# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.041 0.271 0.278 0.060 0.088 0.021 0.018 0.052 0.033 0.092 0.046 2 K 0.037 0.125 0.061 0.011 0.079 0.009 0.014 0.313 0.206 0.116 0.029 3 D 0.011 0.045 0.016 0.004 0.032 0.007 0.015 0.649 0.163 0.048 0.011 4 E 0.011 0.016 0.005 0.001 0.019 0.001 0.007 0.743 0.127 0.062 0.007 5 F 0.003 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.872 0.069 0.037 0.001 6 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.892 0.093 0.006 0.001 7 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.936 0.047 0.003 0.001 8 V 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.017 0.897 0.051 0.020 0.001 9 M 0.004 0.016 0.012 0.002 0.009 0.003 0.014 0.825 0.085 0.029 0.002 10 D 0.009 0.016 0.014 0.004 0.005 0.006 0.053 0.650 0.177 0.056 0.011 11 H 0.006 0.099 0.042 0.010 0.022 0.014 0.087 0.448 0.168 0.096 0.007 12 R 0.018 0.629 0.102 0.011 0.100 0.004 0.007 0.019 0.019 0.068 0.024 13 N 0.066 0.052 0.049 0.042 0.049 0.015 0.014 0.030 0.058 0.443 0.182 14 L 0.136 0.275 0.057 0.004 0.463 0.002 0.006 0.015 0.009 0.012 0.020 15 I 0.162 0.249 0.056 0.007 0.411 0.003 0.006 0.015 0.018 0.021 0.052 16 Y 0.114 0.360 0.181 0.004 0.310 0.001 0.002 0.008 0.002 0.003 0.015 17 P 0.058 0.542 0.070 0.001 0.214 0.002 0.007 0.060 0.013 0.015 0.016 18 F 0.029 0.309 0.103 0.008 0.227 0.022 0.038 0.074 0.040 0.126 0.023 19 D 0.039 0.107 0.684 0.011 0.066 0.002 0.007 0.045 0.019 0.007 0.013 20 A 0.001 0.006 0.017 0.005 0.001 0.009 0.071 0.726 0.151 0.011 0.001 21 Q 0.001 0.870 0.115 0.006 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.014 0.003 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.317 0.647 23 L 0.013 0.575 0.237 0.002 0.137 0.001 0.005 0.017 0.006 0.003 0.005 24 R 0.160 0.333 0.097 0.003 0.302 0.002 0.006 0.014 0.013 0.025 0.045 25 R 0.033 0.396 0.327 0.036 0.110 0.016 0.032 0.017 0.015 0.010 0.008 26 Q 0.019 0.454 0.355 0.011 0.078 0.005 0.005 0.028 0.017 0.015 0.012 27 S 0.024 0.076 0.040 0.018 0.049 0.030 0.062 0.369 0.271 0.042 0.020 28 G 0.004 0.034 0.021 0.020 0.013 0.023 0.060 0.404 0.249 0.154 0.016 29 D 0.027 0.024 0.010 0.002 0.032 0.002 0.032 0.192 0.227 0.428 0.025 30 I 0.042 0.285 0.103 0.005 0.113 0.003 0.009 0.300 0.095 0.026 0.019 31 P 0.027 0.255 0.064 0.009 0.125 0.008 0.032 0.264 0.156 0.038 0.022 32 K 0.016 0.039 0.028 0.007 0.027 0.031 0.132 0.481 0.217 0.018 0.006 33 N 0.037 0.045 0.022 0.014 0.040 0.009 0.031 0.402 0.150 0.190 0.059 34 I 0.068 0.019 0.003 0.007 0.044 0.013 0.030 0.217 0.329 0.186 0.084 35 H 0.003 0.011 0.004 0.006 0.007 0.040 0.132 0.460 0.314 0.020 0.004 36 D 0.016 0.027 0.016 0.002 0.030 0.001 0.014 0.245 0.335 0.294 0.020 37 L 0.122 0.023 0.007 0.002 0.086 0.005 0.022 0.227 0.325 0.117 0.063 38 E 0.006 0.044 0.017 0.010 0.020 0.038 0.090 0.540 0.208 0.022 0.004 39 D 0.039 0.033 0.017 0.009 0.058 0.009 0.047 0.061 0.075 0.580 0.070 40 D 0.252 0.163 0.055 0.001 0.438 0.001 0.003 0.014 0.006 0.014 0.054 41 P 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.573 0.379 0.021 0.004 42 F 0.002 0.009 0.003 0.001 0.004 0.002 0.014 0.780 0.150 0.033 0.002 43 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.838 0.125 0.020 0.001 44 S 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.926 0.057 0.004 0.001 45 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.857 0.095 0.042 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.055 0.002 0.001 47 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.026 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.025 0.004 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.042 0.007 0.001 50 R 0.001 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.011 0.871 0.095 0.006 0.001 51 M 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.003 0.075 0.795 0.085 0.027 0.003 52 A 0.002 0.573 0.170 0.035 0.033 0.029 0.073 0.069 0.010 0.006 0.001 53 G 0.021 0.093 0.092 0.104 0.017 0.006 0.005 0.012 0.017 0.490 0.142 54 G 0.041 0.088 0.104 0.131 0.045 0.142 0.055 0.106 0.063 0.167 0.059 55 Y 0.147 0.165 0.032 0.013 0.294 0.010 0.012 0.084 0.070 0.087 0.086 56 A 0.078 0.187 0.145 0.056 0.153 0.030 0.045 0.113 0.088 0.070 0.035 57 K 0.044 0.380 0.240 0.019 0.157 0.009 0.014 0.070 0.033 0.024 0.011 58 V 0.124 0.233 0.070 0.006 0.310 0.007 0.026 0.093 0.041 0.042 0.047 59 I 0.151 0.199 0.062 0.008 0.224 0.008 0.021 0.059 0.070 0.099 0.098 60 I 0.014 0.461 0.346 0.008 0.114 0.003 0.009 0.030 0.010 0.002 0.002 61 P 0.044 0.417 0.104 0.006 0.135 0.004 0.022 0.131 0.081 0.034 0.021 62 F 0.053 0.071 0.022 0.009 0.073 0.013 0.036 0.189 0.361 0.094 0.080 63 S 0.007 0.035 0.014 0.005 0.014 0.012 0.057 0.443 0.368 0.039 0.007 64 E 0.027 0.098 0.021 0.002 0.055 0.003 0.027 0.326 0.191 0.234 0.016 65 F 0.077 0.193 0.058 0.006 0.134 0.011 0.015 0.222 0.127 0.089 0.068 66 G 0.025 0.062 0.074 0.034 0.039 0.029 0.045 0.440 0.130 0.078 0.045 67 W 0.012 0.030 0.011 0.002 0.013 0.001 0.003 0.647 0.166 0.108 0.009 68 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.091 0.003 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.026 0.001 0.001 70 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.037 0.004 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.880 0.104 0.010 0.001 72 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.783 0.182 0.019 0.001 73 R 0.001 0.015 0.007 0.002 0.005 0.008 0.126 0.653 0.128 0.052 0.002 74 R 0.024 0.026 0.010 0.003 0.033 0.008 0.094 0.345 0.139 0.282 0.036 75 I 0.087 0.269 0.063 0.008 0.177 0.013 0.041 0.156 0.071 0.072 0.043 76 D 0.132 0.231 0.098 0.011 0.253 0.006 0.016 0.076 0.046 0.085 0.047 77 R 0.016 0.111 0.054 0.006 0.059 0.004 0.012 0.417 0.274 0.041 0.007 78 D 0.015 0.041 0.015 0.003 0.038 0.008 0.051 0.563 0.195 0.053 0.016 79 L 0.019 0.024 0.006 0.002 0.027 0.004 0.040 0.529 0.199 0.136 0.014 80 L 0.023 0.068 0.042 0.009 0.042 0.011 0.026 0.349 0.192 0.208 0.030 81 S 0.017 0.162 0.082 0.019 0.068 0.010 0.021 0.358 0.181 0.067 0.015 82 D 0.004 0.016 0.010 0.003 0.008 0.014 0.056 0.520 0.299 0.064 0.007 83 S 0.017 0.071 0.031 0.005 0.030 0.004 0.030 0.355 0.119 0.313 0.024 84 F 0.029 0.059 0.021 0.003 0.032 0.002 0.004 0.402 0.159 0.266 0.023 85 D 0.001 0.015 0.007 0.002 0.005 0.004 0.009 0.848 0.103 0.005 0.001 86 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.897 0.092 0.006 0.001 87 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.052 0.015 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.048 0.005 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.961 0.036 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.032 0.012 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.057 0.010 0.001 92 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.096 0.003 0.001 93 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.954 0.037 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.902 0.063 0.013 0.001 95 A 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.862 0.091 0.024 0.002 96 K 0.005 0.027 0.010 0.006 0.010 0.018 0.074 0.517 0.133 0.192 0.008 97 S 0.017 0.505 0.150 0.004 0.235 0.001 0.005 0.038 0.015 0.022 0.009 98 R 0.004 0.004 0.003 0.001 0.004 0.002 0.008 0.510 0.413 0.045 0.007 99 E 0.004 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.024 0.631 0.172 0.146 0.007 100 A 0.008 0.010 0.002 0.002 0.018 0.002 0.007 0.403 0.447 0.093 0.009 101 R 0.002 0.010 0.004 0.002 0.006 0.009 0.045 0.695 0.218 0.008 0.002 102 H 0.015 0.013 0.005 0.001 0.021 0.002 0.026 0.155 0.215 0.524 0.022 103 L 0.159 0.236 0.116 0.003 0.364 0.002 0.008 0.027 0.017 0.029 0.040 104 P 0.024 0.074 0.042 0.047 0.035 0.107 0.311 0.175 0.093 0.065 0.027 105 G 0.035 0.096 0.132 0.143 0.071 0.038 0.026 0.047 0.077 0.282 0.053 106 W 0.195 0.059 0.031 0.035 0.192 0.057 0.054 0.074 0.076 0.116 0.111 107 C 0.059 0.151 0.089 0.066 0.127 0.045 0.085 0.103 0.094 0.125 0.055 108 G 0.035 0.126 0.183 0.179 0.074 0.046 0.025 0.069 0.058 0.173 0.032 109 V 0.090 0.200 0.117 0.035 0.161 0.023 0.042 0.124 0.078 0.094 0.036 110 E 0.043 0.213 0.131 0.041 0.106 0.042 0.059 0.190 0.098 0.046 0.031 111 E 0.065 0.177 0.106 0.034 0.126 0.032 0.058 0.172 0.101 0.089 0.041