# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.129 0.848 2 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 3 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.066 0.926 4 E 0.108 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.181 0.687 5 F 0.191 0.280 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.054 0.453 6 W 0.114 0.609 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.043 0.214 7 S 0.034 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.155 8 V 0.033 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.068 9 M 0.034 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.031 10 D 0.060 0.811 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.046 0.009 0.062 11 H 0.197 0.535 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.088 0.010 0.158 12 R 0.282 0.310 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.141 0.018 0.220 13 N 0.252 0.060 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.112 0.091 0.328 14 L 0.024 0.007 0.135 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.242 0.004 0.165 0.387 15 I 0.013 0.003 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.677 0.002 0.045 0.243 16 Y 0.011 0.007 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.002 0.011 0.006 0.004 0.466 0.002 0.094 0.362 17 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.010 0.980 18 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.333 0.006 0.248 0.377 19 D 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.780 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.022 0.102 20 A 0.120 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.008 0.119 0.673 21 Q 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.801 0.161 22 G 0.408 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.398 0.066 0.093 23 L 0.137 0.107 0.090 0.018 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.022 0.325 0.246 24 R 0.006 0.017 0.035 0.006 0.050 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.048 0.003 0.048 0.774 25 R 0.010 0.014 0.003 0.001 0.012 0.621 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.002 0.037 0.233 26 Q 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.035 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.004 0.123 0.750 27 S 0.038 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.020 0.105 0.659 28 G 0.079 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.015 0.086 0.763 29 D 0.442 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.097 0.383 30 I 0.395 0.123 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.018 0.050 0.388 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 K 0.014 0.022 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.100 0.827 33 N 0.207 0.195 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.013 0.065 0.478 34 I 0.277 0.308 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.018 0.011 0.320 35 H 0.115 0.221 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.074 0.018 0.172 0.383 36 D 0.224 0.136 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.051 0.058 0.477 37 L 0.494 0.100 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.016 0.047 0.265 38 E 0.145 0.136 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.013 0.205 0.408 39 D 0.181 0.081 0.023 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.030 0.083 0.547 40 D 0.269 0.098 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.013 0.113 0.462 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 42 F 0.014 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.311 0.611 43 R 0.133 0.135 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.287 0.415 44 S 0.034 0.730 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.026 0.196 45 L 0.021 0.830 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.019 0.113 46 A 0.013 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.010 0.060 47 G 0.008 0.907 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.006 0.057 48 A 0.015 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.046 49 L 0.007 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.033 50 R 0.008 0.928 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.040 51 M 0.013 0.920 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.049 52 A 0.041 0.814 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 0.002 0.066 53 G 0.324 0.258 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.112 0.009 0.237 54 G 0.016 0.015 0.766 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.019 0.169 55 Y 0.052 0.018 0.028 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.005 0.066 0.674 56 A 0.078 0.019 0.004 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.007 0.095 0.697 57 K 0.071 0.029 0.009 0.005 0.013 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.006 0.092 0.681 58 V 0.099 0.040 0.002 0.001 0.008 0.008 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.006 0.039 0.602 59 I 0.066 0.075 0.008 0.001 0.003 0.006 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.265 0.008 0.034 0.490 60 I 0.044 0.069 0.020 0.003 0.006 0.003 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.303 0.004 0.062 0.455 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 62 F 0.009 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.004 0.089 0.575 63 S 0.065 0.077 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.007 0.097 0.628 64 E 0.256 0.096 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.011 0.054 0.523 65 F 0.234 0.294 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.012 0.055 0.337 66 G 0.128 0.237 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.010 0.149 0.427 67 W 0.025 0.308 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.006 0.030 0.516 68 A 0.038 0.416 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.010 0.053 0.390 69 D 0.045 0.555 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.079 0.293 70 F 0.016 0.889 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.085 71 L 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.029 72 R 0.012 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.030 73 R 0.046 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.052 74 R 0.115 0.783 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.053 75 I 0.119 0.564 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.006 0.215 76 D 0.032 0.274 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.019 0.047 0.517 77 R 0.083 0.112 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.017 0.036 0.718 78 D 0.038 0.073 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.017 0.261 0.591 79 L 0.251 0.104 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.041 0.186 0.389 80 L 0.196 0.401 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.015 0.092 0.275 81 S 0.225 0.300 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.031 0.070 0.310 82 D 0.177 0.156 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.051 0.583 83 S 0.139 0.100 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.048 0.226 0.466 84 F 0.340 0.101 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.090 0.405 85 D 0.037 0.158 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.012 0.254 0.524 86 D 0.051 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.167 0.623 87 A 0.080 0.571 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.043 0.292 88 L 0.046 0.798 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.023 0.122 89 A 0.012 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.125 90 E 0.008 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.128 91 A 0.011 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.041 92 M 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 93 K 0.009 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.046 94 L 0.029 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.054 95 A 0.067 0.857 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.045 96 K 0.113 0.686 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.007 0.117 97 S 0.176 0.457 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.046 0.012 0.271 98 R 0.051 0.201 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.044 0.664 99 E 0.072 0.205 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.301 0.364 100 A 0.374 0.261 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.110 0.196 101 R 0.297 0.536 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.015 0.120 102 H 0.283 0.219 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.143 0.024 0.283 103 L 0.703 0.068 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.021 0.005 0.151 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 105 G 0.014 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.133 0.004 0.062 0.759 106 W 0.293 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.158 0.005 0.083 0.426 107 C 0.046 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.273 0.004 0.104 0.511 108 G 0.104 0.018 0.019 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.195 0.013 0.081 0.534 109 V 0.093 0.019 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.007 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.088 0.006 0.078 0.685 110 E 0.076 0.025 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.006 0.109 0.627 111 E 0.029 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.007 0.063 0.849