# TARGET T0346 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0346.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1396 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.106 0.017 0.003 0.004 0.373 0.021 0.477 2 P 0.144 0.008 0.004 0.006 0.099 0.017 0.722 3 Q 0.624 0.010 0.005 0.007 0.152 0.015 0.187 4 C 0.915 0.019 0.003 0.004 0.008 0.003 0.048 5 H 0.942 0.003 0.002 0.005 0.005 0.005 0.038 6 F 0.928 0.004 0.001 0.004 0.010 0.002 0.050 7 D 0.804 0.003 0.004 0.005 0.030 0.006 0.148 8 I 0.780 0.005 0.011 0.009 0.052 0.025 0.116 9 E 0.809 0.008 0.014 0.017 0.041 0.036 0.075 10 I 0.782 0.010 0.016 0.019 0.032 0.071 0.070 11 N 0.579 0.013 0.018 0.017 0.076 0.203 0.093 12 R 0.406 0.008 0.014 0.005 0.186 0.200 0.182 13 E 0.418 0.009 0.004 0.002 0.254 0.032 0.281 14 P 0.576 0.030 0.003 0.001 0.075 0.028 0.287 15 V 0.627 0.010 0.010 0.002 0.091 0.099 0.163 16 G 0.690 0.005 0.007 0.001 0.157 0.057 0.083 17 R 0.854 0.004 0.004 0.001 0.019 0.008 0.109 18 I 0.948 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.041 19 M 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 20 F 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 21 Q 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 22 L 0.892 0.010 0.002 0.002 0.013 0.002 0.079 23 F 0.531 0.012 0.008 0.004 0.050 0.009 0.386 24 S 0.053 0.003 0.272 0.044 0.132 0.380 0.116 25 D 0.007 0.002 0.190 0.044 0.119 0.586 0.054 26 I 0.008 0.029 0.113 0.092 0.254 0.308 0.196 27 C 0.007 0.013 0.001 0.097 0.490 0.017 0.374 28 P 0.001 0.001 0.004 0.879 0.037 0.037 0.042 29 K 0.001 0.001 0.006 0.941 0.008 0.035 0.008 30 T 0.001 0.001 0.007 0.973 0.001 0.016 0.002 31 C 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 32 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 33 N 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.006 0.001 34 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 35 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.005 0.001 36 C 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.013 0.001 37 L 0.001 0.001 0.009 0.962 0.001 0.026 0.001 38 C 0.003 0.005 0.008 0.922 0.008 0.045 0.009 39 S 0.008 0.002 0.013 0.823 0.020 0.109 0.025 40 G 0.019 0.002 0.011 0.532 0.132 0.213 0.090 41 E 0.033 0.009 0.021 0.274 0.143 0.143 0.377 42 K 0.039 0.018 0.065 0.276 0.135 0.205 0.263 43 G 0.062 0.010 0.082 0.281 0.165 0.256 0.143 44 L 0.079 0.014 0.082 0.224 0.152 0.297 0.151 45 G 0.136 0.031 0.061 0.168 0.174 0.160 0.270 46 K 0.113 0.027 0.068 0.129 0.150 0.212 0.301 47 T 0.094 0.018 0.076 0.099 0.154 0.409 0.149 48 T 0.084 0.008 0.042 0.047 0.151 0.558 0.111 49 G 0.106 0.020 0.035 0.030 0.225 0.265 0.319 50 K 0.214 0.056 0.043 0.033 0.181 0.105 0.367 51 K 0.281 0.045 0.057 0.030 0.130 0.147 0.310 52 L 0.284 0.035 0.070 0.028 0.148 0.158 0.277 53 C 0.264 0.057 0.055 0.027 0.109 0.130 0.358 54 Y 0.160 0.042 0.062 0.034 0.158 0.177 0.368 55 K 0.067 0.012 0.044 0.041 0.228 0.460 0.148 56 G 0.054 0.006 0.027 0.020 0.295 0.420 0.177 57 S 0.189 0.035 0.010 0.025 0.182 0.030 0.528 58 T 0.342 0.064 0.015 0.040 0.090 0.037 0.412 59 F 0.567 0.022 0.067 0.090 0.040 0.046 0.168 60 H 0.644 0.014 0.082 0.066 0.036 0.029 0.128 61 R 0.666 0.008 0.072 0.067 0.029 0.028 0.131 62 V 0.648 0.017 0.050 0.072 0.037 0.051 0.124 63 V 0.490 0.024 0.037 0.018 0.074 0.027 0.329 64 K 0.064 0.002 0.087 0.007 0.122 0.646 0.070 65 N 0.018 0.001 0.036 0.002 0.059 0.869 0.015 66 F 0.475 0.035 0.027 0.003 0.057 0.100 0.303 67 M 0.847 0.033 0.002 0.001 0.014 0.009 0.095 68 I 0.868 0.023 0.002 0.001 0.014 0.008 0.084 69 Q 0.715 0.018 0.004 0.001 0.053 0.037 0.171 70 G 0.365 0.013 0.008 0.003 0.168 0.174 0.269 71 G 0.166 0.035 0.012 0.003 0.277 0.209 0.297 72 D 0.089 0.046 0.024 0.008 0.248 0.104 0.481 73 F 0.070 0.045 0.058 0.015 0.207 0.333 0.271 74 S 0.049 0.057 0.076 0.027 0.189 0.369 0.233 75 E 0.048 0.038 0.072 0.021 0.287 0.266 0.267 76 G 0.058 0.030 0.049 0.023 0.247 0.313 0.280 77 N 0.059 0.063 0.054 0.021 0.277 0.261 0.265 78 G 0.052 0.030 0.031 0.017 0.335 0.203 0.332 79 K 0.057 0.042 0.033 0.029 0.226 0.286 0.329 80 G 0.057 0.033 0.033 0.038 0.274 0.185 0.380 81 G 0.105 0.030 0.060 0.061 0.195 0.185 0.364 82 E 0.186 0.077 0.071 0.078 0.146 0.120 0.322 83 S 0.201 0.059 0.076 0.079 0.163 0.096 0.326 84 I 0.175 0.034 0.077 0.117 0.099 0.209 0.290 85 Y 0.104 0.025 0.056 0.127 0.122 0.268 0.298 86 G 0.065 0.011 0.053 0.096 0.189 0.198 0.388 87 G 0.080 0.017 0.049 0.109 0.203 0.147 0.394 88 Y 0.115 0.063 0.050 0.168 0.174 0.085 0.346 89 F 0.088 0.033 0.045 0.175 0.128 0.074 0.458 90 K 0.062 0.015 0.068 0.174 0.098 0.161 0.421 91 D 0.048 0.010 0.133 0.260 0.132 0.219 0.198 92 E 0.053 0.012 0.126 0.255 0.178 0.188 0.190 93 N 0.060 0.014 0.100 0.193 0.153 0.194 0.287 94 F 0.074 0.014 0.089 0.159 0.142 0.237 0.285 95 I 0.079 0.033 0.097 0.143 0.147 0.184 0.318 96 L 0.114 0.037 0.094 0.146 0.163 0.128 0.319 97 K 0.086 0.028 0.074 0.096 0.120 0.224 0.374 98 H 0.049 0.028 0.038 0.065 0.210 0.231 0.379 99 D 0.044 0.015 0.011 0.041 0.384 0.097 0.409 100 R 0.035 0.014 0.024 0.094 0.409 0.128 0.298 101 A 0.085 0.014 0.038 0.156 0.163 0.164 0.380 102 F 0.336 0.021 0.043 0.131 0.125 0.087 0.257 103 L 0.568 0.014 0.039 0.187 0.057 0.023 0.113 104 L 0.664 0.009 0.030 0.184 0.015 0.020 0.077 105 S 0.441 0.016 0.076 0.294 0.026 0.036 0.111 106 M 0.344 0.013 0.147 0.233 0.046 0.075 0.142 107 A 0.165 0.007 0.186 0.158 0.100 0.225 0.158 108 N 0.051 0.010 0.100 0.074 0.204 0.402 0.159 109 R 0.028 0.027 0.025 0.022 0.323 0.174 0.402 110 G 0.014 0.019 0.019 0.004 0.254 0.058 0.632 111 K 0.013 0.011 0.056 0.005 0.283 0.424 0.207 112 H 0.011 0.011 0.090 0.004 0.181 0.425 0.278 113 T 0.024 0.029 0.087 0.006 0.273 0.100 0.480 114 N 0.060 0.022 0.068 0.011 0.229 0.371 0.240 115 G 0.095 0.019 0.122 0.012 0.237 0.306 0.209 116 S 0.295 0.032 0.034 0.009 0.117 0.037 0.475 117 Q 0.739 0.023 0.015 0.007 0.041 0.029 0.147 118 F 0.912 0.006 0.005 0.005 0.012 0.009 0.052 119 F 0.916 0.005 0.005 0.006 0.009 0.006 0.052 120 I 0.893 0.026 0.004 0.006 0.008 0.003 0.061 121 T 0.790 0.019 0.006 0.006 0.023 0.009 0.146 122 T 0.478 0.016 0.013 0.010 0.145 0.048 0.289 123 K 0.195 0.011 0.015 0.011 0.276 0.108 0.384 124 P 0.063 0.021 0.026 0.007 0.306 0.138 0.438 125 A 0.077 0.036 0.052 0.020 0.261 0.056 0.498 126 P 0.062 0.016 0.196 0.044 0.141 0.284 0.257 127 H 0.078 0.023 0.195 0.036 0.112 0.324 0.233 128 L 0.063 0.027 0.133 0.029 0.210 0.312 0.225 129 D 0.027 0.013 0.032 0.013 0.270 0.530 0.115 130 G 0.020 0.002 0.017 0.003 0.277 0.554 0.125 131 V 0.167 0.009 0.012 0.003 0.314 0.194 0.302 132 H 0.724 0.031 0.003 0.001 0.033 0.016 0.193 133 V 0.904 0.006 0.001 0.001 0.008 0.003 0.078 134 V 0.934 0.007 0.001 0.001 0.007 0.004 0.046 135 F 0.910 0.004 0.004 0.004 0.012 0.009 0.056 136 G 0.827 0.004 0.009 0.013 0.037 0.019 0.092 137 L 0.836 0.013 0.009 0.022 0.020 0.010 0.090 138 V 0.767 0.011 0.015 0.052 0.021 0.044 0.090 139 I 0.530 0.014 0.024 0.124 0.070 0.125 0.113 140 S 0.142 0.019 0.025 0.207 0.149 0.348 0.111 141 G 0.055 0.008 0.009 0.304 0.157 0.301 0.166 142 F 0.007 0.002 0.008 0.911 0.019 0.025 0.030 143 E 0.003 0.001 0.009 0.958 0.007 0.013 0.009 144 V 0.002 0.001 0.006 0.974 0.003 0.012 0.003 145 I 0.003 0.001 0.004 0.981 0.003 0.006 0.003 146 E 0.003 0.001 0.006 0.975 0.004 0.009 0.004 147 Q 0.002 0.001 0.011 0.960 0.006 0.015 0.006 148 I 0.004 0.002 0.023 0.930 0.006 0.026 0.008 149 E 0.011 0.002 0.024 0.771 0.018 0.157 0.017 150 N 0.006 0.002 0.016 0.586 0.018 0.347 0.025 151 L 0.009 0.006 0.008 0.170 0.354 0.091 0.362 152 K 0.024 0.027 0.009 0.037 0.235 0.089 0.580 153 T 0.045 0.080 0.013 0.024 0.114 0.042 0.682 154 D 0.032 0.023 0.040 0.017 0.101 0.187 0.600 155 A 0.019 0.005 0.043 0.012 0.151 0.622 0.150 156 A 0.019 0.009 0.042 0.011 0.299 0.517 0.102 157 S 0.021 0.009 0.011 0.002 0.539 0.122 0.295 158 R 0.103 0.030 0.002 0.002 0.309 0.012 0.542 159 P 0.273 0.137 0.002 0.001 0.042 0.010 0.535 160 Y 0.336 0.021 0.007 0.002 0.067 0.018 0.548 161 A 0.358 0.017 0.011 0.002 0.226 0.016 0.370 162 D 0.417 0.010 0.007 0.001 0.119 0.008 0.439 163 V 0.839 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.141 164 R 0.962 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 165 V 0.947 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 166 I 0.856 0.004 0.003 0.001 0.031 0.008 0.097 167 D 0.634 0.015 0.008 0.003 0.074 0.012 0.253 168 C 0.433 0.004 0.018 0.006 0.115 0.089 0.335 169 G 0.612 0.014 0.009 0.008 0.104 0.085 0.168 170 V 0.666 0.031 0.005 0.009 0.062 0.025 0.200 171 L 0.266 0.029 0.002 0.009 0.006 0.014 0.674 172 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995