# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.144 0.113 0.111 0.034 0.161 0.010 0.012 0.081 0.051 0.180 0.103 2 K 0.033 0.126 0.042 0.008 0.063 0.010 0.013 0.366 0.236 0.081 0.021 3 D 0.012 0.026 0.011 0.005 0.024 0.011 0.024 0.694 0.154 0.030 0.008 4 E 0.004 0.012 0.003 0.001 0.008 0.001 0.006 0.829 0.109 0.023 0.003 5 F 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.880 0.090 0.017 0.001 6 W 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.884 0.096 0.005 0.001 7 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.925 0.055 0.002 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.923 0.057 0.007 0.001 9 M 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.869 0.097 0.013 0.002 10 D 0.002 0.003 0.003 0.002 0.002 0.007 0.031 0.730 0.206 0.014 0.001 11 H 0.004 0.018 0.010 0.007 0.009 0.010 0.098 0.683 0.115 0.044 0.004 12 R 0.012 0.616 0.198 0.019 0.074 0.007 0.006 0.016 0.014 0.031 0.009 13 N 0.105 0.048 0.022 0.023 0.067 0.009 0.013 0.032 0.030 0.370 0.280 14 L 0.153 0.236 0.038 0.008 0.432 0.011 0.010 0.030 0.021 0.031 0.029 15 I 0.199 0.157 0.023 0.019 0.475 0.011 0.013 0.013 0.010 0.024 0.058 16 Y 0.145 0.264 0.151 0.012 0.375 0.003 0.004 0.007 0.004 0.008 0.028 17 P 0.124 0.260 0.087 0.008 0.315 0.013 0.037 0.073 0.023 0.021 0.038 18 F 0.057 0.296 0.038 0.026 0.286 0.031 0.030 0.057 0.027 0.104 0.047 19 D 0.044 0.187 0.621 0.046 0.045 0.007 0.004 0.013 0.011 0.010 0.012 20 A 0.003 0.005 0.023 0.015 0.003 0.019 0.035 0.497 0.383 0.014 0.003 21 Q 0.003 0.583 0.282 0.045 0.027 0.004 0.008 0.021 0.010 0.015 0.003 22 G 0.012 0.029 0.016 0.021 0.020 0.011 0.005 0.014 0.020 0.661 0.191 23 L 0.065 0.225 0.059 0.015 0.176 0.047 0.121 0.154 0.059 0.055 0.024 24 R 0.141 0.140 0.152 0.039 0.166 0.018 0.025 0.043 0.039 0.136 0.101 25 R 0.051 0.313 0.203 0.073 0.141 0.050 0.045 0.047 0.026 0.021 0.029 26 Q 0.145 0.275 0.110 0.012 0.264 0.005 0.008 0.044 0.043 0.043 0.051 27 S 0.019 0.030 0.012 0.006 0.056 0.005 0.012 0.256 0.521 0.067 0.015 28 G 0.005 0.021 0.010 0.005 0.013 0.018 0.077 0.524 0.299 0.026 0.002 29 D 0.018 0.024 0.016 0.005 0.019 0.004 0.024 0.157 0.134 0.574 0.026 30 I 0.044 0.354 0.188 0.016 0.105 0.007 0.013 0.134 0.055 0.059 0.024 31 P 0.024 0.369 0.111 0.021 0.112 0.008 0.015 0.196 0.096 0.031 0.016 32 K 0.004 0.009 0.005 0.007 0.012 0.016 0.092 0.573 0.252 0.025 0.005 33 N 0.028 0.029 0.009 0.002 0.029 0.003 0.041 0.630 0.180 0.037 0.010 34 I 0.006 0.005 0.002 0.006 0.007 0.020 0.020 0.453 0.279 0.185 0.017 35 H 0.029 0.090 0.024 0.022 0.050 0.023 0.034 0.423 0.258 0.026 0.020 36 D 0.013 0.017 0.009 0.002 0.013 0.001 0.003 0.084 0.214 0.603 0.041 37 L 0.063 0.197 0.016 0.001 0.167 0.003 0.007 0.062 0.151 0.288 0.044 38 E 0.025 0.040 0.019 0.023 0.047 0.032 0.135 0.415 0.213 0.044 0.008 39 D 0.013 0.042 0.028 0.012 0.026 0.022 0.023 0.038 0.041 0.689 0.067 40 D 0.258 0.011 0.001 0.001 0.708 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.013 41 P 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.005 0.587 0.374 0.019 0.001 42 F 0.007 0.003 0.002 0.001 0.011 0.001 0.013 0.768 0.090 0.102 0.004 43 R 0.003 0.009 0.002 0.002 0.005 0.007 0.033 0.870 0.060 0.008 0.002 44 S 0.008 0.023 0.007 0.001 0.026 0.001 0.011 0.882 0.034 0.006 0.002 45 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.071 0.020 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.052 0.004 0.001 47 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.033 0.003 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.019 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.951 0.036 0.004 0.001 50 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.868 0.099 0.008 0.002 51 M 0.004 0.007 0.003 0.001 0.005 0.003 0.060 0.846 0.059 0.012 0.001 52 A 0.002 0.575 0.299 0.017 0.025 0.009 0.030 0.031 0.006 0.005 0.001 53 G 0.078 0.052 0.046 0.034 0.031 0.006 0.005 0.016 0.012 0.343 0.377 54 G 0.085 0.183 0.104 0.052 0.130 0.059 0.058 0.103 0.074 0.098 0.053 55 Y 0.130 0.208 0.035 0.011 0.349 0.006 0.010 0.082 0.050 0.068 0.053 56 A 0.111 0.160 0.085 0.032 0.171 0.036 0.084 0.134 0.081 0.065 0.043 57 K 0.043 0.297 0.225 0.042 0.134 0.029 0.037 0.086 0.051 0.039 0.017 58 V 0.085 0.292 0.120 0.009 0.254 0.005 0.022 0.087 0.052 0.037 0.036 59 I 0.126 0.137 0.097 0.015 0.177 0.014 0.031 0.086 0.110 0.166 0.040 60 I 0.030 0.368 0.212 0.025 0.143 0.018 0.043 0.104 0.035 0.013 0.008 61 P 0.088 0.255 0.065 0.014 0.135 0.013 0.026 0.132 0.088 0.116 0.069 62 F 0.031 0.033 0.021 0.014 0.065 0.009 0.016 0.295 0.417 0.075 0.025 63 S 0.006 0.014 0.008 0.003 0.013 0.007 0.025 0.672 0.237 0.012 0.003 64 E 0.017 0.013 0.003 0.003 0.018 0.006 0.040 0.526 0.233 0.126 0.014 65 F 0.028 0.047 0.011 0.010 0.061 0.015 0.030 0.528 0.194 0.061 0.014 66 G 0.017 0.036 0.020 0.007 0.037 0.004 0.027 0.642 0.156 0.036 0.017 67 W 0.014 0.037 0.029 0.009 0.021 0.005 0.010 0.555 0.193 0.111 0.016 68 A 0.003 0.007 0.003 0.003 0.007 0.002 0.010 0.737 0.211 0.014 0.003 69 D 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.032 0.835 0.112 0.006 0.001 70 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.812 0.117 0.030 0.001 71 L 0.005 0.010 0.002 0.001 0.010 0.004 0.024 0.690 0.211 0.039 0.004 72 R 0.009 0.022 0.006 0.006 0.017 0.011 0.103 0.549 0.194 0.076 0.007 73 R 0.011 0.026 0.014 0.010 0.023 0.027 0.202 0.363 0.139 0.166 0.017 74 R 0.081 0.115 0.038 0.011 0.141 0.010 0.056 0.186 0.120 0.175 0.068 75 I 0.070 0.213 0.073 0.015 0.175 0.017 0.047 0.157 0.099 0.090 0.045 76 D 0.063 0.240 0.110 0.024 0.171 0.017 0.038 0.141 0.074 0.092 0.031 77 R 0.022 0.189 0.125 0.026 0.086 0.017 0.027 0.286 0.167 0.042 0.013 78 D 0.018 0.039 0.022 0.006 0.033 0.011 0.035 0.506 0.254 0.057 0.018 79 L 0.029 0.039 0.020 0.005 0.039 0.009 0.029 0.348 0.229 0.214 0.039 80 L 0.030 0.144 0.048 0.011 0.069 0.010 0.031 0.286 0.187 0.164 0.021 81 S 0.027 0.117 0.021 0.008 0.084 0.008 0.043 0.400 0.206 0.074 0.011 82 D 0.008 0.044 0.022 0.026 0.024 0.076 0.144 0.375 0.184 0.084 0.013 83 S 0.064 0.082 0.028 0.007 0.072 0.005 0.034 0.313 0.136 0.191 0.066 84 F 0.016 0.024 0.017 0.003 0.014 0.002 0.004 0.385 0.239 0.264 0.030 85 D 0.006 0.058 0.010 0.003 0.025 0.003 0.008 0.714 0.164 0.007 0.003 86 D 0.001 0.009 0.003 0.002 0.005 0.004 0.018 0.825 0.125 0.008 0.001 87 A 0.004 0.005 0.008 0.003 0.005 0.004 0.020 0.663 0.133 0.152 0.003 88 L 0.009 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.772 0.140 0.048 0.008 89 A 0.001 0.012 0.002 0.001 0.003 0.004 0.007 0.873 0.089 0.007 0.001 90 E 0.002 0.006 0.004 0.001 0.007 0.001 0.012 0.861 0.081 0.023 0.002 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.828 0.129 0.032 0.001 92 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.833 0.146 0.008 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.872 0.110 0.006 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.760 0.147 0.038 0.001 95 A 0.037 0.011 0.001 0.001 0.024 0.001 0.020 0.514 0.150 0.192 0.048 96 K 0.006 0.075 0.030 0.006 0.020 0.009 0.037 0.416 0.215 0.176 0.009 97 S 0.037 0.526 0.076 0.003 0.138 0.001 0.002 0.113 0.055 0.035 0.015 98 R 0.009 0.008 0.004 0.003 0.015 0.007 0.038 0.556 0.326 0.026 0.007 99 E 0.015 0.011 0.007 0.006 0.011 0.004 0.024 0.483 0.260 0.152 0.026 100 A 0.035 0.041 0.005 0.003 0.050 0.002 0.009 0.265 0.249 0.294 0.046 101 R 0.008 0.087 0.020 0.011 0.044 0.025 0.111 0.393 0.267 0.029 0.004 102 H 0.069 0.031 0.016 0.008 0.047 0.003 0.020 0.095 0.124 0.511 0.074 103 L 0.087 0.275 0.162 0.028 0.208 0.027 0.052 0.068 0.023 0.036 0.034 104 P 0.043 0.085 0.063 0.115 0.064 0.140 0.161 0.141 0.090 0.059 0.039 105 G 0.070 0.055 0.081 0.080 0.094 0.019 0.015 0.045 0.086 0.333 0.123 106 W 0.135 0.089 0.054 0.031 0.212 0.024 0.041 0.094 0.063 0.196 0.061 107 C 0.037 0.179 0.128 0.088 0.105 0.037 0.055 0.093 0.067 0.168 0.042 108 G 0.028 0.115 0.192 0.237 0.070 0.048 0.029 0.074 0.057 0.113 0.038 109 V 0.090 0.144 0.086 0.017 0.180 0.015 0.037 0.174 0.129 0.085 0.043 110 E 0.063 0.146 0.092 0.018 0.120 0.016 0.037 0.204 0.144 0.113 0.048 111 E 0.056 0.151 0.088 0.030 0.138 0.031 0.065 0.180 0.110 0.114 0.037