# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.965 2 K 0.003 0.002 0.018 0.458 0.104 0.415 3 D 0.004 0.001 0.028 0.753 0.087 0.126 4 E 0.003 0.001 0.039 0.899 0.044 0.014 5 F 0.005 0.001 0.015 0.952 0.016 0.012 6 W 0.003 0.001 0.010 0.972 0.008 0.006 7 S 0.003 0.001 0.012 0.972 0.008 0.004 8 V 0.004 0.001 0.014 0.960 0.015 0.007 9 M 0.004 0.004 0.014 0.951 0.021 0.007 10 D 0.003 0.001 0.026 0.910 0.053 0.008 11 H 0.003 0.002 0.044 0.797 0.123 0.032 12 R 0.007 0.004 0.047 0.383 0.337 0.221 13 N 0.041 0.003 0.009 0.009 0.329 0.609 14 L 0.363 0.022 0.006 0.003 0.153 0.454 15 I 0.728 0.028 0.003 0.001 0.077 0.164 16 Y 0.782 0.010 0.003 0.001 0.054 0.151 17 P 0.718 0.004 0.004 0.001 0.077 0.197 18 F 0.600 0.049 0.005 0.001 0.067 0.278 19 D 0.227 0.051 0.007 0.001 0.691 0.023 20 A 0.010 0.002 0.065 0.002 0.909 0.011 21 Q 0.003 0.001 0.081 0.007 0.899 0.009 22 G 0.034 0.016 0.048 0.002 0.888 0.011 23 L 0.197 0.031 0.009 0.006 0.153 0.604 24 R 0.454 0.197 0.009 0.006 0.071 0.262 25 R 0.232 0.054 0.013 0.009 0.115 0.576 26 Q 0.130 0.030 0.019 0.010 0.212 0.598 27 S 0.013 0.004 0.496 0.029 0.303 0.155 28 G 0.008 0.002 0.563 0.050 0.290 0.086 29 D 0.007 0.009 0.532 0.050 0.335 0.067 30 I 0.007 0.042 0.090 0.038 0.445 0.378 31 P 0.005 0.017 0.076 0.069 0.586 0.247 32 K 0.001 0.003 0.346 0.134 0.445 0.071 33 N 0.004 0.006 0.277 0.100 0.523 0.091 34 I 0.004 0.012 0.417 0.175 0.322 0.070 35 H 0.012 0.016 0.273 0.183 0.284 0.232 36 D 0.018 0.060 0.181 0.112 0.381 0.247 37 L 0.002 0.006 0.467 0.074 0.434 0.017 38 E 0.005 0.004 0.159 0.052 0.735 0.045 39 D 0.003 0.005 0.115 0.115 0.708 0.055 40 D 0.005 0.029 0.006 0.094 0.662 0.204 41 P 0.001 0.003 0.007 0.891 0.054 0.044 42 F 0.010 0.004 0.030 0.788 0.135 0.033 43 R 0.015 0.001 0.043 0.783 0.133 0.025 44 S 0.018 0.002 0.026 0.878 0.046 0.030 45 L 0.010 0.002 0.010 0.967 0.008 0.003 46 A 0.006 0.001 0.004 0.981 0.006 0.003 47 G 0.004 0.001 0.005 0.981 0.007 0.003 48 A 0.006 0.001 0.005 0.979 0.006 0.003 49 L 0.003 0.001 0.006 0.976 0.008 0.006 50 R 0.003 0.001 0.008 0.967 0.012 0.008 51 M 0.006 0.001 0.007 0.915 0.049 0.022 52 A 0.005 0.002 0.007 0.844 0.069 0.073 53 G 0.010 0.002 0.012 0.099 0.271 0.606 54 G 0.033 0.015 0.060 0.051 0.348 0.493 55 Y 0.128 0.045 0.109 0.060 0.295 0.362 56 A 0.155 0.035 0.099 0.076 0.309 0.326 57 K 0.150 0.010 0.074 0.056 0.360 0.350 58 V 0.195 0.011 0.039 0.037 0.276 0.443 59 I 0.316 0.049 0.025 0.039 0.190 0.382 60 I 0.249 0.046 0.014 0.032 0.209 0.450 61 P 0.164 0.024 0.027 0.074 0.241 0.471 62 F 0.036 0.014 0.213 0.344 0.218 0.175 63 S 0.037 0.006 0.277 0.378 0.174 0.128 64 E 0.027 0.003 0.266 0.509 0.116 0.078 65 F 0.033 0.008 0.055 0.632 0.128 0.143 66 G 0.040 0.010 0.022 0.741 0.079 0.108 67 W 0.016 0.002 0.017 0.920 0.031 0.015 68 A 0.012 0.001 0.020 0.930 0.030 0.007 69 D 0.009 0.001 0.025 0.936 0.027 0.003 70 F 0.007 0.001 0.018 0.949 0.021 0.005 71 L 0.003 0.001 0.010 0.957 0.016 0.014 72 R 0.002 0.001 0.023 0.941 0.021 0.012 73 R 0.003 0.001 0.018 0.896 0.043 0.038 74 R 0.003 0.003 0.017 0.818 0.057 0.102 75 I 0.003 0.008 0.016 0.590 0.115 0.268 76 D 0.003 0.005 0.021 0.350 0.224 0.398 77 R 0.001 0.001 0.239 0.409 0.230 0.120 78 D 0.002 0.002 0.294 0.395 0.231 0.076 79 L 0.004 0.005 0.399 0.352 0.193 0.046 80 L 0.010 0.019 0.154 0.333 0.261 0.224 81 S 0.011 0.012 0.076 0.166 0.412 0.324 82 D 0.003 0.004 0.108 0.249 0.395 0.242 83 S 0.005 0.008 0.073 0.164 0.386 0.363 84 F 0.001 0.002 0.105 0.611 0.183 0.098 85 D 0.001 0.001 0.032 0.874 0.044 0.049 86 D 0.001 0.001 0.011 0.979 0.008 0.002 87 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 88 L 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 89 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 90 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 91 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.004 0.006 92 M 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.004 93 K 0.001 0.001 0.008 0.978 0.008 0.006 94 L 0.001 0.001 0.012 0.939 0.019 0.028 95 A 0.001 0.002 0.013 0.909 0.030 0.046 96 K 0.002 0.004 0.016 0.811 0.066 0.102 97 S 0.003 0.003 0.041 0.497 0.235 0.221 98 R 0.001 0.001 0.161 0.482 0.257 0.097 99 E 0.003 0.005 0.244 0.249 0.391 0.108 100 A 0.005 0.005 0.328 0.165 0.431 0.065 101 R 0.008 0.004 0.162 0.157 0.497 0.171 102 H 0.019 0.043 0.094 0.118 0.493 0.233 103 L 0.025 0.045 0.028 0.033 0.588 0.282 104 P 0.033 0.012 0.038 0.031 0.541 0.345 105 G 0.052 0.028 0.049 0.028 0.618 0.225 106 W 0.081 0.057 0.053 0.061 0.522 0.225 107 C 0.103 0.036 0.036 0.061 0.440 0.324 108 G 0.074 0.017 0.021 0.032 0.393 0.463 109 V 0.058 0.018 0.021 0.025 0.282 0.596 110 E 0.043 0.030 0.008 0.021 0.150 0.748 111 E 0.006 0.002 0.001 0.003 0.036 0.953