# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.503 0.303 0.052 0.072 0.030 0.018 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 2 K 0.298 0.156 0.052 0.150 0.120 0.096 0.068 0.031 0.018 0.009 0.003 3 D 0.453 0.239 0.064 0.112 0.066 0.032 0.022 0.008 0.004 0.001 0.001 4 E 0.334 0.279 0.096 0.162 0.076 0.031 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 5 F 0.034 0.039 0.043 0.099 0.109 0.134 0.201 0.141 0.101 0.067 0.031 6 W 0.014 0.013 0.029 0.060 0.103 0.183 0.292 0.150 0.095 0.043 0.017 7 S 0.023 0.056 0.393 0.341 0.108 0.042 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 8 V 0.005 0.025 0.054 0.114 0.148 0.205 0.248 0.111 0.054 0.027 0.009 9 M 0.007 0.009 0.063 0.023 0.020 0.028 0.087 0.120 0.216 0.221 0.209 10 D 0.019 0.047 0.166 0.218 0.205 0.139 0.136 0.040 0.018 0.009 0.003 11 H 0.030 0.104 0.405 0.211 0.110 0.065 0.045 0.016 0.009 0.004 0.002 12 R 0.035 0.045 0.066 0.130 0.157 0.154 0.194 0.101 0.063 0.037 0.020 13 N 0.184 0.110 0.055 0.133 0.108 0.109 0.148 0.077 0.045 0.022 0.010 14 L 0.008 0.036 0.047 0.133 0.162 0.188 0.195 0.106 0.071 0.037 0.017 15 I 0.002 0.003 0.004 0.008 0.010 0.019 0.071 0.142 0.245 0.284 0.214 16 Y 0.006 0.021 0.019 0.086 0.133 0.153 0.223 0.157 0.113 0.057 0.032 17 P 0.011 0.017 0.018 0.036 0.035 0.043 0.111 0.159 0.231 0.215 0.125 18 F 0.015 0.016 0.011 0.072 0.118 0.151 0.222 0.172 0.129 0.065 0.029 19 D 0.040 0.070 0.032 0.118 0.111 0.120 0.174 0.142 0.106 0.060 0.028 20 A 0.188 0.136 0.068 0.162 0.130 0.104 0.087 0.053 0.037 0.024 0.011 21 Q 0.391 0.197 0.069 0.136 0.073 0.048 0.042 0.020 0.012 0.007 0.003 22 G 0.277 0.107 0.034 0.086 0.083 0.070 0.098 0.080 0.078 0.057 0.032 23 L 0.130 0.190 0.065 0.162 0.131 0.097 0.098 0.054 0.039 0.023 0.012 24 R 0.084 0.091 0.051 0.151 0.140 0.113 0.138 0.086 0.070 0.046 0.030 25 R 0.065 0.058 0.043 0.097 0.131 0.139 0.178 0.122 0.088 0.052 0.027 26 Q 0.176 0.238 0.090 0.180 0.129 0.077 0.056 0.025 0.016 0.009 0.005 27 S 0.109 0.071 0.035 0.094 0.108 0.117 0.161 0.110 0.089 0.066 0.038 28 G 0.487 0.134 0.056 0.118 0.081 0.048 0.042 0.016 0.010 0.005 0.003 29 D 0.167 0.271 0.124 0.206 0.117 0.058 0.038 0.011 0.005 0.002 0.002 30 I 0.003 0.010 0.006 0.019 0.028 0.047 0.117 0.157 0.207 0.210 0.197 31 P 0.049 0.065 0.042 0.146 0.226 0.197 0.166 0.060 0.030 0.012 0.007 32 K 0.573 0.191 0.151 0.065 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 N 0.067 0.129 0.083 0.253 0.202 0.151 0.085 0.019 0.007 0.003 0.001 34 I 0.005 0.004 0.003 0.009 0.015 0.032 0.086 0.135 0.210 0.226 0.274 35 H 0.118 0.204 0.112 0.194 0.154 0.104 0.076 0.022 0.011 0.004 0.002 36 D 0.443 0.215 0.150 0.125 0.040 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 37 L 0.015 0.010 0.006 0.021 0.035 0.068 0.181 0.166 0.170 0.167 0.161 38 E 0.361 0.218 0.070 0.159 0.086 0.047 0.031 0.012 0.008 0.005 0.004 39 D 0.126 0.138 0.059 0.161 0.155 0.124 0.104 0.053 0.042 0.024 0.015 40 D 0.048 0.090 0.040 0.099 0.111 0.133 0.174 0.122 0.084 0.059 0.038 41 P 0.140 0.104 0.035 0.111 0.136 0.124 0.146 0.080 0.058 0.039 0.026 42 F 0.028 0.022 0.013 0.048 0.060 0.081 0.164 0.141 0.182 0.158 0.103 43 R 0.037 0.041 0.048 0.125 0.119 0.137 0.171 0.111 0.103 0.067 0.040 44 S 0.018 0.030 0.054 0.084 0.069 0.085 0.165 0.153 0.157 0.113 0.073 45 L 0.002 0.006 0.014 0.022 0.024 0.045 0.129 0.179 0.221 0.212 0.146 46 A 0.002 0.004 0.019 0.030 0.042 0.078 0.163 0.154 0.190 0.177 0.142 47 G 0.013 0.023 0.110 0.119 0.119 0.129 0.194 0.119 0.097 0.053 0.025 48 A 0.004 0.015 0.064 0.101 0.097 0.112 0.206 0.155 0.132 0.078 0.036 49 L 0.003 0.003 0.021 0.012 0.008 0.009 0.033 0.079 0.195 0.322 0.314 50 R 0.004 0.010 0.048 0.133 0.206 0.234 0.211 0.088 0.043 0.016 0.007 51 M 0.013 0.039 0.278 0.146 0.126 0.127 0.129 0.064 0.046 0.021 0.010 52 A 0.027 0.034 0.022 0.077 0.101 0.152 0.263 0.147 0.095 0.058 0.024 53 G 0.437 0.181 0.037 0.084 0.053 0.046 0.057 0.038 0.033 0.021 0.012 54 G 0.151 0.155 0.056 0.111 0.093 0.082 0.096 0.074 0.075 0.059 0.048 55 Y 0.060 0.051 0.023 0.067 0.075 0.088 0.155 0.130 0.142 0.114 0.096 56 A 0.217 0.197 0.083 0.171 0.129 0.079 0.061 0.028 0.019 0.010 0.006 57 K 0.316 0.180 0.086 0.150 0.100 0.067 0.050 0.023 0.016 0.008 0.005 58 V 0.262 0.101 0.052 0.109 0.095 0.096 0.103 0.064 0.052 0.037 0.028 59 I 0.064 0.091 0.038 0.121 0.146 0.135 0.158 0.101 0.071 0.045 0.028 60 I 0.094 0.127 0.043 0.120 0.123 0.107 0.145 0.096 0.069 0.047 0.028 61 P 0.053 0.026 0.012 0.053 0.074 0.096 0.181 0.146 0.153 0.124 0.081 62 F 0.040 0.024 0.015 0.055 0.076 0.100 0.179 0.147 0.152 0.119 0.094 63 S 0.023 0.043 0.029 0.082 0.076 0.090 0.158 0.145 0.156 0.118 0.080 64 E 0.010 0.018 0.017 0.049 0.057 0.095 0.190 0.190 0.179 0.127 0.070 65 F 0.047 0.036 0.048 0.069 0.070 0.089 0.158 0.145 0.156 0.115 0.068 66 G 0.035 0.045 0.093 0.167 0.152 0.135 0.180 0.098 0.054 0.027 0.014 67 W 0.001 0.005 0.025 0.030 0.024 0.031 0.108 0.151 0.232 0.238 0.155 68 A 0.001 0.002 0.023 0.019 0.026 0.053 0.173 0.177 0.210 0.185 0.132 69 D 0.011 0.025 0.257 0.270 0.171 0.116 0.087 0.034 0.017 0.008 0.003 70 F 0.001 0.004 0.028 0.037 0.067 0.132 0.292 0.191 0.135 0.081 0.032 71 L 0.001 0.001 0.011 0.008 0.006 0.009 0.045 0.099 0.230 0.306 0.283 72 R 0.001 0.004 0.030 0.057 0.121 0.175 0.330 0.146 0.086 0.037 0.014 73 R 0.011 0.036 0.390 0.212 0.143 0.100 0.066 0.024 0.011 0.005 0.002 74 R 0.007 0.017 0.029 0.056 0.086 0.145 0.301 0.168 0.107 0.061 0.023 75 I 0.014 0.009 0.012 0.017 0.024 0.046 0.144 0.168 0.201 0.205 0.160 76 D 0.098 0.268 0.192 0.182 0.112 0.058 0.048 0.020 0.011 0.006 0.003 77 R 0.159 0.110 0.114 0.195 0.152 0.118 0.087 0.033 0.020 0.010 0.003 78 D 0.628 0.151 0.076 0.069 0.032 0.017 0.014 0.006 0.004 0.002 0.002 79 L 0.045 0.051 0.045 0.087 0.108 0.133 0.210 0.116 0.097 0.064 0.044 80 L 0.036 0.059 0.047 0.072 0.087 0.122 0.175 0.130 0.120 0.094 0.058 81 S 0.156 0.203 0.177 0.193 0.126 0.067 0.049 0.015 0.008 0.003 0.001 82 D 0.493 0.134 0.184 0.104 0.046 0.020 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 83 S 0.070 0.218 0.071 0.164 0.146 0.124 0.099 0.042 0.030 0.021 0.014 84 F 0.007 0.010 0.009 0.022 0.043 0.110 0.214 0.178 0.193 0.129 0.085 85 D 0.374 0.184 0.187 0.139 0.069 0.029 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 86 D 0.247 0.165 0.347 0.181 0.042 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.002 0.004 0.009 0.011 0.014 0.042 0.137 0.166 0.211 0.222 0.181 88 L 0.001 0.002 0.017 0.023 0.054 0.154 0.349 0.182 0.122 0.064 0.033 89 A 0.014 0.027 0.849 0.081 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.005 0.018 0.188 0.215 0.219 0.205 0.116 0.023 0.007 0.003 0.001 91 A 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.006 0.045 0.103 0.243 0.289 0.296 92 M 0.001 0.002 0.042 0.076 0.162 0.275 0.296 0.088 0.039 0.014 0.004 93 K 0.008 0.023 0.846 0.081 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.001 0.005 0.028 0.033 0.074 0.170 0.387 0.146 0.088 0.046 0.021 95 A 0.003 0.001 0.007 0.002 0.003 0.006 0.044 0.094 0.207 0.309 0.323 96 K 0.014 0.081 0.255 0.211 0.175 0.125 0.081 0.028 0.014 0.010 0.007 97 S 0.020 0.069 0.449 0.165 0.134 0.080 0.052 0.016 0.010 0.004 0.001 98 R 0.486 0.122 0.112 0.102 0.067 0.046 0.039 0.013 0.007 0.004 0.003 99 E 0.216 0.161 0.148 0.160 0.094 0.073 0.082 0.029 0.021 0.009 0.007 100 A 0.008 0.006 0.013 0.015 0.022 0.053 0.146 0.164 0.205 0.193 0.177 101 R 0.157 0.175 0.244 0.211 0.108 0.059 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 102 H 0.088 0.168 0.310 0.172 0.107 0.072 0.048 0.017 0.010 0.004 0.003 103 L 0.006 0.009 0.008 0.022 0.035 0.066 0.155 0.162 0.194 0.188 0.154 104 P 0.098 0.078 0.034 0.087 0.099 0.112 0.163 0.106 0.103 0.072 0.049 105 G 0.207 0.097 0.060 0.114 0.102 0.084 0.104 0.073 0.075 0.049 0.035 106 W 0.051 0.059 0.036 0.093 0.104 0.121 0.196 0.135 0.101 0.069 0.037 107 C 0.065 0.097 0.041 0.123 0.122 0.118 0.143 0.106 0.087 0.062 0.036 108 G 0.184 0.120 0.048 0.119 0.117 0.108 0.112 0.076 0.058 0.039 0.020 109 V 0.468 0.156 0.064 0.100 0.059 0.043 0.045 0.025 0.019 0.013 0.007 110 E 0.366 0.164 0.066 0.129 0.096 0.066 0.056 0.026 0.017 0.009 0.004 111 E 0.526 0.206 0.036 0.082 0.047 0.029 0.025 0.017 0.014 0.011 0.008