# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.72587 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.132 0.796 2 K 0.052 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.075 0.841 3 D 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.057 0.920 4 E 0.041 0.021 0.003 0.001 0.006 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.007 0.271 0.630 5 F 0.073 0.234 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.008 0.168 0.476 6 W 0.064 0.566 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.008 0.076 0.249 7 S 0.053 0.731 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.030 0.161 8 V 0.049 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.007 0.083 9 M 0.049 0.868 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.008 0.051 10 D 0.081 0.740 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.051 0.015 0.087 11 H 0.196 0.483 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.075 0.017 0.202 12 R 0.243 0.291 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.121 0.034 0.254 13 N 0.288 0.059 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.134 0.101 0.079 0.291 14 L 0.032 0.015 0.130 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.293 0.005 0.106 0.374 15 I 0.012 0.008 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.729 0.002 0.035 0.193 16 Y 0.012 0.013 0.001 0.001 0.002 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.016 0.005 0.001 0.009 0.005 0.003 0.484 0.003 0.084 0.350 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.979 18 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.323 0.006 0.246 0.392 19 D 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.551 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.007 0.048 0.234 20 A 0.114 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.008 0.092 0.686 21 Q 0.011 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.733 0.204 22 G 0.470 0.021 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.282 0.080 0.121 23 L 0.151 0.188 0.088 0.013 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.018 0.217 0.280 24 R 0.018 0.063 0.056 0.008 0.074 0.009 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002 0.085 0.007 0.066 0.592 25 R 0.044 0.042 0.013 0.003 0.013 0.325 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.049 0.005 0.065 0.428 26 Q 0.035 0.036 0.004 0.001 0.001 0.005 0.048 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.008 0.144 0.636 27 S 0.069 0.031 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.014 0.073 0.704 28 G 0.106 0.032 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.082 0.717 29 D 0.370 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.106 0.429 30 I 0.335 0.119 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.016 0.054 0.435 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 K 0.013 0.022 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 0.103 0.810 33 N 0.164 0.183 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.011 0.082 0.504 34 I 0.233 0.295 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.073 0.019 0.015 0.344 35 H 0.127 0.233 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.104 0.016 0.138 0.362 36 D 0.247 0.157 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.058 0.047 0.063 0.409 37 L 0.470 0.121 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.040 0.019 0.045 0.260 38 E 0.140 0.142 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.015 0.204 0.397 39 D 0.209 0.081 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.034 0.084 0.496 40 D 0.204 0.092 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.013 0.148 0.499 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 42 F 0.023 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.014 0.319 0.596 43 R 0.145 0.152 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.255 0.420 44 S 0.042 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.024 0.213 45 L 0.028 0.813 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.019 0.126 46 A 0.018 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.013 0.076 47 G 0.012 0.866 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.011 0.089 48 A 0.017 0.909 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.063 49 L 0.005 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.036 50 R 0.005 0.942 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.035 51 M 0.009 0.937 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.040 52 A 0.034 0.841 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.001 0.056 53 G 0.366 0.301 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.113 0.005 0.170 54 G 0.009 0.016 0.837 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.111 55 Y 0.040 0.026 0.029 0.134 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.004 0.051 0.636 56 A 0.073 0.028 0.004 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.007 0.088 0.674 57 K 0.069 0.032 0.008 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.008 0.084 0.687 58 V 0.137 0.035 0.004 0.001 0.003 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.208 0.007 0.037 0.548 59 I 0.054 0.076 0.008 0.001 0.002 0.004 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.315 0.007 0.031 0.472 60 I 0.037 0.060 0.030 0.004 0.008 0.002 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.345 0.004 0.049 0.428 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 62 F 0.009 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.270 0.004 0.092 0.596 63 S 0.064 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.007 0.111 0.678 64 E 0.357 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.010 0.045 0.503 65 F 0.319 0.234 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.013 0.042 0.348 66 G 0.160 0.198 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.012 0.132 0.455 67 W 0.026 0.290 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.005 0.038 0.544 68 A 0.046 0.402 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.008 0.056 0.394 69 D 0.042 0.596 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.005 0.059 0.267 70 F 0.018 0.866 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.100 71 L 0.016 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.036 72 R 0.012 0.938 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.003 0.031 73 R 0.034 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.055 74 R 0.097 0.799 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.002 0.058 75 I 0.112 0.595 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.007 0.193 76 D 0.034 0.332 0.065 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.019 0.041 0.468 77 R 0.081 0.147 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.019 0.036 0.681 78 D 0.032 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.203 0.646 79 L 0.192 0.139 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.039 0.212 0.393 80 L 0.157 0.481 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.084 0.246 81 S 0.173 0.407 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.026 0.060 0.284 82 D 0.155 0.274 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.052 0.483 83 S 0.182 0.152 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.061 0.152 0.433 84 F 0.318 0.183 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.068 0.373 85 D 0.048 0.283 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.177 0.459 86 D 0.042 0.214 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.123 0.608 87 A 0.062 0.620 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.025 0.278 88 L 0.026 0.848 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.102 89 A 0.006 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.115 90 E 0.004 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.100 91 A 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 92 M 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 93 K 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.026 94 L 0.029 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.036 95 A 0.059 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.043 96 K 0.118 0.670 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.006 0.118 97 S 0.172 0.459 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.046 0.010 0.271 98 R 0.046 0.200 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.043 0.677 99 E 0.061 0.224 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.255 0.415 100 A 0.311 0.324 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 0.103 0.218 101 R 0.335 0.522 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.011 0.107 102 H 0.297 0.299 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.128 0.012 0.236 103 L 0.713 0.093 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 0.003 0.127 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 105 G 0.015 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.004 0.057 0.783 106 W 0.370 0.025 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.005 0.060 0.397 107 C 0.052 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.297 0.004 0.093 0.494 108 G 0.087 0.019 0.029 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.182 0.013 0.085 0.554 109 V 0.098 0.019 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.101 0.005 0.080 0.667 110 E 0.071 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.005 0.116 0.627 111 E 0.064 0.043 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.009 0.084 0.738