# TARGET T0346 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1396 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.016 0.724 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.005 0.137 0.024 0.048 0.024 2 P 0.014 0.008 0.424 0.053 0.014 0.010 0.003 0.001 0.008 0.143 0.081 0.011 0.230 3 Q 0.235 0.010 0.117 0.004 0.007 0.011 0.033 0.011 0.023 0.028 0.029 0.408 0.083 4 C 0.552 0.008 0.039 0.002 0.003 0.015 0.074 0.015 0.016 0.009 0.003 0.031 0.231 5 H 0.612 0.004 0.033 0.005 0.001 0.015 0.071 0.011 0.024 0.003 0.002 0.117 0.102 6 F 0.493 0.001 0.057 0.040 0.001 0.012 0.033 0.009 0.030 0.009 0.004 0.160 0.150 7 D 0.424 0.002 0.067 0.054 0.004 0.016 0.023 0.003 0.014 0.028 0.011 0.125 0.229 8 I 0.613 0.003 0.032 0.011 0.021 0.022 0.027 0.002 0.010 0.015 0.019 0.063 0.161 9 E 0.626 0.005 0.033 0.005 0.018 0.019 0.027 0.004 0.018 0.011 0.017 0.124 0.095 10 I 0.421 0.009 0.043 0.014 0.023 0.016 0.042 0.009 0.013 0.016 0.042 0.078 0.273 11 N 0.102 0.004 0.132 0.083 0.018 0.013 0.006 0.001 0.007 0.116 0.101 0.278 0.138 12 R 0.029 0.009 0.172 0.092 0.019 0.010 0.002 0.001 0.002 0.260 0.139 0.057 0.210 13 E 0.018 0.035 0.267 0.008 0.014 0.010 0.003 0.001 0.005 0.194 0.061 0.208 0.176 14 P 0.009 0.053 0.474 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.006 0.079 0.059 0.060 0.218 15 V 0.025 0.016 0.340 0.105 0.025 0.005 0.004 0.001 0.006 0.139 0.139 0.049 0.146 16 G 0.105 0.012 0.181 0.058 0.013 0.003 0.008 0.002 0.013 0.196 0.072 0.235 0.102 17 R 0.209 0.006 0.206 0.043 0.004 0.003 0.028 0.004 0.049 0.073 0.016 0.063 0.297 18 I 0.374 0.004 0.076 0.012 0.001 0.002 0.106 0.031 0.084 0.010 0.001 0.159 0.140 19 M 0.521 0.003 0.021 0.004 0.001 0.002 0.147 0.063 0.046 0.002 0.001 0.071 0.119 20 F 0.500 0.002 0.013 0.002 0.001 0.003 0.188 0.111 0.040 0.002 0.001 0.078 0.059 21 Q 0.426 0.002 0.043 0.007 0.001 0.004 0.180 0.068 0.090 0.006 0.002 0.049 0.121 22 L 0.179 0.012 0.190 0.016 0.004 0.008 0.088 0.024 0.115 0.050 0.015 0.159 0.139 23 F 0.022 0.011 0.444 0.006 0.010 0.015 0.006 0.003 0.077 0.215 0.026 0.041 0.124 24 S 0.003 0.014 0.211 0.005 0.279 0.087 0.001 0.001 0.016 0.150 0.190 0.003 0.042 25 D 0.001 0.005 0.126 0.008 0.297 0.197 0.001 0.001 0.003 0.165 0.184 0.009 0.004 26 I 0.001 0.014 0.177 0.001 0.214 0.225 0.001 0.001 0.003 0.173 0.176 0.003 0.012 27 C 0.001 0.006 0.303 0.001 0.022 0.324 0.001 0.001 0.005 0.296 0.030 0.005 0.008 28 P 0.001 0.005 0.211 0.001 0.034 0.688 0.001 0.001 0.002 0.023 0.029 0.002 0.006 29 K 0.002 0.005 0.040 0.001 0.034 0.861 0.001 0.001 0.002 0.019 0.032 0.002 0.002 30 T 0.001 0.002 0.013 0.001 0.016 0.928 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.001 0.003 31 C 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 32 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 33 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 34 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 36 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 38 C 0.001 0.002 0.009 0.001 0.003 0.908 0.001 0.001 0.001 0.008 0.069 0.001 0.001 39 S 0.001 0.005 0.042 0.001 0.005 0.625 0.001 0.001 0.001 0.023 0.296 0.002 0.002 40 G 0.001 0.003 0.168 0.001 0.013 0.183 0.001 0.001 0.001 0.163 0.464 0.001 0.003 41 E 0.001 0.006 0.390 0.001 0.047 0.060 0.001 0.001 0.001 0.284 0.203 0.003 0.006 42 K 0.001 0.023 0.240 0.002 0.163 0.092 0.001 0.001 0.002 0.180 0.267 0.007 0.024 43 G 0.003 0.020 0.243 0.004 0.196 0.082 0.001 0.002 0.005 0.153 0.243 0.023 0.025 44 L 0.006 0.032 0.272 0.010 0.168 0.072 0.002 0.004 0.014 0.174 0.185 0.016 0.046 45 G 0.017 0.042 0.339 0.009 0.099 0.046 0.003 0.006 0.021 0.189 0.132 0.038 0.060 46 K 0.007 0.037 0.391 0.007 0.081 0.037 0.001 0.004 0.020 0.170 0.181 0.018 0.044 47 T 0.006 0.033 0.241 0.006 0.091 0.046 0.001 0.009 0.008 0.202 0.311 0.021 0.027 48 T 0.003 0.030 0.178 0.011 0.070 0.028 0.001 0.002 0.003 0.207 0.436 0.012 0.021 49 G 0.004 0.015 0.305 0.013 0.046 0.025 0.001 0.002 0.004 0.274 0.279 0.011 0.022 50 K 0.010 0.039 0.408 0.028 0.033 0.031 0.001 0.004 0.008 0.263 0.106 0.030 0.039 51 K 0.022 0.060 0.397 0.031 0.059 0.029 0.007 0.006 0.029 0.104 0.086 0.036 0.133 52 L 0.083 0.054 0.206 0.009 0.069 0.022 0.031 0.035 0.036 0.078 0.094 0.141 0.143 53 C 0.119 0.048 0.183 0.013 0.072 0.018 0.041 0.030 0.055 0.041 0.150 0.080 0.150 54 Y 0.084 0.048 0.301 0.003 0.033 0.011 0.021 0.012 0.043 0.065 0.064 0.099 0.216 55 K 0.014 0.020 0.115 0.033 0.023 0.010 0.002 0.003 0.007 0.146 0.558 0.044 0.025 56 G 0.005 0.002 0.111 0.041 0.016 0.004 0.001 0.001 0.002 0.245 0.536 0.012 0.024 57 S 0.039 0.018 0.406 0.008 0.010 0.008 0.004 0.001 0.011 0.158 0.024 0.151 0.164 58 T 0.053 0.096 0.216 0.018 0.010 0.011 0.019 0.002 0.037 0.037 0.018 0.103 0.379 59 F 0.074 0.016 0.186 0.095 0.015 0.013 0.020 0.002 0.022 0.054 0.024 0.249 0.230 60 H 0.157 0.010 0.156 0.068 0.027 0.010 0.039 0.003 0.012 0.034 0.022 0.121 0.340 61 R 0.173 0.015 0.098 0.009 0.038 0.014 0.053 0.003 0.011 0.032 0.019 0.302 0.233 62 V 0.187 0.037 0.113 0.022 0.032 0.018 0.040 0.005 0.010 0.041 0.021 0.049 0.425 63 V 0.019 0.044 0.391 0.019 0.036 0.019 0.006 0.001 0.009 0.101 0.034 0.214 0.107 64 K 0.002 0.002 0.088 0.024 0.075 0.012 0.001 0.001 0.001 0.145 0.632 0.006 0.014 65 N 0.001 0.001 0.028 0.007 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.132 0.771 0.002 0.004 66 F 0.102 0.013 0.214 0.003 0.075 0.012 0.017 0.004 0.027 0.143 0.158 0.113 0.120 67 M 0.272 0.032 0.139 0.007 0.017 0.010 0.066 0.040 0.078 0.021 0.013 0.077 0.228 68 I 0.372 0.013 0.088 0.050 0.011 0.008 0.037 0.029 0.042 0.021 0.010 0.193 0.126 69 Q 0.327 0.010 0.094 0.063 0.013 0.008 0.032 0.019 0.038 0.017 0.018 0.106 0.256 70 G 0.243 0.019 0.126 0.023 0.013 0.009 0.026 0.020 0.049 0.048 0.048 0.190 0.186 71 G 0.115 0.047 0.225 0.038 0.018 0.011 0.013 0.008 0.046 0.128 0.056 0.069 0.227 72 D 0.030 0.040 0.439 0.014 0.014 0.009 0.004 0.004 0.039 0.166 0.034 0.101 0.105 73 F 0.015 0.040 0.166 0.015 0.040 0.020 0.004 0.004 0.012 0.236 0.351 0.023 0.075 74 S 0.006 0.022 0.190 0.012 0.027 0.012 0.001 0.003 0.005 0.283 0.387 0.027 0.024 75 E 0.002 0.018 0.275 0.005 0.016 0.007 0.001 0.001 0.003 0.475 0.168 0.012 0.018 76 G 0.001 0.034 0.358 0.005 0.015 0.008 0.001 0.001 0.003 0.379 0.169 0.008 0.019 77 N 0.002 0.054 0.330 0.009 0.028 0.010 0.001 0.001 0.004 0.328 0.189 0.014 0.030 78 G 0.005 0.059 0.362 0.010 0.037 0.015 0.001 0.001 0.003 0.269 0.181 0.020 0.037 79 K 0.005 0.064 0.346 0.010 0.043 0.022 0.001 0.001 0.003 0.263 0.181 0.028 0.034 80 G 0.004 0.030 0.322 0.011 0.063 0.025 0.001 0.001 0.002 0.291 0.192 0.025 0.033 81 G 0.008 0.023 0.275 0.008 0.099 0.042 0.001 0.001 0.003 0.183 0.290 0.018 0.048 82 E 0.033 0.059 0.239 0.006 0.117 0.060 0.008 0.004 0.014 0.118 0.199 0.070 0.074 83 S 0.052 0.068 0.301 0.008 0.103 0.070 0.011 0.007 0.021 0.086 0.108 0.053 0.111 84 I 0.085 0.042 0.213 0.012 0.077 0.077 0.012 0.004 0.018 0.100 0.188 0.085 0.086 85 Y 0.050 0.024 0.223 0.013 0.060 0.071 0.005 0.002 0.009 0.152 0.266 0.049 0.076 86 G 0.018 0.017 0.353 0.008 0.034 0.058 0.002 0.001 0.006 0.264 0.130 0.054 0.057 87 G 0.007 0.024 0.524 0.003 0.022 0.063 0.001 0.001 0.007 0.180 0.058 0.041 0.070 88 Y 0.003 0.045 0.662 0.003 0.023 0.061 0.001 0.001 0.007 0.083 0.041 0.014 0.058 89 F 0.003 0.030 0.605 0.004 0.045 0.112 0.001 0.001 0.004 0.096 0.061 0.019 0.020 90 K 0.003 0.012 0.354 0.005 0.119 0.197 0.001 0.001 0.002 0.133 0.144 0.009 0.022 91 D 0.003 0.009 0.213 0.003 0.218 0.221 0.001 0.001 0.001 0.118 0.191 0.008 0.014 92 E 0.009 0.020 0.191 0.002 0.165 0.250 0.001 0.001 0.002 0.125 0.198 0.016 0.021 93 N 0.010 0.020 0.283 0.003 0.113 0.212 0.001 0.001 0.003 0.113 0.195 0.014 0.032 94 F 0.007 0.012 0.250 0.006 0.072 0.230 0.001 0.001 0.003 0.153 0.226 0.015 0.024 95 I 0.009 0.025 0.293 0.011 0.057 0.193 0.001 0.002 0.004 0.196 0.150 0.024 0.035 96 L 0.004 0.021 0.325 0.004 0.091 0.224 0.001 0.001 0.006 0.180 0.073 0.022 0.048 97 K 0.003 0.020 0.437 0.006 0.068 0.187 0.001 0.004 0.007 0.086 0.137 0.018 0.026 98 H 0.005 0.029 0.348 0.006 0.052 0.126 0.001 0.003 0.009 0.116 0.259 0.016 0.032 99 D 0.004 0.017 0.449 0.007 0.019 0.097 0.001 0.001 0.005 0.224 0.123 0.014 0.040 100 R 0.009 0.014 0.317 0.023 0.015 0.162 0.001 0.001 0.006 0.286 0.096 0.051 0.019 101 A 0.018 0.011 0.212 0.014 0.014 0.383 0.003 0.003 0.011 0.131 0.082 0.012 0.105 102 F 0.122 0.021 0.172 0.006 0.010 0.313 0.020 0.016 0.037 0.047 0.036 0.141 0.061 103 L 0.229 0.021 0.063 0.002 0.006 0.264 0.049 0.082 0.068 0.015 0.012 0.029 0.159 104 L 0.469 0.004 0.030 0.015 0.007 0.216 0.062 0.032 0.031 0.010 0.009 0.052 0.063 105 S 0.360 0.005 0.049 0.013 0.015 0.242 0.039 0.031 0.066 0.010 0.011 0.095 0.064 106 M 0.256 0.009 0.046 0.015 0.038 0.338 0.017 0.012 0.014 0.017 0.038 0.047 0.154 107 A 0.154 0.014 0.063 0.063 0.097 0.332 0.013 0.004 0.004 0.046 0.066 0.042 0.102 108 N 0.067 0.025 0.097 0.030 0.059 0.247 0.006 0.001 0.005 0.110 0.221 0.065 0.066 109 R 0.023 0.010 0.225 0.023 0.029 0.100 0.002 0.001 0.002 0.267 0.238 0.012 0.069 110 G 0.001 0.010 0.534 0.002 0.012 0.016 0.001 0.001 0.003 0.322 0.052 0.027 0.022 111 K 0.001 0.022 0.210 0.001 0.048 0.017 0.001 0.001 0.001 0.257 0.417 0.005 0.022 112 H 0.001 0.019 0.214 0.002 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 0.280 0.414 0.011 0.008 113 T 0.001 0.019 0.389 0.005 0.048 0.008 0.001 0.001 0.001 0.341 0.145 0.004 0.041 114 N 0.004 0.028 0.194 0.021 0.037 0.016 0.001 0.001 0.001 0.302 0.345 0.032 0.019 115 G 0.011 0.012 0.222 0.022 0.030 0.007 0.001 0.001 0.002 0.315 0.305 0.019 0.054 116 S 0.047 0.018 0.531 0.008 0.005 0.003 0.007 0.001 0.020 0.105 0.027 0.064 0.164 117 Q 0.218 0.011 0.139 0.029 0.001 0.005 0.078 0.011 0.063 0.030 0.006 0.123 0.287 118 F 0.388 0.004 0.027 0.012 0.001 0.003 0.156 0.027 0.042 0.006 0.001 0.206 0.128 119 F 0.514 0.002 0.011 0.005 0.001 0.003 0.267 0.033 0.022 0.001 0.001 0.035 0.107 120 I 0.457 0.002 0.011 0.004 0.001 0.002 0.320 0.039 0.034 0.001 0.001 0.080 0.049 121 T 0.382 0.002 0.049 0.009 0.001 0.003 0.162 0.027 0.085 0.008 0.002 0.073 0.198 122 T 0.165 0.009 0.207 0.018 0.004 0.004 0.054 0.004 0.062 0.053 0.019 0.161 0.239 123 K 0.015 0.010 0.441 0.029 0.009 0.005 0.005 0.001 0.016 0.232 0.056 0.062 0.120 124 P 0.003 0.037 0.397 0.016 0.029 0.010 0.001 0.001 0.009 0.288 0.136 0.019 0.055 125 A 0.001 0.022 0.537 0.004 0.036 0.011 0.001 0.001 0.005 0.305 0.042 0.019 0.016 126 P 0.001 0.015 0.288 0.004 0.229 0.027 0.001 0.001 0.004 0.172 0.219 0.005 0.034 127 H 0.004 0.027 0.177 0.003 0.280 0.031 0.002 0.001 0.004 0.131 0.292 0.025 0.024 128 L 0.005 0.046 0.250 0.005 0.214 0.022 0.002 0.001 0.003 0.138 0.247 0.015 0.055 129 D 0.007 0.019 0.283 0.007 0.046 0.018 0.001 0.001 0.001 0.181 0.378 0.032 0.027 130 G 0.006 0.005 0.134 0.018 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.300 0.482 0.012 0.021 131 V 0.031 0.011 0.353 0.013 0.009 0.007 0.004 0.001 0.007 0.211 0.169 0.074 0.112 132 H 0.200 0.018 0.221 0.007 0.004 0.011 0.045 0.008 0.030 0.032 0.014 0.107 0.302 133 V 0.417 0.012 0.074 0.006 0.003 0.008 0.120 0.009 0.056 0.009 0.006 0.138 0.142 134 V 0.646 0.002 0.013 0.003 0.001 0.002 0.095 0.014 0.026 0.002 0.002 0.093 0.100 135 F 0.638 0.002 0.026 0.026 0.001 0.007 0.060 0.024 0.044 0.006 0.008 0.045 0.112 136 G 0.629 0.001 0.043 0.009 0.002 0.005 0.026 0.005 0.031 0.013 0.007 0.146 0.082 137 L 0.590 0.005 0.031 0.002 0.001 0.005 0.022 0.004 0.039 0.009 0.002 0.131 0.159 138 V 0.208 0.014 0.089 0.009 0.009 0.036 0.023 0.017 0.079 0.010 0.017 0.043 0.446 139 I 0.164 0.022 0.146 0.265 0.007 0.029 0.016 0.003 0.037 0.064 0.043 0.137 0.067 140 S 0.024 0.006 0.214 0.021 0.011 0.053 0.005 0.001 0.005 0.354 0.117 0.089 0.100 141 G 0.003 0.005 0.446 0.003 0.014 0.115 0.001 0.001 0.005 0.181 0.146 0.005 0.075 142 F 0.003 0.017 0.197 0.001 0.012 0.534 0.002 0.001 0.005 0.112 0.037 0.062 0.017 143 E 0.002 0.014 0.064 0.001 0.010 0.826 0.001 0.001 0.002 0.018 0.032 0.003 0.026 144 V 0.003 0.003 0.023 0.001 0.009 0.919 0.001 0.001 0.002 0.009 0.025 0.002 0.005 145 I 0.002 0.001 0.009 0.001 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.002 146 E 0.003 0.001 0.007 0.001 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.005 147 Q 0.003 0.001 0.005 0.001 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.002 0.003 148 I 0.003 0.001 0.006 0.001 0.013 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.006 149 E 0.003 0.002 0.019 0.005 0.020 0.757 0.001 0.001 0.001 0.019 0.155 0.012 0.005 150 N 0.002 0.003 0.038 0.004 0.018 0.575 0.001 0.001 0.001 0.033 0.308 0.001 0.017 151 L 0.003 0.007 0.516 0.001 0.009 0.130 0.001 0.001 0.004 0.167 0.055 0.076 0.032 152 K 0.002 0.079 0.500 0.003 0.013 0.047 0.001 0.001 0.009 0.086 0.095 0.010 0.157 153 T 0.003 0.119 0.473 0.004 0.016 0.021 0.001 0.001 0.007 0.180 0.077 0.049 0.049 154 D 0.001 0.018 0.477 0.001 0.022 0.008 0.001 0.001 0.002 0.230 0.203 0.006 0.032 155 A 0.001 0.002 0.047 0.001 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.157 0.762 0.001 0.002 156 A 0.001 0.001 0.055 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.216 0.702 0.003 0.002 157 S 0.001 0.003 0.345 0.008 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.470 0.149 0.002 0.012 158 R 0.001 0.049 0.657 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.167 0.016 0.059 0.038 159 P 0.001 0.104 0.639 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.006 0.016 0.007 0.009 0.207 160 Y 0.005 0.021 0.628 0.061 0.019 0.006 0.004 0.001 0.010 0.067 0.033 0.078 0.067 161 A 0.008 0.013 0.289 0.084 0.020 0.006 0.003 0.001 0.020 0.232 0.041 0.152 0.130 162 D 0.010 0.005 0.310 0.244 0.011 0.002 0.008 0.001 0.042 0.078 0.028 0.052 0.208 163 V 0.051 0.007 0.281 0.020 0.001 0.002 0.020 0.008 0.086 0.025 0.003 0.203 0.294 164 R 0.072 0.009 0.074 0.002 0.001 0.001 0.030 0.022 0.202 0.009 0.001 0.440 0.139 165 V 0.043 0.007 0.059 0.003 0.001 0.001 0.027 0.083 0.247 0.005 0.001 0.019 0.505 166 I 0.028 0.004 0.087 0.599 0.001 0.002 0.014 0.012 0.081 0.017 0.003 0.132 0.021 167 D 0.053 0.011 0.212 0.019 0.007 0.005 0.029 0.008 0.175 0.063 0.019 0.170 0.229 168 C 0.048 0.006 0.258 0.021 0.087 0.012 0.026 0.008 0.053 0.133 0.104 0.021 0.223 169 G 0.089 0.015 0.258 0.006 0.037 0.008 0.034 0.003 0.060 0.088 0.067 0.285 0.050 170 V 0.064 0.037 0.283 0.001 0.013 0.007 0.027 0.001 0.035 0.055 0.022 0.053 0.402 171 L 0.014 0.032 0.728 0.001 0.002 0.003 0.009 0.001 0.030 0.016 0.011 0.061 0.094 172 A 0.001 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.018