# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.003 0.953 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 0.001 0.001 2 K 0.001 0.004 0.778 0.001 0.011 0.145 0.001 0.001 0.001 0.042 0.018 0.001 0.001 3 D 0.001 0.001 0.059 0.001 0.034 0.802 0.001 0.001 0.001 0.056 0.047 0.001 0.001 4 E 0.001 0.004 0.017 0.001 0.038 0.894 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.001 0.002 5 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 6 W 0.001 0.001 0.010 0.001 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 9 M 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.947 0.001 0.001 0.001 0.007 0.031 0.001 0.001 10 D 0.001 0.002 0.015 0.001 0.009 0.755 0.001 0.001 0.001 0.012 0.205 0.001 0.001 11 H 0.001 0.001 0.033 0.001 0.015 0.275 0.001 0.001 0.001 0.029 0.646 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.035 0.001 0.008 0.031 0.001 0.001 0.001 0.112 0.811 0.001 0.001 13 N 0.001 0.002 0.199 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.154 0.621 0.001 0.003 14 L 0.015 0.047 0.608 0.005 0.005 0.003 0.007 0.001 0.016 0.101 0.047 0.043 0.101 15 I 0.141 0.027 0.254 0.003 0.001 0.001 0.034 0.003 0.023 0.035 0.005 0.216 0.257 16 Y 0.131 0.013 0.161 0.009 0.003 0.001 0.017 0.002 0.022 0.021 0.004 0.415 0.202 17 P 0.117 0.010 0.250 0.014 0.012 0.006 0.013 0.001 0.012 0.036 0.019 0.078 0.432 18 F 0.146 0.089 0.141 0.014 0.016 0.010 0.020 0.001 0.008 0.126 0.052 0.176 0.200 19 D 0.004 0.009 0.700 0.003 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.091 0.037 0.020 0.119 20 A 0.001 0.001 0.036 0.001 0.072 0.016 0.001 0.001 0.001 0.074 0.794 0.002 0.004 21 Q 0.001 0.002 0.031 0.001 0.031 0.013 0.001 0.001 0.001 0.081 0.835 0.003 0.002 22 G 0.001 0.003 0.282 0.004 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.490 0.189 0.004 0.007 23 L 0.003 0.039 0.721 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 0.116 0.021 0.051 0.036 24 R 0.009 0.267 0.287 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.048 0.011 0.006 0.355 25 R 0.005 0.028 0.641 0.008 0.008 0.008 0.001 0.001 0.003 0.059 0.007 0.211 0.020 26 Q 0.001 0.024 0.686 0.002 0.019 0.014 0.001 0.001 0.006 0.047 0.008 0.008 0.184 27 S 0.001 0.012 0.217 0.005 0.500 0.073 0.001 0.001 0.001 0.029 0.144 0.005 0.012 28 G 0.001 0.003 0.097 0.002 0.409 0.051 0.001 0.001 0.001 0.148 0.277 0.007 0.004 29 D 0.001 0.005 0.144 0.002 0.439 0.057 0.001 0.001 0.002 0.104 0.238 0.001 0.007 30 I 0.001 0.026 0.466 0.002 0.040 0.060 0.001 0.001 0.004 0.335 0.046 0.011 0.010 31 P 0.001 0.012 0.660 0.003 0.097 0.091 0.001 0.001 0.001 0.050 0.072 0.002 0.011 32 K 0.001 0.009 0.138 0.002 0.315 0.197 0.001 0.001 0.003 0.106 0.212 0.006 0.008 33 N 0.002 0.025 0.218 0.005 0.271 0.194 0.001 0.001 0.006 0.067 0.187 0.006 0.018 34 I 0.001 0.026 0.200 0.001 0.357 0.265 0.001 0.001 0.010 0.033 0.080 0.003 0.021 35 H 0.001 0.011 0.073 0.008 0.326 0.259 0.001 0.002 0.006 0.076 0.224 0.009 0.005 36 D 0.001 0.003 0.104 0.004 0.350 0.187 0.001 0.001 0.006 0.052 0.283 0.002 0.006 37 L 0.001 0.012 0.243 0.001 0.395 0.120 0.001 0.001 0.009 0.067 0.139 0.003 0.012 38 E 0.001 0.023 0.287 0.001 0.088 0.089 0.001 0.002 0.013 0.126 0.355 0.006 0.009 39 D 0.001 0.027 0.249 0.001 0.026 0.103 0.001 0.007 0.009 0.266 0.296 0.004 0.010 40 D 0.001 0.005 0.425 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.550 0.004 0.002 0.001 41 P 0.001 0.006 0.125 0.001 0.075 0.317 0.001 0.001 0.001 0.100 0.371 0.001 0.005 42 F 0.002 0.006 0.052 0.002 0.051 0.641 0.001 0.001 0.002 0.066 0.168 0.005 0.005 43 R 0.003 0.003 0.041 0.002 0.023 0.855 0.001 0.001 0.001 0.034 0.027 0.004 0.005 44 S 0.005 0.005 0.030 0.001 0.006 0.908 0.002 0.001 0.003 0.008 0.018 0.006 0.008 45 L 0.003 0.002 0.009 0.001 0.008 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.003 46 A 0.007 0.001 0.009 0.002 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.002 0.006 47 G 0.009 0.001 0.008 0.002 0.003 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.007 0.004 48 A 0.008 0.001 0.009 0.001 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 49 L 0.019 0.001 0.010 0.001 0.003 0.933 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.005 0.016 50 R 0.021 0.003 0.025 0.011 0.004 0.865 0.003 0.001 0.003 0.016 0.017 0.012 0.021 51 M 0.017 0.002 0.021 0.002 0.009 0.783 0.004 0.001 0.003 0.012 0.119 0.012 0.017 52 A 0.001 0.001 0.021 0.001 0.008 0.347 0.001 0.001 0.001 0.032 0.586 0.001 0.001 53 G 0.001 0.001 0.057 0.001 0.009 0.055 0.001 0.001 0.001 0.050 0.823 0.001 0.001 54 G 0.002 0.021 0.483 0.001 0.035 0.091 0.001 0.001 0.004 0.105 0.227 0.006 0.024 55 Y 0.006 0.033 0.370 0.003 0.066 0.106 0.002 0.001 0.009 0.111 0.204 0.041 0.048 56 A 0.019 0.023 0.280 0.012 0.111 0.079 0.005 0.002 0.011 0.164 0.180 0.029 0.084 57 K 0.009 0.008 0.408 0.008 0.076 0.050 0.003 0.001 0.012 0.210 0.104 0.058 0.053 58 V 0.005 0.013 0.524 0.009 0.047 0.041 0.004 0.001 0.024 0.131 0.102 0.022 0.077 59 I 0.013 0.060 0.481 0.008 0.018 0.034 0.007 0.001 0.037 0.141 0.066 0.035 0.100 60 I 0.002 0.021 0.589 0.003 0.003 0.020 0.001 0.001 0.033 0.208 0.011 0.087 0.022 61 P 0.001 0.020 0.779 0.002 0.005 0.032 0.001 0.002 0.034 0.048 0.018 0.003 0.056 62 F 0.003 0.026 0.367 0.005 0.099 0.279 0.002 0.004 0.031 0.062 0.089 0.011 0.021 63 S 0.003 0.009 0.140 0.004 0.215 0.353 0.002 0.002 0.031 0.087 0.127 0.016 0.012 64 E 0.004 0.005 0.108 0.004 0.256 0.382 0.002 0.004 0.033 0.070 0.095 0.007 0.029 65 F 0.008 0.007 0.125 0.002 0.097 0.538 0.002 0.005 0.019 0.074 0.090 0.014 0.020 66 G 0.006 0.022 0.121 0.001 0.049 0.592 0.002 0.002 0.010 0.057 0.110 0.017 0.013 67 W 0.006 0.006 0.039 0.001 0.028 0.801 0.001 0.001 0.004 0.023 0.078 0.002 0.011 68 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.017 0.928 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.001 0.002 69 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 70 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.025 0.917 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.001 0.001 72 R 0.001 0.002 0.012 0.001 0.064 0.808 0.001 0.001 0.001 0.012 0.099 0.001 0.001 73 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.055 0.713 0.001 0.001 0.001 0.016 0.198 0.001 0.001 74 R 0.001 0.002 0.073 0.001 0.049 0.516 0.001 0.001 0.001 0.057 0.300 0.001 0.002 75 I 0.001 0.019 0.410 0.001 0.014 0.212 0.001 0.001 0.001 0.228 0.111 0.002 0.003 76 D 0.001 0.009 0.736 0.001 0.021 0.101 0.001 0.001 0.001 0.066 0.061 0.001 0.003 77 R 0.001 0.004 0.119 0.001 0.205 0.442 0.001 0.001 0.001 0.087 0.140 0.001 0.002 78 D 0.001 0.005 0.083 0.001 0.272 0.380 0.001 0.001 0.002 0.060 0.194 0.001 0.002 79 L 0.001 0.006 0.069 0.001 0.392 0.349 0.001 0.001 0.004 0.032 0.143 0.001 0.003 80 L 0.001 0.022 0.209 0.001 0.136 0.325 0.001 0.001 0.010 0.130 0.156 0.003 0.006 81 S 0.001 0.011 0.284 0.001 0.131 0.218 0.001 0.001 0.006 0.113 0.226 0.002 0.005 82 D 0.001 0.010 0.121 0.001 0.103 0.179 0.001 0.001 0.002 0.230 0.351 0.002 0.002 83 S 0.001 0.013 0.180 0.001 0.094 0.143 0.001 0.001 0.002 0.156 0.410 0.001 0.002 84 F 0.001 0.009 0.336 0.001 0.061 0.355 0.001 0.001 0.002 0.133 0.101 0.001 0.002 85 D 0.001 0.001 0.040 0.001 0.046 0.823 0.001 0.001 0.001 0.027 0.063 0.001 0.001 86 D 0.001 0.002 0.019 0.001 0.050 0.865 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.033 0.913 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 92 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 0.912 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.062 0.836 0.001 0.001 0.001 0.005 0.091 0.001 0.001 95 A 0.001 0.005 0.059 0.001 0.036 0.619 0.001 0.001 0.002 0.069 0.209 0.001 0.001 96 K 0.001 0.008 0.146 0.001 0.032 0.399 0.001 0.001 0.002 0.072 0.338 0.001 0.001 97 S 0.001 0.007 0.362 0.001 0.032 0.176 0.001 0.001 0.001 0.312 0.108 0.001 0.001 98 R 0.001 0.002 0.049 0.001 0.229 0.236 0.001 0.001 0.001 0.054 0.429 0.001 0.001 99 E 0.001 0.003 0.033 0.001 0.333 0.149 0.001 0.001 0.001 0.024 0.457 0.001 0.001 100 A 0.001 0.009 0.131 0.001 0.625 0.097 0.001 0.001 0.001 0.037 0.097 0.001 0.002 101 R 0.001 0.012 0.095 0.001 0.302 0.135 0.001 0.001 0.002 0.071 0.374 0.004 0.003 102 H 0.001 0.015 0.089 0.001 0.141 0.101 0.001 0.001 0.002 0.075 0.569 0.001 0.005 103 L 0.001 0.012 0.556 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.002 0.383 0.019 0.005 0.002 104 P 0.001 0.018 0.354 0.005 0.089 0.023 0.001 0.001 0.001 0.110 0.392 0.001 0.007 105 G 0.001 0.014 0.200 0.004 0.151 0.027 0.001 0.001 0.004 0.185 0.397 0.009 0.008 106 W 0.005 0.038 0.413 0.003 0.134 0.033 0.002 0.001 0.014 0.156 0.144 0.020 0.039 107 C 0.011 0.051 0.376 0.006 0.057 0.037 0.005 0.001 0.017 0.182 0.155 0.038 0.064 108 G 0.005 0.024 0.559 0.004 0.026 0.019 0.002 0.001 0.011 0.204 0.081 0.029 0.034 109 V 0.001 0.017 0.665 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.007 0.192 0.043 0.012 0.039 110 E 0.001 0.015 0.866 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.004 0.054 0.017 0.008 0.019 111 E 0.001 0.003 0.975 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.005