# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 89.1856 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.030 0.004 0.001 0.036 0.075 0.045 0.182 0.010 0.001 0.046 0.569 2 P 0.013 0.008 0.001 0.165 0.068 0.095 0.132 0.003 0.001 0.041 0.474 3 Q 0.010 0.004 0.001 0.264 0.079 0.153 0.083 0.002 0.001 0.069 0.336 4 C 0.006 0.003 0.001 0.396 0.131 0.137 0.054 0.001 0.001 0.042 0.228 5 H 0.020 0.007 0.002 0.318 0.101 0.138 0.070 0.002 0.001 0.040 0.301 6 F 0.018 0.005 0.001 0.224 0.116 0.149 0.075 0.005 0.001 0.039 0.367 7 D 0.029 0.015 0.002 0.167 0.057 0.114 0.114 0.003 0.001 0.059 0.439 8 I 0.038 0.010 0.007 0.117 0.127 0.179 0.130 0.007 0.004 0.067 0.314 9 E 0.103 0.015 0.003 0.070 0.085 0.150 0.100 0.009 0.002 0.058 0.405 10 I 0.149 0.006 0.001 0.033 0.066 0.087 0.085 0.003 0.001 0.053 0.516 11 N 0.008 0.004 0.001 0.033 0.047 0.096 0.120 0.001 0.001 0.024 0.665 12 R 0.011 0.002 0.004 0.018 0.034 0.071 0.114 0.002 0.002 0.026 0.715 13 E 0.101 0.004 0.002 0.018 0.129 0.097 0.122 0.014 0.002 0.099 0.412 14 P 0.096 0.003 0.002 0.022 0.021 0.047 0.125 0.003 0.001 0.077 0.604 15 V 0.011 0.006 0.002 0.046 0.036 0.102 0.119 0.001 0.001 0.048 0.629 16 G 0.003 0.002 0.001 0.063 0.140 0.304 0.089 0.001 0.001 0.077 0.321 17 R 0.001 0.005 0.001 0.080 0.221 0.302 0.050 0.001 0.001 0.067 0.272 18 I 0.001 0.002 0.001 0.116 0.339 0.386 0.018 0.001 0.001 0.049 0.088 19 M 0.002 0.004 0.001 0.161 0.286 0.373 0.020 0.001 0.001 0.042 0.110 20 F 0.006 0.001 0.001 0.110 0.337 0.385 0.017 0.001 0.001 0.064 0.077 21 Q 0.005 0.010 0.002 0.131 0.265 0.358 0.050 0.001 0.002 0.044 0.133 22 L 0.120 0.037 0.012 0.070 0.108 0.157 0.079 0.010 0.012 0.032 0.364 23 F 0.562 0.127 0.002 0.012 0.015 0.018 0.032 0.050 0.002 0.047 0.133 24 S 0.256 0.027 0.002 0.010 0.008 0.016 0.077 0.003 0.002 0.072 0.527 25 D 0.034 0.098 0.008 0.034 0.013 0.032 0.110 0.002 0.001 0.049 0.620 26 I 0.019 0.104 0.002 0.010 0.042 0.022 0.091 0.005 0.001 0.177 0.528 27 C 0.024 0.792 0.002 0.002 0.005 0.004 0.019 0.018 0.001 0.020 0.116 28 P 0.032 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.008 0.061 29 K 0.018 0.627 0.007 0.003 0.002 0.003 0.014 0.003 0.002 0.238 0.083 30 T 0.028 0.780 0.003 0.001 0.001 0.002 0.016 0.006 0.001 0.106 0.055 31 C 0.024 0.855 0.009 0.003 0.001 0.002 0.008 0.010 0.002 0.039 0.046 32 K 0.027 0.797 0.004 0.008 0.002 0.003 0.023 0.003 0.001 0.038 0.094 33 N 0.019 0.764 0.003 0.008 0.002 0.004 0.034 0.005 0.001 0.027 0.133 34 F 0.063 0.620 0.009 0.014 0.004 0.008 0.045 0.034 0.002 0.082 0.118 35 L 0.099 0.183 0.011 0.039 0.009 0.020 0.071 0.009 0.005 0.332 0.222 36 C 0.047 0.096 0.028 0.056 0.012 0.029 0.131 0.004 0.015 0.216 0.366 37 L 0.114 0.027 0.021 0.043 0.014 0.028 0.139 0.009 0.010 0.128 0.467 38 C 0.276 0.019 0.005 0.036 0.017 0.027 0.099 0.007 0.004 0.092 0.419 39 S 0.038 0.004 0.001 0.013 0.004 0.013 0.107 0.002 0.001 0.028 0.789 40 G 0.035 0.005 0.001 0.011 0.003 0.011 0.093 0.004 0.001 0.030 0.805 41 E 0.114 0.007 0.001 0.010 0.010 0.016 0.129 0.008 0.001 0.083 0.621 42 K 0.043 0.006 0.001 0.018 0.007 0.019 0.118 0.003 0.001 0.051 0.734 43 G 0.052 0.007 0.001 0.027 0.016 0.035 0.113 0.002 0.001 0.064 0.683 44 L 0.029 0.004 0.001 0.022 0.042 0.061 0.117 0.002 0.001 0.075 0.648 45 G 0.018 0.008 0.002 0.026 0.020 0.039 0.181 0.002 0.001 0.051 0.652 46 K 0.130 0.010 0.003 0.015 0.037 0.047 0.110 0.010 0.002 0.068 0.569 47 T 0.300 0.009 0.001 0.006 0.009 0.011 0.088 0.005 0.001 0.048 0.523 48 T 0.028 0.005 0.001 0.006 0.011 0.025 0.126 0.008 0.001 0.022 0.768 49 G 0.092 0.030 0.002 0.014 0.009 0.018 0.110 0.004 0.001 0.026 0.694 50 K 0.034 0.022 0.001 0.021 0.121 0.120 0.128 0.018 0.001 0.041 0.495 51 K 0.039 0.024 0.001 0.051 0.067 0.142 0.097 0.003 0.001 0.045 0.531 52 L 0.025 0.008 0.008 0.100 0.167 0.179 0.092 0.002 0.002 0.065 0.352 53 C 0.055 0.005 0.003 0.104 0.064 0.111 0.120 0.004 0.002 0.054 0.479 54 Y 0.281 0.008 0.002 0.051 0.041 0.052 0.084 0.005 0.001 0.078 0.398 55 K 0.025 0.006 0.001 0.053 0.020 0.035 0.128 0.003 0.001 0.025 0.703 56 G 0.006 0.002 0.001 0.022 0.039 0.079 0.120 0.006 0.001 0.023 0.701 57 S 0.012 0.013 0.002 0.126 0.193 0.144 0.100 0.002 0.001 0.042 0.364 58 T 0.022 0.014 0.002 0.175 0.157 0.221 0.062 0.004 0.001 0.069 0.275 59 F 0.022 0.017 0.002 0.140 0.151 0.186 0.056 0.005 0.001 0.064 0.356 60 H 0.024 0.006 0.001 0.236 0.106 0.155 0.085 0.002 0.001 0.045 0.340 61 R 0.011 0.002 0.003 0.197 0.128 0.171 0.092 0.001 0.001 0.061 0.332 62 V 0.018 0.002 0.002 0.173 0.070 0.106 0.124 0.002 0.002 0.042 0.459 63 V 0.255 0.012 0.003 0.070 0.057 0.056 0.117 0.010 0.002 0.069 0.350 64 K 0.048 0.007 0.001 0.062 0.024 0.035 0.160 0.006 0.001 0.057 0.598 65 N 0.009 0.005 0.001 0.101 0.037 0.088 0.148 0.004 0.001 0.074 0.533 66 F 0.011 0.004 0.001 0.258 0.100 0.157 0.096 0.002 0.001 0.120 0.250 67 M 0.012 0.002 0.002 0.321 0.090 0.108 0.086 0.001 0.001 0.094 0.283 68 I 0.015 0.002 0.001 0.347 0.080 0.122 0.083 0.001 0.001 0.082 0.267 69 Q 0.037 0.003 0.001 0.219 0.038 0.092 0.134 0.002 0.001 0.106 0.367 70 G 0.038 0.003 0.001 0.116 0.030 0.058 0.191 0.002 0.001 0.080 0.479 71 G 0.013 0.002 0.001 0.055 0.032 0.081 0.229 0.006 0.001 0.065 0.517 72 D 0.112 0.009 0.002 0.070 0.021 0.037 0.179 0.003 0.001 0.115 0.451 73 F 0.053 0.005 0.003 0.053 0.026 0.046 0.186 0.004 0.001 0.133 0.489 74 S 0.038 0.004 0.001 0.027 0.013 0.027 0.191 0.004 0.001 0.073 0.622 75 E 0.207 0.006 0.001 0.020 0.013 0.020 0.144 0.006 0.001 0.086 0.494 76 G 0.048 0.002 0.001 0.013 0.006 0.011 0.184 0.004 0.001 0.069 0.662 77 N 0.028 0.002 0.001 0.013 0.007 0.019 0.182 0.003 0.001 0.048 0.697 78 G 0.053 0.003 0.001 0.024 0.014 0.031 0.189 0.003 0.001 0.071 0.609 79 K 0.044 0.005 0.001 0.021 0.020 0.032 0.179 0.002 0.001 0.055 0.640 80 G 0.036 0.017 0.001 0.029 0.026 0.050 0.176 0.005 0.001 0.065 0.595 81 G 0.048 0.032 0.001 0.031 0.039 0.068 0.181 0.008 0.001 0.073 0.520 82 E 0.041 0.024 0.002 0.039 0.080 0.147 0.163 0.005 0.001 0.072 0.426 83 S 0.057 0.024 0.005 0.049 0.094 0.175 0.116 0.004 0.002 0.067 0.406 84 I 0.112 0.033 0.005 0.046 0.054 0.114 0.117 0.010 0.003 0.068 0.439 85 Y 0.253 0.034 0.002 0.021 0.030 0.049 0.094 0.012 0.001 0.047 0.456 86 G 0.057 0.009 0.001 0.014 0.028 0.056 0.114 0.003 0.001 0.028 0.690 87 G 0.003 0.003 0.001 0.012 0.040 0.080 0.105 0.001 0.001 0.011 0.743 88 Y 0.019 0.028 0.003 0.021 0.065 0.065 0.107 0.002 0.002 0.029 0.659 89 F 0.149 0.056 0.007 0.011 0.040 0.025 0.096 0.014 0.004 0.069 0.529 90 K 0.242 0.147 0.003 0.006 0.007 0.009 0.061 0.012 0.002 0.043 0.469 91 D 0.280 0.148 0.004 0.007 0.005 0.010 0.054 0.005 0.001 0.029 0.456 92 E 0.066 0.202 0.003 0.015 0.017 0.032 0.076 0.008 0.001 0.028 0.554 93 N 0.117 0.170 0.003 0.008 0.045 0.057 0.071 0.008 0.001 0.029 0.490 94 F 0.092 0.090 0.003 0.020 0.125 0.102 0.086 0.011 0.001 0.031 0.439 95 I 0.063 0.075 0.003 0.018 0.053 0.086 0.112 0.005 0.002 0.024 0.559 96 L 0.116 0.052 0.004 0.027 0.060 0.068 0.094 0.009 0.002 0.040 0.527 97 K 0.134 0.043 0.003 0.023 0.049 0.069 0.108 0.005 0.002 0.037 0.527 98 H 0.031 0.030 0.004 0.031 0.030 0.059 0.103 0.003 0.002 0.024 0.681 99 D 0.058 0.113 0.003 0.027 0.044 0.062 0.096 0.007 0.001 0.050 0.537 100 R 0.098 0.214 0.003 0.032 0.052 0.050 0.095 0.008 0.001 0.051 0.397 101 A 0.011 0.091 0.002 0.085 0.095 0.130 0.102 0.002 0.001 0.093 0.389 102 F 0.004 0.364 0.002 0.062 0.114 0.171 0.042 0.003 0.001 0.038 0.200 103 L 0.030 0.438 0.003 0.053 0.131 0.110 0.028 0.011 0.001 0.036 0.159 104 L 0.015 0.290 0.008 0.097 0.124 0.116 0.031 0.005 0.002 0.098 0.214 105 S 0.045 0.143 0.014 0.052 0.064 0.097 0.049 0.010 0.009 0.334 0.183 106 M 0.186 0.059 0.041 0.054 0.035 0.050 0.058 0.028 0.022 0.280 0.187 107 A 0.183 0.023 0.008 0.056 0.046 0.064 0.103 0.009 0.007 0.096 0.405 108 N 0.045 0.007 0.001 0.046 0.020 0.047 0.125 0.001 0.001 0.038 0.669 109 R 0.011 0.003 0.001 0.065 0.014 0.031 0.145 0.002 0.001 0.045 0.682 110 G 0.090 0.007 0.001 0.044 0.025 0.033 0.182 0.005 0.001 0.104 0.508 111 K 0.020 0.002 0.001 0.040 0.009 0.021 0.191 0.003 0.001 0.054 0.659 112 H 0.091 0.004 0.002 0.038 0.007 0.018 0.151 0.003 0.001 0.062 0.623 113 T 0.114 0.004 0.003 0.045 0.012 0.031 0.165 0.004 0.002 0.145 0.476 114 N 0.080 0.004 0.002 0.029 0.008 0.027 0.177 0.002 0.001 0.072 0.599 115 G 0.033 0.004 0.002 0.039 0.030 0.084 0.187 0.004 0.001 0.087 0.531 116 S 0.009 0.003 0.001 0.052 0.067 0.160 0.177 0.002 0.001 0.082 0.447 117 Q 0.002 0.001 0.001 0.065 0.131 0.313 0.085 0.001 0.001 0.112 0.289 118 F 0.001 0.001 0.001 0.091 0.239 0.375 0.041 0.001 0.001 0.080 0.170 119 F 0.001 0.001 0.001 0.110 0.246 0.389 0.029 0.001 0.001 0.066 0.157 120 I 0.005 0.001 0.001 0.130 0.276 0.304 0.033 0.001 0.001 0.085 0.166 121 T 0.006 0.001 0.001 0.108 0.171 0.323 0.063 0.001 0.001 0.067 0.260 122 T 0.053 0.001 0.001 0.058 0.063 0.082 0.103 0.001 0.001 0.042 0.596 123 K 0.014 0.001 0.001 0.026 0.054 0.085 0.164 0.009 0.001 0.047 0.600 124 P 0.062 0.005 0.001 0.020 0.009 0.013 0.118 0.003 0.001 0.034 0.735 125 A 0.135 0.006 0.003 0.025 0.034 0.043 0.140 0.009 0.001 0.084 0.519 126 P 0.047 0.003 0.002 0.011 0.014 0.021 0.126 0.003 0.001 0.052 0.719 127 H 0.122 0.002 0.002 0.013 0.014 0.030 0.124 0.004 0.001 0.048 0.640 128 L 0.233 0.002 0.001 0.018 0.013 0.021 0.118 0.004 0.001 0.075 0.515 129 D 0.027 0.002 0.001 0.015 0.006 0.013 0.170 0.001 0.001 0.020 0.746 130 G 0.004 0.001 0.001 0.024 0.027 0.039 0.171 0.003 0.001 0.020 0.711 131 V 0.003 0.003 0.001 0.216 0.101 0.082 0.125 0.001 0.001 0.056 0.413 132 H 0.001 0.001 0.001 0.405 0.133 0.199 0.038 0.001 0.001 0.065 0.156 133 V 0.002 0.003 0.001 0.433 0.150 0.156 0.025 0.001 0.001 0.041 0.189 134 V 0.004 0.004 0.001 0.415 0.208 0.167 0.026 0.001 0.001 0.032 0.142 135 F 0.008 0.008 0.001 0.310 0.122 0.201 0.045 0.003 0.001 0.057 0.245 136 G 0.021 0.007 0.001 0.274 0.093 0.178 0.061 0.002 0.001 0.094 0.268 137 L 0.029 0.010 0.008 0.122 0.155 0.181 0.102 0.002 0.006 0.137 0.250 138 V 0.084 0.011 0.006 0.061 0.094 0.114 0.112 0.005 0.004 0.071 0.439 139 I 0.262 0.064 0.003 0.033 0.043 0.045 0.076 0.009 0.002 0.102 0.362 140 S 0.044 0.236 0.001 0.011 0.007 0.012 0.090 0.004 0.001 0.043 0.552 141 G 0.006 0.586 0.001 0.004 0.005 0.010 0.036 0.005 0.001 0.015 0.331 142 F 0.005 0.903 0.001 0.005 0.007 0.004 0.010 0.001 0.001 0.010 0.055 143 E 0.001 0.978 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 144 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 145 I 0.011 0.878 0.001 0.010 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.077 0.013 146 E 0.010 0.480 0.029 0.023 0.004 0.004 0.014 0.003 0.008 0.383 0.042 147 Q 0.138 0.272 0.115 0.030 0.004 0.006 0.047 0.034 0.036 0.193 0.125 148 I 0.281 0.057 0.055 0.026 0.005 0.009 0.067 0.025 0.043 0.091 0.341 149 E 0.118 0.011 0.001 0.008 0.005 0.011 0.073 0.002 0.001 0.023 0.746 150 N 0.009 0.008 0.001 0.005 0.002 0.007 0.061 0.001 0.001 0.010 0.896 151 L 0.028 0.003 0.001 0.004 0.012 0.021 0.118 0.006 0.001 0.029 0.777 152 K 0.046 0.023 0.003 0.011 0.013 0.024 0.106 0.002 0.002 0.036 0.734 153 T 0.023 0.006 0.005 0.008 0.005 0.013 0.075 0.004 0.002 0.016 0.842 154 D 0.607 0.020 0.002 0.005 0.005 0.009 0.032 0.022 0.001 0.056 0.241 155 A 0.344 0.008 0.001 0.005 0.002 0.004 0.046 0.001 0.001 0.034 0.555 156 A 0.004 0.002 0.001 0.008 0.007 0.020 0.078 0.001 0.001 0.010 0.870 157 S 0.021 0.003 0.001 0.005 0.021 0.020 0.069 0.001 0.001 0.016 0.840 158 R 0.079 0.001 0.001 0.004 0.091 0.040 0.112 0.015 0.001 0.075 0.583 159 P 0.033 0.001 0.001 0.009 0.013 0.026 0.120 0.002 0.001 0.025 0.770 160 Y 0.031 0.001 0.001 0.029 0.014 0.036 0.108 0.001 0.001 0.029 0.750 161 A 0.004 0.001 0.001 0.045 0.092 0.086 0.136 0.001 0.001 0.040 0.594 162 D 0.001 0.001 0.001 0.081 0.158 0.319 0.071 0.002 0.001 0.047 0.321 163 V 0.001 0.001 0.001 0.273 0.184 0.198 0.035 0.001 0.001 0.052 0.255 164 R 0.001 0.001 0.001 0.333 0.258 0.269 0.016 0.001 0.001 0.035 0.087 165 V 0.013 0.001 0.001 0.285 0.143 0.176 0.037 0.001 0.001 0.053 0.289 166 I 0.028 0.001 0.001 0.192 0.149 0.127 0.060 0.004 0.001 0.030 0.407 167 D 0.052 0.004 0.001 0.071 0.065 0.089 0.109 0.006 0.001 0.029 0.574 168 C 0.010 0.002 0.001 0.062 0.108 0.194 0.117 0.008 0.001 0.017 0.483 169 G 0.031 0.006 0.001 0.140 0.165 0.243 0.077 0.002 0.001 0.033 0.300 170 V 0.022 0.007 0.003 0.108 0.194 0.181 0.077 0.001 0.001 0.036 0.370 171 L 0.019 0.014 0.003 0.094 0.100 0.127 0.110 0.003 0.002 0.025 0.504 172 A 0.139 0.042 0.005 0.045 0.064 0.091 0.100 0.013 0.003 0.065 0.433