# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.049 0.196 0.001 0.006 0.007 0.008 0.108 0.012 0.001 0.033 0.578 2 K 0.088 0.484 0.001 0.004 0.003 0.004 0.053 0.012 0.001 0.039 0.312 3 D 0.039 0.325 0.003 0.014 0.007 0.008 0.051 0.003 0.001 0.347 0.202 4 E 0.007 0.771 0.002 0.005 0.007 0.009 0.024 0.004 0.001 0.065 0.106 5 F 0.026 0.892 0.002 0.002 0.003 0.004 0.006 0.014 0.001 0.007 0.043 6 W 0.037 0.684 0.005 0.010 0.009 0.011 0.015 0.009 0.001 0.087 0.132 7 S 0.036 0.544 0.011 0.006 0.008 0.017 0.038 0.006 0.008 0.146 0.182 8 V 0.150 0.173 0.136 0.007 0.007 0.014 0.052 0.033 0.070 0.153 0.205 9 M 0.308 0.023 0.060 0.007 0.009 0.015 0.066 0.018 0.058 0.069 0.367 10 D 0.099 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.085 0.002 0.001 0.024 0.767 11 H 0.025 0.004 0.002 0.014 0.003 0.011 0.120 0.002 0.001 0.030 0.788 12 R 0.012 0.004 0.001 0.024 0.013 0.034 0.198 0.005 0.001 0.078 0.631 13 N 0.003 0.003 0.001 0.081 0.074 0.198 0.110 0.001 0.001 0.094 0.435 14 L 0.002 0.001 0.001 0.139 0.103 0.235 0.064 0.001 0.001 0.085 0.369 15 I 0.001 0.002 0.001 0.184 0.182 0.228 0.050 0.001 0.001 0.037 0.315 16 Y 0.007 0.002 0.001 0.101 0.224 0.352 0.036 0.001 0.001 0.072 0.205 17 P 0.020 0.018 0.004 0.074 0.100 0.144 0.079 0.001 0.004 0.095 0.461 18 F 0.016 0.003 0.013 0.026 0.029 0.049 0.088 0.006 0.014 0.029 0.727 19 D 0.782 0.014 0.001 0.002 0.007 0.006 0.016 0.017 0.002 0.039 0.113 20 A 0.359 0.005 0.001 0.004 0.003 0.005 0.044 0.002 0.001 0.041 0.535 21 Q 0.008 0.003 0.001 0.011 0.010 0.036 0.066 0.001 0.001 0.013 0.850 22 G 0.017 0.007 0.001 0.011 0.056 0.076 0.092 0.001 0.001 0.031 0.707 23 L 0.016 0.001 0.001 0.009 0.182 0.083 0.099 0.002 0.001 0.036 0.571 24 R 0.008 0.004 0.001 0.017 0.059 0.073 0.119 0.001 0.001 0.020 0.698 25 R 0.043 0.008 0.002 0.019 0.033 0.048 0.113 0.006 0.001 0.039 0.687 26 Q 0.315 0.048 0.001 0.022 0.013 0.016 0.089 0.026 0.001 0.109 0.360 27 S 0.134 0.012 0.001 0.016 0.010 0.018 0.096 0.003 0.001 0.066 0.644 28 G 0.013 0.010 0.001 0.040 0.019 0.043 0.127 0.001 0.001 0.029 0.716 29 D 0.043 0.017 0.002 0.030 0.042 0.041 0.132 0.002 0.001 0.072 0.617 30 I 0.116 0.123 0.002 0.028 0.036 0.034 0.133 0.024 0.001 0.092 0.410 31 P 0.188 0.121 0.003 0.016 0.011 0.018 0.101 0.008 0.002 0.057 0.476 32 K 0.088 0.066 0.009 0.032 0.017 0.032 0.132 0.010 0.003 0.081 0.530 33 N 0.135 0.135 0.001 0.021 0.023 0.045 0.113 0.013 0.001 0.064 0.448 34 I 0.140 0.179 0.009 0.028 0.021 0.031 0.087 0.006 0.004 0.051 0.446 35 H 0.062 0.068 0.006 0.038 0.048 0.062 0.163 0.013 0.003 0.036 0.500 36 D 0.119 0.164 0.002 0.024 0.017 0.044 0.121 0.020 0.001 0.057 0.432 37 L 0.411 0.068 0.003 0.024 0.017 0.020 0.101 0.004 0.001 0.060 0.291 38 E 0.019 0.053 0.004 0.045 0.024 0.055 0.164 0.002 0.001 0.027 0.607 39 D 0.019 0.108 0.002 0.018 0.012 0.024 0.100 0.004 0.001 0.031 0.682 40 D 0.240 0.295 0.004 0.011 0.015 0.010 0.054 0.020 0.002 0.199 0.150 41 P 0.043 0.559 0.005 0.007 0.003 0.005 0.047 0.004 0.001 0.100 0.227 42 F 0.015 0.882 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.003 0.001 0.011 0.071 43 R 0.019 0.884 0.001 0.003 0.003 0.005 0.008 0.002 0.001 0.019 0.057 44 S 0.008 0.891 0.002 0.003 0.004 0.006 0.010 0.002 0.001 0.036 0.038 45 L 0.007 0.961 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.014 46 A 0.006 0.959 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.017 47 G 0.019 0.906 0.001 0.003 0.005 0.008 0.006 0.003 0.001 0.023 0.025 48 A 0.013 0.730 0.012 0.010 0.006 0.010 0.020 0.004 0.005 0.114 0.077 49 L 0.058 0.089 0.388 0.006 0.008 0.009 0.034 0.013 0.136 0.171 0.088 50 R 0.536 0.051 0.020 0.006 0.007 0.010 0.038 0.021 0.016 0.070 0.225 51 M 0.157 0.015 0.001 0.003 0.002 0.006 0.042 0.002 0.002 0.018 0.751 52 A 0.027 0.018 0.002 0.007 0.003 0.008 0.068 0.002 0.001 0.014 0.852 53 G 0.018 0.010 0.002 0.006 0.014 0.031 0.083 0.006 0.001 0.029 0.801 54 G 0.064 0.012 0.001 0.008 0.045 0.051 0.080 0.004 0.001 0.027 0.707 55 Y 0.082 0.032 0.002 0.039 0.025 0.041 0.093 0.003 0.001 0.028 0.653 56 A 0.108 0.067 0.001 0.031 0.023 0.034 0.099 0.014 0.001 0.034 0.588 57 K 0.181 0.013 0.001 0.023 0.033 0.030 0.121 0.007 0.001 0.025 0.566 58 V 0.005 0.008 0.001 0.064 0.051 0.071 0.129 0.002 0.001 0.009 0.660 59 I 0.016 0.029 0.002 0.046 0.015 0.023 0.081 0.001 0.001 0.032 0.753 60 I 0.088 0.266 0.002 0.027 0.060 0.024 0.077 0.025 0.001 0.160 0.269 61 P 0.050 0.501 0.002 0.015 0.003 0.006 0.044 0.003 0.001 0.038 0.336 62 F 0.010 0.714 0.004 0.020 0.007 0.011 0.019 0.002 0.001 0.067 0.145 63 S 0.008 0.867 0.001 0.003 0.005 0.006 0.011 0.003 0.001 0.041 0.056 64 E 0.010 0.917 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.044 0.018 65 F 0.005 0.734 0.002 0.007 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.200 0.035 66 G 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.012 67 W 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 68 A 0.007 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.009 0.012 69 D 0.014 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.027 0.029 70 F 0.041 0.545 0.118 0.002 0.001 0.001 0.022 0.023 0.048 0.130 0.071 71 L 0.358 0.344 0.017 0.004 0.001 0.002 0.038 0.024 0.010 0.086 0.115 72 R 0.078 0.195 0.007 0.008 0.002 0.005 0.080 0.005 0.007 0.062 0.550 73 R 0.054 0.093 0.005 0.008 0.003 0.007 0.116 0.003 0.002 0.032 0.677 74 R 0.087 0.101 0.009 0.015 0.008 0.021 0.098 0.010 0.004 0.072 0.575 75 I 0.078 0.113 0.004 0.007 0.006 0.012 0.084 0.006 0.002 0.029 0.658 76 D 0.185 0.304 0.007 0.009 0.004 0.009 0.046 0.011 0.004 0.027 0.395 77 R 0.294 0.107 0.005 0.008 0.005 0.009 0.055 0.011 0.002 0.049 0.455 78 D 0.070 0.059 0.003 0.026 0.016 0.035 0.094 0.005 0.001 0.061 0.630 79 L 0.072 0.040 0.005 0.044 0.014 0.027 0.105 0.003 0.001 0.060 0.629 80 L 0.074 0.046 0.003 0.059 0.029 0.032 0.135 0.008 0.001 0.064 0.549 81 S 0.132 0.034 0.001 0.017 0.014 0.018 0.122 0.003 0.001 0.038 0.620 82 D 0.017 0.014 0.001 0.019 0.010 0.016 0.149 0.003 0.001 0.035 0.737 83 S 0.034 0.162 0.002 0.014 0.007 0.009 0.140 0.004 0.001 0.051 0.577 84 F 0.028 0.726 0.002 0.004 0.002 0.002 0.028 0.008 0.001 0.024 0.177 85 D 0.037 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.013 0.047 86 D 0.022 0.778 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.114 0.066 87 A 0.008 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.030 0.031 88 L 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.016 89 A 0.008 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.030 0.030 90 E 0.005 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.017 0.028 91 A 0.011 0.934 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.012 0.020 92 M 0.065 0.712 0.007 0.002 0.001 0.001 0.011 0.010 0.003 0.132 0.057 93 K 0.042 0.446 0.010 0.003 0.001 0.001 0.034 0.004 0.006 0.257 0.196 94 L 0.080 0.487 0.014 0.003 0.001 0.001 0.055 0.009 0.005 0.089 0.256 95 A 0.115 0.413 0.026 0.007 0.001 0.003 0.049 0.016 0.010 0.061 0.300 96 K 0.057 0.460 0.002 0.003 0.001 0.002 0.041 0.005 0.001 0.016 0.411 97 S 0.082 0.439 0.007 0.003 0.001 0.003 0.038 0.009 0.004 0.057 0.358 98 R 0.224 0.301 0.031 0.005 0.001 0.003 0.048 0.020 0.008 0.141 0.218 99 E 0.270 0.200 0.006 0.010 0.002 0.008 0.059 0.015 0.003 0.067 0.359 100 A 0.197 0.036 0.005 0.020 0.004 0.010 0.074 0.002 0.002 0.057 0.593 101 R 0.026 0.028 0.003 0.061 0.018 0.031 0.158 0.003 0.001 0.046 0.626 102 H 0.066 0.027 0.003 0.028 0.012 0.021 0.122 0.006 0.001 0.037 0.676 103 L 0.202 0.035 0.003 0.028 0.030 0.032 0.142 0.023 0.002 0.090 0.412 104 P 0.073 0.022 0.003 0.022 0.006 0.017 0.147 0.005 0.002 0.042 0.661 105 G 0.106 0.018 0.003 0.038 0.018 0.048 0.121 0.014 0.001 0.063 0.571 106 W 0.113 0.011 0.001 0.028 0.022 0.037 0.111 0.003 0.001 0.061 0.612 107 C 0.017 0.005 0.002 0.035 0.030 0.065 0.122 0.002 0.001 0.033 0.688 108 G 0.039 0.010 0.003 0.029 0.016 0.028 0.101 0.003 0.001 0.031 0.738 109 V 0.217 0.013 0.001 0.010 0.023 0.020 0.099 0.011 0.001 0.058 0.546 110 E 0.065 0.011 0.001 0.009 0.008 0.014 0.119 0.004 0.001 0.033 0.736 111 E 0.022 0.008 0.001 0.011 0.013 0.025 0.113 0.004 0.001 0.021 0.781