# TARGET T0347 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.707 0.224 0.054 0.013 0.001 0.001 0.001 2 K 0.467 0.296 0.151 0.070 0.015 0.002 0.001 3 D 0.694 0.237 0.053 0.013 0.003 0.001 0.001 4 E 0.327 0.377 0.197 0.073 0.022 0.004 0.001 5 F 0.089 0.120 0.180 0.285 0.232 0.087 0.007 6 W 0.050 0.117 0.220 0.319 0.220 0.068 0.007 7 S 0.257 0.427 0.194 0.088 0.027 0.006 0.001 8 V 0.066 0.193 0.316 0.302 0.107 0.016 0.001 9 M 0.057 0.065 0.099 0.267 0.350 0.152 0.009 10 D 0.186 0.354 0.250 0.154 0.048 0.008 0.001 11 H 0.296 0.377 0.187 0.096 0.035 0.009 0.001 12 R 0.054 0.193 0.290 0.289 0.136 0.034 0.003 13 N 0.065 0.189 0.239 0.255 0.182 0.065 0.006 14 L 0.016 0.040 0.074 0.173 0.320 0.328 0.049 15 I 0.007 0.010 0.027 0.090 0.219 0.497 0.150 16 Y 0.011 0.018 0.041 0.096 0.199 0.429 0.206 17 P 0.013 0.021 0.039 0.083 0.184 0.386 0.273 18 F 0.019 0.046 0.098 0.208 0.310 0.258 0.060 19 D 0.109 0.253 0.286 0.216 0.100 0.032 0.005 20 A 0.242 0.293 0.209 0.160 0.071 0.022 0.003 21 Q 0.426 0.309 0.147 0.075 0.032 0.010 0.001 22 G 0.278 0.225 0.207 0.177 0.088 0.024 0.002 23 L 0.289 0.299 0.206 0.135 0.056 0.014 0.001 24 R 0.350 0.335 0.174 0.097 0.035 0.008 0.001 25 R 0.167 0.239 0.253 0.216 0.102 0.022 0.001 26 Q 0.355 0.372 0.181 0.073 0.017 0.003 0.001 27 S 0.150 0.231 0.249 0.251 0.102 0.016 0.001 28 G 0.473 0.354 0.122 0.041 0.009 0.002 0.001 29 D 0.289 0.418 0.192 0.079 0.019 0.003 0.001 30 I 0.039 0.071 0.139 0.296 0.329 0.119 0.007 31 P 0.088 0.217 0.272 0.280 0.119 0.023 0.001 32 K 0.297 0.420 0.189 0.070 0.020 0.003 0.001 33 N 0.099 0.230 0.249 0.249 0.133 0.038 0.002 34 I 0.023 0.036 0.087 0.257 0.373 0.211 0.012 35 H 0.187 0.347 0.238 0.159 0.055 0.013 0.001 36 D 0.317 0.397 0.185 0.073 0.023 0.005 0.001 37 L 0.057 0.145 0.216 0.301 0.221 0.056 0.003 38 E 0.193 0.343 0.225 0.160 0.064 0.014 0.001 39 D 0.116 0.147 0.205 0.268 0.184 0.075 0.005 40 D 0.208 0.217 0.189 0.180 0.137 0.062 0.007 41 P 0.036 0.068 0.137 0.259 0.257 0.203 0.041 42 F 0.027 0.033 0.059 0.140 0.266 0.360 0.115 43 R 0.039 0.119 0.165 0.205 0.219 0.178 0.075 44 S 0.018 0.072 0.121 0.198 0.253 0.240 0.097 45 L 0.008 0.025 0.056 0.125 0.215 0.408 0.163 46 A 0.021 0.052 0.074 0.191 0.321 0.293 0.049 47 G 0.064 0.128 0.146 0.219 0.252 0.164 0.027 48 A 0.030 0.100 0.236 0.329 0.220 0.078 0.006 49 L 0.054 0.081 0.108 0.253 0.329 0.165 0.010 50 R 0.163 0.318 0.269 0.184 0.057 0.008 0.001 51 M 0.534 0.310 0.108 0.040 0.008 0.001 0.001 52 A 0.426 0.365 0.146 0.050 0.012 0.002 0.001 53 G 0.432 0.329 0.151 0.067 0.018 0.004 0.001 54 G 0.245 0.219 0.207 0.199 0.102 0.027 0.002 55 Y 0.243 0.209 0.193 0.184 0.128 0.039 0.003 56 A 0.329 0.289 0.182 0.131 0.055 0.012 0.001 57 K 0.310 0.322 0.202 0.118 0.038 0.008 0.001 58 V 0.288 0.300 0.191 0.136 0.066 0.018 0.002 59 I 0.110 0.210 0.216 0.239 0.161 0.058 0.005 60 I 0.058 0.117 0.155 0.243 0.252 0.157 0.018 61 P 0.038 0.056 0.089 0.190 0.260 0.296 0.071 62 F 0.009 0.020 0.042 0.113 0.244 0.380 0.192 63 S 0.005 0.011 0.025 0.072 0.183 0.410 0.294 64 E 0.003 0.008 0.016 0.045 0.126 0.388 0.414 65 F 0.006 0.018 0.037 0.090 0.190 0.383 0.276 66 G 0.004 0.023 0.061 0.175 0.253 0.317 0.167 67 W 0.003 0.006 0.009 0.029 0.101 0.415 0.437 68 A 0.005 0.007 0.013 0.052 0.169 0.449 0.305 69 D 0.012 0.057 0.139 0.252 0.288 0.210 0.041 70 F 0.005 0.015 0.064 0.211 0.316 0.311 0.079 71 L 0.004 0.008 0.010 0.032 0.153 0.539 0.255 72 R 0.013 0.045 0.112 0.249 0.311 0.222 0.048 73 R 0.065 0.221 0.272 0.237 0.131 0.063 0.011 74 R 0.044 0.112 0.190 0.281 0.244 0.115 0.014 75 I 0.070 0.106 0.152 0.248 0.259 0.145 0.020 76 D 0.260 0.315 0.211 0.133 0.063 0.016 0.002 77 R 0.301 0.290 0.200 0.144 0.052 0.012 0.001 78 D 0.495 0.281 0.122 0.067 0.026 0.008 0.001 79 L 0.266 0.275 0.221 0.147 0.073 0.017 0.001 80 L 0.184 0.214 0.230 0.239 0.108 0.024 0.001 81 S 0.327 0.351 0.192 0.091 0.029 0.008 0.001 82 D 0.561 0.300 0.098 0.030 0.008 0.002 0.001 83 S 0.090 0.274 0.299 0.238 0.086 0.012 0.001 84 F 0.022 0.074 0.167 0.288 0.320 0.122 0.007 85 D 0.122 0.410 0.299 0.132 0.032 0.005 0.001 86 D 0.094 0.456 0.338 0.097 0.014 0.001 0.001 87 A 0.003 0.010 0.041 0.185 0.491 0.260 0.009 88 L 0.002 0.024 0.087 0.253 0.398 0.219 0.016 89 A 0.048 0.428 0.352 0.138 0.028 0.005 0.001 90 E 0.011 0.081 0.289 0.384 0.195 0.039 0.002 91 A 0.001 0.004 0.007 0.035 0.241 0.627 0.085 92 M 0.007 0.056 0.186 0.386 0.283 0.077 0.005 93 K 0.083 0.378 0.304 0.159 0.059 0.016 0.001 94 L 0.005 0.034 0.125 0.360 0.342 0.128 0.006 95 A 0.006 0.024 0.071 0.216 0.430 0.240 0.012 96 K 0.128 0.328 0.300 0.184 0.053 0.007 0.001 97 S 0.342 0.411 0.163 0.069 0.013 0.002 0.001 98 R 0.491 0.347 0.117 0.036 0.007 0.001 0.001 99 E 0.397 0.372 0.163 0.054 0.013 0.002 0.001 100 A 0.103 0.154 0.247 0.338 0.145 0.013 0.001 101 R 0.410 0.384 0.148 0.046 0.011 0.001 0.001 102 H 0.451 0.321 0.140 0.067 0.018 0.003 0.001 103 L 0.222 0.176 0.217 0.222 0.125 0.034 0.002 104 P 0.398 0.241 0.175 0.115 0.055 0.014 0.001 105 G 0.477 0.204 0.152 0.104 0.050 0.013 0.001 106 W 0.483 0.229 0.131 0.092 0.049 0.015 0.001 107 C 0.477 0.292 0.148 0.066 0.016 0.002 0.001 108 G 0.527 0.265 0.123 0.063 0.019 0.002 0.001 109 V 0.713 0.199 0.060 0.023 0.005 0.001 0.001 110 E 0.803 0.142 0.041 0.012 0.002 0.001 0.001 111 E 0.824 0.134 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001