# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.72587 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.059 0.006 0.004 0.017 0.019 0.024 0.117 0.002 0.001 0.006 0.747 2 K 0.068 0.004 0.005 0.009 0.004 0.008 0.127 0.001 0.001 0.008 0.766 3 D 0.035 0.007 0.002 0.011 0.004 0.007 0.181 0.001 0.001 0.007 0.746 4 E 0.049 0.019 0.001 0.007 0.005 0.005 0.266 0.001 0.001 0.008 0.639 5 F 0.043 0.136 0.002 0.012 0.012 0.031 0.390 0.001 0.001 0.013 0.360 6 W 0.044 0.594 0.002 0.022 0.031 0.077 0.081 0.002 0.001 0.005 0.141 7 S 0.029 0.754 0.001 0.005 0.017 0.028 0.025 0.003 0.001 0.001 0.138 8 V 0.072 0.810 0.001 0.002 0.009 0.012 0.004 0.006 0.001 0.001 0.083 9 M 0.058 0.864 0.005 0.002 0.006 0.008 0.004 0.006 0.001 0.001 0.047 10 D 0.023 0.809 0.004 0.006 0.019 0.021 0.011 0.020 0.001 0.001 0.086 11 H 0.100 0.581 0.007 0.004 0.011 0.020 0.029 0.041 0.001 0.005 0.203 12 R 0.318 0.409 0.026 0.008 0.011 0.013 0.046 0.039 0.001 0.006 0.122 13 N 0.295 0.172 0.054 0.033 0.031 0.028 0.077 0.055 0.001 0.013 0.242 14 L 0.095 0.132 0.243 0.069 0.064 0.079 0.080 0.012 0.001 0.007 0.219 15 I 0.029 0.090 0.027 0.166 0.152 0.284 0.036 0.008 0.001 0.003 0.204 16 Y 0.022 0.028 0.007 0.149 0.172 0.276 0.043 0.003 0.001 0.001 0.299 17 P 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.958 18 F 0.009 0.003 0.001 0.115 0.129 0.371 0.131 0.001 0.001 0.004 0.236 19 D 0.063 0.011 0.001 0.079 0.082 0.128 0.186 0.002 0.001 0.012 0.438 20 A 0.081 0.039 0.001 0.061 0.045 0.052 0.152 0.002 0.001 0.012 0.554 21 Q 0.128 0.022 0.002 0.015 0.014 0.024 0.467 0.002 0.001 0.031 0.297 22 G 0.351 0.032 0.008 0.017 0.014 0.015 0.249 0.004 0.001 0.049 0.260 23 L 0.152 0.082 0.070 0.015 0.021 0.027 0.259 0.002 0.001 0.015 0.358 24 R 0.026 0.031 0.007 0.017 0.045 0.071 0.117 0.002 0.001 0.005 0.678 25 R 0.053 0.035 0.004 0.025 0.050 0.140 0.075 0.001 0.001 0.004 0.614 26 Q 0.056 0.032 0.002 0.010 0.041 0.051 0.048 0.002 0.001 0.001 0.757 27 S 0.055 0.042 0.002 0.017 0.039 0.073 0.045 0.002 0.001 0.004 0.721 28 G 0.110 0.039 0.002 0.013 0.014 0.033 0.149 0.005 0.001 0.007 0.628 29 D 0.462 0.048 0.008 0.024 0.013 0.019 0.102 0.011 0.001 0.012 0.301 30 I 0.337 0.066 0.014 0.026 0.017 0.022 0.144 0.007 0.001 0.006 0.362 31 P 0.010 0.003 0.004 0.004 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.961 32 K 0.016 0.004 0.005 0.025 0.010 0.031 0.111 0.001 0.001 0.004 0.793 33 N 0.086 0.006 0.001 0.028 0.025 0.024 0.238 0.002 0.001 0.005 0.585 34 I 0.214 0.065 0.005 0.076 0.027 0.057 0.056 0.001 0.001 0.008 0.490 35 H 0.029 0.081 0.002 0.139 0.086 0.198 0.164 0.002 0.001 0.004 0.296 36 D 0.133 0.050 0.001 0.035 0.020 0.022 0.081 0.005 0.001 0.005 0.647 37 L 0.425 0.146 0.014 0.053 0.017 0.028 0.040 0.007 0.001 0.007 0.264 38 E 0.074 0.087 0.013 0.075 0.047 0.073 0.223 0.015 0.001 0.011 0.383 39 D 0.169 0.033 0.013 0.043 0.021 0.033 0.133 0.011 0.001 0.019 0.526 40 D 0.224 0.028 0.008 0.020 0.010 0.012 0.268 0.006 0.001 0.008 0.415 41 P 0.016 0.006 0.008 0.006 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.003 0.923 42 F 0.017 0.010 0.003 0.016 0.012 0.031 0.664 0.001 0.001 0.017 0.229 43 R 0.272 0.077 0.004 0.048 0.030 0.073 0.236 0.004 0.001 0.030 0.226 44 S 0.088 0.461 0.001 0.041 0.020 0.027 0.035 0.003 0.001 0.002 0.321 45 L 0.045 0.387 0.003 0.013 0.022 0.025 0.039 0.003 0.001 0.002 0.461 46 A 0.066 0.581 0.004 0.032 0.028 0.089 0.047 0.008 0.001 0.006 0.140 47 G 0.044 0.707 0.006 0.019 0.020 0.045 0.043 0.008 0.001 0.003 0.105 48 A 0.044 0.736 0.003 0.008 0.008 0.012 0.020 0.006 0.001 0.001 0.162 49 L 0.069 0.741 0.003 0.008 0.015 0.018 0.011 0.006 0.001 0.001 0.127 50 R 0.035 0.780 0.008 0.010 0.011 0.035 0.022 0.005 0.001 0.002 0.092 51 M 0.036 0.758 0.008 0.005 0.013 0.032 0.016 0.009 0.001 0.001 0.123 52 A 0.080 0.696 0.002 0.006 0.009 0.011 0.009 0.019 0.001 0.001 0.167 53 G 0.209 0.443 0.008 0.007 0.011 0.010 0.025 0.039 0.001 0.004 0.245 54 G 0.147 0.279 0.191 0.007 0.007 0.010 0.045 0.006 0.001 0.004 0.304 55 Y 0.031 0.235 0.025 0.028 0.036 0.056 0.099 0.007 0.001 0.002 0.482 56 A 0.070 0.169 0.004 0.039 0.023 0.035 0.036 0.003 0.001 0.002 0.618 57 K 0.094 0.164 0.004 0.017 0.017 0.026 0.039 0.005 0.001 0.002 0.631 58 V 0.185 0.234 0.011 0.028 0.021 0.041 0.042 0.006 0.001 0.004 0.429 59 I 0.154 0.173 0.010 0.035 0.024 0.058 0.032 0.010 0.001 0.003 0.501 60 I 0.098 0.151 0.013 0.092 0.042 0.133 0.050 0.006 0.001 0.002 0.414 61 P 0.005 0.005 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.979 62 F 0.074 0.070 0.005 0.055 0.012 0.076 0.157 0.002 0.001 0.004 0.545 63 S 0.051 0.082 0.002 0.015 0.010 0.012 0.048 0.002 0.001 0.001 0.777 64 E 0.076 0.528 0.001 0.013 0.005 0.011 0.065 0.002 0.001 0.001 0.298 65 F 0.111 0.475 0.003 0.010 0.010 0.016 0.092 0.007 0.001 0.006 0.270 66 G 0.121 0.629 0.008 0.003 0.002 0.004 0.107 0.002 0.001 0.004 0.120 67 W 0.019 0.807 0.009 0.002 0.002 0.004 0.039 0.004 0.001 0.001 0.114 68 A 0.012 0.886 0.001 0.003 0.003 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.081 69 D 0.012 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 0.001 0.001 0.069 70 F 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.042 71 L 0.021 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 72 R 0.023 0.928 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 0.023 73 R 0.062 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.040 74 R 0.141 0.730 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.067 75 I 0.129 0.607 0.069 0.005 0.003 0.004 0.008 0.042 0.001 0.001 0.132 76 D 0.085 0.221 0.050 0.017 0.010 0.017 0.065 0.063 0.001 0.002 0.471 77 R 0.119 0.137 0.031 0.020 0.004 0.009 0.049 0.008 0.001 0.003 0.621 78 D 0.049 0.070 0.004 0.007 0.002 0.003 0.102 0.003 0.001 0.002 0.757 79 L 0.161 0.103 0.010 0.014 0.008 0.009 0.263 0.006 0.001 0.015 0.412 80 L 0.185 0.281 0.007 0.026 0.015 0.028 0.187 0.010 0.001 0.011 0.249 81 S 0.196 0.391 0.007 0.018 0.008 0.016 0.075 0.012 0.001 0.006 0.272 82 D 0.138 0.281 0.008 0.006 0.002 0.004 0.035 0.011 0.001 0.003 0.512 83 S 0.365 0.109 0.012 0.003 0.002 0.002 0.135 0.025 0.001 0.006 0.339 84 F 0.244 0.123 0.068 0.010 0.002 0.004 0.153 0.011 0.001 0.011 0.374 85 D 0.013 0.129 0.005 0.009 0.001 0.002 0.211 0.003 0.001 0.002 0.625 86 D 0.020 0.120 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.001 0.001 0.002 0.743 87 A 0.073 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.004 0.001 0.005 0.150 88 L 0.053 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.011 0.001 0.003 0.037 89 A 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 90 E 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 91 A 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 92 M 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 93 K 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 94 L 0.021 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.012 95 A 0.060 0.892 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.014 96 K 0.050 0.811 0.050 0.003 0.001 0.003 0.008 0.043 0.001 0.001 0.029 97 S 0.099 0.603 0.017 0.007 0.002 0.003 0.009 0.044 0.001 0.001 0.217 98 R 0.029 0.213 0.007 0.003 0.001 0.001 0.019 0.008 0.001 0.001 0.719 99 E 0.073 0.247 0.007 0.005 0.003 0.003 0.230 0.005 0.001 0.005 0.422 100 A 0.120 0.527 0.011 0.009 0.006 0.010 0.110 0.009 0.001 0.005 0.194 101 R 0.082 0.748 0.002 0.007 0.003 0.012 0.028 0.006 0.001 0.002 0.112 102 H 0.257 0.493 0.003 0.003 0.003 0.005 0.005 0.014 0.001 0.001 0.218 103 L 0.391 0.409 0.009 0.005 0.005 0.007 0.004 0.016 0.001 0.001 0.154 104 P 0.007 0.014 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.962 105 G 0.050 0.027 0.007 0.036 0.029 0.050 0.069 0.007 0.001 0.002 0.725 106 W 0.394 0.043 0.012 0.035 0.016 0.035 0.052 0.004 0.001 0.004 0.405 107 C 0.069 0.085 0.004 0.086 0.034 0.061 0.067 0.003 0.001 0.002 0.588 108 G 0.066 0.022 0.005 0.066 0.033 0.055 0.087 0.001 0.001 0.004 0.659 109 V 0.066 0.021 0.008 0.051 0.020 0.038 0.074 0.001 0.001 0.004 0.717 110 E 0.020 0.017 0.002 0.041 0.031 0.056 0.085 0.001 0.001 0.003 0.743 111 E 0.064 0.023 0.002 0.029 0.033 0.054 0.114 0.002 0.001 0.008 0.671