# TARGET T0346 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 89.1856 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.364 0.220 0.053 0.123 0.080 0.053 0.045 0.025 0.019 0.011 0.007 2 P 0.071 0.053 0.021 0.085 0.093 0.105 0.158 0.139 0.122 0.094 0.059 3 Q 0.066 0.123 0.050 0.205 0.198 0.153 0.107 0.049 0.028 0.014 0.007 4 C 0.010 0.016 0.010 0.037 0.050 0.070 0.157 0.197 0.212 0.155 0.086 5 H 0.018 0.022 0.024 0.097 0.110 0.130 0.190 0.154 0.122 0.081 0.053 6 F 0.009 0.017 0.020 0.049 0.057 0.075 0.156 0.169 0.197 0.150 0.102 7 D 0.037 0.079 0.064 0.233 0.173 0.126 0.118 0.076 0.052 0.030 0.014 8 I 0.023 0.024 0.021 0.055 0.069 0.090 0.169 0.161 0.174 0.134 0.081 9 E 0.041 0.075 0.072 0.169 0.160 0.131 0.153 0.084 0.064 0.034 0.018 10 I 0.024 0.053 0.038 0.106 0.118 0.125 0.193 0.130 0.107 0.067 0.039 11 N 0.096 0.099 0.069 0.146 0.119 0.109 0.132 0.084 0.068 0.048 0.031 12 R 0.328 0.191 0.095 0.162 0.093 0.057 0.041 0.016 0.009 0.005 0.003 13 E 0.201 0.213 0.078 0.175 0.114 0.077 0.064 0.035 0.023 0.013 0.006 14 P 0.396 0.188 0.067 0.146 0.081 0.053 0.036 0.015 0.009 0.005 0.003 15 V 0.067 0.091 0.061 0.175 0.178 0.145 0.154 0.065 0.036 0.018 0.009 16 G 0.072 0.052 0.032 0.100 0.096 0.124 0.217 0.136 0.094 0.051 0.027 17 R 0.011 0.061 0.073 0.394 0.268 0.130 0.044 0.011 0.004 0.002 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.041 0.112 0.231 0.302 0.301 19 M 0.005 0.033 0.050 0.347 0.290 0.154 0.080 0.025 0.011 0.004 0.002 20 F 0.001 0.003 0.004 0.007 0.010 0.019 0.093 0.147 0.269 0.277 0.169 21 Q 0.019 0.052 0.079 0.341 0.253 0.132 0.073 0.028 0.015 0.006 0.004 22 L 0.004 0.009 0.007 0.015 0.022 0.035 0.128 0.165 0.243 0.224 0.147 23 F 0.012 0.042 0.041 0.180 0.174 0.139 0.154 0.107 0.083 0.043 0.025 24 S 0.078 0.109 0.066 0.154 0.161 0.148 0.160 0.065 0.038 0.015 0.006 25 D 0.364 0.176 0.118 0.182 0.086 0.037 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 26 I 0.088 0.154 0.047 0.168 0.161 0.135 0.120 0.060 0.040 0.019 0.008 27 C 0.019 0.033 0.009 0.035 0.045 0.070 0.150 0.170 0.193 0.157 0.119 28 P 0.213 0.124 0.048 0.133 0.132 0.118 0.107 0.051 0.039 0.021 0.013 29 K 0.184 0.106 0.063 0.161 0.147 0.122 0.113 0.050 0.031 0.015 0.008 30 T 0.010 0.039 0.019 0.073 0.067 0.084 0.153 0.166 0.171 0.135 0.082 31 C 0.006 0.005 0.008 0.018 0.029 0.058 0.141 0.163 0.210 0.194 0.168 32 K 0.106 0.089 0.178 0.262 0.151 0.096 0.067 0.025 0.014 0.007 0.004 33 N 0.003 0.018 0.030 0.103 0.128 0.184 0.262 0.137 0.078 0.041 0.016 34 F 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.007 0.035 0.085 0.194 0.311 0.354 35 L 0.002 0.004 0.010 0.050 0.089 0.159 0.252 0.166 0.126 0.089 0.053 36 C 0.003 0.021 0.143 0.165 0.195 0.185 0.139 0.072 0.045 0.023 0.010 37 L 0.001 0.002 0.003 0.021 0.050 0.096 0.241 0.217 0.167 0.130 0.072 38 C 0.002 0.002 0.003 0.009 0.016 0.030 0.118 0.169 0.246 0.241 0.163 39 S 0.024 0.079 0.079 0.260 0.208 0.134 0.115 0.053 0.028 0.013 0.006 40 G 0.174 0.145 0.070 0.198 0.134 0.111 0.091 0.041 0.020 0.013 0.005 41 E 0.219 0.208 0.096 0.173 0.100 0.060 0.060 0.032 0.021 0.018 0.012 42 K 0.208 0.122 0.043 0.111 0.097 0.089 0.115 0.069 0.061 0.050 0.034 43 G 0.337 0.215 0.059 0.119 0.080 0.058 0.053 0.029 0.024 0.016 0.010 44 L 0.077 0.104 0.041 0.129 0.107 0.096 0.152 0.094 0.085 0.069 0.046 45 G 0.236 0.154 0.065 0.132 0.083 0.068 0.073 0.046 0.052 0.048 0.042 46 K 0.237 0.133 0.078 0.223 0.135 0.082 0.054 0.025 0.018 0.010 0.005 47 T 0.298 0.120 0.079 0.105 0.075 0.076 0.089 0.052 0.046 0.034 0.026 48 T 0.208 0.185 0.076 0.153 0.111 0.079 0.082 0.044 0.034 0.019 0.009 49 G 0.580 0.159 0.042 0.079 0.049 0.034 0.025 0.012 0.009 0.006 0.004 50 K 0.074 0.119 0.082 0.210 0.165 0.113 0.104 0.053 0.039 0.025 0.016 51 K 0.036 0.080 0.068 0.224 0.203 0.162 0.127 0.052 0.028 0.014 0.006 52 L 0.003 0.007 0.006 0.031 0.061 0.090 0.170 0.205 0.200 0.144 0.083 53 C 0.005 0.014 0.014 0.071 0.108 0.144 0.214 0.180 0.126 0.076 0.049 54 Y 0.002 0.003 0.003 0.011 0.024 0.040 0.120 0.173 0.230 0.193 0.202 55 K 0.113 0.130 0.076 0.245 0.139 0.092 0.102 0.050 0.030 0.015 0.007 56 G 0.253 0.128 0.040 0.181 0.144 0.104 0.083 0.033 0.018 0.010 0.005 57 S 0.006 0.008 0.004 0.017 0.021 0.029 0.085 0.141 0.216 0.235 0.237 58 T 0.020 0.082 0.039 0.187 0.197 0.187 0.177 0.056 0.031 0.015 0.009 59 F 0.003 0.004 0.002 0.012 0.017 0.027 0.094 0.155 0.231 0.239 0.216 60 H 0.011 0.016 0.008 0.066 0.090 0.135 0.200 0.154 0.137 0.103 0.079 61 R 0.009 0.020 0.019 0.066 0.089 0.099 0.168 0.159 0.166 0.117 0.087 62 V 0.003 0.007 0.006 0.031 0.034 0.048 0.122 0.148 0.194 0.210 0.197 63 V 0.003 0.006 0.009 0.030 0.050 0.063 0.163 0.189 0.217 0.163 0.107 64 K 0.051 0.072 0.065 0.230 0.200 0.128 0.121 0.065 0.039 0.018 0.011 65 N 0.059 0.062 0.054 0.152 0.138 0.151 0.174 0.104 0.062 0.031 0.012 66 F 0.003 0.004 0.004 0.016 0.028 0.054 0.158 0.225 0.234 0.169 0.105 67 M 0.002 0.002 0.002 0.006 0.007 0.017 0.067 0.132 0.201 0.259 0.306 68 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 0.025 0.082 0.160 0.245 0.253 0.212 69 Q 0.001 0.002 0.003 0.008 0.010 0.025 0.094 0.167 0.238 0.244 0.210 70 G 0.002 0.002 0.002 0.011 0.015 0.029 0.088 0.164 0.202 0.237 0.249 71 G 0.007 0.012 0.010 0.046 0.077 0.110 0.174 0.167 0.151 0.134 0.113 72 D 0.018 0.068 0.038 0.173 0.184 0.146 0.153 0.089 0.057 0.044 0.030 73 F 0.002 0.003 0.002 0.012 0.024 0.035 0.082 0.111 0.176 0.231 0.323 74 S 0.041 0.097 0.058 0.192 0.172 0.129 0.136 0.063 0.045 0.031 0.035 75 E 0.137 0.128 0.057 0.189 0.142 0.114 0.115 0.048 0.032 0.023 0.015 76 G 0.304 0.143 0.060 0.132 0.088 0.077 0.067 0.033 0.031 0.031 0.033 77 N 0.181 0.195 0.058 0.162 0.110 0.077 0.078 0.039 0.038 0.032 0.030 78 G 0.183 0.076 0.034 0.082 0.072 0.074 0.105 0.075 0.094 0.093 0.111 79 K 0.198 0.213 0.063 0.176 0.119 0.083 0.067 0.029 0.024 0.016 0.012 80 G 0.163 0.142 0.061 0.161 0.131 0.107 0.092 0.051 0.042 0.029 0.022 81 G 0.143 0.096 0.044 0.133 0.119 0.102 0.114 0.077 0.071 0.057 0.043 82 E 0.110 0.122 0.082 0.179 0.161 0.124 0.099 0.051 0.037 0.023 0.012 83 S 0.052 0.058 0.030 0.097 0.106 0.099 0.146 0.132 0.124 0.090 0.067 84 I 0.035 0.030 0.019 0.068 0.087 0.114 0.190 0.148 0.131 0.099 0.080 85 Y 0.036 0.046 0.031 0.081 0.093 0.103 0.181 0.137 0.126 0.095 0.071 86 G 0.117 0.080 0.041 0.105 0.093 0.086 0.118 0.101 0.110 0.089 0.061 87 G 0.346 0.138 0.050 0.108 0.085 0.069 0.072 0.047 0.038 0.030 0.018 88 Y 0.080 0.096 0.040 0.112 0.116 0.111 0.168 0.105 0.087 0.056 0.030 89 F 0.054 0.042 0.023 0.053 0.070 0.094 0.154 0.150 0.154 0.127 0.080 90 K 0.227 0.227 0.105 0.203 0.110 0.054 0.036 0.017 0.011 0.006 0.004 91 D 0.209 0.114 0.075 0.121 0.102 0.100 0.106 0.069 0.053 0.033 0.018 92 E 0.161 0.062 0.036 0.091 0.088 0.098 0.144 0.112 0.091 0.069 0.045 93 N 0.135 0.125 0.073 0.167 0.127 0.099 0.116 0.066 0.046 0.029 0.017 94 F 0.052 0.040 0.043 0.070 0.074 0.097 0.165 0.140 0.136 0.110 0.073 95 I 0.120 0.119 0.084 0.192 0.134 0.102 0.104 0.054 0.040 0.029 0.020 96 L 0.029 0.024 0.025 0.050 0.056 0.074 0.140 0.142 0.177 0.161 0.123 97 K 0.101 0.142 0.089 0.221 0.160 0.112 0.087 0.040 0.027 0.014 0.008 98 H 0.066 0.056 0.045 0.089 0.096 0.109 0.161 0.121 0.118 0.084 0.056 99 D 0.068 0.127 0.069 0.178 0.160 0.132 0.123 0.062 0.043 0.025 0.013 100 R 0.048 0.068 0.051 0.147 0.173 0.149 0.155 0.086 0.065 0.039 0.020 101 A 0.058 0.053 0.046 0.114 0.128 0.136 0.164 0.111 0.093 0.060 0.038 102 F 0.006 0.010 0.011 0.037 0.051 0.085 0.209 0.195 0.190 0.128 0.076 103 L 0.004 0.004 0.008 0.016 0.018 0.031 0.098 0.150 0.231 0.229 0.210 104 L 0.004 0.005 0.020 0.023 0.021 0.036 0.089 0.126 0.198 0.234 0.245 105 S 0.002 0.006 0.040 0.049 0.052 0.068 0.141 0.170 0.203 0.155 0.115 106 M 0.002 0.004 0.016 0.015 0.015 0.027 0.095 0.138 0.211 0.248 0.228 107 A 0.002 0.004 0.011 0.023 0.036 0.061 0.149 0.166 0.202 0.187 0.158 108 N 0.016 0.035 0.069 0.103 0.124 0.150 0.197 0.119 0.099 0.055 0.034 109 R 0.080 0.060 0.072 0.100 0.105 0.132 0.181 0.101 0.081 0.055 0.035 110 G 0.356 0.138 0.054 0.097 0.064 0.057 0.074 0.048 0.045 0.039 0.029 111 K 0.226 0.183 0.057 0.129 0.096 0.085 0.079 0.048 0.040 0.032 0.025 112 H 0.119 0.085 0.035 0.094 0.092 0.100 0.130 0.101 0.102 0.076 0.066 113 T 0.135 0.091 0.034 0.083 0.087 0.100 0.145 0.096 0.091 0.072 0.066 114 N 0.068 0.080 0.031 0.128 0.127 0.114 0.158 0.105 0.085 0.064 0.040 115 G 0.070 0.056 0.025 0.105 0.125 0.129 0.137 0.099 0.101 0.084 0.068 116 S 0.010 0.011 0.010 0.039 0.055 0.078 0.181 0.181 0.175 0.147 0.113 117 Q 0.001 0.004 0.005 0.034 0.052 0.087 0.191 0.206 0.181 0.145 0.093 118 F 0.001 0.002 0.002 0.007 0.010 0.021 0.090 0.173 0.245 0.251 0.199 119 F 0.002 0.003 0.005 0.026 0.035 0.058 0.128 0.173 0.204 0.204 0.161 120 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.016 0.070 0.142 0.280 0.281 0.193 121 T 0.003 0.011 0.013 0.073 0.087 0.103 0.195 0.186 0.171 0.102 0.056 122 T 0.005 0.012 0.008 0.035 0.051 0.072 0.182 0.199 0.201 0.147 0.089 123 K 0.088 0.096 0.048 0.242 0.209 0.139 0.100 0.047 0.021 0.008 0.002 124 P 0.346 0.207 0.054 0.157 0.098 0.058 0.044 0.019 0.011 0.005 0.002 125 A 0.040 0.040 0.014 0.062 0.063 0.073 0.140 0.163 0.167 0.147 0.090 126 P 0.337 0.297 0.049 0.125 0.071 0.050 0.032 0.016 0.011 0.007 0.005 127 H 0.102 0.114 0.038 0.158 0.135 0.139 0.138 0.080 0.052 0.028 0.016 128 L 0.029 0.013 0.005 0.019 0.025 0.044 0.102 0.129 0.192 0.196 0.247 129 D 0.076 0.185 0.103 0.259 0.165 0.086 0.067 0.027 0.019 0.009 0.006 130 G 0.398 0.168 0.056 0.148 0.094 0.057 0.039 0.019 0.011 0.007 0.004 131 V 0.044 0.086 0.060 0.183 0.189 0.159 0.135 0.069 0.040 0.023 0.012 132 H 0.001 0.007 0.006 0.048 0.086 0.141 0.265 0.185 0.133 0.085 0.043 133 V 0.001 0.002 0.003 0.018 0.034 0.062 0.146 0.185 0.206 0.189 0.155 134 V 0.002 0.004 0.004 0.021 0.037 0.061 0.179 0.215 0.215 0.163 0.101 135 F 0.004 0.008 0.007 0.050 0.061 0.075 0.158 0.189 0.189 0.146 0.111 136 G 0.010 0.013 0.007 0.047 0.064 0.082 0.165 0.161 0.198 0.150 0.103 137 L 0.052 0.124 0.047 0.249 0.222 0.127 0.105 0.043 0.020 0.007 0.002 138 V 0.005 0.005 0.003 0.015 0.017 0.023 0.073 0.122 0.213 0.254 0.269 139 I 0.013 0.060 0.057 0.155 0.204 0.175 0.184 0.078 0.046 0.018 0.011 140 S 0.096 0.290 0.084 0.196 0.123 0.082 0.071 0.032 0.015 0.008 0.004 141 G 0.158 0.198 0.065 0.173 0.133 0.101 0.083 0.038 0.026 0.016 0.008 142 F 0.054 0.070 0.042 0.121 0.171 0.181 0.207 0.079 0.051 0.017 0.007 143 E 0.336 0.222 0.162 0.200 0.056 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 144 V 0.001 0.003 0.006 0.016 0.023 0.050 0.182 0.207 0.219 0.188 0.105 145 I 0.001 0.001 0.006 0.010 0.025 0.066 0.203 0.199 0.209 0.157 0.124 146 E 0.021 0.037 0.562 0.237 0.091 0.034 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.006 0.039 0.094 0.191 0.291 0.276 0.070 0.021 0.009 0.003 148 I 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.004 0.031 0.083 0.217 0.317 0.334 149 E 0.005 0.007 0.046 0.110 0.188 0.232 0.279 0.084 0.032 0.013 0.005 150 N 0.017 0.063 0.739 0.130 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 151 L 0.002 0.005 0.008 0.016 0.037 0.098 0.287 0.194 0.150 0.130 0.074 152 K 0.317 0.271 0.121 0.147 0.064 0.031 0.030 0.009 0.006 0.003 0.002 153 T 0.022 0.024 0.022 0.030 0.039 0.051 0.132 0.138 0.187 0.182 0.175 154 D 0.162 0.271 0.159 0.220 0.098 0.045 0.026 0.009 0.005 0.003 0.002 155 A 0.432 0.206 0.059 0.087 0.065 0.051 0.051 0.021 0.015 0.008 0.005 156 A 0.506 0.119 0.058 0.106 0.067 0.051 0.045 0.020 0.015 0.009 0.005 157 S 0.569 0.160 0.049 0.097 0.054 0.031 0.021 0.008 0.005 0.003 0.002 158 R 0.026 0.104 0.045 0.165 0.147 0.132 0.154 0.098 0.072 0.040 0.017 159 P 0.128 0.074 0.030 0.100 0.109 0.123 0.132 0.100 0.086 0.063 0.056 160 Y 0.050 0.045 0.038 0.129 0.152 0.144 0.180 0.118 0.077 0.043 0.024 161 A 0.147 0.135 0.079 0.219 0.149 0.107 0.087 0.041 0.022 0.010 0.004 162 D 0.138 0.202 0.110 0.359 0.133 0.042 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 0.075 0.167 0.286 0.265 0.180 164 R 0.009 0.103 0.118 0.364 0.249 0.102 0.043 0.008 0.003 0.001 0.001 165 V 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.008 0.041 0.092 0.204 0.274 0.367 166 I 0.017 0.037 0.042 0.241 0.285 0.191 0.122 0.039 0.017 0.005 0.003 167 D 0.131 0.302 0.076 0.224 0.110 0.062 0.054 0.020 0.013 0.005 0.002 168 C 0.005 0.009 0.008 0.038 0.041 0.057 0.107 0.130 0.191 0.213 0.202 169 G 0.176 0.207 0.079 0.167 0.136 0.093 0.077 0.033 0.018 0.008 0.005 170 V 0.073 0.126 0.067 0.207 0.170 0.124 0.121 0.057 0.031 0.016 0.007 171 L 0.024 0.028 0.026 0.049 0.056 0.075 0.126 0.127 0.177 0.168 0.143 172 A 0.185 0.178 0.067 0.202 0.153 0.084 0.059 0.031 0.022 0.011 0.007