# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.015 0.799 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.158 0.011 0.001 0.005 2 K 0.001 0.005 0.202 0.001 0.040 0.627 0.001 0.001 0.001 0.048 0.076 0.001 0.001 3 D 0.001 0.001 0.008 0.001 0.033 0.916 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 6 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 9 M 0.001 0.001 0.017 0.001 0.009 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 10 D 0.001 0.003 0.018 0.001 0.017 0.762 0.001 0.001 0.001 0.007 0.192 0.001 0.001 11 H 0.001 0.001 0.032 0.001 0.020 0.354 0.001 0.001 0.001 0.025 0.566 0.001 0.001 12 R 0.001 0.002 0.072 0.001 0.029 0.087 0.001 0.001 0.001 0.145 0.663 0.001 0.001 13 N 0.001 0.005 0.301 0.001 0.018 0.032 0.001 0.001 0.003 0.199 0.430 0.004 0.006 14 L 0.003 0.068 0.540 0.003 0.013 0.011 0.002 0.001 0.025 0.151 0.071 0.016 0.096 15 I 0.016 0.058 0.521 0.007 0.006 0.007 0.007 0.003 0.027 0.126 0.023 0.122 0.076 16 Y 0.014 0.051 0.528 0.008 0.009 0.010 0.004 0.002 0.025 0.086 0.020 0.098 0.146 17 P 0.020 0.023 0.359 0.016 0.095 0.081 0.003 0.002 0.007 0.100 0.145 0.037 0.113 18 F 0.022 0.068 0.174 0.011 0.114 0.067 0.005 0.001 0.007 0.186 0.218 0.058 0.068 19 D 0.003 0.011 0.533 0.004 0.090 0.036 0.001 0.001 0.001 0.112 0.149 0.010 0.050 20 A 0.001 0.009 0.091 0.002 0.114 0.060 0.001 0.001 0.001 0.136 0.573 0.006 0.006 21 Q 0.001 0.004 0.052 0.002 0.048 0.043 0.001 0.001 0.001 0.090 0.753 0.004 0.003 22 G 0.001 0.012 0.276 0.004 0.026 0.015 0.001 0.001 0.001 0.398 0.255 0.003 0.010 23 L 0.001 0.017 0.854 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.072 0.005 0.034 0.011 24 R 0.001 0.178 0.567 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.044 0.009 0.003 0.187 25 R 0.001 0.027 0.790 0.011 0.008 0.005 0.001 0.001 0.003 0.049 0.010 0.091 0.006 26 Q 0.001 0.027 0.759 0.001 0.028 0.011 0.001 0.001 0.003 0.076 0.023 0.008 0.064 27 S 0.001 0.009 0.225 0.006 0.425 0.042 0.001 0.001 0.001 0.049 0.226 0.004 0.013 28 G 0.001 0.006 0.140 0.003 0.236 0.030 0.001 0.001 0.001 0.294 0.271 0.016 0.003 29 D 0.001 0.014 0.288 0.002 0.210 0.045 0.001 0.001 0.003 0.188 0.228 0.002 0.018 30 I 0.001 0.034 0.514 0.001 0.015 0.035 0.001 0.001 0.005 0.348 0.025 0.015 0.008 31 P 0.001 0.013 0.700 0.007 0.055 0.063 0.001 0.001 0.005 0.059 0.078 0.004 0.016 32 K 0.002 0.023 0.227 0.002 0.234 0.164 0.001 0.001 0.009 0.170 0.139 0.013 0.014 33 N 0.003 0.029 0.368 0.003 0.253 0.166 0.001 0.002 0.016 0.038 0.080 0.010 0.029 34 I 0.002 0.042 0.192 0.004 0.361 0.256 0.001 0.003 0.017 0.024 0.054 0.004 0.039 35 H 0.002 0.015 0.088 0.016 0.318 0.229 0.001 0.003 0.011 0.077 0.206 0.025 0.008 36 D 0.001 0.007 0.107 0.006 0.376 0.173 0.001 0.003 0.011 0.083 0.221 0.003 0.009 37 L 0.001 0.020 0.222 0.001 0.275 0.175 0.001 0.002 0.014 0.144 0.129 0.008 0.010 38 E 0.001 0.019 0.145 0.002 0.072 0.106 0.001 0.002 0.009 0.129 0.502 0.003 0.008 39 D 0.001 0.030 0.190 0.002 0.016 0.090 0.001 0.004 0.011 0.298 0.343 0.005 0.009 40 D 0.001 0.009 0.592 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.002 0.373 0.004 0.002 0.002 41 P 0.001 0.004 0.141 0.001 0.040 0.374 0.001 0.001 0.001 0.093 0.341 0.001 0.003 42 F 0.002 0.007 0.051 0.001 0.038 0.657 0.001 0.001 0.001 0.035 0.198 0.003 0.005 43 R 0.001 0.003 0.042 0.001 0.019 0.874 0.001 0.001 0.001 0.036 0.020 0.002 0.002 44 S 0.001 0.003 0.026 0.001 0.006 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.006 45 L 0.002 0.001 0.008 0.001 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.002 0.001 46 A 0.004 0.001 0.005 0.001 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.004 47 G 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 48 A 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 49 L 0.008 0.001 0.006 0.001 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.005 50 R 0.007 0.001 0.014 0.003 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.005 0.004 51 M 0.010 0.003 0.020 0.001 0.017 0.840 0.001 0.001 0.001 0.010 0.077 0.008 0.012 52 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.013 0.363 0.001 0.001 0.001 0.016 0.582 0.002 0.002 53 G 0.001 0.003 0.077 0.001 0.014 0.072 0.001 0.001 0.001 0.049 0.779 0.002 0.002 54 G 0.001 0.024 0.481 0.002 0.042 0.071 0.001 0.001 0.005 0.132 0.209 0.008 0.023 55 Y 0.005 0.032 0.344 0.004 0.064 0.064 0.002 0.001 0.013 0.161 0.229 0.043 0.038 56 A 0.012 0.018 0.295 0.010 0.112 0.056 0.003 0.002 0.015 0.183 0.194 0.027 0.073 57 K 0.004 0.011 0.447 0.012 0.082 0.033 0.002 0.001 0.020 0.222 0.100 0.031 0.036 58 V 0.002 0.014 0.535 0.014 0.055 0.029 0.003 0.001 0.029 0.127 0.117 0.016 0.057 59 I 0.005 0.045 0.501 0.010 0.026 0.027 0.004 0.001 0.039 0.178 0.079 0.027 0.056 60 I 0.001 0.022 0.635 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.042 0.199 0.009 0.062 0.014 61 P 0.001 0.023 0.800 0.004 0.003 0.023 0.001 0.002 0.034 0.035 0.028 0.002 0.044 62 F 0.002 0.040 0.438 0.007 0.060 0.161 0.003 0.005 0.049 0.078 0.124 0.012 0.020 63 S 0.003 0.011 0.238 0.004 0.142 0.253 0.003 0.003 0.040 0.152 0.106 0.023 0.021 64 E 0.005 0.008 0.136 0.004 0.105 0.467 0.005 0.007 0.049 0.088 0.079 0.012 0.035 65 F 0.004 0.013 0.132 0.002 0.032 0.624 0.002 0.005 0.026 0.073 0.054 0.019 0.015 66 G 0.003 0.028 0.151 0.001 0.018 0.639 0.001 0.002 0.022 0.048 0.060 0.010 0.018 67 W 0.001 0.002 0.043 0.001 0.014 0.870 0.001 0.001 0.002 0.013 0.050 0.001 0.004 68 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 70 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 71 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 0.887 0.001 0.001 0.001 0.005 0.066 0.001 0.001 73 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 0.821 0.001 0.001 0.001 0.009 0.134 0.001 0.001 74 R 0.001 0.002 0.045 0.001 0.051 0.626 0.001 0.001 0.001 0.038 0.236 0.001 0.001 75 I 0.001 0.020 0.326 0.001 0.023 0.269 0.001 0.001 0.002 0.237 0.121 0.001 0.002 76 D 0.001 0.008 0.700 0.001 0.035 0.085 0.001 0.001 0.001 0.107 0.063 0.001 0.001 77 R 0.001 0.003 0.078 0.001 0.250 0.475 0.001 0.001 0.001 0.054 0.139 0.001 0.001 78 D 0.001 0.005 0.073 0.001 0.267 0.403 0.001 0.001 0.001 0.039 0.211 0.001 0.001 79 L 0.001 0.007 0.059 0.001 0.380 0.344 0.001 0.001 0.002 0.027 0.179 0.001 0.001 80 L 0.001 0.016 0.268 0.001 0.091 0.296 0.001 0.001 0.006 0.158 0.158 0.002 0.003 81 S 0.001 0.006 0.407 0.001 0.086 0.246 0.001 0.001 0.002 0.112 0.137 0.001 0.002 82 D 0.001 0.004 0.065 0.001 0.112 0.285 0.001 0.001 0.001 0.069 0.462 0.001 0.001 83 S 0.001 0.009 0.099 0.001 0.101 0.189 0.001 0.001 0.001 0.063 0.536 0.001 0.001 84 F 0.001 0.011 0.329 0.001 0.050 0.372 0.001 0.001 0.003 0.107 0.125 0.001 0.001 85 D 0.001 0.002 0.046 0.001 0.030 0.840 0.001 0.001 0.001 0.026 0.056 0.001 0.001 86 D 0.001 0.001 0.022 0.001 0.029 0.879 0.001 0.001 0.001 0.008 0.061 0.001 0.001 87 A 0.001 0.001 0.014 0.001 0.025 0.920 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 92 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 93 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.052 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.035 0.868 0.001 0.001 0.001 0.004 0.085 0.001 0.001 95 A 0.001 0.005 0.056 0.001 0.022 0.709 0.001 0.001 0.001 0.040 0.166 0.001 0.001 96 K 0.001 0.008 0.086 0.001 0.020 0.543 0.001 0.001 0.001 0.049 0.289 0.002 0.001 97 S 0.001 0.003 0.393 0.001 0.016 0.277 0.001 0.001 0.001 0.246 0.063 0.001 0.001 98 R 0.001 0.001 0.030 0.001 0.128 0.319 0.001 0.001 0.001 0.025 0.497 0.001 0.001 99 E 0.001 0.002 0.035 0.001 0.154 0.156 0.001 0.001 0.001 0.015 0.637 0.001 0.001 100 A 0.001 0.012 0.165 0.001 0.400 0.210 0.001 0.001 0.002 0.033 0.176 0.001 0.001 101 R 0.001 0.019 0.088 0.001 0.182 0.187 0.001 0.001 0.003 0.057 0.459 0.002 0.002 102 H 0.001 0.010 0.096 0.001 0.125 0.118 0.001 0.001 0.003 0.082 0.559 0.001 0.003 103 L 0.001 0.015 0.494 0.001 0.017 0.012 0.001 0.001 0.003 0.412 0.039 0.006 0.001 104 P 0.001 0.009 0.217 0.002 0.052 0.013 0.001 0.001 0.001 0.083 0.618 0.001 0.004 105 G 0.001 0.022 0.203 0.002 0.074 0.016 0.001 0.001 0.004 0.176 0.488 0.006 0.007 106 W 0.003 0.069 0.446 0.004 0.097 0.021 0.001 0.001 0.010 0.195 0.113 0.014 0.026 107 C 0.003 0.042 0.387 0.009 0.078 0.030 0.003 0.001 0.009 0.135 0.253 0.013 0.037 108 G 0.004 0.016 0.375 0.007 0.058 0.016 0.001 0.001 0.004 0.217 0.265 0.023 0.015 109 V 0.001 0.018 0.657 0.002 0.021 0.006 0.001 0.001 0.006 0.200 0.055 0.008 0.025 110 E 0.001 0.017 0.789 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.144 0.013 0.014 0.010 111 E 0.001 0.007 0.948 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.001 0.007