# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.3407 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.049 0.192 0.248 0.088 0.090 0.023 0.022 0.048 0.039 0.136 0.063 2 K 0.044 0.183 0.097 0.020 0.105 0.012 0.018 0.254 0.137 0.102 0.028 3 D 0.012 0.048 0.019 0.007 0.037 0.011 0.020 0.591 0.194 0.049 0.012 4 E 0.011 0.011 0.005 0.001 0.015 0.002 0.010 0.730 0.158 0.048 0.009 5 F 0.002 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.825 0.113 0.040 0.001 6 W 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.831 0.146 0.012 0.001 7 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.909 0.068 0.002 0.001 8 V 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.019 0.879 0.062 0.025 0.001 9 M 0.003 0.011 0.004 0.002 0.007 0.003 0.025 0.817 0.103 0.023 0.001 10 D 0.004 0.007 0.011 0.002 0.002 0.003 0.026 0.727 0.184 0.024 0.008 11 H 0.003 0.063 0.025 0.007 0.015 0.015 0.116 0.548 0.156 0.049 0.002 12 R 0.009 0.706 0.148 0.011 0.087 0.002 0.003 0.004 0.003 0.019 0.008 13 N 0.068 0.030 0.026 0.029 0.030 0.013 0.012 0.014 0.029 0.426 0.323 14 L 0.140 0.270 0.074 0.011 0.376 0.008 0.016 0.022 0.016 0.028 0.039 15 I 0.223 0.199 0.049 0.006 0.423 0.005 0.007 0.011 0.013 0.017 0.047 16 Y 0.189 0.197 0.093 0.004 0.473 0.002 0.002 0.005 0.002 0.005 0.027 17 P 0.067 0.427 0.085 0.003 0.216 0.003 0.013 0.131 0.023 0.016 0.016 18 F 0.043 0.216 0.038 0.013 0.291 0.025 0.044 0.098 0.042 0.165 0.025 19 D 0.102 0.129 0.499 0.010 0.154 0.002 0.004 0.031 0.014 0.009 0.047 20 A 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.033 0.809 0.134 0.006 0.001 21 Q 0.001 0.823 0.147 0.010 0.010 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 22 G 0.030 0.016 0.013 0.009 0.008 0.003 0.001 0.002 0.005 0.400 0.513 23 L 0.021 0.498 0.241 0.005 0.156 0.005 0.010 0.026 0.014 0.011 0.012 24 R 0.204 0.236 0.091 0.004 0.327 0.003 0.006 0.012 0.018 0.035 0.066 25 R 0.040 0.345 0.365 0.053 0.108 0.018 0.027 0.014 0.010 0.008 0.011 26 Q 0.025 0.488 0.317 0.015 0.096 0.003 0.005 0.016 0.009 0.013 0.013 27 S 0.030 0.058 0.031 0.017 0.053 0.035 0.064 0.307 0.336 0.048 0.021 28 G 0.004 0.022 0.021 0.030 0.010 0.029 0.075 0.388 0.286 0.122 0.013 29 D 0.032 0.024 0.009 0.003 0.033 0.003 0.023 0.162 0.172 0.509 0.030 30 I 0.027 0.255 0.120 0.006 0.083 0.003 0.013 0.351 0.113 0.018 0.011 31 P 0.022 0.212 0.061 0.010 0.100 0.009 0.016 0.334 0.186 0.034 0.015 32 K 0.011 0.025 0.014 0.007 0.020 0.024 0.085 0.581 0.210 0.018 0.004 33 N 0.023 0.022 0.016 0.008 0.019 0.005 0.024 0.380 0.162 0.299 0.041 34 I 0.057 0.023 0.004 0.007 0.041 0.010 0.022 0.253 0.335 0.178 0.069 35 H 0.001 0.006 0.003 0.011 0.003 0.049 0.147 0.465 0.297 0.017 0.002 36 D 0.031 0.015 0.009 0.002 0.037 0.001 0.019 0.233 0.292 0.314 0.047 37 L 0.064 0.026 0.012 0.003 0.056 0.003 0.009 0.151 0.374 0.242 0.060 38 E 0.005 0.041 0.024 0.018 0.017 0.060 0.214 0.452 0.153 0.015 0.003 39 D 0.020 0.013 0.007 0.006 0.018 0.008 0.013 0.015 0.032 0.780 0.088 40 D 0.196 0.162 0.048 0.002 0.521 0.001 0.003 0.009 0.003 0.009 0.047 41 P 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.679 0.285 0.014 0.003 42 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.866 0.100 0.012 0.001 43 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.888 0.088 0.012 0.001 44 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.952 0.034 0.002 0.001 45 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.919 0.058 0.015 0.001 46 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.917 0.071 0.003 0.001 47 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.933 0.054 0.004 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.943 0.041 0.004 0.001 49 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.927 0.052 0.006 0.001 50 R 0.004 0.014 0.006 0.001 0.005 0.002 0.015 0.847 0.094 0.010 0.002 51 M 0.004 0.004 0.005 0.002 0.003 0.006 0.064 0.799 0.087 0.022 0.003 52 A 0.003 0.492 0.227 0.066 0.042 0.034 0.071 0.050 0.009 0.005 0.001 53 G 0.030 0.065 0.091 0.071 0.019 0.008 0.005 0.011 0.016 0.498 0.186 54 G 0.030 0.126 0.135 0.153 0.046 0.110 0.061 0.108 0.071 0.124 0.035 55 Y 0.183 0.143 0.034 0.012 0.268 0.014 0.017 0.071 0.069 0.085 0.103 56 A 0.101 0.168 0.078 0.044 0.204 0.044 0.048 0.080 0.082 0.102 0.049 57 K 0.100 0.277 0.156 0.022 0.232 0.011 0.021 0.076 0.042 0.036 0.027 58 V 0.182 0.176 0.035 0.007 0.340 0.007 0.025 0.096 0.045 0.042 0.045 59 I 0.219 0.128 0.032 0.012 0.256 0.014 0.031 0.070 0.060 0.083 0.094 60 I 0.028 0.402 0.288 0.026 0.156 0.006 0.017 0.052 0.015 0.005 0.005 61 P 0.080 0.271 0.070 0.014 0.159 0.015 0.056 0.184 0.083 0.037 0.031 62 F 0.055 0.113 0.047 0.023 0.090 0.029 0.048 0.170 0.270 0.112 0.043 63 S 0.021 0.070 0.037 0.015 0.040 0.017 0.052 0.398 0.277 0.056 0.016 64 E 0.045 0.136 0.048 0.007 0.087 0.008 0.035 0.381 0.110 0.124 0.018 65 F 0.033 0.140 0.039 0.012 0.088 0.012 0.017 0.419 0.172 0.045 0.024 66 G 0.012 0.017 0.018 0.008 0.018 0.008 0.019 0.687 0.164 0.033 0.017 67 W 0.005 0.010 0.004 0.001 0.006 0.001 0.003 0.712 0.153 0.101 0.004 68 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.863 0.124 0.006 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.947 0.043 0.001 0.001 70 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.935 0.045 0.013 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.836 0.135 0.022 0.001 72 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.802 0.164 0.016 0.001 73 R 0.002 0.008 0.004 0.003 0.004 0.009 0.130 0.665 0.130 0.043 0.002 74 R 0.014 0.021 0.009 0.003 0.022 0.006 0.093 0.481 0.149 0.186 0.016 75 I 0.079 0.165 0.036 0.006 0.131 0.013 0.051 0.257 0.115 0.102 0.047 76 D 0.110 0.195 0.076 0.011 0.251 0.007 0.020 0.120 0.059 0.104 0.048 77 R 0.014 0.090 0.045 0.010 0.046 0.007 0.017 0.457 0.269 0.038 0.008 78 D 0.015 0.041 0.021 0.005 0.036 0.009 0.059 0.530 0.201 0.069 0.014 79 L 0.015 0.016 0.005 0.003 0.017 0.006 0.039 0.509 0.225 0.151 0.015 80 L 0.024 0.083 0.046 0.013 0.047 0.014 0.035 0.338 0.182 0.187 0.031 81 S 0.028 0.133 0.095 0.039 0.086 0.023 0.034 0.301 0.147 0.092 0.023 82 D 0.013 0.052 0.033 0.014 0.026 0.029 0.096 0.436 0.212 0.075 0.014 83 S 0.034 0.066 0.042 0.010 0.040 0.008 0.041 0.310 0.103 0.288 0.058 84 F 0.023 0.083 0.033 0.007 0.042 0.004 0.006 0.327 0.174 0.279 0.022 85 D 0.003 0.043 0.021 0.007 0.014 0.010 0.016 0.776 0.102 0.005 0.002 86 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.834 0.140 0.017 0.002 87 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.881 0.082 0.025 0.001 88 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.069 0.013 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.050 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.035 0.014 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.070 0.019 0.001 92 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.861 0.130 0.006 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.921 0.059 0.003 0.001 94 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 0.812 0.095 0.030 0.001 95 A 0.012 0.012 0.005 0.001 0.009 0.003 0.025 0.726 0.116 0.078 0.012 96 K 0.013 0.052 0.031 0.019 0.024 0.028 0.075 0.369 0.126 0.245 0.019 97 S 0.015 0.504 0.154 0.014 0.180 0.003 0.005 0.066 0.025 0.025 0.009 98 R 0.004 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.010 0.525 0.395 0.044 0.006 99 E 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.035 0.628 0.209 0.106 0.005 100 A 0.012 0.028 0.006 0.004 0.026 0.004 0.013 0.384 0.394 0.118 0.011 101 R 0.002 0.011 0.006 0.004 0.005 0.026 0.101 0.604 0.227 0.011 0.002 102 H 0.016 0.012 0.006 0.002 0.017 0.002 0.024 0.186 0.202 0.514 0.021 103 L 0.170 0.257 0.091 0.004 0.333 0.002 0.007 0.026 0.017 0.032 0.058 104 P 0.047 0.124 0.084 0.064 0.082 0.072 0.172 0.146 0.089 0.080 0.039 105 G 0.057 0.075 0.101 0.223 0.067 0.070 0.039 0.071 0.060 0.168 0.069 106 W 0.160 0.072 0.047 0.044 0.188 0.060 0.067 0.079 0.066 0.125 0.093 107 C 0.061 0.116 0.054 0.061 0.108 0.055 0.109 0.141 0.098 0.132 0.065 108 G 0.037 0.082 0.117 0.138 0.062 0.039 0.031 0.065 0.080 0.301 0.049 109 V 0.098 0.199 0.101 0.029 0.195 0.023 0.052 0.109 0.084 0.071 0.039 110 E 0.053 0.200 0.117 0.043 0.119 0.033 0.067 0.166 0.099 0.065 0.038 111 E 0.078 0.160 0.092 0.030 0.137 0.022 0.053 0.184 0.118 0.083 0.042