# TARGET T0346 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 89.1856 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.044 0.009 0.026 0.061 0.070 0.120 0.065 0.605 2 P 0.013 0.010 0.068 0.069 0.173 0.113 0.052 0.502 3 Q 0.008 0.010 0.149 0.134 0.278 0.065 0.059 0.296 4 C 0.008 0.015 0.186 0.189 0.216 0.058 0.055 0.274 5 H 0.010 0.022 0.307 0.151 0.206 0.048 0.063 0.191 6 F 0.022 0.028 0.157 0.183 0.218 0.062 0.110 0.220 7 D 0.019 0.019 0.150 0.120 0.193 0.056 0.265 0.177 8 I 0.016 0.016 0.128 0.163 0.296 0.054 0.142 0.184 9 E 0.043 0.008 0.091 0.175 0.334 0.054 0.059 0.235 10 I 0.036 0.003 0.055 0.216 0.212 0.071 0.057 0.350 11 N 0.013 0.003 0.032 0.094 0.212 0.104 0.046 0.496 12 R 0.015 0.002 0.021 0.041 0.118 0.136 0.044 0.623 13 E 0.102 0.004 0.025 0.066 0.054 0.146 0.071 0.531 14 P 0.186 0.013 0.024 0.038 0.063 0.113 0.065 0.499 15 V 0.023 0.009 0.030 0.021 0.070 0.114 0.027 0.706 16 G 0.013 0.013 0.106 0.114 0.375 0.086 0.035 0.259 17 R 0.003 0.006 0.109 0.176 0.317 0.048 0.055 0.285 18 I 0.001 0.006 0.178 0.372 0.339 0.018 0.027 0.059 19 M 0.005 0.011 0.268 0.224 0.359 0.015 0.058 0.060 20 F 0.009 0.013 0.244 0.341 0.228 0.019 0.063 0.082 21 Q 0.005 0.013 0.337 0.191 0.274 0.021 0.087 0.072 22 L 0.044 0.038 0.193 0.120 0.176 0.065 0.110 0.255 23 F 0.416 0.072 0.053 0.065 0.067 0.044 0.095 0.188 24 S 0.090 0.031 0.017 0.016 0.027 0.069 0.086 0.663 25 D 0.020 0.033 0.016 0.012 0.030 0.130 0.034 0.726 26 I 0.027 0.038 0.017 0.019 0.021 0.111 0.075 0.691 27 C 0.085 0.340 0.012 0.020 0.014 0.081 0.102 0.347 28 P 0.073 0.457 0.014 0.004 0.009 0.051 0.051 0.340 29 K 0.022 0.241 0.028 0.019 0.013 0.050 0.408 0.219 30 T 0.033 0.864 0.009 0.002 0.003 0.008 0.055 0.026 31 C 0.050 0.877 0.006 0.002 0.002 0.010 0.019 0.035 32 K 0.011 0.805 0.018 0.008 0.009 0.016 0.027 0.105 33 N 0.014 0.871 0.009 0.002 0.009 0.012 0.036 0.047 34 F 0.036 0.802 0.019 0.007 0.010 0.018 0.062 0.046 35 L 0.060 0.261 0.085 0.084 0.065 0.036 0.289 0.120 36 C 0.027 0.111 0.053 0.053 0.075 0.083 0.218 0.380 37 L 0.113 0.085 0.096 0.061 0.118 0.105 0.102 0.320 38 C 0.172 0.032 0.047 0.100 0.116 0.104 0.060 0.370 39 S 0.018 0.008 0.013 0.019 0.043 0.086 0.024 0.789 40 G 0.048 0.020 0.014 0.035 0.066 0.112 0.028 0.676 41 E 0.111 0.020 0.021 0.064 0.064 0.124 0.061 0.536 42 K 0.073 0.011 0.015 0.030 0.041 0.112 0.030 0.687 43 G 0.063 0.006 0.014 0.045 0.059 0.075 0.063 0.676 44 L 0.017 0.004 0.015 0.056 0.074 0.114 0.101 0.620 45 G 0.021 0.006 0.026 0.056 0.092 0.102 0.075 0.623 46 K 0.161 0.007 0.015 0.057 0.078 0.093 0.029 0.560 47 T 0.124 0.008 0.013 0.037 0.042 0.073 0.030 0.673 48 T 0.027 0.010 0.018 0.034 0.125 0.128 0.021 0.637 49 G 0.015 0.005 0.028 0.044 0.139 0.092 0.041 0.635 50 K 0.022 0.007 0.030 0.320 0.189 0.068 0.042 0.321 51 K 0.015 0.005 0.054 0.151 0.212 0.061 0.055 0.446 52 L 0.004 0.002 0.071 0.199 0.385 0.054 0.040 0.244 53 C 0.022 0.002 0.103 0.125 0.279 0.050 0.052 0.367 54 Y 0.085 0.005 0.046 0.224 0.140 0.064 0.152 0.284 55 K 0.015 0.010 0.043 0.049 0.134 0.119 0.025 0.604 56 G 0.023 0.018 0.035 0.036 0.153 0.101 0.036 0.598 57 S 0.026 0.032 0.061 0.176 0.202 0.078 0.084 0.342 58 T 0.024 0.041 0.091 0.186 0.263 0.056 0.071 0.267 59 F 0.020 0.033 0.055 0.245 0.332 0.036 0.070 0.209 60 H 0.024 0.024 0.086 0.208 0.249 0.044 0.080 0.285 61 R 0.004 0.009 0.088 0.314 0.283 0.048 0.060 0.194 62 V 0.014 0.012 0.090 0.081 0.141 0.092 0.081 0.489 63 V 0.267 0.038 0.071 0.104 0.069 0.076 0.171 0.203 64 K 0.058 0.023 0.042 0.029 0.054 0.135 0.053 0.605 65 N 0.011 0.016 0.084 0.024 0.093 0.095 0.106 0.572 66 F 0.003 0.006 0.318 0.119 0.193 0.068 0.156 0.137 67 M 0.012 0.005 0.362 0.116 0.158 0.053 0.107 0.186 68 I 0.061 0.004 0.365 0.165 0.108 0.058 0.063 0.177 69 Q 0.041 0.004 0.195 0.042 0.096 0.137 0.063 0.422 70 G 0.016 0.003 0.062 0.024 0.075 0.151 0.037 0.632 71 G 0.018 0.003 0.064 0.036 0.068 0.183 0.050 0.578 72 D 0.059 0.006 0.055 0.073 0.083 0.187 0.106 0.431 73 F 0.056 0.004 0.035 0.048 0.068 0.158 0.069 0.562 74 S 0.065 0.004 0.027 0.035 0.059 0.140 0.063 0.608 75 E 0.095 0.004 0.022 0.030 0.051 0.159 0.049 0.592 76 G 0.052 0.004 0.018 0.024 0.044 0.152 0.034 0.673 77 N 0.042 0.005 0.022 0.028 0.059 0.164 0.026 0.653 78 G 0.072 0.009 0.020 0.023 0.046 0.151 0.031 0.649 79 K 0.078 0.017 0.020 0.045 0.063 0.160 0.050 0.567 80 G 0.052 0.026 0.021 0.032 0.062 0.133 0.053 0.621 81 G 0.075 0.053 0.026 0.070 0.121 0.124 0.079 0.451 82 E 0.037 0.044 0.039 0.090 0.169 0.102 0.066 0.453 83 S 0.049 0.042 0.039 0.118 0.197 0.096 0.060 0.398 84 I 0.099 0.043 0.036 0.137 0.176 0.094 0.052 0.364 85 Y 0.070 0.047 0.024 0.071 0.142 0.088 0.044 0.515 86 G 0.082 0.071 0.020 0.055 0.107 0.096 0.036 0.532 87 G 0.033 0.059 0.024 0.084 0.100 0.110 0.041 0.549 88 Y 0.061 0.099 0.016 0.036 0.044 0.113 0.039 0.592 89 F 0.136 0.113 0.032 0.040 0.042 0.081 0.186 0.371 90 K 0.177 0.149 0.013 0.019 0.024 0.086 0.086 0.445 91 D 0.235 0.196 0.011 0.012 0.017 0.050 0.072 0.408 92 E 0.047 0.174 0.013 0.021 0.037 0.100 0.030 0.578 93 N 0.048 0.105 0.024 0.027 0.066 0.079 0.061 0.589 94 F 0.068 0.084 0.025 0.086 0.074 0.105 0.100 0.458 95 I 0.060 0.049 0.051 0.058 0.078 0.110 0.145 0.449 96 L 0.109 0.036 0.029 0.043 0.054 0.103 0.091 0.536 97 K 0.106 0.042 0.026 0.029 0.043 0.088 0.054 0.613 98 H 0.032 0.040 0.016 0.014 0.025 0.095 0.027 0.751 99 D 0.061 0.147 0.029 0.024 0.045 0.112 0.043 0.540 100 R 0.051 0.206 0.029 0.037 0.055 0.092 0.093 0.437 101 A 0.009 0.107 0.072 0.046 0.092 0.097 0.281 0.297 102 F 0.008 0.271 0.113 0.080 0.151 0.033 0.252 0.092 103 L 0.042 0.395 0.126 0.092 0.131 0.042 0.068 0.103 104 L 0.016 0.059 0.375 0.110 0.120 0.031 0.210 0.080 105 S 0.035 0.123 0.181 0.079 0.128 0.052 0.267 0.135 106 M 0.154 0.076 0.147 0.049 0.080 0.092 0.150 0.253 107 A 0.138 0.033 0.041 0.034 0.052 0.167 0.065 0.469 108 N 0.065 0.015 0.016 0.014 0.030 0.107 0.061 0.693 109 R 0.027 0.006 0.011 0.009 0.017 0.146 0.038 0.746 110 G 0.066 0.010 0.024 0.031 0.041 0.185 0.180 0.463 111 K 0.032 0.005 0.016 0.018 0.025 0.155 0.039 0.710 112 H 0.195 0.006 0.023 0.011 0.021 0.122 0.051 0.571 113 T 0.234 0.013 0.022 0.012 0.013 0.115 0.095 0.496 114 N 0.057 0.012 0.024 0.008 0.028 0.183 0.021 0.667 115 G 0.029 0.011 0.034 0.013 0.061 0.141 0.034 0.678 116 S 0.014 0.015 0.097 0.132 0.237 0.137 0.075 0.292 117 Q 0.004 0.004 0.144 0.138 0.311 0.056 0.119 0.224 118 F 0.001 0.002 0.158 0.289 0.361 0.021 0.104 0.064 119 F 0.003 0.002 0.212 0.248 0.415 0.017 0.042 0.060 120 I 0.010 0.001 0.146 0.364 0.356 0.020 0.027 0.075 121 T 0.008 0.002 0.121 0.196 0.438 0.035 0.037 0.162 122 T 0.030 0.004 0.055 0.088 0.213 0.122 0.039 0.451 123 K 0.019 0.003 0.035 0.107 0.115 0.185 0.042 0.495 124 P 0.035 0.004 0.008 0.015 0.018 0.101 0.029 0.791 125 A 0.331 0.019 0.012 0.027 0.029 0.109 0.109 0.364 126 P 0.042 0.006 0.016 0.021 0.031 0.143 0.053 0.688 127 H 0.118 0.004 0.015 0.012 0.027 0.113 0.047 0.664 128 L 0.264 0.005 0.015 0.019 0.022 0.118 0.071 0.487 129 D 0.058 0.007 0.012 0.012 0.042 0.147 0.024 0.697 130 G 0.017 0.006 0.029 0.020 0.110 0.126 0.023 0.670 131 V 0.006 0.003 0.075 0.225 0.326 0.097 0.034 0.234 132 H 0.002 0.003 0.180 0.216 0.378 0.034 0.036 0.151 133 V 0.005 0.004 0.155 0.308 0.350 0.024 0.030 0.125 134 V 0.012 0.006 0.185 0.359 0.296 0.023 0.031 0.089 135 F 0.013 0.012 0.109 0.178 0.374 0.038 0.040 0.236 136 G 0.012 0.012 0.119 0.195 0.395 0.033 0.071 0.163 137 L 0.007 0.012 0.126 0.336 0.306 0.036 0.058 0.119 138 V 0.051 0.034 0.105 0.137 0.216 0.059 0.061 0.336 139 I 0.163 0.033 0.074 0.174 0.136 0.059 0.087 0.273 140 S 0.033 0.089 0.021 0.041 0.076 0.085 0.037 0.618 141 G 0.023 0.515 0.007 0.005 0.018 0.033 0.024 0.374 142 F 0.018 0.730 0.017 0.034 0.016 0.025 0.042 0.117 143 E 0.010 0.872 0.016 0.025 0.012 0.009 0.018 0.038 144 V 0.039 0.926 0.007 0.002 0.003 0.002 0.010 0.011 145 I 0.116 0.756 0.036 0.006 0.005 0.006 0.055 0.021 146 E 0.038 0.431 0.057 0.028 0.016 0.019 0.176 0.235 147 Q 0.079 0.412 0.028 0.006 0.008 0.034 0.075 0.358 148 I 0.390 0.149 0.050 0.013 0.010 0.050 0.128 0.210 149 E 0.113 0.032 0.013 0.011 0.010 0.069 0.059 0.693 150 N 0.017 0.012 0.004 0.002 0.004 0.060 0.031 0.870 151 L 0.038 0.033 0.014 0.014 0.012 0.174 0.032 0.683 152 K 0.109 0.024 0.019 0.018 0.023 0.155 0.052 0.600 153 T 0.079 0.011 0.013 0.007 0.007 0.091 0.072 0.721 154 D 0.409 0.021 0.014 0.011 0.013 0.074 0.070 0.387 155 A 0.200 0.005 0.008 0.008 0.009 0.083 0.036 0.651 156 A 0.011 0.002 0.011 0.010 0.023 0.114 0.017 0.813 157 S 0.016 0.001 0.013 0.010 0.033 0.098 0.023 0.806 158 R 0.041 0.002 0.027 0.073 0.048 0.172 0.054 0.584 159 P 0.021 0.002 0.036 0.020 0.037 0.103 0.030 0.750 160 Y 0.045 0.004 0.047 0.028 0.054 0.137 0.069 0.615 161 A 0.015 0.006 0.134 0.090 0.136 0.111 0.059 0.450 162 D 0.005 0.005 0.205 0.071 0.180 0.084 0.059 0.391 163 V 0.003 0.004 0.360 0.164 0.214 0.045 0.044 0.167 164 R 0.005 0.006 0.510 0.152 0.202 0.020 0.038 0.067 165 V 0.011 0.010 0.431 0.126 0.157 0.039 0.074 0.153 166 I 0.031 0.011 0.370 0.156 0.143 0.065 0.049 0.176 167 D 0.094 0.021 0.118 0.088 0.163 0.092 0.102 0.321 168 C 0.029 0.017 0.080 0.037 0.096 0.109 0.050 0.581 169 G 0.017 0.011 0.110 0.186 0.292 0.084 0.053 0.246 170 V 0.019 0.011 0.051 0.092 0.153 0.100 0.090 0.484 171 L 0.067 0.019 0.069 0.142 0.151 0.092 0.128 0.333 172 A 0.122 0.019 0.023 0.056 0.085 0.099 0.079 0.517