# TARGET T0347 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.049 0.179 0.001 0.006 0.007 0.009 0.110 0.012 0.001 0.034 0.591 2 K 0.086 0.456 0.001 0.004 0.003 0.004 0.057 0.012 0.001 0.040 0.335 3 D 0.039 0.320 0.003 0.015 0.008 0.008 0.053 0.003 0.001 0.342 0.208 4 E 0.007 0.765 0.002 0.005 0.008 0.010 0.025 0.004 0.001 0.065 0.109 5 F 0.026 0.888 0.002 0.002 0.003 0.004 0.007 0.014 0.001 0.007 0.046 6 W 0.037 0.675 0.005 0.011 0.010 0.012 0.016 0.009 0.001 0.088 0.136 7 S 0.037 0.530 0.011 0.006 0.009 0.019 0.039 0.006 0.008 0.152 0.185 8 V 0.150 0.164 0.138 0.007 0.008 0.015 0.053 0.032 0.071 0.155 0.207 9 M 0.306 0.022 0.059 0.008 0.009 0.015 0.067 0.017 0.057 0.068 0.372 10 D 0.098 0.003 0.001 0.004 0.004 0.010 0.085 0.002 0.001 0.024 0.768 11 H 0.025 0.004 0.001 0.014 0.003 0.011 0.121 0.002 0.001 0.030 0.788 12 R 0.011 0.004 0.001 0.024 0.013 0.035 0.199 0.005 0.001 0.077 0.631 13 N 0.003 0.003 0.001 0.081 0.075 0.199 0.110 0.001 0.001 0.093 0.434 14 L 0.002 0.001 0.001 0.143 0.106 0.239 0.063 0.001 0.001 0.085 0.360 15 I 0.001 0.002 0.001 0.185 0.182 0.227 0.050 0.001 0.001 0.036 0.317 16 Y 0.007 0.001 0.001 0.102 0.227 0.352 0.036 0.001 0.001 0.072 0.202 17 P 0.020 0.017 0.004 0.075 0.099 0.142 0.079 0.001 0.004 0.097 0.463 18 F 0.016 0.004 0.012 0.027 0.029 0.049 0.089 0.006 0.013 0.029 0.725 19 D 0.773 0.015 0.001 0.002 0.007 0.006 0.017 0.017 0.002 0.040 0.120 20 A 0.358 0.005 0.001 0.004 0.003 0.005 0.045 0.002 0.001 0.042 0.534 21 Q 0.009 0.004 0.001 0.011 0.009 0.034 0.067 0.001 0.001 0.014 0.851 22 G 0.018 0.008 0.001 0.011 0.053 0.073 0.093 0.002 0.001 0.031 0.710 23 L 0.019 0.002 0.001 0.009 0.169 0.081 0.101 0.003 0.001 0.038 0.579 24 R 0.009 0.005 0.001 0.016 0.058 0.072 0.120 0.001 0.001 0.020 0.698 25 R 0.041 0.009 0.002 0.018 0.031 0.045 0.114 0.006 0.001 0.037 0.694 26 Q 0.305 0.048 0.001 0.022 0.013 0.017 0.091 0.027 0.001 0.110 0.365 27 S 0.135 0.012 0.001 0.016 0.010 0.017 0.096 0.003 0.001 0.066 0.643 28 G 0.013 0.009 0.001 0.041 0.019 0.044 0.127 0.001 0.001 0.029 0.715 29 D 0.041 0.016 0.002 0.031 0.041 0.041 0.133 0.002 0.001 0.071 0.622 30 I 0.115 0.111 0.002 0.029 0.037 0.034 0.137 0.023 0.001 0.094 0.415 31 P 0.181 0.110 0.003 0.016 0.011 0.019 0.104 0.008 0.002 0.059 0.486 32 K 0.086 0.060 0.008 0.033 0.017 0.032 0.135 0.010 0.003 0.080 0.536 33 N 0.134 0.132 0.001 0.022 0.023 0.046 0.114 0.013 0.001 0.065 0.449 34 I 0.138 0.176 0.009 0.029 0.021 0.031 0.088 0.006 0.004 0.051 0.448 35 H 0.063 0.067 0.006 0.039 0.050 0.064 0.162 0.013 0.003 0.037 0.497 36 D 0.117 0.161 0.002 0.025 0.017 0.044 0.121 0.020 0.001 0.057 0.433 37 L 0.410 0.068 0.003 0.025 0.018 0.020 0.101 0.004 0.001 0.060 0.291 38 E 0.019 0.052 0.004 0.045 0.024 0.055 0.165 0.002 0.001 0.027 0.606 39 D 0.019 0.108 0.002 0.018 0.012 0.024 0.100 0.004 0.001 0.031 0.682 40 D 0.238 0.293 0.004 0.011 0.016 0.010 0.054 0.021 0.002 0.203 0.150 41 P 0.043 0.555 0.005 0.007 0.003 0.005 0.047 0.005 0.001 0.100 0.229 42 F 0.015 0.880 0.002 0.001 0.002 0.004 0.010 0.003 0.001 0.011 0.072 43 R 0.019 0.882 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.019 0.058 44 S 0.008 0.889 0.002 0.003 0.004 0.006 0.011 0.002 0.001 0.037 0.039 45 L 0.007 0.960 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.015 46 A 0.006 0.959 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.017 47 G 0.018 0.913 0.001 0.003 0.005 0.008 0.006 0.003 0.001 0.020 0.023 48 A 0.012 0.750 0.010 0.009 0.006 0.009 0.018 0.004 0.004 0.106 0.073 49 L 0.051 0.089 0.405 0.005 0.007 0.008 0.031 0.012 0.143 0.168 0.081 50 R 0.559 0.051 0.021 0.005 0.006 0.009 0.035 0.022 0.016 0.069 0.207 51 M 0.164 0.015 0.001 0.003 0.002 0.006 0.041 0.002 0.002 0.019 0.746 52 A 0.026 0.018 0.002 0.007 0.002 0.008 0.064 0.001 0.001 0.013 0.858 53 G 0.016 0.009 0.002 0.006 0.013 0.031 0.081 0.006 0.001 0.028 0.807 54 G 0.062 0.011 0.001 0.007 0.045 0.049 0.080 0.004 0.001 0.027 0.713 55 Y 0.084 0.032 0.002 0.039 0.025 0.040 0.093 0.003 0.001 0.028 0.653 56 A 0.112 0.067 0.001 0.029 0.021 0.032 0.099 0.014 0.001 0.034 0.589 57 K 0.178 0.013 0.001 0.022 0.032 0.030 0.122 0.006 0.001 0.025 0.571 58 V 0.005 0.008 0.001 0.064 0.050 0.070 0.130 0.002 0.001 0.009 0.662 59 I 0.016 0.029 0.002 0.046 0.015 0.023 0.082 0.001 0.001 0.033 0.751 60 I 0.089 0.262 0.002 0.027 0.059 0.024 0.078 0.025 0.001 0.160 0.273 61 P 0.050 0.498 0.002 0.015 0.003 0.006 0.045 0.003 0.001 0.037 0.339 62 F 0.010 0.714 0.004 0.019 0.007 0.011 0.020 0.002 0.001 0.067 0.145 63 S 0.008 0.868 0.001 0.003 0.005 0.006 0.011 0.002 0.001 0.041 0.055 64 E 0.010 0.919 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.042 0.018 65 F 0.005 0.735 0.002 0.007 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.201 0.035 66 G 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.012 67 W 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 68 A 0.006 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.011 69 D 0.014 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.028 0.029 70 F 0.041 0.530 0.122 0.002 0.001 0.001 0.022 0.024 0.049 0.138 0.071 71 L 0.373 0.322 0.018 0.005 0.001 0.002 0.039 0.024 0.011 0.089 0.115 72 R 0.081 0.175 0.007 0.008 0.002 0.006 0.083 0.005 0.007 0.060 0.565 73 R 0.051 0.076 0.005 0.008 0.003 0.007 0.117 0.003 0.002 0.030 0.699 74 R 0.079 0.088 0.008 0.015 0.009 0.022 0.101 0.009 0.004 0.070 0.596 75 I 0.072 0.101 0.004 0.007 0.006 0.013 0.088 0.006 0.002 0.028 0.673 76 D 0.203 0.296 0.007 0.009 0.004 0.009 0.045 0.012 0.004 0.028 0.385 77 R 0.326 0.100 0.005 0.007 0.005 0.009 0.052 0.010 0.002 0.047 0.439 78 D 0.071 0.050 0.002 0.024 0.016 0.035 0.090 0.005 0.001 0.054 0.652 79 L 0.061 0.037 0.004 0.043 0.013 0.027 0.103 0.002 0.001 0.052 0.657 80 L 0.078 0.044 0.003 0.053 0.031 0.031 0.131 0.008 0.001 0.064 0.555 81 S 0.132 0.032 0.001 0.016 0.014 0.018 0.121 0.003 0.001 0.037 0.626 82 D 0.014 0.011 0.001 0.017 0.010 0.016 0.146 0.003 0.001 0.029 0.754 83 S 0.034 0.148 0.001 0.015 0.007 0.010 0.145 0.003 0.001 0.052 0.583 84 F 0.026 0.692 0.002 0.004 0.002 0.002 0.032 0.008 0.001 0.027 0.204 85 D 0.039 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.014 0.046 86 D 0.021 0.779 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.115 0.065 87 A 0.008 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.026 0.029 88 L 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.015 89 A 0.008 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.026 0.026 90 E 0.005 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 0.028 91 A 0.012 0.921 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.002 0.017 0.023 92 M 0.077 0.681 0.009 0.002 0.001 0.001 0.013 0.011 0.003 0.140 0.062 93 K 0.049 0.388 0.011 0.004 0.001 0.001 0.039 0.004 0.007 0.277 0.220 94 L 0.086 0.430 0.010 0.004 0.001 0.001 0.062 0.008 0.004 0.085 0.309 95 A 0.106 0.347 0.025 0.009 0.002 0.004 0.059 0.012 0.009 0.068 0.358 96 K 0.044 0.420 0.003 0.004 0.001 0.003 0.046 0.005 0.001 0.015 0.458 97 S 0.109 0.473 0.006 0.003 0.001 0.003 0.035 0.011 0.004 0.052 0.304 98 R 0.236 0.283 0.034 0.005 0.001 0.002 0.046 0.020 0.009 0.146 0.218 99 E 0.265 0.188 0.005 0.010 0.002 0.008 0.063 0.014 0.003 0.067 0.375 100 A 0.197 0.032 0.005 0.021 0.005 0.010 0.075 0.002 0.002 0.062 0.589 101 R 0.026 0.025 0.003 0.063 0.017 0.029 0.162 0.003 0.001 0.046 0.626 102 H 0.065 0.022 0.002 0.028 0.012 0.022 0.120 0.005 0.001 0.040 0.683 103 L 0.179 0.034 0.003 0.028 0.030 0.033 0.154 0.019 0.002 0.087 0.433 104 P 0.069 0.022 0.003 0.022 0.007 0.018 0.152 0.005 0.002 0.044 0.656 105 G 0.116 0.020 0.003 0.036 0.015 0.039 0.123 0.014 0.001 0.061 0.572 106 W 0.120 0.011 0.001 0.036 0.025 0.046 0.119 0.006 0.001 0.082 0.553 107 C 0.025 0.005 0.002 0.049 0.022 0.056 0.117 0.001 0.001 0.036 0.688 108 G 0.020 0.005 0.002 0.050 0.031 0.055 0.111 0.002 0.001 0.038 0.685 109 V 0.094 0.009 0.001 0.018 0.030 0.027 0.123 0.005 0.001 0.051 0.642 110 E 0.074 0.008 0.001 0.011 0.013 0.017 0.135 0.007 0.001 0.038 0.696 111 E 0.050 0.008 0.001 0.009 0.011 0.017 0.127 0.006 0.001 0.031 0.740