# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.72587 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.035 0.010 0.092 0.037 0.066 0.009 0.175 0.380 0.003 0.193 0.001 2 K 0.430 0.108 0.227 0.137 0.031 0.025 0.017 0.005 0.011 0.009 0.001 3 D 0.520 0.058 0.267 0.088 0.019 0.020 0.010 0.008 0.005 0.005 0.001 4 E 0.919 0.011 0.025 0.027 0.004 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 5 F 0.973 0.003 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 W 0.985 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.985 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.938 0.005 0.004 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 M 0.700 0.031 0.056 0.168 0.004 0.013 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 10 D 0.770 0.019 0.068 0.070 0.006 0.018 0.034 0.006 0.005 0.004 0.001 11 H 0.610 0.055 0.045 0.229 0.019 0.011 0.018 0.005 0.004 0.003 0.001 12 R 0.226 0.069 0.078 0.503 0.027 0.013 0.053 0.017 0.012 0.003 0.001 13 N 0.064 0.121 0.093 0.095 0.046 0.046 0.442 0.024 0.067 0.002 0.001 14 L 0.083 0.425 0.363 0.037 0.030 0.046 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 15 I 0.073 0.564 0.206 0.046 0.024 0.048 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 16 Y 0.011 0.272 0.256 0.001 0.031 0.045 0.012 0.001 0.371 0.001 0.001 17 P 0.233 0.010 0.576 0.026 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 18 F 0.099 0.278 0.279 0.141 0.094 0.064 0.012 0.007 0.023 0.004 0.001 19 D 0.021 0.123 0.580 0.018 0.079 0.107 0.009 0.002 0.053 0.007 0.001 20 A 0.903 0.005 0.012 0.064 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 21 Q 0.331 0.006 0.033 0.615 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 22 G 0.073 0.002 0.043 0.049 0.024 0.002 0.114 0.604 0.001 0.087 0.001 23 L 0.364 0.082 0.261 0.229 0.013 0.021 0.016 0.004 0.006 0.003 0.001 24 R 0.232 0.146 0.301 0.121 0.048 0.033 0.044 0.028 0.026 0.021 0.001 25 R 0.118 0.259 0.480 0.037 0.041 0.034 0.008 0.001 0.018 0.002 0.001 26 Q 0.123 0.107 0.618 0.036 0.013 0.065 0.007 0.001 0.027 0.002 0.002 27 S 0.602 0.045 0.157 0.155 0.015 0.009 0.005 0.003 0.004 0.002 0.001 28 G 0.413 0.010 0.046 0.061 0.042 0.002 0.025 0.174 0.002 0.224 0.001 29 D 0.209 0.026 0.152 0.427 0.011 0.085 0.050 0.004 0.031 0.001 0.004 30 I 0.227 0.237 0.367 0.021 0.015 0.036 0.019 0.001 0.076 0.001 0.001 31 P 0.184 0.010 0.725 0.006 0.001 0.061 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 32 K 0.887 0.008 0.033 0.044 0.007 0.003 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 33 N 0.761 0.030 0.040 0.096 0.027 0.018 0.010 0.007 0.008 0.002 0.001 34 I 0.710 0.034 0.029 0.212 0.003 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 35 H 0.813 0.036 0.077 0.055 0.006 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 36 D 0.319 0.018 0.054 0.484 0.014 0.035 0.032 0.012 0.031 0.001 0.001 37 L 0.263 0.076 0.381 0.147 0.005 0.072 0.024 0.002 0.030 0.001 0.001 38 E 0.505 0.138 0.111 0.177 0.017 0.018 0.014 0.008 0.006 0.004 0.001 39 D 0.213 0.146 0.132 0.343 0.023 0.054 0.039 0.005 0.041 0.004 0.001 40 D 0.059 0.151 0.314 0.007 0.027 0.083 0.027 0.001 0.327 0.003 0.001 41 P 0.918 0.001 0.027 0.034 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 42 F 0.890 0.007 0.016 0.060 0.004 0.008 0.006 0.005 0.003 0.002 0.001 43 R 0.871 0.018 0.025 0.059 0.003 0.016 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 44 S 0.927 0.009 0.020 0.019 0.002 0.011 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 45 L 0.948 0.005 0.004 0.036 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.984 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 G 0.988 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 48 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.979 0.003 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.987 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 M 0.957 0.014 0.009 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.492 0.015 0.024 0.456 0.003 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 53 G 0.045 0.001 0.013 0.016 0.015 0.001 0.120 0.677 0.001 0.110 0.001 54 G 0.400 0.021 0.147 0.102 0.044 0.015 0.063 0.065 0.003 0.138 0.001 55 Y 0.338 0.181 0.263 0.115 0.050 0.026 0.009 0.003 0.009 0.005 0.001 56 A 0.361 0.167 0.231 0.117 0.046 0.034 0.017 0.003 0.018 0.003 0.001 57 K 0.175 0.384 0.238 0.053 0.068 0.024 0.017 0.003 0.037 0.001 0.001 58 V 0.134 0.285 0.421 0.043 0.015 0.069 0.009 0.001 0.022 0.001 0.002 59 I 0.083 0.388 0.356 0.044 0.018 0.055 0.007 0.001 0.046 0.001 0.001 60 I 0.020 0.419 0.332 0.001 0.019 0.027 0.008 0.001 0.174 0.001 0.001 61 P 0.087 0.006 0.807 0.004 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 62 F 0.382 0.114 0.188 0.094 0.071 0.050 0.038 0.025 0.028 0.009 0.001 63 S 0.779 0.042 0.065 0.058 0.021 0.010 0.008 0.004 0.003 0.010 0.001 64 E 0.667 0.052 0.049 0.184 0.018 0.012 0.006 0.003 0.007 0.002 0.001 65 F 0.571 0.073 0.109 0.133 0.039 0.030 0.015 0.011 0.012 0.006 0.001 66 G 0.804 0.040 0.044 0.032 0.023 0.019 0.014 0.008 0.009 0.007 0.001 67 W 0.909 0.011 0.009 0.050 0.004 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 68 A 0.976 0.004 0.005 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.981 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.977 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.932 0.004 0.004 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.950 0.005 0.009 0.021 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.859 0.011 0.016 0.103 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 74 R 0.686 0.023 0.044 0.193 0.004 0.012 0.024 0.002 0.011 0.001 0.001 75 I 0.486 0.113 0.207 0.125 0.010 0.026 0.008 0.002 0.021 0.001 0.001 76 D 0.238 0.065 0.260 0.140 0.016 0.187 0.043 0.003 0.039 0.007 0.001 77 R 0.897 0.013 0.029 0.042 0.004 0.004 0.004 0.002 0.003 0.002 0.001 78 D 0.898 0.004 0.027 0.047 0.001 0.011 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 79 L 0.846 0.006 0.011 0.127 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 L 0.728 0.027 0.053 0.142 0.005 0.024 0.011 0.002 0.006 0.002 0.001 81 S 0.727 0.044 0.072 0.101 0.023 0.010 0.008 0.003 0.006 0.006 0.001 82 D 0.758 0.012 0.050 0.120 0.021 0.010 0.015 0.009 0.002 0.002 0.001 83 S 0.381 0.037 0.116 0.204 0.025 0.125 0.013 0.003 0.093 0.003 0.001 84 F 0.946 0.001 0.002 0.044 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 M 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.904 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.667 0.011 0.075 0.210 0.003 0.011 0.012 0.005 0.007 0.001 0.001 96 K 0.497 0.020 0.112 0.301 0.008 0.025 0.022 0.006 0.004 0.004 0.001 97 S 0.079 0.069 0.683 0.042 0.032 0.061 0.003 0.002 0.026 0.002 0.001 98 R 0.955 0.002 0.015 0.021 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.895 0.003 0.012 0.084 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 100 A 0.814 0.014 0.059 0.086 0.003 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 101 R 0.822 0.011 0.036 0.125 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 H 0.336 0.033 0.076 0.463 0.013 0.017 0.034 0.009 0.016 0.001 0.001 103 L 0.012 0.148 0.535 0.001 0.006 0.017 0.012 0.001 0.269 0.001 0.001 104 P 0.128 0.002 0.804 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 105 G 0.104 0.042 0.143 0.052 0.180 0.006 0.023 0.270 0.005 0.175 0.001 106 W 0.239 0.125 0.338 0.163 0.045 0.049 0.011 0.005 0.019 0.004 0.003 107 C 0.111 0.268 0.267 0.272 0.039 0.016 0.007 0.002 0.017 0.001 0.001 108 G 0.060 0.035 0.169 0.022 0.235 0.005 0.024 0.146 0.004 0.301 0.001 109 V 0.226 0.181 0.443 0.068 0.031 0.029 0.002 0.002 0.010 0.002 0.006 110 E 0.172 0.231 0.364 0.077 0.042 0.044 0.016 0.008 0.036 0.008 0.001 111 E 0.292 0.167 0.273 0.093 0.071 0.027 0.031 0.014 0.017 0.014 0.001