# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.002 0.002 0.001 0.008 0.062 0.927 2 K 0.004 0.006 0.031 0.659 0.078 0.222 3 D 0.005 0.006 0.058 0.691 0.109 0.131 4 E 0.005 0.004 0.144 0.719 0.094 0.033 5 F 0.015 0.005 0.080 0.805 0.057 0.039 6 W 0.013 0.002 0.045 0.893 0.026 0.020 7 S 0.009 0.001 0.016 0.947 0.016 0.011 8 V 0.006 0.001 0.011 0.962 0.012 0.008 9 M 0.005 0.003 0.017 0.932 0.030 0.013 10 D 0.006 0.003 0.045 0.795 0.134 0.018 11 H 0.006 0.003 0.057 0.638 0.253 0.044 12 R 0.009 0.004 0.029 0.223 0.554 0.181 13 N 0.031 0.003 0.007 0.007 0.416 0.535 14 L 0.331 0.020 0.005 0.002 0.185 0.456 15 I 0.815 0.015 0.006 0.001 0.075 0.088 16 Y 0.876 0.005 0.004 0.001 0.043 0.072 17 P 0.840 0.003 0.003 0.001 0.048 0.106 18 F 0.635 0.030 0.003 0.001 0.064 0.266 19 D 0.244 0.033 0.006 0.002 0.655 0.061 20 A 0.018 0.003 0.077 0.006 0.877 0.019 21 Q 0.005 0.001 0.076 0.009 0.894 0.014 22 G 0.023 0.010 0.050 0.004 0.896 0.017 23 L 0.155 0.025 0.009 0.004 0.224 0.583 24 R 0.491 0.169 0.008 0.007 0.070 0.256 25 R 0.382 0.074 0.015 0.009 0.136 0.384 26 Q 0.235 0.025 0.034 0.007 0.200 0.499 27 S 0.009 0.002 0.784 0.018 0.138 0.050 28 G 0.006 0.002 0.744 0.027 0.170 0.052 29 D 0.006 0.006 0.678 0.032 0.223 0.056 30 I 0.010 0.028 0.074 0.025 0.360 0.503 31 P 0.006 0.015 0.055 0.046 0.644 0.235 32 K 0.002 0.006 0.262 0.106 0.546 0.077 33 N 0.006 0.004 0.247 0.077 0.561 0.105 34 I 0.020 0.030 0.398 0.091 0.395 0.066 35 H 0.069 0.048 0.165 0.082 0.350 0.285 36 D 0.096 0.088 0.167 0.046 0.376 0.228 37 L 0.020 0.014 0.302 0.059 0.570 0.036 38 E 0.023 0.014 0.179 0.056 0.640 0.088 39 D 0.007 0.008 0.057 0.095 0.761 0.072 40 D 0.006 0.027 0.006 0.105 0.542 0.313 41 P 0.002 0.005 0.011 0.864 0.070 0.049 42 F 0.017 0.012 0.040 0.669 0.201 0.060 43 R 0.021 0.004 0.038 0.659 0.202 0.075 44 S 0.024 0.012 0.031 0.811 0.057 0.065 45 L 0.011 0.004 0.016 0.942 0.013 0.013 46 A 0.003 0.001 0.004 0.981 0.005 0.007 47 G 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 48 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 49 L 0.001 0.001 0.004 0.986 0.005 0.003 50 R 0.001 0.001 0.005 0.977 0.012 0.005 51 M 0.001 0.001 0.004 0.948 0.031 0.015 52 A 0.001 0.001 0.006 0.862 0.063 0.067 53 G 0.004 0.003 0.011 0.084 0.284 0.614 54 G 0.019 0.014 0.046 0.032 0.349 0.540 55 Y 0.085 0.028 0.097 0.056 0.347 0.387 56 A 0.099 0.022 0.079 0.066 0.341 0.393 57 K 0.080 0.012 0.031 0.039 0.342 0.497 58 V 0.093 0.008 0.023 0.028 0.257 0.591 59 I 0.219 0.073 0.013 0.034 0.152 0.509 60 I 0.155 0.037 0.006 0.029 0.151 0.621 61 P 0.092 0.021 0.019 0.122 0.210 0.536 62 F 0.030 0.016 0.100 0.498 0.150 0.205 63 S 0.024 0.006 0.115 0.643 0.099 0.113 64 E 0.014 0.003 0.091 0.784 0.055 0.053 65 F 0.010 0.003 0.031 0.850 0.049 0.057 66 G 0.011 0.003 0.019 0.910 0.029 0.028 67 W 0.006 0.001 0.014 0.958 0.016 0.006 68 A 0.006 0.001 0.013 0.959 0.015 0.006 69 D 0.003 0.001 0.010 0.976 0.008 0.003 70 F 0.002 0.001 0.008 0.981 0.005 0.003 71 L 0.001 0.001 0.006 0.979 0.006 0.007 72 R 0.001 0.001 0.012 0.961 0.013 0.012 73 R 0.001 0.001 0.008 0.954 0.020 0.017 74 R 0.001 0.001 0.010 0.859 0.052 0.076 75 I 0.001 0.004 0.012 0.600 0.120 0.263 76 D 0.003 0.006 0.033 0.255 0.268 0.436 77 R 0.002 0.002 0.307 0.270 0.276 0.143 78 D 0.004 0.002 0.398 0.282 0.232 0.081 79 L 0.004 0.004 0.431 0.334 0.175 0.053 80 L 0.008 0.018 0.120 0.429 0.215 0.209 81 S 0.009 0.010 0.098 0.281 0.371 0.231 82 D 0.004 0.004 0.098 0.347 0.362 0.184 83 S 0.005 0.007 0.043 0.371 0.246 0.328 84 F 0.001 0.002 0.024 0.879 0.056 0.038 85 D 0.001 0.001 0.014 0.909 0.031 0.043 86 D 0.001 0.001 0.010 0.960 0.018 0.010 87 A 0.001 0.001 0.008 0.974 0.009 0.007 88 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 89 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 90 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 91 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 92 M 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 93 K 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.004 94 L 0.001 0.001 0.013 0.948 0.018 0.020 95 A 0.001 0.001 0.011 0.935 0.020 0.032 96 K 0.001 0.001 0.015 0.918 0.029 0.036 97 S 0.002 0.002 0.034 0.720 0.129 0.112 98 R 0.001 0.001 0.118 0.685 0.137 0.059 99 E 0.004 0.005 0.250 0.422 0.209 0.110 100 A 0.006 0.007 0.339 0.368 0.221 0.059 101 R 0.011 0.007 0.217 0.338 0.269 0.158 102 H 0.015 0.029 0.091 0.160 0.354 0.351 103 L 0.019 0.046 0.025 0.021 0.606 0.283 104 P 0.017 0.010 0.032 0.014 0.659 0.268 105 G 0.028 0.013 0.038 0.010 0.721 0.190 106 W 0.080 0.045 0.040 0.021 0.603 0.212 107 C 0.117 0.068 0.034 0.030 0.395 0.356 108 G 0.069 0.029 0.014 0.017 0.462 0.408 109 V 0.035 0.018 0.017 0.024 0.406 0.501 110 E 0.042 0.044 0.007 0.019 0.217 0.671 111 E 0.024 0.010 0.002 0.010 0.125 0.830