# TARGET T0347 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0347.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13.05 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.711 0.191 0.057 0.029 0.009 0.002 0.001 2 K 0.524 0.233 0.135 0.077 0.027 0.004 0.001 3 D 0.681 0.228 0.068 0.019 0.004 0.001 0.001 4 E 0.522 0.319 0.113 0.036 0.008 0.001 0.001 5 F 0.145 0.109 0.186 0.285 0.222 0.051 0.002 6 W 0.124 0.153 0.243 0.297 0.152 0.029 0.001 7 S 0.426 0.394 0.130 0.040 0.008 0.002 0.001 8 V 0.180 0.206 0.255 0.234 0.100 0.023 0.001 9 M 0.086 0.071 0.108 0.223 0.342 0.161 0.009 10 D 0.245 0.274 0.234 0.164 0.066 0.017 0.001 11 H 0.345 0.384 0.170 0.072 0.023 0.005 0.001 12 R 0.124 0.181 0.256 0.260 0.136 0.039 0.004 13 N 0.120 0.254 0.231 0.221 0.124 0.047 0.004 14 L 0.014 0.026 0.089 0.234 0.372 0.238 0.027 15 I 0.014 0.018 0.025 0.055 0.180 0.527 0.182 16 Y 0.008 0.017 0.031 0.096 0.264 0.426 0.159 17 P 0.013 0.046 0.112 0.230 0.298 0.247 0.054 18 F 0.018 0.061 0.144 0.279 0.321 0.160 0.018 19 D 0.194 0.329 0.255 0.152 0.056 0.014 0.001 20 A 0.462 0.311 0.146 0.059 0.018 0.003 0.001 21 Q 0.716 0.182 0.063 0.028 0.009 0.002 0.001 22 G 0.429 0.242 0.175 0.106 0.040 0.008 0.001 23 L 0.389 0.311 0.172 0.091 0.030 0.007 0.001 24 R 0.251 0.306 0.230 0.144 0.056 0.012 0.001 25 R 0.228 0.257 0.242 0.173 0.084 0.015 0.001 26 Q 0.373 0.355 0.174 0.075 0.020 0.003 0.001 27 S 0.230 0.279 0.257 0.169 0.057 0.008 0.001 28 G 0.577 0.291 0.096 0.028 0.007 0.001 0.001 29 D 0.272 0.409 0.225 0.079 0.013 0.002 0.001 30 I 0.016 0.031 0.099 0.354 0.393 0.105 0.002 31 P 0.042 0.187 0.369 0.299 0.093 0.009 0.001 32 K 0.462 0.418 0.097 0.020 0.003 0.001 0.001 33 N 0.145 0.236 0.308 0.233 0.069 0.009 0.001 34 I 0.024 0.044 0.132 0.332 0.369 0.097 0.002 35 H 0.215 0.423 0.254 0.087 0.018 0.002 0.001 36 D 0.317 0.470 0.162 0.044 0.007 0.001 0.001 37 L 0.029 0.092 0.237 0.352 0.238 0.051 0.001 38 E 0.645 0.260 0.065 0.022 0.006 0.001 0.001 39 D 0.596 0.256 0.098 0.037 0.011 0.002 0.001 40 D 0.121 0.155 0.248 0.289 0.153 0.032 0.001 41 P 0.156 0.293 0.266 0.176 0.071 0.033 0.005 42 F 0.015 0.024 0.044 0.135 0.324 0.375 0.084 43 R 0.015 0.059 0.162 0.262 0.264 0.177 0.062 44 S 0.022 0.060 0.077 0.126 0.221 0.327 0.167 45 L 0.002 0.007 0.016 0.044 0.133 0.374 0.424 46 A 0.007 0.030 0.054 0.116 0.170 0.351 0.271 47 G 0.022 0.097 0.195 0.291 0.221 0.132 0.042 48 A 0.009 0.065 0.183 0.357 0.267 0.107 0.012 49 L 0.006 0.008 0.020 0.105 0.348 0.423 0.090 50 R 0.063 0.248 0.258 0.263 0.126 0.039 0.003 51 M 0.234 0.358 0.231 0.117 0.044 0.013 0.002 52 A 0.062 0.193 0.334 0.278 0.106 0.026 0.002 53 G 0.325 0.338 0.203 0.094 0.031 0.008 0.001 54 G 0.145 0.168 0.173 0.215 0.193 0.094 0.010 55 Y 0.084 0.089 0.143 0.243 0.276 0.148 0.017 56 A 0.200 0.277 0.244 0.174 0.075 0.025 0.005 57 K 0.228 0.266 0.208 0.163 0.089 0.038 0.008 58 V 0.102 0.120 0.149 0.204 0.216 0.168 0.042 59 I 0.065 0.101 0.160 0.220 0.234 0.175 0.045 60 I 0.072 0.123 0.168 0.204 0.193 0.168 0.071 61 P 0.063 0.092 0.113 0.167 0.212 0.243 0.110 62 F 0.027 0.053 0.081 0.136 0.215 0.316 0.171 63 S 0.019 0.037 0.077 0.143 0.193 0.309 0.223 64 E 0.014 0.030 0.044 0.079 0.154 0.338 0.340 65 F 0.006 0.013 0.025 0.069 0.195 0.380 0.312 66 G 0.013 0.027 0.063 0.160 0.255 0.281 0.202 67 W 0.004 0.009 0.018 0.033 0.076 0.314 0.546 68 A 0.006 0.011 0.017 0.048 0.106 0.369 0.443 69 D 0.006 0.031 0.102 0.241 0.284 0.255 0.081 70 F 0.003 0.008 0.033 0.145 0.322 0.391 0.099 71 L 0.003 0.004 0.003 0.010 0.067 0.577 0.336 72 R 0.003 0.022 0.073 0.255 0.386 0.243 0.017 73 R 0.030 0.181 0.305 0.274 0.158 0.047 0.005 74 R 0.015 0.089 0.240 0.332 0.239 0.081 0.005 75 I 0.034 0.077 0.154 0.303 0.315 0.113 0.005 76 D 0.285 0.366 0.214 0.091 0.035 0.008 0.001 77 R 0.461 0.292 0.158 0.067 0.019 0.003 0.001 78 D 0.646 0.244 0.072 0.029 0.008 0.002 0.001 79 L 0.223 0.210 0.204 0.216 0.117 0.029 0.002 80 L 0.148 0.203 0.246 0.243 0.130 0.029 0.001 81 S 0.372 0.365 0.177 0.067 0.016 0.003 0.001 82 D 0.523 0.320 0.109 0.036 0.010 0.002 0.001 83 S 0.161 0.323 0.277 0.169 0.059 0.010 0.001 84 F 0.030 0.040 0.086 0.293 0.388 0.155 0.008 85 D 0.174 0.398 0.289 0.114 0.022 0.003 0.001 86 D 0.161 0.499 0.267 0.062 0.010 0.001 0.001 87 A 0.007 0.014 0.040 0.196 0.441 0.285 0.017 88 L 0.007 0.042 0.143 0.315 0.332 0.152 0.010 89 A 0.154 0.453 0.254 0.105 0.028 0.006 0.001 90 E 0.031 0.118 0.349 0.363 0.122 0.017 0.001 91 A 0.009 0.011 0.021 0.074 0.298 0.544 0.042 92 M 0.021 0.080 0.224 0.375 0.239 0.057 0.003 93 K 0.176 0.528 0.207 0.067 0.018 0.004 0.001 94 L 0.028 0.077 0.207 0.386 0.244 0.054 0.003 95 A 0.030 0.052 0.101 0.292 0.362 0.153 0.010 96 K 0.274 0.412 0.218 0.078 0.017 0.002 0.001 97 S 0.658 0.263 0.059 0.016 0.003 0.001 0.001 98 R 0.451 0.339 0.147 0.050 0.011 0.002 0.001 99 E 0.380 0.337 0.172 0.085 0.022 0.004 0.001 100 A 0.123 0.114 0.183 0.311 0.222 0.045 0.002 101 R 0.316 0.374 0.204 0.081 0.020 0.004 0.001 102 H 0.200 0.342 0.254 0.143 0.047 0.013 0.001 103 L 0.068 0.076 0.138 0.269 0.301 0.138 0.010 104 P 0.181 0.256 0.242 0.179 0.098 0.040 0.005 105 G 0.319 0.204 0.148 0.148 0.112 0.061 0.009 106 W 0.185 0.213 0.218 0.207 0.126 0.048 0.004 107 C 0.215 0.225 0.234 0.202 0.098 0.025 0.002 108 G 0.467 0.282 0.145 0.075 0.025 0.005 0.001 109 V 0.665 0.218 0.079 0.028 0.008 0.001 0.001 110 E 0.749 0.164 0.059 0.022 0.005 0.001 0.001 111 E 0.768 0.165 0.046 0.016 0.004 0.001 0.001