# TARGET T0347 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 K 0.010 0.013 0.008 0.101 0.009 0.035 0.825 3 D 0.010 0.006 0.036 0.476 0.130 0.111 0.231 4 E 0.014 0.009 0.054 0.579 0.072 0.092 0.182 5 F 0.008 0.004 0.021 0.866 0.014 0.028 0.060 6 W 0.005 0.001 0.022 0.900 0.014 0.017 0.041 7 S 0.010 0.001 0.040 0.874 0.014 0.029 0.032 8 V 0.012 0.002 0.035 0.887 0.009 0.035 0.019 9 M 0.033 0.017 0.040 0.747 0.034 0.069 0.059 10 D 0.020 0.006 0.037 0.606 0.034 0.202 0.096 11 H 0.009 0.002 0.046 0.274 0.061 0.565 0.042 12 R 0.009 0.002 0.029 0.025 0.103 0.738 0.094 13 N 0.023 0.002 0.023 0.003 0.351 0.340 0.258 14 L 0.288 0.040 0.010 0.002 0.156 0.026 0.478 15 I 0.649 0.074 0.004 0.002 0.025 0.009 0.238 16 Y 0.718 0.038 0.005 0.002 0.036 0.009 0.191 17 P 0.619 0.012 0.013 0.005 0.058 0.065 0.228 18 F 0.364 0.076 0.011 0.005 0.145 0.091 0.308 19 D 0.087 0.030 0.007 0.002 0.098 0.025 0.751 20 A 0.014 0.008 0.028 0.007 0.125 0.729 0.089 21 Q 0.005 0.005 0.021 0.004 0.087 0.835 0.043 22 G 0.017 0.020 0.032 0.005 0.477 0.204 0.246 23 L 0.038 0.058 0.006 0.003 0.130 0.026 0.739 24 R 0.075 0.176 0.008 0.002 0.089 0.037 0.612 25 R 0.044 0.079 0.020 0.005 0.157 0.056 0.640 26 Q 0.027 0.025 0.032 0.012 0.128 0.057 0.720 27 S 0.002 0.002 0.530 0.154 0.019 0.248 0.044 28 G 0.002 0.001 0.409 0.187 0.035 0.336 0.030 29 D 0.005 0.007 0.563 0.139 0.066 0.167 0.053 30 I 0.042 0.037 0.026 0.099 0.498 0.024 0.273 31 P 0.058 0.054 0.054 0.066 0.047 0.048 0.674 32 K 0.053 0.034 0.309 0.198 0.103 0.209 0.093 33 N 0.068 0.021 0.326 0.177 0.082 0.210 0.116 34 I 0.029 0.011 0.602 0.146 0.037 0.069 0.105 35 H 0.016 0.005 0.396 0.184 0.060 0.234 0.105 36 D 0.023 0.007 0.338 0.152 0.066 0.315 0.099 37 L 0.037 0.018 0.247 0.143 0.132 0.084 0.339 38 E 0.034 0.021 0.176 0.149 0.104 0.184 0.333 39 D 0.025 0.016 0.050 0.127 0.305 0.164 0.313 40 D 0.015 0.010 0.009 0.031 0.212 0.020 0.702 41 P 0.005 0.003 0.088 0.472 0.060 0.311 0.062 42 F 0.004 0.002 0.046 0.685 0.037 0.200 0.027 43 R 0.007 0.005 0.019 0.847 0.043 0.032 0.048 44 S 0.008 0.004 0.006 0.922 0.008 0.015 0.038 45 L 0.011 0.002 0.007 0.951 0.003 0.015 0.012 46 A 0.007 0.001 0.011 0.967 0.002 0.007 0.006 47 G 0.005 0.001 0.005 0.980 0.001 0.006 0.003 48 A 0.005 0.001 0.003 0.982 0.001 0.007 0.002 49 L 0.012 0.002 0.004 0.964 0.002 0.012 0.004 50 R 0.013 0.001 0.007 0.935 0.005 0.033 0.006 51 M 0.011 0.001 0.008 0.893 0.013 0.062 0.012 52 A 0.007 0.002 0.016 0.519 0.030 0.404 0.022 53 G 0.003 0.001 0.010 0.050 0.066 0.816 0.052 54 G 0.036 0.011 0.034 0.028 0.199 0.201 0.491 55 Y 0.200 0.040 0.066 0.030 0.196 0.086 0.382 56 A 0.229 0.022 0.054 0.026 0.139 0.065 0.465 57 K 0.231 0.016 0.026 0.013 0.198 0.027 0.490 58 V 0.166 0.014 0.007 0.005 0.065 0.026 0.717 59 I 0.140 0.034 0.004 0.005 0.087 0.025 0.705 60 I 0.137 0.037 0.002 0.007 0.160 0.010 0.647 61 P 0.143 0.023 0.007 0.027 0.090 0.026 0.684 62 F 0.078 0.020 0.136 0.236 0.064 0.122 0.344 63 S 0.047 0.010 0.247 0.310 0.096 0.149 0.142 64 E 0.049 0.006 0.210 0.449 0.081 0.101 0.104 65 F 0.100 0.013 0.073 0.552 0.098 0.045 0.119 66 G 0.105 0.022 0.042 0.580 0.050 0.069 0.132 67 W 0.023 0.003 0.031 0.880 0.008 0.028 0.027 68 A 0.008 0.001 0.017 0.945 0.006 0.008 0.016 69 D 0.002 0.001 0.014 0.968 0.002 0.008 0.005 70 F 0.003 0.001 0.020 0.959 0.002 0.013 0.003 71 L 0.003 0.001 0.017 0.950 0.002 0.023 0.004 72 R 0.006 0.002 0.031 0.859 0.008 0.084 0.011 73 R 0.005 0.001 0.019 0.749 0.016 0.193 0.017 74 R 0.008 0.005 0.018 0.462 0.071 0.238 0.198 75 I 0.010 0.027 0.009 0.148 0.176 0.065 0.564 76 D 0.007 0.008 0.009 0.048 0.060 0.035 0.832 77 R 0.001 0.001 0.283 0.425 0.030 0.206 0.053 78 D 0.001 0.001 0.360 0.345 0.031 0.220 0.042 79 L 0.001 0.005 0.508 0.231 0.023 0.161 0.071 80 L 0.004 0.024 0.168 0.310 0.083 0.191 0.220 81 S 0.004 0.007 0.146 0.243 0.100 0.205 0.295 82 D 0.002 0.003 0.131 0.282 0.149 0.327 0.105 83 S 0.004 0.015 0.121 0.315 0.094 0.287 0.164 84 F 0.001 0.004 0.059 0.595 0.061 0.052 0.227 85 D 0.001 0.001 0.030 0.926 0.003 0.029 0.012 86 D 0.001 0.001 0.021 0.949 0.002 0.024 0.003 87 A 0.001 0.001 0.025 0.954 0.001 0.016 0.004 88 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.006 0.003 89 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.008 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.018 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.016 0.003 92 M 0.001 0.001 0.004 0.981 0.002 0.011 0.002 93 K 0.001 0.001 0.010 0.942 0.001 0.045 0.002 94 L 0.001 0.001 0.020 0.808 0.004 0.161 0.007 95 A 0.001 0.004 0.025 0.659 0.028 0.230 0.053 96 K 0.002 0.009 0.018 0.383 0.111 0.291 0.186 97 S 0.003 0.004 0.020 0.197 0.316 0.071 0.390 98 R 0.001 0.001 0.116 0.561 0.073 0.217 0.031 99 E 0.003 0.004 0.206 0.476 0.032 0.245 0.035 100 A 0.008 0.013 0.539 0.278 0.023 0.083 0.056 101 R 0.020 0.011 0.425 0.244 0.058 0.175 0.068 102 H 0.028 0.009 0.279 0.221 0.074 0.327 0.063 103 L 0.057 0.016 0.039 0.049 0.443 0.044 0.352 104 P 0.067 0.021 0.087 0.073 0.136 0.208 0.409 105 G 0.138 0.021 0.080 0.043 0.178 0.255 0.285 106 W 0.177 0.039 0.097 0.051 0.134 0.133 0.369 107 C 0.155 0.025 0.056 0.052 0.175 0.136 0.402 108 G 0.053 0.017 0.043 0.022 0.353 0.104 0.409 109 V 0.032 0.015 0.034 0.015 0.176 0.116 0.613 110 E 0.012 0.015 0.012 0.007 0.022 0.035 0.897 111 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996