 0.046 0.032 0.023 59 I 0.074 0.104 0.039 0.121 0.140 0.124 0.145 0.097 0.074 0.049 0.033 60 I 0.109 0.126 0.034 0.089 0.092 0.088 0.142 0.110 0.091 0.071 0.047 61 P 0.116 0.048 0.018 0.083 0.105 0.116 0.170 0.111 0.104 0.078 0.050 62 F 0.058 0.029 0.017 0.053 0.071 0.092 0.172 0.144 0.152 0.119 0.094 63 S 0.043 0.078 0.046 0.137 0.108 0.105 0.138 0.109 0.106 0.076 0.054 64 E 0.011 0.017 0.014 0.042 0.051 0.089 0.189 0.196 0.185 0.134 0.071 65 F 0.059 0.040 0.054 0.077 0.076 0.094 0.155 0.136 0.143 0.104 0.062 66 G 0.037 0.046 0.102 0.176 0.154 0.133 0.175 0.090 0.049 0.025 0.014 67 W 0.001 0.006 0.031 0.039 0.030 0.037 0.113 0.153 0.223 0.225 0.141 68 A 0.001 0.002 0.023 0.019 0.026 0.054 0.175 0.181 0.211 0.183 0.126 69 D 0.014 0.028 0.274 0.270 0.166 0.110 0.080 0.032 0.016 0.007 0.003 70 F 0.001 0.005 0.032 0.043 0.077 0.152 0.306 0.179 0.115 0.065 0.024 71 L 0.001 0.002 0.016 0.012 0.009 0.012 0.051 0.106 0.233 0.294 0.262 72 R 0.002 0.006 0.029 0.056 0.115 0.171 0.325 0.150 0.089 0.040 0.016 73 R 0.017 0.048 0.408 0.215 0.134 0.083 0.056 0.021 0.011 0.005 0.002 74 R 0.014 0.028 0.046 0.078 0.108 0.157 0.276 0.140 0.087 0.048 0.018 75 I 0.022 0.014 0.018 0.024 0.033 0.058 0.162 0.169 0.189 0.179 0.132 76 D 0.112 0.285 0.185 0.176 0.104 0.055 0.045 0.018 0.011 0.006 0.003 77 R 0.174 0.115 0.120 0.186 0.145 0.111 0.086 0.032 0.019 0.009 0.003 78 D 0.671 0.138 0.076 0.060 0.026 0.012 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 79 L 0.054 0.061 0.057 0.096 0.116 0.139 0.201 0.106 0.083 0.054 0.034 80 L 0.038 0.072 0.058 0.079 0.087 0.124 0.173 0.126 0.110 0.085 0.049 81 S 0.121 0.173 0.193 0.202 0.144 0.082 0.058 0.016 0.008 0.003 0.001 82 D 0.518 0.128 0.226 0.084 0.028 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.046 0.139 0.078 0.168 0.161 0.156 0.132 0.052 0.033 0.021 0.013 84 F 0.005 0.008 0.015 0.020 0.037 0.102 0.238 0.191 0.194 0.121 0.069 85 D 0.201 0.133 0.315 0.192 0.094 0.042 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 86 D 0.128 0.113 0.526 0.181 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.001 0.003 0.017 0.012 0.014 0.048 0.173 0.179 0.212 0.198 0.142 88 L 0.001 0.001 0.026 0.018 0.039 0.121 0.376 0.195 0.127 0.065 0.031 89 A 0.006 0.017 0.873 0.077 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.002 0.013 0.202 0.200 0.231 0.214 0.111 0.020 0.006 0.002 0.001 91 A 0.001 0.001 0.021 0.002 0.002 0.004 0.040 0.094 0.248 0.289 0.297 92 M 0.001 0.001 0.045 0.076 0.165 0.272 0.306 0.085 0.033 0.012 0.003 93 K 0.003 0.015 0.843 0.085 0.036 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.001 0.004 0.031 0.028 0.066 0.160 0.393 0.152 0.093 0.049 0.023 95 A 0.003 0.002 0.011 0.003 0.004 0.007 0.056 0.112 0.224 0.305 0.274 96 K 0.014 0.077 0.288 0.223 0.171 0.109 0.067 0.024 0.012 0.009 0.006 97 S 0.018 0.066 0.435 0.163 0.138 0.085 0.059 0.019 0.011 0.005 0.002 98 R 0.436 0.124 0.128 0.108 0.073 0.052 0.046 0.015 0.009 0.005 0.003 99 E 0.199 0.155 0.164 0.164 0.097 0.076 0.084 0.028 0.019 0.009 0.006 100 A 0.010 0.007 0.018 0.017 0.024 0.053 0.145 0.157 0.196 0.190 0.183 101 R 0.107 0.145 0.230 0.232 0.137 0.080 0.045 0.014 0.006 0.003 0.002 102 H 0.102 0.187 0.318 0.171 0.100 0.059 0.037 0.013 0.007 0.003 0.002 103 L 0.006 0.009 0.010 0.025 0.041 0.073 0.169 0.166 0.185 0.172 0.145 104 P 0.095 0.076 0.032 0.088 0.107 0.125 0.182 0.105 0.092 0.059 0.038 105 G 0.262 0.105 0.063 0.134 0.108 0.085 0.089 0.054 0.049 0.032 0.021 106 W 0.019 0.026 0.017 0.049 0.062 0.089 0.186 0.168 0.163 0.137 0.085 107 C 0.032 0.084 0.040 0.116 0.122 0.122 0.158 0.115 0.095 0.069 0.046 108 G 0.097 0.083 0.034 0.098 0.106 0.116 0.145 0.112 0.091 0.071 0.047 109 V 0.243 0.165 0.081 0.154 0.113 0.080 0.075 0.038 0.026 0.016 0.009 110 E 0.441 0.196 0.079 0.135 0.073 0.034 0.023 0.009 0.006 0.003 0.001 111 E 0.544 0.178 0.042 0.093 0.051 0.032 0.026 0.014 0.010 0.007 0.005