# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.029 0.022 0.141 0.014 0.123 0.004 0.041 0.192 0.003 0.431 0.001 2 K 0.491 0.075 0.245 0.082 0.036 0.020 0.016 0.007 0.007 0.019 0.002 3 D 0.618 0.046 0.195 0.076 0.019 0.017 0.010 0.008 0.004 0.005 0.001 4 E 0.928 0.008 0.024 0.022 0.004 0.003 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 5 F 0.984 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 W 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.965 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 M 0.789 0.010 0.026 0.154 0.001 0.006 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 10 D 0.843 0.012 0.039 0.055 0.003 0.013 0.025 0.003 0.004 0.003 0.001 11 H 0.684 0.051 0.037 0.184 0.014 0.009 0.011 0.004 0.004 0.003 0.001 12 R 0.195 0.038 0.054 0.613 0.018 0.008 0.052 0.012 0.009 0.002 0.001 13 N 0.025 0.050 0.059 0.067 0.035 0.026 0.638 0.066 0.033 0.003 0.001 14 L 0.077 0.457 0.345 0.037 0.024 0.047 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 15 I 0.046 0.604 0.209 0.028 0.023 0.053 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 16 Y 0.008 0.265 0.266 0.001 0.021 0.053 0.009 0.001 0.376 0.001 0.001 17 P 0.155 0.012 0.661 0.019 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 18 F 0.077 0.371 0.252 0.119 0.095 0.050 0.006 0.005 0.021 0.003 0.001 19 D 0.013 0.112 0.610 0.019 0.076 0.099 0.009 0.002 0.052 0.008 0.001 20 A 0.857 0.006 0.011 0.102 0.002 0.005 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 21 Q 0.259 0.006 0.041 0.675 0.001 0.002 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 22 G 0.026 0.001 0.017 0.038 0.010 0.001 0.138 0.741 0.001 0.027 0.001 23 L 0.103 0.221 0.560 0.047 0.015 0.026 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 24 R 0.068 0.121 0.725 0.014 0.004 0.046 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 25 R 0.081 0.338 0.471 0.021 0.029 0.035 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 26 Q 0.037 0.101 0.769 0.008 0.010 0.051 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 27 S 0.638 0.047 0.137 0.138 0.017 0.010 0.004 0.003 0.004 0.002 0.001 28 G 0.490 0.012 0.050 0.062 0.045 0.002 0.019 0.130 0.002 0.187 0.001 29 D 0.226 0.022 0.134 0.465 0.009 0.072 0.036 0.003 0.028 0.001 0.004 30 I 0.279 0.190 0.368 0.021 0.015 0.034 0.021 0.001 0.068 0.002 0.001 31 P 0.237 0.009 0.672 0.008 0.001 0.056 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 32 K 0.897 0.008 0.032 0.040 0.007 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 33 N 0.754 0.028 0.040 0.108 0.022 0.020 0.010 0.007 0.009 0.002 0.001 34 I 0.728 0.028 0.027 0.201 0.002 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 35 H 0.850 0.023 0.051 0.060 0.004 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 36 D 0.372 0.010 0.033 0.453 0.009 0.029 0.056 0.014 0.023 0.001 0.001 37 L 0.325 0.061 0.301 0.197 0.005 0.061 0.022 0.002 0.025 0.001 0.001 38 E 0.560 0.120 0.120 0.148 0.014 0.014 0.011 0.005 0.004 0.003 0.001 39 D 0.240 0.095 0.103 0.427 0.019 0.040 0.042 0.007 0.023 0.004 0.001 40 D 0.044 0.155 0.344 0.006 0.025 0.066 0.017 0.001 0.339 0.002 0.001 41 P 0.936 0.001 0.022 0.028 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 F 0.904 0.007 0.014 0.052 0.003 0.006 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 43 R 0.899 0.013 0.018 0.051 0.002 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 44 S 0.957 0.005 0.012 0.012 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 45 L 0.969 0.003 0.003 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 G 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.978 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.983 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 M 0.935 0.017 0.012 0.026 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.441 0.019 0.032 0.491 0.004 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 53 G 0.036 0.001 0.013 0.016 0.015 0.001 0.123 0.689 0.001 0.106 0.001 54 G 0.362 0.025 0.180 0.108 0.047 0.019 0.066 0.057 0.004 0.131 0.002 55 Y 0.353 0.161 0.272 0.114 0.044 0.027 0.011 0.004 0.009 0.005 0.001 56 A 0.377 0.162 0.209 0.126 0.047 0.033 0.021 0.004 0.017 0.003 0.001 57 K 0.200 0.370 0.230 0.058 0.071 0.020 0.015 0.003 0.032 0.001 0.001 58 V 0.143 0.283 0.406 0.050 0.018 0.065 0.010 0.001 0.021 0.001 0.001 59 I 0.090 0.379 0.365 0.040 0.018 0.055 0.008 0.001 0.042 0.001 0.001 60 I 0.024 0.433 0.326 0.001 0.017 0.024 0.007 0.001 0.167 0.001 0.001 61 P 0.102 0.005 0.802 0.003 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 62 F 0.516 0.082 0.141 0.082 0.051 0.038 0.036 0.025 0.021 0.008 0.001 63 S 0.864 0.026 0.038 0.042 0.011 0.006 0.004 0.002 0.002 0.005 0.001 64 E 0.729 0.051 0.036 0.148 0.013 0.011 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 65 F 0.621 0.073 0.086 0.131 0.027 0.029 0.012 0.006 0.011 0.004 0.001 66 G 0.797 0.046 0.044 0.029 0.023 0.023 0.015 0.007 0.010 0.005 0.001 67 W 0.927 0.008 0.007 0.040 0.003 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 68 A 0.985 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.985 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 F 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 L 0.950 0.002 0.002 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.968 0.003 0.005 0.015 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.861 0.007 0.010 0.113 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 74 R 0.669 0.015 0.034 0.235 0.003 0.009 0.024 0.001 0.009 0.001 0.001 75 I 0.406 0.114 0.238 0.163 0.012 0.032 0.009 0.002 0.022 0.001 0.001 76 D 0.137 0.080 0.271 0.135 0.019 0.245 0.053 0.003 0.050 0.007 0.001 77 R 0.858 0.016 0.033 0.068 0.006 0.005 0.006 0.002 0.004 0.002 0.001 78 D 0.841 0.007 0.040 0.070 0.002 0.019 0.011 0.003 0.006 0.001 0.001 79 L 0.782 0.008 0.015 0.183 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 L 0.627 0.040 0.078 0.201 0.007 0.027 0.010 0.002 0.006 0.002 0.001 81 S 0.507 0.090 0.149 0.135 0.053 0.019 0.012 0.005 0.018 0.011 0.001 82 D 0.768 0.012 0.062 0.111 0.015 0.011 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 83 S 0.352 0.036 0.125 0.243 0.020 0.121 0.016 0.004 0.080 0.002 0.001 84 F 0.897 0.002 0.005 0.081 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 85 D 0.987 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.964 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.969 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 E 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 M 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 K 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.891 0.001 0.004 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.546 0.024 0.124 0.256 0.005 0.017 0.013 0.005 0.009 0.001 0.001 96 K 0.408 0.035 0.160 0.304 0.013 0.038 0.026 0.005 0.007 0.004 0.001 97 S 0.062 0.079 0.701 0.031 0.037 0.055 0.002 0.001 0.029 0.002 0.001 98 R 0.976 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.889 0.001 0.007 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.798 0.011 0.065 0.099 0.003 0.013 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 101 R 0.797 0.010 0.036 0.149 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 H 0.350 0.046 0.085 0.423 0.017 0.018 0.035 0.008 0.017 0.001 0.001 103 L 0.015 0.172 0.511 0.002 0.008 0.017 0.012 0.001 0.262 0.001 0.001 104 P 0.160 0.004 0.763 0.012 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 105 G 0.106 0.064 0.174 0.060 0.244 0.009 0.020 0.156 0.006 0.161 0.001 106 W 0.229 0.148 0.299 0.188 0.058 0.036 0.009 0.005 0.020 0.004 0.003 107 C 0.121 0.251 0.265 0.253 0.059 0.018 0.009 0.003 0.019 0.002 0.001 108 G 0.083 0.082 0.247 0.041 0.260 0.010 0.027 0.104 0.007 0.139 0.001 109 V 0.135 0.278 0.423 0.065 0.041 0.030 0.003 0.002 0.016 0.003 0.004 110 E 0.134 0.256 0.349 0.074 0.065 0.036 0.019 0.014 0.034 0.017 0.001 111 E 0.178 0.196 0.264 0.089 0.112 0.032 0.054 0.024 0.022 0.027 0.002