# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.062 0.047 0.168 0.023 0.156 0.007 0.029 0.135 0.007 0.365 0.001 2 K 0.588 0.049 0.169 0.098 0.023 0.018 0.017 0.009 0.008 0.020 0.001 3 D 0.636 0.051 0.169 0.071 0.017 0.018 0.014 0.010 0.005 0.007 0.001 4 E 0.892 0.019 0.030 0.031 0.008 0.005 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 5 F 0.967 0.005 0.009 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 W 0.986 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.957 0.002 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 M 0.787 0.012 0.033 0.145 0.002 0.008 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 10 D 0.809 0.017 0.040 0.075 0.003 0.015 0.027 0.003 0.006 0.003 0.001 11 H 0.599 0.060 0.050 0.216 0.019 0.022 0.018 0.004 0.009 0.002 0.001 12 R 0.212 0.068 0.110 0.482 0.023 0.024 0.049 0.009 0.019 0.004 0.001 13 N 0.033 0.063 0.075 0.078 0.033 0.046 0.610 0.031 0.030 0.001 0.001 14 L 0.129 0.386 0.307 0.067 0.025 0.061 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 15 I 0.046 0.624 0.199 0.023 0.019 0.044 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 16 Y 0.014 0.327 0.303 0.001 0.025 0.058 0.015 0.001 0.255 0.001 0.001 17 P 0.117 0.011 0.716 0.021 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 18 F 0.071 0.387 0.260 0.081 0.076 0.076 0.008 0.005 0.031 0.005 0.001 19 D 0.015 0.121 0.571 0.016 0.051 0.138 0.008 0.001 0.071 0.009 0.001 20 A 0.885 0.005 0.008 0.081 0.002 0.004 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 21 Q 0.244 0.004 0.026 0.705 0.001 0.003 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 22 G 0.022 0.001 0.012 0.026 0.011 0.002 0.187 0.711 0.002 0.026 0.001 23 L 0.153 0.230 0.494 0.054 0.014 0.027 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 24 R 0.075 0.171 0.633 0.021 0.007 0.056 0.007 0.001 0.026 0.002 0.001 25 R 0.089 0.384 0.408 0.023 0.036 0.034 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 26 Q 0.041 0.131 0.710 0.009 0.017 0.062 0.003 0.001 0.024 0.002 0.001 27 S 0.576 0.052 0.149 0.146 0.023 0.019 0.012 0.007 0.011 0.004 0.002 28 G 0.554 0.022 0.066 0.090 0.048 0.004 0.025 0.077 0.003 0.112 0.001 29 D 0.193 0.025 0.101 0.519 0.011 0.072 0.039 0.003 0.034 0.001 0.003 30 I 0.171 0.204 0.444 0.010 0.016 0.034 0.023 0.001 0.095 0.002 0.001 31 P 0.224 0.007 0.707 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 32 K 0.901 0.006 0.031 0.041 0.005 0.003 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 33 N 0.712 0.017 0.047 0.147 0.012 0.031 0.010 0.008 0.014 0.002 0.001 34 I 0.728 0.027 0.031 0.192 0.002 0.011 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 35 H 0.858 0.015 0.059 0.049 0.003 0.005 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 36 D 0.535 0.014 0.030 0.313 0.015 0.025 0.037 0.015 0.016 0.001 0.001 37 L 0.351 0.063 0.262 0.218 0.005 0.059 0.022 0.004 0.018 0.001 0.001 38 E 0.562 0.073 0.121 0.190 0.010 0.020 0.012 0.004 0.005 0.002 0.001 39 D 0.170 0.040 0.046 0.566 0.018 0.041 0.082 0.015 0.017 0.005 0.001 40 D 0.011 0.120 0.350 0.002 0.021 0.069 0.012 0.001 0.414 0.001 0.001 41 P 0.921 0.001 0.022 0.040 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 42 F 0.911 0.005 0.008 0.057 0.002 0.008 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 43 R 0.859 0.015 0.019 0.090 0.002 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 44 S 0.923 0.009 0.018 0.020 0.005 0.009 0.009 0.002 0.004 0.001 0.001 45 L 0.943 0.006 0.006 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.978 0.005 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 G 0.982 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 48 A 0.984 0.003 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.926 0.012 0.008 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.930 0.021 0.013 0.022 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 51 M 0.853 0.044 0.028 0.049 0.008 0.007 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 52 A 0.445 0.039 0.061 0.415 0.009 0.005 0.009 0.001 0.014 0.002 0.001 53 G 0.028 0.001 0.007 0.015 0.011 0.001 0.101 0.739 0.001 0.096 0.001 54 G 0.318 0.041 0.204 0.108 0.053 0.024 0.043 0.060 0.007 0.140 0.001 55 Y 0.287 0.237 0.249 0.101 0.042 0.037 0.014 0.004 0.024 0.005 0.001 56 A 0.329 0.165 0.190 0.153 0.050 0.044 0.036 0.005 0.023 0.004 0.001 57 K 0.167 0.360 0.235 0.073 0.071 0.027 0.023 0.003 0.039 0.002 0.001 58 V 0.126 0.284 0.443 0.031 0.015 0.059 0.006 0.001 0.031 0.001 0.003 59 I 0.090 0.256 0.523 0.032 0.008 0.061 0.005 0.001 0.023 0.001 0.002 60 I 0.039 0.410 0.287 0.001 0.021 0.028 0.008 0.001 0.203 0.001 0.001 61 P 0.155 0.005 0.742 0.007 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 62 F 0.480 0.118 0.160 0.062 0.053 0.048 0.026 0.018 0.029 0.006 0.001 63 S 0.808 0.035 0.045 0.067 0.015 0.010 0.007 0.004 0.003 0.005 0.001 64 E 0.573 0.092 0.050 0.204 0.023 0.024 0.011 0.004 0.015 0.002 0.001 65 F 0.376 0.207 0.173 0.120 0.045 0.030 0.015 0.005 0.024 0.004 0.001 66 G 0.683 0.060 0.079 0.022 0.063 0.026 0.029 0.016 0.011 0.011 0.001 67 W 0.882 0.014 0.014 0.061 0.005 0.014 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 68 A 0.980 0.003 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.975 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.977 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.931 0.006 0.006 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.947 0.004 0.006 0.026 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.730 0.021 0.020 0.211 0.006 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 74 R 0.609 0.025 0.046 0.250 0.005 0.019 0.029 0.003 0.012 0.002 0.001 75 I 0.336 0.167 0.266 0.119 0.017 0.046 0.014 0.005 0.028 0.003 0.001 76 D 0.153 0.085 0.286 0.107 0.024 0.202 0.058 0.004 0.072 0.008 0.001 77 R 0.854 0.021 0.046 0.048 0.007 0.007 0.007 0.003 0.005 0.002 0.001 78 D 0.794 0.009 0.051 0.075 0.003 0.033 0.023 0.004 0.007 0.001 0.001 79 L 0.842 0.006 0.010 0.131 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 L 0.689 0.028 0.067 0.174 0.004 0.017 0.010 0.003 0.005 0.002 0.001 81 S 0.612 0.047 0.091 0.158 0.027 0.019 0.015 0.006 0.013 0.011 0.001 82 D 0.736 0.020 0.076 0.112 0.009 0.017 0.020 0.005 0.003 0.002 0.001 83 S 0.451 0.030 0.081 0.266 0.012 0.095 0.017 0.003 0.042 0.002 0.001 84 F 0.830 0.005 0.011 0.115 0.001 0.016 0.006 0.003 0.013 0.001 0.001 85 D 0.977 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.955 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 87 A 0.953 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.977 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 M 0.983 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.895 0.001 0.003 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.631 0.022 0.085 0.205 0.006 0.017 0.014 0.010 0.009 0.001 0.001 96 K 0.452 0.034 0.121 0.329 0.011 0.028 0.013 0.004 0.006 0.003 0.001 97 S 0.122 0.105 0.571 0.051 0.057 0.043 0.009 0.004 0.030 0.008 0.001 98 R 0.914 0.004 0.027 0.035 0.001 0.005 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 99 E 0.837 0.006 0.023 0.118 0.002 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 100 A 0.675 0.041 0.103 0.124 0.010 0.021 0.009 0.006 0.011 0.001 0.001 101 R 0.804 0.018 0.058 0.104 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 102 H 0.344 0.047 0.080 0.376 0.027 0.023 0.062 0.012 0.029 0.001 0.001 103 L 0.025 0.126 0.609 0.002 0.007 0.017 0.012 0.001 0.201 0.001 0.001 104 P 0.186 0.003 0.740 0.019 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 105 G 0.153 0.070 0.161 0.059 0.170 0.010 0.023 0.189 0.008 0.157 0.001 106 W 0.253 0.160 0.347 0.133 0.035 0.040 0.007 0.003 0.019 0.003 0.001 107 C 0.149 0.203 0.262 0.286 0.034 0.029 0.014 0.003 0.019 0.002 0.001 108 G 0.078 0.065 0.207 0.049 0.184 0.014 0.060 0.203 0.012 0.127 0.001 109 V 0.141 0.273 0.413 0.050 0.061 0.030 0.005 0.004 0.015 0.006 0.001 110 E 0.160 0.212 0.370 0.075 0.051 0.046 0.023 0.012 0.033 0.018 0.001 111 E 0.268 0.183 0.269 0.077 0.082 0.029 0.032 0.014 0.024 0.022 0.002